More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sare_1274 on replicon NC_009953
Organism: Salinispora arenicola CNS-205



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009953  Sare_1274  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  100 
 
 		 270 aa  523  1e-147  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00561367 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1663  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  57.09 
 
 		 291 aa  233  2.0000000000000002e-60  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.486216 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0433  shikimate dehydrogenase  55.17 
 
 		 273 aa  227  2e-58  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3685  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  47.53 
 
 		 297 aa  194  2e-48  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6410  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  42.37 
 
 		 277 aa  194  2e-48  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.639273  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5945  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  40.38 
 
 		 276 aa  190  2e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.039138 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4664  shikimate dehydrogenase  44.62 
 
 		 268 aa  185  6e-46  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7085  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  38.46 
 
 		 276 aa  183  3e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.876756  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4437  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  41.92 
 
 		 277 aa  182  3e-45  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.553792  normal  0.62875 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0575  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  44.07 
 
 		 271 aa  182  4.0000000000000006e-45  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3325  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  42.31 
 
 		 277 aa  177  1e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3753  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  46.22 
 
 		 264 aa  177  2e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.341199  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4302  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  39.62 
 
 		 277 aa  175  6e-43  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.261659  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4412  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  39.62 
 
 		 277 aa  175  6e-43  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.855071  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6063  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  43.63 
 
 		 282 aa  172  5e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0849637 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1616  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  42.91 
 
 		 277 aa  172  5.999999999999999e-42  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.221158  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5029  shikimate dehydrogenase  43.51 
 
 		 277 aa  171  9e-42  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1437  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  46.83 
 
 		 271 aa  171  1e-41  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.563675 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1561  shikimate dehydrogenase  39.31 
 
 		 277 aa  171  1e-41  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0353213  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3972  shikimate dehydrogenase  42.69 
 
 		 269 aa  169  4e-41  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6097  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  42.47 
 
 		 280 aa  168  8e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.00430016  normal  0.376579 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0340  shikimate dehydrogenase family protein  42.63 
 
 		 272 aa  168  8e-41  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0031  shikimate dehydrogenase family protein  43.24 
 
 		 261 aa  167  1e-40  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.105922  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4100  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  38.08 
 
 		 277 aa  168  1e-40  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.231752  normal  0.0287781 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2294  shikimate dehydrogenase  40.16 
 
 		 288 aa  167  2e-40  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0034  shikimate dehydrogenase family protein  43.24 
 
 		 261 aa  166  4e-40  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0397  shikimate dehydrogenase family protein  42.23 
 
 		 272 aa  164  1.0000000000000001e-39  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2425  shikimate dehydrogenase  43.3 
 
 		 265 aa  162  4.0000000000000004e-39  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.084211 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8643  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  41.6 
 
 		 277 aa  162  6e-39  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2153  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  38.02 
 
 		 269 aa  162  7e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.778065 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2703  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  41.7 
 
 		 268 aa  162  7e-39  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0813959  normal  0.368485 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1649  shikimate dehydrogenase  41.18 
 
 		 303 aa  160  2e-38  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.264941  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7088  shikimate dehydrogenase  42.17 
 
 		 268 aa  159  4e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.847734 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0419  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  41.22 
 
 		 278 aa  158  1e-37  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20210  shikimate 5-dehydrogenase  34.98 
 
 		 290 aa  155  9e-37  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3329  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  36.5 
 
 		 307 aa  155  1e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4665  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  39.23 
 
 		 276 aa  152  7e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2895  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  40.32 
 
 		 273 aa  151  1e-35  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0579203  hitchhiker  0.000304187 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4495  shikimate dehydrogenase  37.69 
 
 		 277 aa  150  2e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.39658 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3217  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  34.6 
 
 		 269 aa  150  2e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5700  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  41.25 
 
 		 267 aa  149  6e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2608  shikimate dehydrogenase family protein  33.46 
 
 		 269 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0159253 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1847  shikimate dehydrogenase  42.42 
 
 		 325 aa  147  2.0000000000000003e-34  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.127242  normal  0.110669 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6263  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  35.63 
 
 		 279 aa  145  6e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.00180016  normal  0.468093 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2706  shikimate dehydrogenase  38.76 
 
 		 264 aa  145  6e-34  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.14445  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0333  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  45.63 
 
 		 269 aa  143  3e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.259796  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3117  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  34.22 
 
 		 269 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5792  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  39.69 
 
 		 278 aa  140  3e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5799  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  39.23 
 
 		 278 aa  137  2e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1303  shikimate 5-dehydrogenase  32.82 
 
 		 279 aa  136  3.0000000000000003e-31  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00894856  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5661  Shikimate/quinate 5-dehydrogenase  37.16 
 
 		 293 aa  134  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.33462  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2860  shikimate 5-dehydrogenase  35.08 
 
 		 276 aa  134  1.9999999999999998e-30  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.928598  normal  0.516476 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3450  shikimate 5-dehydrogenase  37.2 
 
 		 278 aa  132  6e-30  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3384  shikimate 5-dehydrogenase  38.95 
 
 		 292 aa  120  1.9999999999999998e-26  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.442523 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2671  shikimate 5-dehydrogenase  35.39 
 
