More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BRA0397 on replicon NC_004311
Organism: Brucella suis 1330



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004311  BRA0397  shikimate dehydrogenase family protein  100 
 
 		 272 aa  545  1e-154  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0340  shikimate dehydrogenase family protein  99.26 
 
 		 272 aa  539  9.999999999999999e-153  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1616  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  57.63 
 
 		 277 aa  265  7e-70  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.221158  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3753  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  54.23 
 
 		 264 aa  241  1e-62  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.341199  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4664  shikimate dehydrogenase  52.55 
 
 		 268 aa  234  8e-61  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0575  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  51.34 
 
 		 271 aa  227  2e-58  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0034  shikimate dehydrogenase family protein  53.33 
 
 		 261 aa  224  1e-57  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3972  shikimate dehydrogenase  49.42 
 
 		 269 aa  222  4e-57  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0031  shikimate dehydrogenase family protein  52.94 
 
 		 261 aa  221  8e-57  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.105922  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0333  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  57.31 
 
 		 269 aa  217  2e-55  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.259796  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4665  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  44.11 
 
 		 276 aa  185  9e-46  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20210  shikimate 5-dehydrogenase  40.07 
 
 		 290 aa  180  2e-44  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7085  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  39.29 
 
 		 276 aa  179  4e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.876756  normal  1 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6263  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  38.17 
 
 		 279 aa  179  4.999999999999999e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.00180016  normal  0.468093 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5945  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  38.89 
 
 		 276 aa  177  1e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.039138 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2153  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  38.4 
 
 		 269 aa  170  2e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.778065 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4100  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  38.46 
 
 		 277 aa  169  6e-41  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.231752  normal  0.0287781 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1274  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  42.23 
 
 		 270 aa  166  4e-40  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00561367 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5799  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  40.8 
 
 		 278 aa  156  4e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6410  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  36.54 
 
 		 277 aa  156  4e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.639273  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6097  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  36.68 
 
 		 280 aa  155  5.0000000000000005e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.00430016  normal  0.376579 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2608  shikimate dehydrogenase family protein  36.5 
 
 		 269 aa  154  1e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0159253 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2425  shikimate dehydrogenase  39.23 
 
 		 265 aa  153  2e-36  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.084211 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3325  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  39.33 
 
 		 277 aa  153  2.9999999999999998e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6063  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  38.31 
 
 		 282 aa  152  5.9999999999999996e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0849637 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3217  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  36.12 
 
 		 269 aa  151  8.999999999999999e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5029  shikimate dehydrogenase  38.46 
 
 		 277 aa  151  1e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1663  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  41.92 
 
 		 291 aa  151  1e-35  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.486216 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4412  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  36.33 
 
 		 277 aa  150  2e-35  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.855071  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2294  shikimate dehydrogenase  37.12 
 
 		 288 aa  150  2e-35  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4302  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  36.33 
 
 		 277 aa  150  2e-35  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.261659  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5661  Shikimate/quinate 5-dehydrogenase  41.31 
 
 		 293 aa  149  3e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.33462  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3117  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  35.74 
 
 		 269 aa  148  7e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0879  shikimate dehydrogenase  39.39 
 
 		 281 aa  149  7e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.955974  normal  0.327323 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8643  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  38.46 
 
 		 277 aa  148  9e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7088  shikimate dehydrogenase  39.69 
 
 		 268 aa  147  1.0000000000000001e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.847734 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4437  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  35 
 
 		 277 aa  146  3e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.553792  normal  0.62875 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2703  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  41.87 
 
 		 268 aa  144  1e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0813959  normal  0.368485 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0433  shikimate dehydrogenase  41.43 
 
 		 273 aa  144  1e-33  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5792  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  41.6 
 
 		 278 aa  144  2e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1561  shikimate dehydrogenase  35 
 
 		 277 aa  144  2e-33  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0353213  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2706  shikimate dehydrogenase  37.93 
 
 		 264 aa  144  2e-33  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.14445  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5700  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  39.6 
 
 		 267 aa  142  5e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2895  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  35.66 
 
 		 273 aa  136  4e-31  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0579203  hitchhiker  0.000304187 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1303  shikimate 5-dehydrogenase  33.33 
 
 		 279 aa  136  5e-31  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00894856  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3685  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  38.43 
 
 		 297 aa  135  9e-31  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0419  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  35.14 
 
 		 278 aa  133  3e-30  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2860  shikimate 5-dehydrogenase  34.12 
 
 		 276 aa  132  5e-30  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.928598  normal  0.516476 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1437  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  37.31 
 
 		 271 aa  131  1.0000000000000001e-29  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.563675 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4454  shikimate 5-dehydrogenase  35.34 
 
 		 277 aa  130  2.0000000000000002e-29  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.809096  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4185  shikimate 5-dehydrogenase  35.69 
 
 		 277 aa  130  3e-29  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.263341  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1503  shikimate 5-dehydrogenase  32.94 
 
 		 284 aa  130  3e-29  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4415  shikimate 5-dehydrogenase  34.54 
 
 		 277 aa  129  4.0000000000000003e-29  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4070  shikimate 5-dehydrogenase  35.34 
 
 		 277 aa  129  5.0000000000000004e-29  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000710125  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0783  shikimate 5-dehydrogenase  35.34 
 
