More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_7088 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009485  BBta_7088  shikimate dehydrogenase  100 
 
 
268 aa  531  1e-150  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.847734 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2703  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  65.37 
 
 
268 aa  320  9.999999999999999e-87  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0813959  normal  0.368485 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2706  shikimate dehydrogenase  53.41 
 
 
264 aa  266  2e-70  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.14445  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2425  shikimate dehydrogenase  51.89 
 
 
265 aa  251  1e-65  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.084211 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2895  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  50.93 
 
 
273 aa  241  7e-63  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0579203  hitchhiker  0.000304187 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6097  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  49.62 
 
 
280 aa  233  3e-60  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.00430016  normal  0.376579 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6063  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  47.71 
 
 
282 aa  226  3e-58  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0849637 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5945  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  42.86 
 
 
276 aa  183  2.0000000000000003e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.039138 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7085  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  40.82 
 
 
276 aa  176  3e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.876756  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2294  shikimate dehydrogenase  41.3 
 
 
288 aa  172  5e-42  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2153  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  40.89 
 
 
269 aa  169  5e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.778065 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20210  shikimate 5-dehydrogenase  40 
 
 
290 aa  165  6.9999999999999995e-40  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4100  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  36.19 
 
 
277 aa  164  2.0000000000000002e-39  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.231752  normal  0.0287781 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3972  shikimate dehydrogenase  38.91 
 
 
269 aa  159  4e-38  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1274  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  42.17 
 
 
270 aa  159  5e-38  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00561367 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3217  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  38.87 
 
 
269 aa  159  5e-38  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4664  shikimate dehydrogenase  38.52 
 
 
268 aa  157  2e-37  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2608  shikimate dehydrogenase family protein  38.06 
 
 
269 aa  155  9e-37  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0159253 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1663  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  42.25 
 
 
291 aa  150  2e-35  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.486216 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1616  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  39.54 
 
 
277 aa  150  3e-35  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.221158  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6410  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  37.35 
 
 
277 aa  149  5e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.639273  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0340  shikimate dehydrogenase family protein  40.08 
 
 
272 aa  148  7e-35  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3117  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  38.06 
 
 
269 aa  148  9e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4437  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  38.13 
 
 
277 aa  147  2.0000000000000003e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.553792  normal  0.62875 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4302  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  37.35 
 
 
277 aa  146  4.0000000000000006e-34  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.261659  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4412  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  37.35 
 
 
277 aa  146  4.0000000000000006e-34  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.855071  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0397  shikimate dehydrogenase family protein  39.69 
 
 
272 aa  144  1e-33  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0433  shikimate dehydrogenase  45.58 
 
 
273 aa  144  2e-33  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3753  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  40.49 
 
 
264 aa  143  4e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.341199  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0575  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  36.54 
 
 
271 aa  143  4e-33  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1437  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  41.77 
 
 
271 aa  140  1.9999999999999998e-32  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.563675 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5029  shikimate dehydrogenase  37.31 
 
 
277 aa  140  1.9999999999999998e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3325  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  37.35 
 
 
277 aa  138  8.999999999999999e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8643  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  38.11 
 
 
277 aa  137  3.0000000000000003e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3685  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  37.96 
 
 
297 aa  135  9.999999999999999e-31  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6263  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  33.99 
 
 
279 aa  134  9.999999999999999e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.00180016  normal  0.468093 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0419  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  37.7 
 
 
278 aa  134  1.9999999999999998e-30  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5799  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  35.94 
 
 
278 aa  133  3e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0034  shikimate dehydrogenase family protein  37.35 
 
 
261 aa  132  3.9999999999999996e-30  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1649  shikimate dehydrogenase  33.95 
 
 
303 aa  130  2.0000000000000002e-29  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.264941  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0031  shikimate dehydrogenase family protein  36.96 
 
 
261 aa  129  4.0000000000000003e-29  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.105922  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3329  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  35.46 
 
 
307 aa  128  9.000000000000001e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1561  shikimate dehydrogenase  35.92 
 
 
277 aa  127  2.0000000000000002e-28  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0353213  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5792  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  36.4 
 
 
278 aa  124  1e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4495  shikimate dehydrogenase  36.33 
 
 
277 aa  124  2e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.39658 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0879  shikimate dehydrogenase  36.98 
 
 
281 aa  122  4e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.955974  normal  0.327323 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5661  Shikimate/quinate 5-dehydrogenase  37.21 
 
 
293 aa  119  3.9999999999999996e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.33462  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1847  shikimate dehydrogenase  36.4 
 
 
325 aa  117  1.9999999999999998e-25  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.127242  normal  0.110669 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0333  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  39.84 
 
 
269 aa  113  4.0000000000000004e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.259796  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5700  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  38.74 
 
 
267 aa  110  2.0000000000000002e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4665  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  33.46 
 
 
276 aa  99.8  4e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0524  shikimate 5-dehydrogenase  30.6 
 
 
290 aa  99.8  4e-20  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2596  shikimate 5-dehydrogenase  35.8 
 
 
290 aa  95.9  6e-19  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0851  shikimate 5-dehydrogenase  31.75 
 
 
292 aa  92.8  6e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_18961  shikimate 5-dehydrogenase  24.03 
 
 
285 aa  90.5  3e-17  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0656  shikimate 5-dehydrogenase  34.12 
 
