More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bpro_4495 on replicon NC_007948
Organism: Polaromonas sp. JS666



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007948  Bpro_4495  shikimate dehydrogenase  100 
 
 		 277 aa  568  1e-161  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.39658 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1561  shikimate dehydrogenase  79.42 
 
 		 277 aa  426  1e-118  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0353213  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0419  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  76.09 
 
 		 278 aa  390  1e-107  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7085  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  64.49 
 
 		 276 aa  379  1e-104  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.876756  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5945  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  64 
 
 		 276 aa  370  1e-101  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.039138 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6410  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  64.98 
 
 		 277 aa  358  5e-98  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.639273  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5029  shikimate dehydrogenase  64.62 
 
 		 277 aa  350  2e-95  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3325  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  66.43 
 
 		 277 aa  348  5e-95  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8643  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  67.87 
 
 		 277 aa  345  4e-94  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4302  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  63.18 
 
 		 277 aa  344  8.999999999999999e-94  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.261659  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4412  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  63.18 
 
 		 277 aa  344  8.999999999999999e-94  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.855071  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4100  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  58.61 
 
 		 277 aa  336  2.9999999999999997e-91  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.231752  normal  0.0287781 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4437  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  61.01 
 
 		 277 aa  331  9e-90  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.553792  normal  0.62875 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0575  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  40 
 
 		 271 aa  186  4e-46  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3685  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  40.23 
 
 		 297 aa  182  5.0000000000000004e-45  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1663  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  41.22 
 
 		 291 aa  182  6e-45  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.486216 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3329  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  35.61 
 
 		 307 aa  176  5e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3217  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  37.64 
 
 		 269 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2608  shikimate dehydrogenase family protein  38.02 
 
 		 269 aa  173  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0159253 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1847  shikimate dehydrogenase  39.48 
 
 		 325 aa  170  3e-41  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.127242  normal  0.110669 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2153  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  36.12 
 
 		 269 aa  166  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.778065 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3117  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  38.02 
 
 		 269 aa  166  4e-40  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20210  shikimate 5-dehydrogenase  35.36 
 
 		 290 aa  166  4e-40  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4664  shikimate dehydrogenase  37.31 
 
 		 268 aa  166  5e-40  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1649  shikimate dehydrogenase  38.13 
 
 		 303 aa  164  2.0000000000000002e-39  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.264941  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0433  shikimate dehydrogenase  39.62 
 
 		 273 aa  160  2e-38  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1616  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  36.92 
 
 		 277 aa  157  2e-37  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.221158  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1274  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  37.69 
 
 		 270 aa  157  2e-37  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00561367 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6263  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  34.1 
 
 		 279 aa  157  2e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.00180016  normal  0.468093 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1437  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  40.4 
 
 		 271 aa  156  4e-37  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.563675 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6097  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  35.52 
 
 		 280 aa  150  2e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.00430016  normal  0.376579 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3972  shikimate dehydrogenase  36.54 
 
 		 269 aa  149  5e-35  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2425  shikimate dehydrogenase  37.6 
 
 		 265 aa  149  5e-35  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.084211 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0031  shikimate dehydrogenase family protein  35.66 
 
 		 261 aa  148  1.0000000000000001e-34  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.105922  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6063  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  35.48 
 
 		 282 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0849637 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0034  shikimate dehydrogenase family protein  35.66 
 
 		 261 aa  147  3e-34  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2294  shikimate dehydrogenase  36.99 
 
 		 288 aa  143  3e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4665  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  33.08 
 
 		 276 aa  142  6e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2703  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  35.66 
 
 		 268 aa  140  3e-32  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0813959  normal  0.368485 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2706  shikimate dehydrogenase  35.27 
 
 		 264 aa  140  3e-32  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.14445  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3753  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  34.75 
 
 		 264 aa  139  6e-32  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.341199  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0340  shikimate dehydrogenase family protein  33.08 
 
 		 272 aa  137  1e-31  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5792  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  37.31 
 
 		 278 aa  135  7.000000000000001e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0397  shikimate dehydrogenase family protein  33.08 
 
 		 272 aa  135  9e-31  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5799  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  35.38 
 
 		 278 aa  133  1.9999999999999998e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7088  shikimate dehydrogenase  36.33 
 
 		 268 aa  131  1.0000000000000001e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.847734 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5661  Shikimate/quinate 5-dehydrogenase  35.88 
 
 		 293 aa  131  1.0000000000000001e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.33462  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2895  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  34.5 
 
 		 273 aa  128  1.0000000000000001e-28  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0579203  hitchhiker  0.000304187 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5700  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  31.91 
 
 		 267 aa  125  9e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0879  shikimate dehydrogenase  33.97 
 
 		 281 aa  124  1e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.955974  normal  0.327323 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3384  shikimate 5-dehydrogenase  31.32 
 
 		 292 aa  117  1.9999999999999998e-25  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.442523 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1303  shikimate 5-dehydrogenase  27.4 
 
 		 279 aa  107  2e-22  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00894856  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0196  shikimate 5-dehydrogenase  28.15 
 
 		 278 aa  105  1e-21  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0333  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  36.68 
 
 		 269 aa  101  1e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.259796  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0663  shikimate 5-dehydrogenase  28.52 
 
