More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_3329 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012791  Vapar_3329  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  100 
 
 
307 aa  608  1e-173  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1847  shikimate dehydrogenase  54.15 
 
 
325 aa  279  5e-74  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.127242  normal  0.110669 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1649  shikimate dehydrogenase  50 
 
 
303 aa  254  1.0000000000000001e-66  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.264941  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3685  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  47.16 
 
 
297 aa  238  6.999999999999999e-62  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1437  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  48.34 
 
 
271 aa  205  9e-52  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.563675 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7085  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  37.02 
 
 
276 aa  173  2.9999999999999996e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.876756  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6410  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  37.96 
 
 
277 aa  172  6.999999999999999e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.639273  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5029  shikimate dehydrogenase  36.26 
 
 
277 aa  168  1e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1561  shikimate dehydrogenase  34.98 
 
 
277 aa  167  1e-40  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0353213  normal 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5945  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  35.88 
 
 
276 aa  166  5.9999999999999996e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.039138 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4302  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  35.87 
 
 
277 aa  161  1e-38  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.261659  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4412  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  35.87 
 
 
277 aa  161  1e-38  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.855071  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3325  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  36.23 
 
 
277 aa  160  2e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4100  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  34.62 
 
 
277 aa  156  4e-37  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.231752  normal  0.0287781 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4437  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  35.87 
 
 
277 aa  156  4e-37  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.553792  normal  0.62875 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0419  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  36.74 
 
 
278 aa  155  9e-37  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4495  shikimate dehydrogenase  34.89 
 
 
277 aa  153  4e-36  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.39658 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8643  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  35.9 
 
 
277 aa  150  3e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2706  shikimate dehydrogenase  35.41 
 
 
264 aa  142  9.999999999999999e-33  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.14445  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1274  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  36.36 
 
 
270 aa  138  8.999999999999999e-32  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00561367 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0575  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  32.46 
 
 
271 aa  132  1.0000000000000001e-29  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6263  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  33.33 
 
 
279 aa  131  2.0000000000000002e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.00180016  normal  0.468093 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2153  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  32.71 
 
 
269 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.778065 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1663  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  36.23 
 
 
291 aa  129  5.0000000000000004e-29  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.486216 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4664  shikimate dehydrogenase  33.71 
 
 
268 aa  129  5.0000000000000004e-29  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6063  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  37.25 
 
 
282 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0849637 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6097  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  34.92 
 
 
280 aa  125  1e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.00430016  normal  0.376579 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20210  shikimate 5-dehydrogenase  32.58 
 
 
290 aa  124  2e-27  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1616  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  33.21 
 
 
277 aa  122  7e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.221158  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3217  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  31.58 
 
 
269 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2608  shikimate dehydrogenase family protein  31.2 
 
 
269 aa  119  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0159253 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2425  shikimate dehydrogenase  34.25 
 
 
265 aa  119  4.9999999999999996e-26  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.084211 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2703  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  32.86 
 
 
268 aa  119  7e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0813959  normal  0.368485 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5792  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  34.33 
 
 
278 aa  118  1.9999999999999998e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0034  shikimate dehydrogenase family protein  32.32 
 
 
261 aa  116  6e-25  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7088  shikimate dehydrogenase  35.46 
 
 
268 aa  116  6e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.847734 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0031  shikimate dehydrogenase family protein  31.94 
 
 
261 aa  113  5e-24  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.105922  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5799  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  33.96 
 
 
278 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0433  shikimate dehydrogenase  33.95 
 
 
273 aa  108  8.000000000000001e-23  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3117  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  31.95 
 
 
269 aa  108  8.000000000000001e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2294  shikimate dehydrogenase  32.14 
 
 
288 aa  108  1e-22  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0340  shikimate dehydrogenase family protein  32.85 
 
 
272 aa  107  2e-22  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3753  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  32.2 
 
 
264 aa  103  3e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.341199  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0397  shikimate dehydrogenase family protein  32.48 
 
 
272 aa  103  3e-21  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1303  shikimate 5-dehydrogenase  28.37 
 
 
279 aa  96.7  4e-19  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00894856  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0663  shikimate 5-dehydrogenase  27 
 
 
294 aa  95.9  8e-19  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2895  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  31.5 
 
 
273 aa  95.1  1e-18  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0579203  hitchhiker  0.000304187 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4665  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  28.52 
 
 
276 aa  95.1  1e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1184  shikimate 5-dehydrogenase  29.64 
 
 
273 aa  94.4  2e-18  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.504249  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5661  Shikimate/quinate 5-dehydrogenase  32.7 
 
 
293 aa  92.4  9e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.33462  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3972  shikimate dehydrogenase  29.55 
 
 
269 aa  91.3  2e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0108  shikimate 5-dehydrogenase  27.96 
 
 
289 aa  90.5  3e-17  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1829  shikimate 5-dehydrogenase  31.72 
 
 
282 aa  90.9  3e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.037769 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0879  shikimate dehydrogenase  32.17 
 
 
281 aa  90.1  4e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.955974  normal  0.327323 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2976  shikimate dehydrogenase  30.08 
 
 
280 aa  89.7  5e-17  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3572  shikimate 5-dehydrogenase  30.08 
 
