More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Meso_2294 on replicon NC_008254
Organism: Chelativorans sp. BNC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008254  Meso_2294  shikimate dehydrogenase  100 
 
 		 288 aa  582  1.0000000000000001e-165  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2153  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  44.27 
 
 		 269 aa  208  6e-53  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.778065 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3217  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  43.89 
 
 		 269 aa  206  4e-52  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2608  shikimate dehydrogenase family protein  43.13 
 
 		 269 aa  204  1e-51  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0159253 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3117  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  43.51 
 
 		 269 aa  195  9e-49  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20210  shikimate 5-dehydrogenase  40.98 
 
 		 290 aa  194  1e-48  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4100  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  38 
 
 		 277 aa  159  6e-38  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.231752  normal  0.0287781 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0879  shikimate dehydrogenase  42.38 
 
 		 281 aa  156  4e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.955974  normal  0.327323 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7085  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  35.97 
 
 		 276 aa  152  5e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.876756  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7088  shikimate dehydrogenase  41.3 
 
 		 268 aa  151  1e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.847734 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6097  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  40.82 
 
 		 280 aa  149  4e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.00430016  normal  0.376579 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6063  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  38.91 
 
 		 282 aa  145  6e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0849637 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2425  shikimate dehydrogenase  39.04 
 
 		 265 aa  145  6e-34  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.084211 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2703  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  40.57 
 
 		 268 aa  145  1e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0813959  normal  0.368485 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5029  shikimate dehydrogenase  38.37 
 
 		 277 aa  144  1e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1274  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  40 
 
 		 270 aa  144  2e-33  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00561367 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4302  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  37.55 
 
 		 277 aa  142  6e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.261659  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4412  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  37.55 
 
 		 277 aa  142  6e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.855071  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5945  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  34.39 
 
 		 276 aa  141  9.999999999999999e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.039138 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0575  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  38.46 
 
 		 271 aa  140  3e-32  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3753  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  37.55 
 
 		 264 aa  140  3e-32  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.341199  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2706  shikimate dehydrogenase  38.68 
 
 		 264 aa  140  3e-32  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.14445  normal  1 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6263  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  36.36 
 
 		 279 aa  139  4.999999999999999e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.00180016  normal  0.468093 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4664  shikimate dehydrogenase  38.06 
 
 		 268 aa  138  1e-31  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1561  shikimate dehydrogenase  36.73 
 
 		 277 aa  133  3e-30  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0353213  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3972  shikimate dehydrogenase  36.43 
 
 		 269 aa  133  3.9999999999999996e-30  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6410  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  36.18 
 
 		 277 aa  132  5e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.639273  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3325  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  37.8 
 
 		 277 aa  131  1.0000000000000001e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4437  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  36.33 
 
 		 277 aa  131  1.0000000000000001e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.553792  normal  0.62875 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2895  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  39.76 
 
 		 273 aa  128  1.0000000000000001e-28  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0579203  hitchhiker  0.000304187 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0340  shikimate dehydrogenase family protein  36.74 
 
 		 272 aa  127  2.0000000000000002e-28  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0034  shikimate dehydrogenase family protein  35.46 
 
 		 261 aa  125  1e-27  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0397  shikimate dehydrogenase family protein  37.12 
 
 		 272 aa  125  1e-27  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0031  shikimate dehydrogenase family protein  35.06 
 
 		 261 aa  122  9.999999999999999e-27  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.105922  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8643  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  38.8 
 
 		 277 aa  120  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5661  Shikimate/quinate 5-dehydrogenase  35.57 
 
 		 293 aa  120  3e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.33462  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3685  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  35.22 
 
 		 297 aa  119  7.999999999999999e-26  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1663  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  38.15 
 
 		 291 aa  119  7.999999999999999e-26  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.486216 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1616  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  33.59 
 
 		 277 aa  115  6e-25  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.221158  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1437  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  38.66 
 
 		 271 aa  115  6.9999999999999995e-25  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.563675 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0419  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  37.14 
 
 		 278 aa  114  2.0000000000000002e-24  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0333  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  36.82 
 
 		 269 aa  113  3e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.259796  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5799  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  34.41 
 
 		 278 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5792  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  34.41 
 
 		 278 aa  112  7.000000000000001e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4495  shikimate dehydrogenase  36.8 
 
 		 277 aa  112  9e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.39658 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3613  shikimate 5-dehydrogenase  35.6 
 
 		 283 aa  110  3e-23  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4665  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  34.14 
 
 		 276 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12500  shikimate 5-dehydrogenase  32.45 
 
 		 292 aa  109  5e-23  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3329  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  32.14 
 
 		 307 aa  108  1e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0524  shikimate 5-dehydrogenase  30.61 
 
 		 290 aa  107  2e-22  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0108  shikimate 5-dehydrogenase  32 
 
 		 289 aa  105  6e-22  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3450  shikimate 5-dehydrogenase  31.2 
 
 		 278 aa  104  2e-21  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1503  shikimate 5-dehydrogenase  28.11 
 
 		 284 aa  102  5e-21  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3856  shikimate 5-dehydrogenase  33.47 
 
 		 281 aa  102  6e-21  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.824661  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4561  shikimate 5-dehydrogenase  32.3 
 