 
297 aa  89.4  5e-17  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.323596  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2671  shikimate 5-dehydrogenase  32.79 
 
 
279 aa  89.7  5e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.134722  normal  0.358722 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0690  shikimate 5-dehydrogenase  26.34 
 
 
288 aa  89.7  5e-17  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2467  shikimate 5-dehydrogenase  31.75 
 
 
288 aa  88.2  1e-16  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.502359  hitchhiker  0.0000000000141391 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0043  shikimate 5-dehydrogenase  27.27 
 
 
271 aa  88.2  1e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00363655  normal  0.913504 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0783  shikimate 5-dehydrogenase  28.8 
 
 
277 aa  87.4  2e-16  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000231913  hitchhiker  0.0000496147 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3856  shikimate 5-dehydrogenase  30.83 
 
 
281 aa  87.4  2e-16  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.824661  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1630  shikimate 5-dehydrogenase  34.5 
 
 
290 aa  87.8  2e-16  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4185  shikimate 5-dehydrogenase  28.86 
 
 
277 aa  87.4  2e-16  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.263341  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3060  shikimate 5-dehydrogenase  29.67 
 
 
277 aa  87.4  2e-16  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.445957  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1234  shikimate 5-dehydrogenase  30.54 
 
 
279 aa  85.5  7e-16  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0034  shikimate 5-dehydrogenase  29.03 
 
 
273 aa  85.5  7e-16  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000000384966  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2761  shikimate 5-dehydrogenase  33.87 
 
 
276 aa  85.5  8e-16  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1303  shikimate 5-dehydrogenase  25.9 
 
 
279 aa  85.5  9e-16  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00894856  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0119  shikimate 5-dehydrogenase  32.43 
 
 
294 aa  84.7  0.000000000000001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.181103  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4454  shikimate 5-dehydrogenase  27.64 
 
 
277 aa  84.7  0.000000000000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.809096  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3572  shikimate 5-dehydrogenase  29.71 
 
 
284 aa  84.3  0.000000000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.162128  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0196  shikimate 5-dehydrogenase  28.45 
 
 
278 aa  84.3  0.000000000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2976  shikimate dehydrogenase  30.04 
 
 
280 aa  84  0.000000000000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1184  shikimate 5-dehydrogenase  27.31 
 
 
273 aa  84  0.000000000000003  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.504249  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2895  shikimate 5-dehydrogenase  30.13 
 
 
279 aa  83.6  0.000000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0777149  normal 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1653  shikimate 5-dehydrogenase  26.97 
 
 
268 aa  84  0.000000000000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1688  shikimate 5-dehydrogenase  26.97 
 
 
268 aa  84  0.000000000000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.8714  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2848  shikimate 5-dehydrogenase  32.94 
 
 
301 aa  83.6  0.000000000000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3613  shikimate 5-dehydrogenase  31.87 
 
 
283 aa  83.6  0.000000000000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4356  shikimate 5-dehydrogenase  28 
 
 
277 aa  83.2  0.000000000000004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.110727 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4070  shikimate 5-dehydrogenase  28 
 
 
277 aa  82.8  0.000000000000005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000710125  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4604  shikimate 5-dehydrogenase  28.63 
 
 
272 aa  82.8  0.000000000000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000305601  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4232  shikimate 5-dehydrogenase  28 
 
 
277 aa  82.4  0.000000000000006  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4561  shikimate 5-dehydrogenase  28 
 
 
308 aa  82.8  0.000000000000006  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.120804  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_18411  shikimate / quinate 5-dehydrogenase  24.22 
 
 
300 aa  82.4  0.000000000000007  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal  0.611208 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4467  shikimate 5-dehydrogenase  27.2 
 
 
277 aa  82.4  0.000000000000008  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00323757  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3564  shikimate dehydrogenase  31.4 
 
 
279 aa  82  0.000000000000008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.490647  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4080  shikimate 5-dehydrogenase  27.6 
 
 
277 aa  82  0.00000000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3450  shikimate 5-dehydrogenase  26.97 
 
 
278 aa  81.6  0.00000000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2445  shikimate dehydrogenase  30.71 
 
 
270 aa  81.6  0.00000000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00000308711  normal  0.608428 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3764  shikimate 5-dehydrogenase  28.09 
 
 
272 aa  81.3  0.00000000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000795686  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0361  shikimate 5-dehydrogenase  30.77 
 
 
275 aa  81.6  0.00000000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0156033  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0432  shikimate 5-dehydrogenase  28.09 
 
 
272 aa  80.9  0.00000000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000304625  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4415  shikimate 5-dehydrogenase  27.6 
 
 
277 aa  81.3  0.00000000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0432  shikimate 5-dehydrogenase  28.09 
 
 
272 aa  80.9  0.00000000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000194925  hitchhiker  0.00828747 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1278  shikimate 5-dehydrogenase  28.46 
 
 
263 aa  81.3  0.00000000000002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.62401  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3475  shikimate 5-dehydrogenase  28.09 
 
 
272 aa  80.9  0.00000000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000134858  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_06560  shikimate 5-dehydrogenase  27.91 
 
 
291 aa  80.9  0.00000000000002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03083  hypothetical protein  28.09 
 
 
272 aa  80.9  0.00000000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.000786117  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>