More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Caul_0575 on replicon NC_010338
Organism: Caulobacter sp. K31



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010338  Caul_0575  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  100 
 
 		 271 aa  547  1e-155  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1616  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  55.93 
 
 		 277 aa  264  1e-69  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.221158  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3753  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  51.15 
 
 		 264 aa  228  6e-59  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.341199  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4664  shikimate dehydrogenase  49.81 
 
 		 268 aa  226  2e-58  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3972  shikimate dehydrogenase  48.7 
 
 		 269 aa  223  2e-57  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0340  shikimate dehydrogenase family protein  51.72 
 
 		 272 aa  221  8e-57  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0397  shikimate dehydrogenase family protein  51.34 
 
 		 272 aa  219  3.9999999999999997e-56  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0031  shikimate dehydrogenase family protein  48.84 
 
 		 261 aa  207  1e-52  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.105922  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0034  shikimate dehydrogenase family protein  48.45 
 
 		 261 aa  205  5e-52  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7085  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  39.62 
 
 		 276 aa  200  1.9999999999999998e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.876756  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0333  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  52.24 
 
 		 269 aa  199  3e-50  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.259796  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5945  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  40.38 
 
 		 276 aa  197  1.0000000000000001e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.039138 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6263  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  39.41 
 
 		 279 aa  191  1e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.00180016  normal  0.468093 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4100  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  38.46 
 
 		 277 aa  184  2.0000000000000003e-45  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.231752  normal  0.0287781 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1561  shikimate dehydrogenase  40.38 
 
 		 277 aa  181  8.000000000000001e-45  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0353213  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1274  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  44.07 
 
 		 270 aa  181  1e-44  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00561367 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6410  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  38.08 
 
 		 277 aa  177  1e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.639273  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4665  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  44.19 
 
 		 276 aa  175  5e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2425  shikimate dehydrogenase  40.23 
 
 		 265 aa  176  5e-43  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.084211 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5029  shikimate dehydrogenase  40.77 
 
 		 277 aa  175  8e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6063  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  40.23 
 
 		 282 aa  172  5.999999999999999e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0849637 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3325  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  40.38 
 
 		 277 aa  172  5.999999999999999e-42  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4495  shikimate dehydrogenase  40 
 
 		 277 aa  169  4e-41  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.39658 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4302  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  37.31 
 
 		 277 aa  169  5e-41  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.261659  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4412  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  37.31 
 
 		 277 aa  169  5e-41  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.855071  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4437  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  36.92 
 
 		 277 aa  168  1e-40  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.553792  normal  0.62875 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2153  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  38.87 
 
 		 269 aa  168  1e-40  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.778065 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20210  shikimate 5-dehydrogenase  36.6 
 
 		 290 aa  167  2e-40  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0419  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  39.85 
 
 		 278 aa  167  2e-40  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6097  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  37.84 
 
 		 280 aa  166  4e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.00430016  normal  0.376579 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8643  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  40.77 
 
 		 277 aa  165  5.9999999999999996e-40  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3685  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  41.22 
 
 		 297 aa  165  8e-40  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3217  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  36.98 
 
 		 269 aa  159  5e-38  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2608  shikimate dehydrogenase family protein  36.6 
 
 		 269 aa  158  1e-37  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0159253 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1663  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  42.37 
 
 		 291 aa  157  2e-37  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.486216 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2294  shikimate dehydrogenase  38.46 
 
 		 288 aa  156  3e-37  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5661  Shikimate/quinate 5-dehydrogenase  42.69 
 
 		 293 aa  155  8e-37  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.33462  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2706  shikimate dehydrogenase  38.22 
 
 		 264 aa  154  1e-36  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.14445  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3117  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  36.6 
 
 		 269 aa  151  8.999999999999999e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1649  shikimate dehydrogenase  38.32 
 
 		 303 aa  151  1e-35  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.264941  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2703  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  37.84 
 
 		 268 aa  147  1.0000000000000001e-34  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0813959  normal  0.368485 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5799  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  39.1 
 
 		 278 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2895  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  36.54 
 
 		 273 aa  147  2.0000000000000003e-34  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0579203  hitchhiker  0.000304187 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1437  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  40.8 
 
 		 271 aa  144  1e-33  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.563675 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0879  shikimate dehydrogenase  38.31 
 
 		 281 aa  144  1e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.955974  normal  0.327323 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0433  shikimate dehydrogenase  40.46 
 
 		 273 aa  144  2e-33  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3329  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  32.46 
 
 		 307 aa  143  4e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0854  shikimate dehydrogenase  33.85 
 
 		 298 aa  142  7e-33  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7088  shikimate dehydrogenase  36.54 
 
 		 268 aa  142  8e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.847734 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1847  shikimate dehydrogenase  39.1 
 
 		 325 aa  141  9.999999999999999e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.127242  normal  0.110669 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5792  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  38.29 
 
 		 278 aa  137  2e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1303  shikimate 5-dehydrogenase  32.16 
 
 		 279 aa  133  3e-30  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00894856  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3384  shikimate 5-dehydrogenase  38.38 
 
 		 292 aa  132  3.9999999999999996e-30  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.442523 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0663  shikimate 5-dehydrogenase  31.54 
 
 		 294 aa  132  5e-30  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5700  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  36.72 
 