 		 308 aa  102  6e-21  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.120804  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4232  shikimate 5-dehydrogenase  32.3 
 
 		 277 aa  102  7e-21  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0663  shikimate 5-dehydrogenase  30.04 
 
 		 294 aa  102  9e-21  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4356  shikimate 5-dehydrogenase  32.3 
 
 		 277 aa  102  9e-21  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.110727 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2860  shikimate 5-dehydrogenase  28.05 
 
 		 276 aa  102  9e-21  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.928598  normal  0.516476 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2895  shikimate 5-dehydrogenase  30.24 
 
 		 279 aa  102  9e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0777149  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3713  shikimate 5-dehydrogenase  31.78 
 
 		 272 aa  102  9e-21  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00019377  normal  0.0271258 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4080  shikimate 5-dehydrogenase  32.3 
 
 		 277 aa  101  1e-20  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4415  shikimate 5-dehydrogenase  32.17 
 
 		 277 aa  101  2e-20  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4070  shikimate 5-dehydrogenase  32.3 
 
 		 277 aa  101  2e-20  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000710125  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1234  shikimate 5-dehydrogenase  30.24 
 
 		 279 aa  100  2e-20  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2671  shikimate 5-dehydrogenase  30.65 
 
 		 279 aa  101  2e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.134722  normal  0.358722 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4185  shikimate 5-dehydrogenase  32.82 
 
 		 277 aa  100  3e-20  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.263341  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03620  Shikimate/quinate 5-dehydrogenase  33.19 
 
 		 283 aa  100  3e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0590963  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4467  shikimate 5-dehydrogenase  32.17 
 
 		 277 aa  100  3e-20  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00323757  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3211  shikimate 5-dehydrogenase  31.05 
 
 		 286 aa  100  4e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3564  shikimate dehydrogenase  32.11 
 
 		 279 aa  99.8  5e-20  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.490647  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1649  shikimate dehydrogenase  31.23 
 
 		 303 aa  99.8  5e-20  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.264941  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0783  shikimate 5-dehydrogenase  31.64 
 
 		 277 aa  99.4  7e-20  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000231913  hitchhiker  0.0000496147 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2359  shikimate 5-dehydrogenase  33.72 
 
 		 277 aa  99.4  7e-20  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3384  shikimate 5-dehydrogenase  33.2 
 
 		 292 aa  98.6  9e-20  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.442523 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0433  shikimate dehydrogenase  36.8 
 
 		 273 aa  98.2  1e-19  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4454  shikimate 5-dehydrogenase  31.64 
 
 		 277 aa  97.8  2e-19  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.809096  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1489  shikimate 5-dehydrogenase  33.21 
 
 		 278 aa  97.4  2e-19  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.06753 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2458  shikimate 5-dehydrogenase  29.41 
 
 		 277 aa  96.7  4e-19  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000134489  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1489  shikimate 5-dehydrogenase  32.02 
 
 		 278 aa  96.3  5e-19  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.130432  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2596  shikimate 5-dehydrogenase  32.3 
 
 		 290 aa  96.3  5e-19  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2537  shikimate 5-dehydrogenase  31.6 
 
 		 280 aa  96.3  6e-19  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1767  shikimate 5-dehydrogenase  32.05 
 
 		 288 aa  95.9  6e-19  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.393552  normal  0.147032 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3572  shikimate 5-dehydrogenase  31.8 
 
 		 284 aa  96.3  6e-19  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.162128  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3937  shikimate 5-dehydrogenase  32.94 
 
 		 285 aa  95.5  9e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.538125  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_06560  shikimate 5-dehydrogenase  29.12 
 
 		 291 aa  95.1  1e-18  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1303  shikimate 5-dehydrogenase  26.85 
 
 		 279 aa  94.4  2e-18  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00894856  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03132  dehydroshikimate reductase, NAD(P)-binding  32.63 
 
 		 272 aa  93.6  3e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.000370296  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0432  shikimate 5-dehydrogenase  32.63 
 
 		 272 aa  93.6  3e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000304625  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4604  shikimate 5-dehydrogenase  32.63 
 
 		 272 aa  93.6  3e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000305601  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03083  hypothetical protein  32.63 
 
 		 272 aa  93.6  3e-18  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.000786117  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0432  shikimate 5-dehydrogenase  32.63 
 
 		 272 aa  93.6  3e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000194925  hitchhiker  0.00828747 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2150  shikimate 5-dehydrogenase-like oxidoreductase  32.56 
 
 		 283 aa  94  3e-18  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.411469  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3475  shikimate 5-dehydrogenase  32.63 
 
 		 272 aa  93.6  3e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000134858  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1829  shikimate 5-dehydrogenase  29.48 
 
 		 282 aa  93.2  5e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.037769 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3480  shikimate 5-dehydrogenase  31.17 
 
 		 279 aa  92.8  6e-18  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2830  shikimate dehydrogenase  30 
 
 		 289 aa  92.4  8e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0523448 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1163  shikimate 5-dehydrogenase  25.38 
 
 		 269 aa  92.4  9e-18  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.33376  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1962  shikimate 5-dehydrogenase  33.08 
 
 		 315 aa  91.7  1e-17  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3666  shikimate 5-dehydrogenase  32.63 
 
 		 272 aa  91.7  1e-17  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000246161  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>