More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Xaut_1616 on replicon NC_009720
Organism: Xanthobacter autotrophicus Py2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009720  Xaut_1616  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  100 
 
 		 277 aa  555  1e-157  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.221158  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4664  shikimate dehydrogenase  60.15 
 
 		 268 aa  294  1e-78  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0575  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  55.93 
 
 		 271 aa  280  2e-74  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0340  shikimate dehydrogenase family protein  58.02 
 
 		 272 aa  279  4e-74  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0397  shikimate dehydrogenase family protein  57.63 
 
 		 272 aa  276  3e-73  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3753  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  57.09 
 
 		 264 aa  265  5e-70  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.341199  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3972  shikimate dehydrogenase  55.51 
 
 		 269 aa  259  4e-68  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0031  shikimate dehydrogenase family protein  57.36 
 
 		 261 aa  258  6e-68  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.105922  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0034  shikimate dehydrogenase family protein  57.36 
 
 		 261 aa  257  1e-67  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0333  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  57.53 
 
 		 269 aa  228  6e-59  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.259796  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4665  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  48.69 
 
 		 276 aa  221  9e-57  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6263  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  42.21 
 
 		 279 aa  209  3e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.00180016  normal  0.468093 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7085  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  39.53 
 
 		 276 aa  189  4e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.876756  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5661  Shikimate/quinate 5-dehydrogenase  45.17 
 
 		 293 aa  188  7e-47  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.33462  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2425  shikimate dehydrogenase  42.41 
 
 		 265 aa  188  1e-46  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.084211 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5799  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  42.64 
 
 		 278 aa  186  5e-46  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1274  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  42.91 
 
 		 270 aa  182  5.0000000000000004e-45  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00561367 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2706  shikimate dehydrogenase  42.08 
 
 		 264 aa  182  5.0000000000000004e-45  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.14445  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5945  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  37.98 
 
 		 276 aa  182  5.0000000000000004e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.039138 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6410  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  39.62 
 
 		 277 aa  180  2e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.639273  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20210  shikimate 5-dehydrogenase  36.94 
 
 		 290 aa  179  4e-44  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5792  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  44.15 
 
 		 278 aa  179  5.999999999999999e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6097  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  40.15 
 
 		 280 aa  176  5e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.00430016  normal  0.376579 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1663  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  42.03 
 
 		 291 aa  174  9.999999999999999e-43  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.486216 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2703  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  41.7 
 
 		 268 aa  172  5e-42  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0813959  normal  0.368485 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4302  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  38.46 
 
 		 277 aa  171  2e-41  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.261659  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4412  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  38.46 
 
 		 277 aa  171  2e-41  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.855071  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4437  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  38.08 
 
 		 277 aa  169  4e-41  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.553792  normal  0.62875 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4100  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  36.15 
 
 		 277 aa  166  4e-40  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.231752  normal  0.0287781 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1561  shikimate dehydrogenase  36.54 
 
 		 277 aa  166  5e-40  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0353213  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5029  shikimate dehydrogenase  36.92 
 
 		 277 aa  165  9e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2895  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  37.26 
 
 		 273 aa  164  1.0000000000000001e-39  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0579203  hitchhiker  0.000304187 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2153  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  35.71 
 
 		 269 aa  164  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.778065 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6063  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  38.85 
 
 		 282 aa  163  3e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0849637 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7088  shikimate dehydrogenase  39.54 
 
 		 268 aa  161  1e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.847734 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3325  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  38.46 
 
 		 277 aa  160  2e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0419  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  38.31 
 
 		 278 aa  160  2e-38  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4495  shikimate dehydrogenase  36.92 
 
 		 277 aa  159  4e-38  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.39658 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0879  shikimate dehydrogenase  40.23 
 
 		 281 aa  159  4e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.955974  normal  0.327323 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2608  shikimate dehydrogenase family protein  34.21 
 
 		 269 aa  157  1e-37  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0159253 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3217  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  33.83 
 
 		 269 aa  157  2e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8643  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  38.85 
 
 		 277 aa  155  7e-37  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3685  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  39.33 
 
 		 297 aa  154  1e-36  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5700  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  39.3 
 
 		 267 aa  152  8e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1392  shikimate dehydrogenase  38.91 
 
 		 286 aa  151  1e-35  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.975798 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3117  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  33.46 
 
 		 269 aa  150  3e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1437  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  38.19 
 
 		 271 aa  145  6e-34  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.563675 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3329  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  33.21 
 
 		 307 aa  145  7.0000000000000006e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2683  shikimate 5-dehydrogenase  39.38 
 
 		 289 aa  144  1e-33  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.905975  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3384  shikimate 5-dehydrogenase  38.43 
 
 		 292 aa  144  2e-33  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.442523 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1303  shikimate 5-dehydrogenase  33.73 
 
 		 279 aa  142  8e-33  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00894856  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4185  shikimate 5-dehydrogenase  36.14 
 
 		 277 aa  142  9e-33  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.263341  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0433  shikimate dehydrogenase  38.35 
 
 		 273 aa  141  9.999999999999999e-33  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2294  shikimate dehydrogenase  33.59 
 
 		 288 aa  141  9.999999999999999e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1649  shikimate dehydrogenase  36.26 
 
 		 303 aa  141  1.9999999999999998e-32  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.264941  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4356  shikimate 5-dehydrogenase  36.22 
 
