More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_2425 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_2425  shikimate dehydrogenase  100 
 
 		 265 aa  525  1e-148  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.084211 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2706  shikimate dehydrogenase  59.09 
 
 		 264 aa  287  1e-76  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.14445  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6097  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  60.69 
 
 		 280 aa  281  8.000000000000001e-75  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.00430016  normal  0.376579 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6063  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  58.78 
 
 		 282 aa  265  8e-70  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0849637 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2703  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  55.25 
 
 		 268 aa  254  8e-67  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0813959  normal  0.368485 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7088  shikimate dehydrogenase  51.89 
 
 		 268 aa  249  3e-65  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.847734 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2895  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  52.87 
 
 		 273 aa  233  3e-60  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0579203  hitchhiker  0.000304187 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7085  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  41.2 
 
 		 276 aa  192  6e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.876756  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4664  shikimate dehydrogenase  43.3 
 
 		 268 aa  190  2e-47  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5945  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  40.8 
 
 		 276 aa  188  5.999999999999999e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.039138 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3972  shikimate dehydrogenase  40.54 
 
 		 269 aa  180  2e-44  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0575  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  40.23 
 
 		 271 aa  176  4e-43  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1616  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  42.41 
 
 		 277 aa  174  1.9999999999999998e-42  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.221158  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2153  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  41.3 
 
 		 269 aa  171  9e-42  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.778065 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4100  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  35.8 
 
 		 277 aa  168  7e-41  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.231752  normal  0.0287781 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2294  shikimate dehydrogenase  39.04 
 
 		 288 aa  167  2e-40  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20210  shikimate 5-dehydrogenase  40.08 
 
 		 290 aa  165  5e-40  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3217  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  39.27 
 
 		 269 aa  161  8.000000000000001e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1274  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  43.3 
 
 		 270 aa  160  2e-38  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00561367 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5029  shikimate dehydrogenase  39.53 
 
 		 277 aa  157  1e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3685  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  40.47 
 
 		 297 aa  156  3e-37  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3753  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  43.08 
 
 		 264 aa  156  3e-37  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.341199  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5799  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  39.44 
 
 		 278 aa  155  9e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2608  shikimate dehydrogenase family protein  36.84 
 
 		 269 aa  154  1e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0159253 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4302  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  38.76 
 
 		 277 aa  154  2e-36  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.261659  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4437  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  40.08 
 
 		 277 aa  153  2e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.553792  normal  0.62875 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4412  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  38.76 
 
 		 277 aa  154  2e-36  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.855071  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1663  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  40.7 
 
 		 291 aa  153  2.9999999999999998e-36  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.486216 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0340  shikimate dehydrogenase family protein  39.23 
 
 		 272 aa  152  4e-36  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6410  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  36.96 
 
 		 277 aa  152  5e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.639273  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3325  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  38.52 
 
 		 277 aa  151  1e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0397  shikimate dehydrogenase family protein  39.23 
 
 		 272 aa  150  2e-35  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3117  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  36.84 
 
 		 269 aa  147  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0419  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  39.15 
 
 		 278 aa  147  2.0000000000000003e-34  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6263  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  33.07 
 
 		 279 aa  147  2.0000000000000003e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.00180016  normal  0.468093 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1561  shikimate dehydrogenase  38.8 
 
 		 277 aa  145  7.0000000000000006e-34  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0353213  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0031  shikimate dehydrogenase family protein  36.05 
 
 		 261 aa  144  2e-33  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.105922  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0034  shikimate dehydrogenase family protein  36.05 
 
 		 261 aa  143  3e-33  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1437  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  43.46 
 
 		 271 aa  142  6e-33  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.563675 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1847  shikimate dehydrogenase  36.4 
 
 		 325 aa  137  2e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.127242  normal  0.110669 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4495  shikimate dehydrogenase  37.6 
 
 		 277 aa  137  2e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.39658 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8643  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  37.75 
 
 		 277 aa  137  3.0000000000000003e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4665  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  37.6 
 
 		 276 aa  136  4e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0433  shikimate dehydrogenase  41.07 
 
 		 273 aa  132  3.9999999999999996e-30  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1649  shikimate dehydrogenase  35.42 
 
 		 303 aa  132  6e-30  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.264941  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3329  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  34.12 
 
 		 307 aa  132  9e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0879  shikimate dehydrogenase  40.32 
 
 		 281 aa  131  9e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.955974  normal  0.327323 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5792  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  36.89 
 
 		 278 aa  130  1.0000000000000001e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5661  Shikimate/quinate 5-dehydrogenase  36.96 
 
 		 293 aa  124  2e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.33462  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0333  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  40.08 
 
 		 269 aa  122  7e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.259796  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0196  shikimate 5-dehydrogenase  33.06 
 
 		 278 aa  107  1e-22  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3572  shikimate 5-dehydrogenase  33.06 
 
 		 284 aa  102  6e-21  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.162128  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1303  shikimate 5-dehydrogenase  26.22 
 
 		 279 aa  102  7e-21  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00894856  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1798  shikimate 5-dehydrogenase  23.74 
 
 		 286 aa  101  1e-20  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_30051  shikimate 5-dehydrogenase  28.83 
 