 		 277 aa  129  5.0000000000000004e-29  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000231913  hitchhiker  0.0000496147 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4561  shikimate 5-dehydrogenase  34.94 
 
 		 308 aa  128  1.0000000000000001e-28  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.120804  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4495  shikimate dehydrogenase  33.08 
 
 		 277 aa  128  1.0000000000000001e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.39658 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4356  shikimate 5-dehydrogenase  34.94 
 
 		 277 aa  128  1.0000000000000001e-28  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.110727 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4232  shikimate 5-dehydrogenase  34.94 
 
 		 277 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4080  shikimate 5-dehydrogenase  34.54 
 
 		 277 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4467  shikimate 5-dehydrogenase  34.54 
 
 		 277 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00323757  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2596  shikimate 5-dehydrogenase  40.23 
 
 		 290 aa  127  2.0000000000000002e-28  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0854  shikimate dehydrogenase  34.23 
 
 		 298 aa  127  3e-28  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3384  shikimate 5-dehydrogenase  36.46 
 
 		 292 aa  125  7e-28  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.442523 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1649  shikimate dehydrogenase  35.36 
 
 		 303 aa  124  2e-27  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.264941  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1630  shikimate 5-dehydrogenase  38.7 
 
 		 290 aa  122  6e-27  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0656  shikimate 5-dehydrogenase  36.78 
 
 		 297 aa  122  6e-27  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.323596  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0663  shikimate 5-dehydrogenase  31.03 
 
 		 294 aa  122  8e-27  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2746  shikimate 5-dehydrogenase  38.89 
 
 		 288 aa  122  8e-27  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0290691  normal  0.306598 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3329  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  32.48 
 
 		 307 aa  121  9.999999999999999e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0550  shikimate 5-dehydrogenase  30.24 
 
 		 273 aa  119  3.9999999999999996e-26  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.950076 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1362  shikimate dehydrogenase  38.33 
 
 		 284 aa  118  7.999999999999999e-26  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.758988  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2150  shikimate 5-dehydrogenase-like oxidoreductase  35 
 
 		 283 aa  118  9.999999999999999e-26  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.411469  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2840  shikimate 5-dehydrogenase  36.44 
 
 		 274 aa  118  9.999999999999999e-26  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0530402 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2683  shikimate 5-dehydrogenase  35.52 
 
 		 289 aa  115  7.999999999999999e-25  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.905975  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0022  shikimate dehydrogenase  32.82 
 
 		 286 aa  115  7.999999999999999e-25  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.301777  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3564  shikimate dehydrogenase  35.83 
 
 		 279 aa  115  8.999999999999998e-25  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.490647  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1392  shikimate dehydrogenase  37.31 
 
 		 286 aa  114  1.0000000000000001e-24  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.975798 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1847  shikimate dehydrogenase  38.37 
 
 		 325 aa  114  1.0000000000000001e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.127242  normal  0.110669 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3060  shikimate 5-dehydrogenase  34.4 
 
 		 277 aa  112  8.000000000000001e-24  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.445957  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1018  shikimate 5-dehydrogenase  36.33 
 
 		 291 aa  111  1.0000000000000001e-23  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2848  shikimate 5-dehydrogenase  34.38 
 
 		 301 aa  111  1.0000000000000001e-23  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3613  shikimate 5-dehydrogenase  37.69 
 
 		 283 aa  110  2.0000000000000002e-23  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2458  shikimate 5-dehydrogenase  31.73 
 
 		 277 aa  111  2.0000000000000002e-23  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000134489  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_06560  shikimate 5-dehydrogenase  31.47 
 
 		 291 aa  110  3e-23  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3450  shikimate 5-dehydrogenase  32.79 
 
 		 278 aa  110  3e-23  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0108  shikimate 5-dehydrogenase  30.5 
 
 		 289 aa  109  4.0000000000000004e-23  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3106  shikimate 5-dehydrogenase  31.42 
 
 		 289 aa  107  1e-22  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.828808 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1652  shikimate 5-dehydrogenase  37.08 
 
 		 293 aa  107  1e-22  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_18961  shikimate 5-dehydrogenase  27.59 
 
 		 285 aa  108  1e-22  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0442  shikimate 5-dehydrogenase  34.13 
 
 		 286 aa  107  2e-22  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.437298  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2761  shikimate 5-dehydrogenase  35.86 
 
 		 276 aa  107  2e-22  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2976  shikimate dehydrogenase  33.98 
 
 		 280 aa  107  2e-22  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_408  shikimate 5-dehydrogenase  34.13 
 
 		 286 aa  107  3e-22  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1889  shikimate 5-dehydrogenase  29.72 
 
 		 288 aa  106  5e-22  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3572  shikimate 5-dehydrogenase  34.41 
 
 		 284 aa  106  5e-22  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.162128  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0119  shikimate 5-dehydrogenase  31.99 
 
 		 294 aa  105  6e-22  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.181103  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05960  shikimate 5-dehydrogenase  29.39 
 
 		 289 aa  105  7e-22  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1829  shikimate 5-dehydrogenase  31.71 
 
 		 282 aa  105  7e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.037769 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0524  shikimate 5-dehydrogenase  31.75 
 
 		 290 aa  105  7e-22  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>