 		 277 aa  139  7e-32  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.110727 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0783  shikimate 5-dehydrogenase  35.21 
 
 		 277 aa  138  8.999999999999999e-32  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000231913  hitchhiker  0.0000496147 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4454  shikimate 5-dehydrogenase  36.14 
 
 		 277 aa  138  1e-31  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.809096  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4467  shikimate 5-dehydrogenase  34.54 
 
 		 277 aa  138  1e-31  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00323757  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4415  shikimate 5-dehydrogenase  35.83 
 
 		 277 aa  137  1e-31  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4232  shikimate 5-dehydrogenase  36.22 
 
 		 277 aa  138  1e-31  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4070  shikimate 5-dehydrogenase  36.14 
 
 		 277 aa  138  1e-31  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000710125  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4561  shikimate 5-dehydrogenase  36.22 
 
 		 308 aa  138  1e-31  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.120804  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4080  shikimate 5-dehydrogenase  35.83 
 
 		 277 aa  137  2e-31  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0854  shikimate dehydrogenase  35.77 
 
 		 298 aa  135  9e-31  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2761  shikimate 5-dehydrogenase  40.23 
 
 		 276 aa  134  1.9999999999999998e-30  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2458  shikimate 5-dehydrogenase  33.73 
 
 		 277 aa  132  5e-30  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000134489  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0663  shikimate 5-dehydrogenase  33.08 
 
 		 294 aa  131  1.0000000000000001e-29  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1503  shikimate 5-dehydrogenase  34.38 
 
 		 284 aa  130  2.0000000000000002e-29  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2596  shikimate 5-dehydrogenase  42.15 
 
 		 290 aa  129  7.000000000000001e-29  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03620  Shikimate/quinate 5-dehydrogenase  38.31 
 
 		 283 aa  129  7.000000000000001e-29  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0590963  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0993  shikimate 5-dehydrogenase  37.75 
 
 		 276 aa  127  2.0000000000000002e-28  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2895  shikimate 5-dehydrogenase  36 
 
 		 279 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0777149  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2860  shikimate 5-dehydrogenase  34.4 
 
 		 276 aa  127  2.0000000000000002e-28  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.928598  normal  0.516476 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_06560  shikimate 5-dehydrogenase  33.98 
 
 		 291 aa  127  2.0000000000000002e-28  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2671  shikimate 5-dehydrogenase  35.23 
 
 		 279 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.134722  normal  0.358722 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3613  shikimate 5-dehydrogenase  38.67 
 
 		 283 aa  127  3e-28  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1018  shikimate 5-dehydrogenase  36.12 
 
 		 291 aa  125  7e-28  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0196  shikimate 5-dehydrogenase  35.74 
 
 		 278 aa  125  7e-28  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1847  shikimate dehydrogenase  35.09 
 
 		 325 aa  125  9e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.127242  normal  0.110669 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1362  shikimate dehydrogenase  39.18 
 
 		 284 aa  125  9e-28  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.758988  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1234  shikimate 5-dehydrogenase  36 
 
 		 279 aa  124  1e-27  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0550  shikimate 5-dehydrogenase  32.26 
 
 		 273 aa  124  1e-27  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.950076 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2150  shikimate 5-dehydrogenase-like oxidoreductase  35.38 
 
 		 283 aa  122  5e-27  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.411469  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0690  shikimate 5-dehydrogenase  32.58 
 
 		 288 aa  122  6e-27  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1184  shikimate 5-dehydrogenase  32.53 
 
 		 273 aa  121  9.999999999999999e-27  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.504249  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3572  shikimate 5-dehydrogenase  35.92 
 
 		 284 aa  120  1.9999999999999998e-26  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.162128  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0689  shikimate 5-dehydrogenase  33.46 
 
 		 285 aa  121  1.9999999999999998e-26  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1829  shikimate 5-dehydrogenase  35.39 
 
 		 282 aa  119  6e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.037769 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0022  shikimate dehydrogenase  32.43 
 
 		 286 aa  119  6e-26  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.301777  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0656  shikimate 5-dehydrogenase  34.73 
 
 		 297 aa  119  7e-26  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.323596  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0450  shikimate 5-dehydrogenase  32.03 
 
 		 278 aa  119  7.999999999999999e-26  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0121036  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1630  shikimate 5-dehydrogenase  37.93 
 
 		 290 aa  118  9.999999999999999e-26  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1653  shikimate 5-dehydrogenase  30.2 
 
 		 268 aa  118  9.999999999999999e-26  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2537  shikimate 5-dehydrogenase  37.96 
 
 		 280 aa  118  9.999999999999999e-26  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1688  shikimate 5-dehydrogenase  30.2 
 
 		 268 aa  118  9.999999999999999e-26  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.8714  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1772  shikimate 5-dehydrogenase  40.39 
 
 		 285 aa  117  1.9999999999999998e-25  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.380088  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3060  shikimate 5-dehydrogenase  33.73 
 
 		 277 aa  117  1.9999999999999998e-25  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.445957  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0104  shikimate 5-dehydrogenase  39.11 
 
 		 284 aa  117  1.9999999999999998e-25  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.790482 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2746  shikimate 5-dehydrogenase  35 
 
 		 288 aa  117  1.9999999999999998e-25  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0290691  normal  0.306598 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>