More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Namu_2895 on replicon NC_013235
Organism: Nakamurella multipartita DSM 44233



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013235  Namu_2895  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  100 
 
 
273 aa  534  1e-151  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0579203  hitchhiker  0.000304187 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2703  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  55.21 
 
 
268 aa  247  2e-64  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0813959  normal  0.368485 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7088  shikimate dehydrogenase  50.93 
 
 
268 aa  241  7.999999999999999e-63  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.847734 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2706  shikimate dehydrogenase  51.35 
 
 
264 aa  236  2e-61  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.14445  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2425  shikimate dehydrogenase  52.87 
 
 
265 aa  236  3e-61  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.084211 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6097  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  49.23 
 
 
280 aa  207  2e-52  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.00430016  normal  0.376579 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6063  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  48.46 
 
 
282 aa  207  2e-52  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0849637 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3217  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  42.19 
 
 
269 aa  179  4e-44  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2153  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  42.97 
 
 
269 aa  177  1e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.778065 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2608  shikimate dehydrogenase family protein  41.41 
 
 
269 aa  172  5.999999999999999e-42  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0159253 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20210  shikimate 5-dehydrogenase  40.62 
 
 
290 aa  171  1e-41  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3117  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  41.02 
 
 
269 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5945  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  36.05 
 
 
276 aa  162  6e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.039138 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4100  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  36.05 
 
 
277 aa  162  8.000000000000001e-39  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.231752  normal  0.0287781 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7085  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  36.43 
 
 
276 aa  159  3e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.876756  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4437  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  37.6 
 
 
277 aa  157  2e-37  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.553792  normal  0.62875 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4664  shikimate dehydrogenase  37.98 
 
 
268 aa  156  3e-37  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1616  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  37.26 
 
 
277 aa  154  1e-36  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.221158  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1274  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  40.32 
 
 
270 aa  152  4e-36  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00561367 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6410  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  35.27 
 
 
277 aa  150  3e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.639273  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3325  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  38.37 
 
 
277 aa  149  4e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0575  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  36.54 
 
 
271 aa  148  1.0000000000000001e-34  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2294  shikimate dehydrogenase  39.76 
 
 
288 aa  148  1.0000000000000001e-34  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4412  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  36.05 
 
 
277 aa  146  3e-34  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.855071  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4302  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  36.05 
 
 
277 aa  146  3e-34  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.261659  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5799  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  38.17 
 
 
278 aa  145  7.0000000000000006e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0034  shikimate dehydrogenase family protein  37.45 
 
 
261 aa  144  2e-33  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0031  shikimate dehydrogenase family protein  37.07 
 
 
261 aa  141  9.999999999999999e-33  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.105922  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6263  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  31.01 
 
 
279 aa  140  1.9999999999999998e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.00180016  normal  0.468093 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3972  shikimate dehydrogenase  36.05 
 
 
269 aa  140  1.9999999999999998e-32  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0879  shikimate dehydrogenase  38.2 
 
 
281 aa  139  3.9999999999999997e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.955974  normal  0.327323 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0340  shikimate dehydrogenase family protein  35.66 
 
 
272 aa  137  2e-31  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3753  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  36.43 
 
 
264 aa  135  9.999999999999999e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.341199  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0397  shikimate dehydrogenase family protein  35.66 
 
 
272 aa  134  1.9999999999999998e-30  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5029  shikimate dehydrogenase  34.11 
 
 
277 aa  133  1.9999999999999998e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8643  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  34.11 
 
 
277 aa  131  1.0000000000000001e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0433  shikimate dehydrogenase  39.56 
 
 
273 aa  131  1.0000000000000001e-29  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5661  Shikimate/quinate 5-dehydrogenase  37.59 
 
 
293 aa  130  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.33462  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1663  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  37.45 
 
 
291 aa  128  9.000000000000001e-29  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.486216 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4665  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  36.02 
 
 
276 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1437  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  39.75 
 
 
271 aa  123  3e-27  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.563675 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1561  shikimate dehydrogenase  34.11 
 
 
277 aa  123  4e-27  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0353213  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5792  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  35 
 
 
278 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3685  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  37.65 
 
 
297 aa  120  1.9999999999999998e-26  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1649  shikimate dehydrogenase  33.83 
 
 
303 aa  120  1.9999999999999998e-26  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.264941  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4495  shikimate dehydrogenase  34.5 
 
 
277 aa  120  3e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.39658 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0333  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  38.82 
 
 
269 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.259796  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1847  shikimate dehydrogenase  33.33 
 
 
325 aa  110  3e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.127242  normal  0.110669 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0419  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  33.6 
 
 
278 aa  108  7.000000000000001e-23  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3329  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  31.5 
 
 
307 aa  107  2e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5700  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  35.45 
 
 
267 aa  96.7  4e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4664  shikimate 5-dehydrogenase  37.55 
 
 
284 aa  91.7  1e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.589898  normal  0.583924 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3109  shikimate 5-dehydrogenase  29.06 
 
 
286 aa  92  1e-17  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_06560  shikimate 5-dehydrogenase  28.07 
 
 
291 aa  90.5  3e-17  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2057  shikimate 5-dehydrogenase  41.44 
 
 
284 aa  90.1  3e-17  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3420  shikimate 5-dehydrogenase  41.88 
 