 		 279 aa  119  7e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.134722  normal  0.358722 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0879  shikimate dehydrogenase  35.25 
 
 		 281 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.955974  normal  0.327323 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2895  shikimate 5-dehydrogenase  34.98 
 
 		 279 aa  117  1.9999999999999998e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0777149  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1234  shikimate 5-dehydrogenase  34.98 
 
 		 279 aa  116  3.9999999999999997e-25  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1184  shikimate 5-dehydrogenase  31.1 
 
 		 273 aa  116  5e-25  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.504249  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3572  shikimate 5-dehydrogenase  35.48 
 
 		 284 aa  114  1.0000000000000001e-24  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.162128  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1362  shikimate dehydrogenase  40.7 
 
 		 284 aa  115  1.0000000000000001e-24  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.758988  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3613  shikimate 5-dehydrogenase  37.27 
 
 		 283 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0196  shikimate 5-dehydrogenase  33.87 
 
 		 278 aa  113  4.0000000000000004e-24  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2761  shikimate 5-dehydrogenase  35.77 
 
 		 276 aa  112  7.000000000000001e-24  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0854  shikimate dehydrogenase  27.69 
 
 		 298 aa  111  1.0000000000000001e-23  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3109  shikimate 5-dehydrogenase  30.38 
 
 		 286 aa  110  3e-23  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6806  shikimate 5-dehydrogenase  36.68 
 
 		 282 aa  108  7.000000000000001e-23  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0429993  normal  0.348952 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1798  shikimate 5-dehydrogenase  25.18 
 
 		 286 aa  108  1e-22  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1971  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  33.72 
 
 		 310 aa  107  2e-22  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.84305  hitchhiker  0.000409791 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_19151  shikimate 5-dehydrogenase  24.07 
 
 		 286 aa  107  2e-22  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1392  shikimate dehydrogenase  32.71 
 
 		 286 aa  106  3e-22  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.975798 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_18961  shikimate 5-dehydrogenase  22.68 
 
 		 285 aa  106  4e-22  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0663  shikimate 5-dehydrogenase  26.52 
 
 		 294 aa  106  5e-22  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0022  shikimate dehydrogenase  29.69 
 
 		 286 aa  105  9e-22  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.301777  normal  1 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0450  shikimate 5-dehydrogenase  25.49 
 
 		 278 aa  103  4e-21  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0121036  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_18411  shikimate / quinate 5-dehydrogenase  23.36 
 
 		 300 aa  102  7e-21  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  0.611208 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_18961  shikimate 5-dehydrogenase  23.33 
 
 		 286 aa  102  7e-21  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4415  shikimate 5-dehydrogenase  30.28 
 
 		 277 aa  101  1e-20  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2746  shikimate 5-dehydrogenase  30.04 
 
 		 288 aa  101  1e-20  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0290691  normal  0.306598 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1163  shikimate 5-dehydrogenase  26.75 
 
 		 269 aa  101  2e-20  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.33376  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2458  shikimate 5-dehydrogenase  27.71 
 
 		 277 aa  101  2e-20  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000134489  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0182  shikimate 5-dehydrogenase  34.5 
 
 		 298 aa  100  2e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0361  shikimate 5-dehydrogenase  34.5 
 
 		 298 aa  100  2e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.746823 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4467  shikimate 5-dehydrogenase  29.88 
 
 		 277 aa  100  2e-20  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00323757  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_21871  shikimate 5-dehydrogenase  24.09 
 
 		 311 aa  100  3e-20  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_06560  shikimate 5-dehydrogenase  30.08 
 
 		 291 aa  100  4e-20  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1503  shikimate 5-dehydrogenase  28.52 
 
 		 284 aa  99.8  4e-20  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4185  shikimate 5-dehydrogenase  28.4 
 
 		 277 aa  100  4e-20  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.263341  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4356  shikimate 5-dehydrogenase  29.88 
 
 		 277 aa  99.4  5e-20  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.110727 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0783  shikimate 5-dehydrogenase  29.53 
 
 		 277 aa  99  6e-20  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000231913  hitchhiker  0.0000496147 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4561  shikimate 5-dehydrogenase  29.88 
 
 		 308 aa  99  7e-20  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.120804  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4232  shikimate 5-dehydrogenase  29.88 
 
 		 277 aa  98.6  9e-20  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4070  shikimate 5-dehydrogenase  29.88 
 
 		 277 aa  98.2  1e-19  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000710125  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4454  shikimate 5-dehydrogenase  29.53 
 
 		 277 aa  98.2  1e-19  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.809096  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4080  shikimate 5-dehydrogenase  29.48 
 
 		 277 aa  97.8  2e-19  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0088  shikimate 5-dehydrogenase  32.66 
 
 		 271 aa  97.4  2e-19  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2016  shikimate 5-dehydrogenase  30.95 
 
 		 283 aa  97.4  2e-19  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2840  shikimate 5-dehydrogenase  33.2 
 
 		 274 aa  97.4  2e-19  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0530402 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0524  shikimate 5-dehydrogenase  27.63 
 
 		 290 aa  97.4  2e-19  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2976  shikimate dehydrogenase  32.95 
 
 		 280 aa  97.4  2e-19  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>