 		 322 aa  101  1e-20  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.355106 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_18961  shikimate 5-dehydrogenase  23.46 
 
 		 285 aa  100  2e-20  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2761  shikimate 5-dehydrogenase  36.73 
 
 		 276 aa  100  3e-20  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_18961  shikimate 5-dehydrogenase  26.34 
 
 		 286 aa  100  3e-20  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2467  shikimate 5-dehydrogenase  29.77 
 
 		 288 aa  100  3e-20  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.502359  hitchhiker  0.0000000000141391 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_19151  shikimate 5-dehydrogenase  23.74 
 
 		 286 aa  99.8  4e-20  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2736  shikimate 5-dehydrogenase  29.84 
 
 		 298 aa  99.4  5e-20  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.302287  normal  0.994524 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2860  shikimate 5-dehydrogenase  31.28 
 
 		 276 aa  98.2  1e-19  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.928598  normal  0.516476 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5700  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  33.07 
 
 		 267 aa  97.1  2e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2895  shikimate 5-dehydrogenase  32.79 
 
 		 279 aa  96.7  3e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0777149  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2976  shikimate dehydrogenase  29.84 
 
 		 280 aa  96.3  4e-19  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3613  shikimate 5-dehydrogenase  32.42 
 
 		 283 aa  95.9  6e-19  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_18411  shikimate / quinate 5-dehydrogenase  25.9 
 
 		 300 aa  95.9  6e-19  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  0.611208 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2671  shikimate 5-dehydrogenase  33.74 
 
 		 279 aa  95.5  7e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.134722  normal  0.358722 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1392  shikimate dehydrogenase  33.33 
 
 		 286 aa  95.5  8e-19  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.975798 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1234  shikimate 5-dehydrogenase  32.79 
 
 		 279 aa  95.1  1e-18  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4185  shikimate 5-dehydrogenase  29.44 
 
 		 277 aa  94  2e-18  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.263341  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6806  shikimate 5-dehydrogenase  34.5 
 
 		 282 aa  94.4  2e-18  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0429993  normal  0.348952 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1163  shikimate 5-dehydrogenase  27.87 
 
 		 269 aa  93.6  3e-18  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.33376  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1653  shikimate 5-dehydrogenase  27.92 
 
 		 268 aa  93.6  3e-18  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0524  shikimate 5-dehydrogenase  28.2 
 
 		 290 aa  93.2  3e-18  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1688  shikimate 5-dehydrogenase  27.92 
 
 		 268 aa  93.6  3e-18  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.8714  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4561  shikimate 5-dehydrogenase  30.24 
 
 		 308 aa  92.8  4e-18  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.120804  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4467  shikimate 5-dehydrogenase  29.84 
 
 		 277 aa  93.2  4e-18  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00323757  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4356  shikimate 5-dehydrogenase  30.24 
 
 		 277 aa  92.8  5e-18  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.110727 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4070  shikimate 5-dehydrogenase  30.24 
 
 		 277 aa  92.8  6e-18  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000710125  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4232  shikimate 5-dehydrogenase  30.24 
 
 		 277 aa  92.4  7e-18  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3109  shikimate 5-dehydrogenase  28.36 
 
 		 286 aa  92  9e-18  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4415  shikimate 5-dehydrogenase  29.84 
 
 		 277 aa  91.7  1e-17  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0783  shikimate 5-dehydrogenase  29.55 
 
 		 277 aa  91.7  1e-17  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000231913  hitchhiker  0.0000496147 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2458  shikimate 5-dehydrogenase  30.17 
 
 		 277 aa  91.7  1e-17  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000134489  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1839  3-dehydroquinate dehydratase, type I  30 
 
 		 517 aa  90.9  2e-17  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0172427  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4080  shikimate 5-dehydrogenase  29.84 
 
 		 277 aa  90.9  2e-17  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03620  Shikimate/quinate 5-dehydrogenase  32.08 
 
 		 283 aa  90.1  3e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0590963  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4454  shikimate 5-dehydrogenase  29.03 
 
 		 277 aa  90.5  3e-17  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.809096  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2537  shikimate 5-dehydrogenase  33.61 
 
 		 280 aa  90.1  4e-17  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3106  shikimate 5-dehydrogenase  27.86 
 
 		 289 aa  89  7e-17  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.828808 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_06560  shikimate 5-dehydrogenase  29.18 
 
 		 291 aa  88.2  1e-16  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0004  shikimate 5-dehydrogenase  30.94 
 
 		 286 aa  87  2e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0663  shikimate 5-dehydrogenase  26.82 
 
 		 294 aa  87.8  2e-16  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1154  shikimate 5-dehydrogenase  27.04 
 
 		 298 aa  87.8  2e-16  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2830  shikimate dehydrogenase  31.7 
 
 		 289 aa  87  3e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0523448 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1829  shikimate 5-dehydrogenase  29.39 
 
 		 282 aa  86.3  4e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.037769 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3564  shikimate dehydrogenase  31.54 
 
 		 279 aa  85.5  9e-16  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.490647  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0690  shikimate 5-dehydrogenase  24.9 
 
 		 288 aa  84.7  0.000000000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1889  shikimate 5-dehydrogenase  23.26 
 
 		 288 aa  84.7  0.000000000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>