 
289 aa  89.4  6e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0516943  normal  0.167185 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1303  shikimate 5-dehydrogenase  26.95 
 
 
279 aa  88.6  9e-17  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00894856  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5192  shikimate 5-dehydrogenase  39.91 
 
 
284 aa  87.8  2e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.746305 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2671  shikimate 5-dehydrogenase  29.63 
 
 
279 aa  86.7  3e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.134722  normal  0.358722 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0483  shikimate 5-dehydrogenase  40.61 
 
 
284 aa  87  3e-16  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1362  shikimate dehydrogenase  35.34 
 
 
284 aa  87  3e-16  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.758988  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0580  shikimate 5-dehydrogenase  40.61 
 
 
284 aa  86.3  5e-16  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0850  shikimate 5-dehydrogenase  40.61 
 
 
284 aa  86.3  5e-16  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0893  shikimate 5-dehydrogenase  40.61 
 
 
284 aa  86.3  5e-16  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.171328  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2208  shikimate 5-dehydrogenase  40.61 
 
 
284 aa  86.3  5e-16  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1897  shikimate 5-dehydrogenase  40.61 
 
 
284 aa  86.3  5e-16  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2813  shikimate 5-dehydrogenase  30.42 
 
 
282 aa  86.3  5e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.668736 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1754  shikimate 5-dehydrogenase  40.61 
 
 
284 aa  86.3  5e-16  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.198827  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0196  shikimate 5-dehydrogenase  29.34 
 
 
278 aa  85.9  6e-16  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4569  shikimate 5-dehydrogenase  40.62 
 
 
304 aa  85.5  8e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.988976  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3450  shikimate 5-dehydrogenase  28.63 
 
 
278 aa  84.7  0.000000000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3856  shikimate 5-dehydrogenase  32.38 
 
 
281 aa  84.7  0.000000000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.824661  normal 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1653  shikimate 5-dehydrogenase  27.2 
 
 
268 aa  84  0.000000000000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1688  shikimate 5-dehydrogenase  27.2 
 
 
268 aa  84  0.000000000000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.8714  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0345  shikimate 5-dehydrogenase  39.91 
 
 
284 aa  81.6  0.00000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.916967  normal  0.720007 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3060  shikimate 5-dehydrogenase  27.16 
 
 
277 aa  81.3  0.00000000000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.445957  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1234  shikimate 5-dehydrogenase  28.98 
 
 
279 aa  80.1  0.00000000000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0884  shikimate 5-dehydrogenase  39.06 
 
 
296 aa  80.5  0.00000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2373  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  28.28 
 
 
271 aa  80.1  0.00000000000003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0663  shikimate 5-dehydrogenase  24.3 
 
 
294 aa  80.1  0.00000000000004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0524  shikimate 5-dehydrogenase  26.77 
 
 
290 aa  80.1  0.00000000000004  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2467  shikimate 5-dehydrogenase  29.34 
 
 
288 aa  79  0.00000000000008  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.502359  hitchhiker  0.0000000000141391 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2406  shikimate 5-dehydrogenase  34.65 
 
 
282 aa  78.6  0.0000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2895  shikimate 5-dehydrogenase  28.57 
 
 
279 aa  78.6  0.0000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0777149  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1163  shikimate 5-dehydrogenase  24.9 
 
 
269 aa  77.8  0.0000000000002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.33376  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0656  shikimate 5-dehydrogenase  27.13 
 
 
297 aa  77.4  0.0000000000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.323596  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0783  shikimate 5-dehydrogenase  25.86 
 
 
277 aa  77.4  0.0000000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000231913  hitchhiker  0.0000496147 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0032  shikimate 5-dehydrogenase  30.25 
 
 
282 aa  77.8  0.0000000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00424938  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4185  shikimate 5-dehydrogenase  26.34 
 
 
277 aa  77.8  0.0000000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.263341  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3064  shikimate 5-dehydrogenase  39.72 
 
 
284 aa  77.4  0.0000000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4965  shikimate 5-dehydrogenase  39.72 
 
 
284 aa  77.4  0.0000000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0261415 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5303  shikimate 5-dehydrogenase  39.72 
 
 
284 aa  77.4  0.0000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.0352079 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1680  shikimate 5-dehydrogenase  24.81 
 
 
292 aa  76.6  0.0000000000004  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.00934148  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2860  shikimate 5-dehydrogenase  25.82 
 
 
276 aa  76.6  0.0000000000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.928598  normal  0.516476 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1504  quinate/shikimate dehydrogenase  26.07 
 
 
288 aa  76.3  0.0000000000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0010931 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1839  3-dehydroquinate dehydratase, type I  27.21 
 
 
517 aa  76.3  0.0000000000005  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0172427  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2683  shikimate 5-dehydrogenase  27.2 
 
 
289 aa  75.9  0.0000000000007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.905975  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4454  shikimate 5-dehydrogenase  25.62 
 
 
277 aa  75.9  0.0000000000008  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.809096  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05960  shikimate 5-dehydrogenase  28.14 
 
 
289 aa  75.9  0.0000000000008  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3572  shikimate 5-dehydrogenase  29.18 
 
 
284 aa  75.5  0.0000000000009  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.162128  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>