More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnap_2706 on replicon NC_008781
Organism: Polaromonas naphthalenivorans CJ2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008781  Pnap_2706  shikimate dehydrogenase  100 
 
 		 264 aa  533  1e-150  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.14445  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2425  shikimate dehydrogenase  59.09 
 
 		 265 aa  288  4e-77  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.084211 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2703  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  58.08 
 
 		 268 aa  281  5.000000000000001e-75  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0813959  normal  0.368485 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6097  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  55.89 
 
 		 280 aa  271  5.000000000000001e-72  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.00430016  normal  0.376579 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6063  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  57.03 
 
 		 282 aa  270  2e-71  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0849637 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7088  shikimate dehydrogenase  53.41 
 
 		 268 aa  265  5e-70  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.847734 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2895  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  51.35 
 
 		 273 aa  233  2.0000000000000002e-60  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0579203  hitchhiker  0.000304187 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7085  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  40.31 
 
 		 276 aa  194  1e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.876756  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5945  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  38.61 
 
 		 276 aa  180  2e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.039138 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20210  shikimate 5-dehydrogenase  41.37 
 
 		 290 aa  177  1e-43  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4664  shikimate dehydrogenase  42.53 
 
 		 268 aa  177  1e-43  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1616  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  42.08 
 
 		 277 aa  171  1e-41  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.221158  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4302  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  38.37 
 
 		 277 aa  166  4e-40  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.261659  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4412  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  38.37 
 
 		 277 aa  166  4e-40  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.855071  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4100  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  36.82 
 
 		 277 aa  165  6.9999999999999995e-40  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.231752  normal  0.0287781 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6410  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  37.98 
 
 		 277 aa  165  9e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.639273  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3217  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  40.7 
 
 		 269 aa  163  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2294  shikimate dehydrogenase  38.68 
 
 		 288 aa  162  8.000000000000001e-39  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1663  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  41.76 
 
 		 291 aa  161  1e-38  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.486216 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2608  shikimate dehydrogenase family protein  40.31 
 
 		 269 aa  159  3e-38  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0159253 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5029  shikimate dehydrogenase  38.7 
 
 		 277 aa  158  9e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3685  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  40.71 
 
 		 297 aa  158  1e-37  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4437  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  37.64 
 
 		 277 aa  157  1e-37  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.553792  normal  0.62875 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0575  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  38.22 
 
 		 271 aa  155  5.0000000000000005e-37  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2153  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  38.13 
 
 		 269 aa  155  8e-37  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.778065 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3329  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  35.41 
 
 		 307 aa  154  1e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1649  shikimate dehydrogenase  36.9 
 
 		 303 aa  154  1e-36  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.264941  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3117  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  40.31 
 
 		 269 aa  153  2e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3753  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  39.6 
 
 		 264 aa  152  5.9999999999999996e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.341199  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3972  shikimate dehydrogenase  37.84 
 
 		 269 aa  152  5.9999999999999996e-36  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5799  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  40.16 
 
 		 278 aa  151  8.999999999999999e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3325  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  37.84 
 
 		 277 aa  150  2e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6263  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  33.98 
 
 		 279 aa  150  2e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.00180016  normal  0.468093 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5661  Shikimate/quinate 5-dehydrogenase  41.06 
 
 		 293 aa  149  5e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.33462  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0340  shikimate dehydrogenase family protein  37.98 
 
 		 272 aa  146  4.0000000000000006e-34  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1561  shikimate dehydrogenase  37.21 
 
 		 277 aa  144  1e-33  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0353213  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1437  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  40.66 
 
 		 271 aa  143  2e-33  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.563675 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0397  shikimate dehydrogenase family protein  37.98 
 
 		 272 aa  143  2e-33  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1274  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  38.76 
 
 		 270 aa  143  2e-33  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00561367 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1847  shikimate dehydrogenase  35.71 
 
 		 325 aa  144  2e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.127242  normal  0.110669 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5792  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  41.37 
 
 		 278 aa  143  3e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0034  shikimate dehydrogenase family protein  37.74 
 
 		 261 aa  142  5e-33  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0419  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  38.31 
 
 		 278 aa  140  9.999999999999999e-33  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0031  shikimate dehydrogenase family protein  37.35 
 
 		 261 aa  139  4.999999999999999e-32  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.105922  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4665  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  38.61 
 
 		 276 aa  137  2e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8643  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  36.43 
 
 		 277 aa  135  7.000000000000001e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4495  shikimate dehydrogenase  35.27 
 
 		 277 aa  130  2.0000000000000002e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.39658 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0433  shikimate dehydrogenase  40.96 
 
 		 273 aa  130  3e-29  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0879  shikimate dehydrogenase  39.44 
 
 		 281 aa  127  3e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.955974  normal  0.327323 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0333  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  40.24 
 
 		 269 aa  115  6.9999999999999995e-25  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.259796  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1392  shikimate dehydrogenase  34.51 
 
 		 286 aa  112  5e-24  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.975798 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1303  shikimate 5-dehydrogenase  28.91 
 
 		 279 aa  107  2e-22  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00894856  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0108  shikimate 5-dehydrogenase  31.6 
 
 		 289 aa  103  2e-21  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_18961  shikimate 5-dehydrogenase  27.41 
 
 		 286 aa  101  1e-20  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5700  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  34.96 
 
