More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daci_4437 on replicon NC_010002
Organism: Delftia acidovorans SPH-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010002  Daci_4437  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  100 
 
 		 277 aa  562  1.0000000000000001e-159  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.553792  normal  0.62875 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4302  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  81.23 
 
 		 277 aa  442  1e-123  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.261659  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4412  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  81.23 
 
 		 277 aa  442  1e-123  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.855071  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6410  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  79.06 
 
 		 277 aa  429  1e-119  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.639273  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3325  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  75.45 
 
 		 277 aa  393  1e-108  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5029  shikimate dehydrogenase  67.87 
 
 		 277 aa  362  3e-99  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4100  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  62.68 
 
 		 277 aa  357  8e-98  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.231752  normal  0.0287781 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7085  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  61.23 
 
 		 276 aa  352  5e-96  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.876756  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8643  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  66.79 
 
 		 277 aa  341  5.999999999999999e-93  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5945  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  58.18 
 
 		 276 aa  335  3.9999999999999995e-91  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.039138 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1561  shikimate dehydrogenase  62.59 
 
 		 277 aa  318  7e-86  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0353213  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4495  shikimate dehydrogenase  61.01 
 
 		 277 aa  306  2.0000000000000002e-82  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.39658 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0419  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  61.96 
 
 		 278 aa  301  6.000000000000001e-81  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1663  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  41.67 
 
 		 291 aa  174  9.999999999999999e-43  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.486216 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1274  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  41.92 
 
 		 270 aa  172  5.999999999999999e-42  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00561367 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6263  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  35.63 
 
 		 279 aa  166  2.9999999999999998e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.00180016  normal  0.468093 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3685  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  39.11 
 
 		 297 aa  165  5.9999999999999996e-40  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0575  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  36.92 
 
 		 271 aa  165  8e-40  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2153  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  35.66 
 
 		 269 aa  162  6e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.778065 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3329  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  36.23 
 
 		 307 aa  161  1e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2608  shikimate dehydrogenase family protein  35.9 
 
 		 269 aa  161  1e-38  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0159253 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0034  shikimate dehydrogenase family protein  39.38 
 
 		 261 aa  161  1e-38  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3217  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  34.8 
 
 		 269 aa  161  1e-38  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4664  shikimate dehydrogenase  37.69 
 
 		 268 aa  161  1e-38  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0031  shikimate dehydrogenase family protein  39 
 
 		 261 aa  158  8e-38  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.105922  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20210  shikimate 5-dehydrogenase  35.34 
 
 		 290 aa  157  1e-37  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0433  shikimate dehydrogenase  41.13 
 
 		 273 aa  158  1e-37  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6063  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  39 
 
 		 282 aa  156  3e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0849637 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6097  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  40.15 
 
 		 280 aa  155  7e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.00430016  normal  0.376579 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1437  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  41.2 
 
 		 271 aa  154  1e-36  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.563675 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1649  shikimate dehydrogenase  39.22 
 
 		 303 aa  152  4e-36  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.264941  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1616  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  38.08 
 
 		 277 aa  151  8.999999999999999e-36  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.221158  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3972  shikimate dehydrogenase  37.31 
 
 		 269 aa  151  8.999999999999999e-36  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3117  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  34.43 
 
 		 269 aa  150  3e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3753  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  38.87 
 
 		 264 aa  150  3e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.341199  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2895  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  37.6 
 
 		 273 aa  149  7e-35  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0579203  hitchhiker  0.000304187 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2703  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  38.76 
 
 		 268 aa  147  2.0000000000000003e-34  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0813959  normal  0.368485 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2706  shikimate dehydrogenase  37.64 
 
 		 264 aa  146  4.0000000000000006e-34  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.14445  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5792  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  39.34 
 
 		 278 aa  145  5e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5799  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  39.62 
 
 		 278 aa  146  5e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2425  shikimate dehydrogenase  40.08 
 
 		 265 aa  144  2e-33  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.084211 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1847  shikimate dehydrogenase  38.46 
 
 		 325 aa  142  8e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.127242  normal  0.110669 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0340  shikimate dehydrogenase family protein  35.38 
 
 		 272 aa  141  9.999999999999999e-33  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2294  shikimate dehydrogenase  36.33 
 
 		 288 aa  140  1.9999999999999998e-32  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0397  shikimate dehydrogenase family protein  35 
 
 		 272 aa  139  6e-32  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7088  shikimate dehydrogenase  38.13 
 
 		 268 aa  139  7e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.847734 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4665  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  34.11 
 
 		 276 aa  138  1e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5661  Shikimate/quinate 5-dehydrogenase  34.11 
 
 		 293 aa  133  3e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.33462  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5700  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  33.97 
 
 		 267 aa  123  4e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1303  shikimate 5-dehydrogenase  29.02 
 
 		 279 aa  115  7.999999999999999e-25  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00894856  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0879  shikimate dehydrogenase  33.46 
 
 		 281 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.955974  normal  0.327323 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2840  shikimate 5-dehydrogenase  33.33 
 
 		 274 aa  109  4.0000000000000004e-23  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0530402 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0022  shikimate dehydrogenase  28.88 
 
 		 286 aa  105  8e-22  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.301777  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0333  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  36.84 
 