 		 294 aa  102  1e-20  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0854  shikimate dehydrogenase  27.76 
 
 		 298 aa  98.6  1e-19  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4415  shikimate 5-dehydrogenase  28.36 
 
 		 277 aa  96.7  3e-19  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12500  shikimate 5-dehydrogenase  28.47 
 
 		 292 aa  96.3  5e-19  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4356  shikimate 5-dehydrogenase  28.73 
 
 		 277 aa  96.3  5e-19  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.110727 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4070  shikimate 5-dehydrogenase  28.73 
 
 		 277 aa  96.3  6e-19  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000710125  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3450  shikimate 5-dehydrogenase  25.94 
 
 		 278 aa  96.3  6e-19  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2359  shikimate 5-dehydrogenase  33.06 
 
 		 277 aa  95.9  6e-19  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4232  shikimate 5-dehydrogenase  28.73 
 
 		 277 aa  95.9  7e-19  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4561  shikimate 5-dehydrogenase  28.73 
 
 		 308 aa  95.9  7e-19  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.120804  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4080  shikimate 5-dehydrogenase  28.36 
 
 		 277 aa  94.7  1e-18  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4454  shikimate 5-dehydrogenase  29.37 
 
 		 277 aa  94.4  2e-18  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.809096  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_18961  shikimate 5-dehydrogenase  25.93 
 
 		 285 aa  94.4  2e-18  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1018  shikimate 5-dehydrogenase  29.72 
 
 		 291 aa  94  2e-18  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2840  shikimate 5-dehydrogenase  30.31 
 
 		 274 aa  94  3e-18  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0530402 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3572  shikimate 5-dehydrogenase  27.92 
 
 		 284 aa  93.6  3e-18  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.162128  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4467  shikimate 5-dehydrogenase  27.99 
 
 		 277 aa  93.6  3e-18  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00323757  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2596  shikimate 5-dehydrogenase  30.74 
 
 		 290 aa  93.2  4e-18  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4185  shikimate 5-dehydrogenase  27.24 
 
 		 277 aa  90.9  2e-17  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.263341  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2860  shikimate 5-dehydrogenase  26.54 
 
 		 276 aa  90.5  2e-17  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.928598  normal  0.516476 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1504  quinate/shikimate dehydrogenase  26.34 
 
 		 288 aa  91.3  2e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0010931 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2761  shikimate 5-dehydrogenase  29.71 
 
 		 276 aa  90.1  3e-17  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1908  quinate/shikimate dehydrogenase  26.34 
 
 		 288 aa  90.1  3e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3109  shikimate 5-dehydrogenase  29.18 
 
 		 286 aa  89.7  4e-17  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3060  shikimate 5-dehydrogenase  27.61 
 
 		 277 aa  89.4  5e-17  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.445957  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_18961  shikimate 5-dehydrogenase  26.71 
 
 		 286 aa  89.7  5e-17  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01661  quinate/shikimate 5-dehydrogenase, NAD(P)-binding  25.95 
 
 		 288 aa  89.4  6e-17  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1950  Quinate/shikimate dehydrogenase  25.95 
 
 		 288 aa  89.4  6e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.210326  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1939  quinate/shikimate dehydrogenase  25.95 
 
 		 288 aa  89.4  6e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000737953 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1773  quinate/shikimate dehydrogenase  25.95 
 
 		 288 aa  89.4  6e-17  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1895  quinate/shikimate dehydrogenase  25.95 
 
 		 288 aa  89.4  6e-17  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01650  hypothetical protein  25.95 
 
 		 288 aa  89.4  6e-17  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0783  shikimate 5-dehydrogenase  28.25 
 
 		 277 aa  89.4  7e-17  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000231913  hitchhiker  0.0000496147 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0524  shikimate 5-dehydrogenase  26.87 
 
 		 290 aa  89  7e-17  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2813  shikimate 5-dehydrogenase  28.85 
 
 		 282 aa  89  7e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.668736 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1503  shikimate 5-dehydrogenase  27.59 
 
 		 284 aa  89  7e-17  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2537  shikimate 5-dehydrogenase  27.55 
 
 		 280 aa  89  8e-17  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2408  quinate/shikimate dehydrogenase  25.95 
 
 		 288 aa  88.2  1e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.419065 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1680  shikimate 5-dehydrogenase  26.29 
 
 		 292 aa  88.6  1e-16  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.00934148  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1829  shikimate 5-dehydrogenase  28.3 
 
 		 282 aa  88.2  1e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.037769 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_30051  shikimate 5-dehydrogenase  26.3 
 
 		 322 aa  88.6  1e-16  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.355106 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1385  quinate/shikimate dehydrogenase  25.57 
 
 		 289 aa  87.4  2e-16  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.859901  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2304  shikimate 5-dehydrogenase  27.43 
 
 		 289 aa  87.4  2e-16  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2675  shikimate 5-dehydrogenase  27.37 
 
 		 289 aa  87.8  2e-16  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3564  shikimate dehydrogenase  30.16 
 
 		 279 aa  87.4  2e-16  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.490647  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0993  shikimate 5-dehydrogenase  28.79 
 
 		 276 aa  87.4  2e-16  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>