 		 267 aa  100  2e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2671  shikimate 5-dehydrogenase  34.02 
 
 		 279 aa  100  3e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.134722  normal  0.358722 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1234  shikimate 5-dehydrogenase  33.61 
 
 		 279 aa  98.6  8e-20  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1798  shikimate 5-dehydrogenase  26.64 
 
 		 286 aa  98.6  9e-20  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2895  shikimate 5-dehydrogenase  33.2 
 
 		 279 aa  97.4  2e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0777149  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2761  shikimate 5-dehydrogenase  34.96 
 
 		 276 aa  97.8  2e-19  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_18961  shikimate 5-dehydrogenase  25.3 
 
 		 285 aa  97.1  3e-19  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1184  shikimate 5-dehydrogenase  28.97 
 
 		 273 aa  96.3  4e-19  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.504249  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_19151  shikimate 5-dehydrogenase  27.13 
 
 		 286 aa  95.9  6e-19  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2976  shikimate dehydrogenase  32.11 
 
 		 280 aa  93.6  3e-18  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3109  shikimate 5-dehydrogenase  30.77 
 
 		 286 aa  93.2  4e-18  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0196  shikimate 5-dehydrogenase  29.51 
 
 		 278 aa  92.4  7e-18  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1630  shikimate 5-dehydrogenase  32.03 
 
 		 290 aa  91.3  1e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1503  shikimate 5-dehydrogenase  26.09 
 
 		 284 aa  90.5  2e-17  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0663  shikimate 5-dehydrogenase  28.85 
 
 		 294 aa  90.1  3e-17  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2596  shikimate 5-dehydrogenase  31.25 
 
 		 290 aa  90.5  3e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1490  shikimate 5-dehydrogenase  33.85 
 
 		 286 aa  89.7  4e-17  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0290047  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4454  shikimate 5-dehydrogenase  30.08 
 
 		 277 aa  89.7  5e-17  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.809096  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1362  shikimate dehydrogenase  34.93 
 
 		 284 aa  89.4  5e-17  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.758988  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1971  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  33.93 
 
 		 310 aa  89.4  6e-17  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.84305  hitchhiker  0.000409791 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4185  shikimate 5-dehydrogenase  30.36 
 
 		 277 aa  89.4  6e-17  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.263341  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0524  shikimate 5-dehydrogenase  28.46 
 
 		 290 aa  89.4  6e-17  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3572  shikimate 5-dehydrogenase  29.57 
 
 		 284 aa  88.6  1e-16  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.162128  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2860  shikimate 5-dehydrogenase  29.88 
 
 		 276 aa  87.4  2e-16  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.928598  normal  0.516476 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0783  shikimate 5-dehydrogenase  30.36 
 
 		 277 aa  87.8  2e-16  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000231913  hitchhiker  0.0000496147 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_06560  shikimate 5-dehydrogenase  27.44 
 
 		 291 aa  87  3e-16  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3856  shikimate 5-dehydrogenase  30.83 
 
 		 281 aa  86.7  4e-16  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.824661  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1275  shikimate 5-dehydrogenase  35.97 
 
 		 290 aa  86.3  5e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03620  Shikimate/quinate 5-dehydrogenase  29.58 
 
 		 283 aa  85.1  0.000000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0590963  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4467  shikimate 5-dehydrogenase  27.64 
 
 		 277 aa  85.1  0.000000000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00323757  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0656  shikimate 5-dehydrogenase  32.43 
 
 		 297 aa  84  0.000000000000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.323596  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2840  shikimate 5-dehydrogenase  31.65 
 
 		 274 aa  84.3  0.000000000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0530402 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2551  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  29.85 
 
 		 315 aa  83.6  0.000000000000003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2150  shikimate 5-dehydrogenase-like oxidoreductase  31.25 
 
 		 283 aa  83.2  0.000000000000004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.411469  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1163  shikimate 5-dehydrogenase  24.9 
 
 		 269 aa  83.2  0.000000000000005  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.33376  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4232  shikimate 5-dehydrogenase  28.05 
 
 		 277 aa  82.4  0.000000000000006  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1018  shikimate 5-dehydrogenase  32.82 
 
 		 291 aa  82.4  0.000000000000006  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3564  shikimate dehydrogenase  30.89 
 
 		 279 aa  82.4  0.000000000000006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.490647  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2281  shikimate 5-dehydrogenase  29.48 
 
 		 282 aa  82.8  0.000000000000006  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.010499 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3060  shikimate 5-dehydrogenase  29.96 
 
 		 277 aa  82.4  0.000000000000007  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.445957  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4561  shikimate 5-dehydrogenase  28.05 
 
 		 308 aa  82  0.000000000000008  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.120804  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1829  shikimate 5-dehydrogenase  31.02 
 
 		 282 aa  82  0.000000000000008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.037769 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0690  shikimate 5-dehydrogenase  26.74 
 
 		 288 aa  82  0.000000000000008  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3613  shikimate 5-dehydrogenase  29.57 
 
 		 283 aa  81.6  0.00000000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1688  shikimate 5-dehydrogenase  24.89 
 
 		 268 aa  82  0.00000000000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.8714  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4356  shikimate 5-dehydrogenase  28.05 
 
 		 277 aa  82  0.00000000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.110727 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>