 		 269 aa  104  1e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.259796  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1908  quinate/shikimate dehydrogenase  29.62 
 
 		 288 aa  102  6e-21  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3384  shikimate 5-dehydrogenase  31.77 
 
 		 292 aa  102  6e-21  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.442523 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1504  quinate/shikimate dehydrogenase  29.23 
 
 		 288 aa  102  9e-21  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0010931 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01661  quinate/shikimate 5-dehydrogenase, NAD(P)-binding  29.23 
 
 		 288 aa  101  1e-20  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1950  Quinate/shikimate dehydrogenase  29.23 
 
 		 288 aa  101  1e-20  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.210326  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1895  quinate/shikimate dehydrogenase  29.23 
 
 		 288 aa  101  1e-20  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3613  shikimate 5-dehydrogenase  33.33 
 
 		 283 aa  102  1e-20  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1773  quinate/shikimate dehydrogenase  29.23 
 
 		 288 aa  101  1e-20  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2860  shikimate 5-dehydrogenase  28.73 
 
 		 276 aa  101  1e-20  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.928598  normal  0.516476 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01650  hypothetical protein  29.23 
 
 		 288 aa  101  1e-20  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1939  quinate/shikimate dehydrogenase  29.23 
 
 		 288 aa  101  1e-20  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000737953 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3450  shikimate 5-dehydrogenase  27.6 
 
 		 278 aa  100  2e-20  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0663  shikimate 5-dehydrogenase  29.66 
 
 		 294 aa  101  2e-20  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4356  shikimate 5-dehydrogenase  28.33 
 
 		 277 aa  99.8  5e-20  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.110727 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4070  shikimate 5-dehydrogenase  28.33 
 
 		 277 aa  99.4  6e-20  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000710125  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4232  shikimate 5-dehydrogenase  28.33 
 
 		 277 aa  99  7e-20  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4561  shikimate 5-dehydrogenase  28.22 
 
 		 308 aa  99  7e-20  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.120804  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2408  quinate/shikimate dehydrogenase  28.85 
 
 		 288 aa  99  7e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.419065 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2671  shikimate 5-dehydrogenase  30.19 
 
 		 279 aa  98.6  1e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.134722  normal  0.358722 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4415  shikimate 5-dehydrogenase  27.92 
 
 		 277 aa  98.2  1e-19  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4080  shikimate 5-dehydrogenase  27.92 
 
 		 277 aa  98.6  1e-19  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12500  shikimate 5-dehydrogenase  31.09 
 
 		 292 aa  97.8  2e-19  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4467  shikimate 5-dehydrogenase  27.5 
 
 		 277 aa  97.4  2e-19  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00323757  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_30051  shikimate 5-dehydrogenase  26.51 
 
 		 322 aa  97.4  2e-19  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.355106 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1362  shikimate dehydrogenase  35.4 
 
 		 284 aa  97.1  3e-19  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.758988  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4185  shikimate 5-dehydrogenase  28.22 
 
 		 277 aa  96.7  4e-19  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.263341  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2813  shikimate 5-dehydrogenase  31.37 
 
 		 282 aa  96.3  5e-19  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.668736 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2830  shikimate dehydrogenase  32.39 
 
 		 289 aa  95.5  9e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0523448 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6119  shikimate 5-dehydrogenase  33.65 
 
 		 293 aa  95.5  9e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.288801 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2895  shikimate 5-dehydrogenase  30.22 
 
 		 279 aa  94.7  1e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0777149  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4454  shikimate 5-dehydrogenase  27.92 
 
 		 277 aa  94.7  1e-18  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.809096  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0196  shikimate 5-dehydrogenase  26.49 
 
 		 278 aa  94.7  1e-18  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1385  quinate/shikimate dehydrogenase  28.35 
 
 		 289 aa  95.1  1e-18  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.859901  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3109  shikimate 5-dehydrogenase  31.85 
 
 		 286 aa  94.4  2e-18  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1688  shikimate 5-dehydrogenase  28.69 
 
 		 268 aa  94  2e-18  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.8714  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1653  shikimate 5-dehydrogenase  28.69 
 
 		 268 aa  94  2e-18  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1184  shikimate 5-dehydrogenase  29.66 
 
 		 273 aa  94.4  2e-18  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.504249  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0783  shikimate 5-dehydrogenase  27.8 
 
 		 277 aa  94.4  2e-18  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000231913  hitchhiker  0.0000496147 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1018  shikimate 5-dehydrogenase  30.63 
 
 		 291 aa  94.4  2e-18  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2596  shikimate 5-dehydrogenase  31.64 
 
 		 290 aa  94  3e-18  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00230  shikimate 5-dehydrogenase  31.62 
 
 		 270 aa  92.8  6e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.677963  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3572  shikimate 5-dehydrogenase  29.7 
 
 		 284 aa  92.8  6e-18  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.162128  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3060  shikimate 5-dehydrogenase  27.5 
 
 		 277 aa  92  1e-17  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.445957  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2467  shikimate 5-dehydrogenase  28.92 
 
 		 288 aa  92  1e-17  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.502359  hitchhiker  0.0000000000141391 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2976  shikimate dehydrogenase  28.24 
 
 		 280 aa  91.7  1e-17  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_06560  shikimate 5-dehydrogenase  30.08 
 
 		 291 aa  91.3  2e-17  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>