 		 267 aa  132  7.999999999999999e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1362  shikimate dehydrogenase  37.82 
 
 		 284 aa  124  1e-27  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.758988  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0550  shikimate 5-dehydrogenase  31.02 
 
 		 273 aa  124  2e-27  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.950076 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2683  shikimate 5-dehydrogenase  35.77 
 
 		 289 aa  123  3e-27  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.905975  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1889  shikimate 5-dehydrogenase  29.8 
 
 		 288 aa  122  7e-27  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1503  shikimate 5-dehydrogenase  30.3 
 
 		 284 aa  119  3.9999999999999996e-26  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4467  shikimate 5-dehydrogenase  30.98 
 
 		 277 aa  119  3.9999999999999996e-26  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00323757  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0022  shikimate dehydrogenase  34.11 
 
 		 286 aa  119  3.9999999999999996e-26  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.301777  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2746  shikimate 5-dehydrogenase  36.57 
 
 		 288 aa  119  4.9999999999999996e-26  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0290691  normal  0.306598 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4070  shikimate 5-dehydrogenase  31.37 
 
 		 277 aa  119  6e-26  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000710125  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4185  shikimate 5-dehydrogenase  32.03 
 
 		 277 aa  119  6e-26  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.263341  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4356  shikimate 5-dehydrogenase  31.37 
 
 		 277 aa  119  7e-26  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.110727 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4454  shikimate 5-dehydrogenase  32.16 
 
 		 277 aa  119  7e-26  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.809096  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4415  shikimate 5-dehydrogenase  30.98 
 
 		 277 aa  118  9.999999999999999e-26  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0196  shikimate 5-dehydrogenase  33.07 
 
 		 278 aa  118  9.999999999999999e-26  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0783  shikimate 5-dehydrogenase  32.16 
 
 		 277 aa  117  1.9999999999999998e-25  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000231913  hitchhiker  0.0000496147 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4080  shikimate 5-dehydrogenase  30.98 
 
 		 277 aa  117  1.9999999999999998e-25  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03620  Shikimate/quinate 5-dehydrogenase  38.21 
 
 		 283 aa  117  1.9999999999999998e-25  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0590963  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4561  shikimate 5-dehydrogenase  30.98 
 
 		 308 aa  117  3e-25  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.120804  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4232  shikimate 5-dehydrogenase  30.98 
 
 		 277 aa  116  3.9999999999999997e-25  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2458  shikimate 5-dehydrogenase  32.81 
 
 		 277 aa  115  6.9999999999999995e-25  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000134489  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2860  shikimate 5-dehydrogenase  30.27 
 
 		 276 aa  112  5e-24  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.928598  normal  0.516476 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2596  shikimate 5-dehydrogenase  34.88 
 
 		 290 aa  112  7.000000000000001e-24  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1772  shikimate 5-dehydrogenase  36.76 
 
 		 285 aa  112  8.000000000000001e-24  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.380088  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_06560  shikimate 5-dehydrogenase  31.42 
 
 		 291 aa  110  2.0000000000000002e-23  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1163  shikimate 5-dehydrogenase  29.75 
 
 		 269 aa  110  3e-23  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.33376  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12500  shikimate 5-dehydrogenase  31.03 
 
 		 292 aa  109  5e-23  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1184  shikimate 5-dehydrogenase  28.51 
 
 		 273 aa  108  9.000000000000001e-23  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.504249  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4417  shikimate 5-dehydrogenase  34.1 
 
 		 288 aa  107  1e-22  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1018  shikimate 5-dehydrogenase  34.69 
 
 		 291 aa  107  1e-22  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4481  shikimate 5-dehydrogenase  34.1 
 
 		 288 aa  107  1e-22  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.148819 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0656  shikimate 5-dehydrogenase  34.22 
 
 		 297 aa  108  1e-22  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.323596  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1652  shikimate 5-dehydrogenase  36.36 
 
 		 293 aa  107  2e-22  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1630  shikimate 5-dehydrogenase  33.33 
 
 		 290 aa  107  2e-22  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2840  shikimate 5-dehydrogenase  32.33 
 
 		 274 aa  107  2e-22  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0530402 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0690  shikimate 5-dehydrogenase  31.2 
 
 		 288 aa  106  4e-22  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1392  shikimate dehydrogenase  35.52 
 
 		 286 aa  106  4e-22  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.975798 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3572  shikimate 5-dehydrogenase  32.81 
 
 		 284 aa  106  4e-22  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.162128  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3613  shikimate 5-dehydrogenase  35.04 
 
 		 283 aa  106  5e-22  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2976  shikimate dehydrogenase  31.32 
 
 		 280 aa  105  8e-22  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1490  shikimate 5-dehydrogenase  36.13 
 
 		 286 aa  105  1e-21  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0290047  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1680  shikimate 5-dehydrogenase  29.76 
 
 		 292 aa  105  1e-21  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.00934148  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2150  shikimate 5-dehydrogenase-like oxidoreductase  32.17 
 
 		 283 aa  104  1e-21  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.411469  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1278  shikimate 5-dehydrogenase  33.08 
 
 		 263 aa  104  2e-21  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.62401  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0450  shikimate 5-dehydrogenase  27.52 
 
 		 278 aa  103  2e-21  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0121036  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3109  shikimate 5-dehydrogenase  32.47 
 
 		 286 aa  103  2e-21  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>