 
284 aa  89.4  7e-17  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.162128  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2150  shikimate 5-dehydrogenase-like oxidoreductase  31.05 
 
 
283 aa  89.4  8e-17  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.411469  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5700  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  31.42 
 
 
267 aa  89  9e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0622  shikimate 5-dehydrogenase  28.79 
 
 
273 aa  87.4  3e-16  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000000482333  normal  0.0381897 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0321  shikimate 5-dehydrogenase  28.79 
 
 
273 aa  87.4  3e-16  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000166732  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3877  shikimate 5-dehydrogenase  28.79 
 
 
273 aa  87.4  3e-16  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000561624  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0690  shikimate 5-dehydrogenase  27.72 
 
 
288 aa  83.2  0.000000000000005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1054  shikimate 5-dehydrogenase  28.03 
 
 
275 aa  82.8  0.000000000000006  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1392  shikimate dehydrogenase  30.92 
 
 
286 aa  82.8  0.000000000000006  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.975798 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0333  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  30.59 
 
 
269 aa  82.8  0.000000000000007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.259796  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3109  shikimate 5-dehydrogenase  29.93 
 
 
286 aa  82  0.00000000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1971  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  26.6 
 
 
310 aa  80.9  0.00000000000003  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.84305  hitchhiker  0.000409791 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2761  shikimate 5-dehydrogenase  32.81 
 
 
276 aa  80.5  0.00000000000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1772  shikimate 5-dehydrogenase  32.91 
 
 
285 aa  80.5  0.00000000000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.380088  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2551  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  29.23 
 
 
315 aa  80.1  0.00000000000004  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3384  shikimate 5-dehydrogenase  29.18 
 
 
292 aa  79.3  0.00000000000007  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.442523 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0361  shikimate 5-dehydrogenase  26.26 
 
 
275 aa  79.3  0.00000000000007  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0156033  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2537  shikimate 5-dehydrogenase  31.54 
 
 
280 aa  79.3  0.00000000000007  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2683  shikimate 5-dehydrogenase  29.1 
 
 
289 aa  79.3  0.00000000000007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.905975  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1154  shikimate 5-dehydrogenase  25.86 
 
 
298 aa  79.3  0.00000000000008  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0034  shikimate 5-dehydrogenase  28.27 
 
 
273 aa  79.3  0.00000000000008  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000000384966  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0571  shikimate 5-dehydrogenase  30.04 
 
 
263 aa  79  0.00000000000009  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3713  shikimate 5-dehydrogenase  26.19 
 
 
272 aa  79  0.0000000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00019377  normal  0.0271258 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0022  shikimate dehydrogenase  27.34 
 
 
286 aa  78.6  0.0000000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.301777  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2467  shikimate 5-dehydrogenase  28.79 
 
 
288 aa  78.2  0.0000000000002  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.502359  hitchhiker  0.0000000000141391 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4080  shikimate 5-dehydrogenase  26.25 
 
 
277 aa  77.4  0.0000000000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0550  shikimate 5-dehydrogenase  24.91 
 
 
273 aa  77.4  0.0000000000003  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.950076 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2458  shikimate 5-dehydrogenase  27.95 
 
 
277 aa  77.4  0.0000000000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000134489  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0783  shikimate 5-dehydrogenase  26.25 
 
 
277 aa  77  0.0000000000004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000231913  hitchhiker  0.0000496147 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4070  shikimate 5-dehydrogenase  25.87 
 
 
277 aa  77  0.0000000000004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000710125  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1353  shikimate 5-dehydrogenase  27.67 
 
 
262 aa  76.6  0.0000000000004  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.0000636445  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4467  shikimate 5-dehydrogenase  25.48 
 
 
277 aa  76.6  0.0000000000005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00323757  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0444  shikimate 5-dehydrogenase  26.59 
 
 
275 aa  76.6  0.0000000000005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.0043385  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4356  shikimate 5-dehydrogenase  25.87 
 
 
277 aa  76.6  0.0000000000005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.110727 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1688  shikimate 5-dehydrogenase  24.44 
 
 
268 aa  76.3  0.0000000000006  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.8714  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4232  shikimate 5-dehydrogenase  25.87 
 
 
277 aa  76.3  0.0000000000006  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4561  shikimate 5-dehydrogenase  25.87 
 
 
308 aa  76.3  0.0000000000006  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.120804  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2596  shikimate 5-dehydrogenase  32.95 
 
 
290 aa  76.3  0.0000000000006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1653  shikimate 5-dehydrogenase  24.44 
 
 
268 aa  76.3  0.0000000000006  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4454  shikimate 5-dehydrogenase  25.87 
 
 
277 aa  76.3  0.0000000000007  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.809096  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0006  shikimate 5-dehydrogenase  27.13 
 
 
271 aa  76.3  0.0000000000007  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4415  shikimate 5-dehydrogenase  25.48 
 
 
277 aa  75.5  0.000000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0004  shikimate 5-dehydrogenase  25.97 
 
 
286 aa  75.1  0.000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0851  shikimate 5-dehydrogenase  27.27 
 
 
292 aa  75.1  0.000000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4110  3-dehydroquinate dehydratase / shikimate dehydrogenase  28.46 
 
 
613 aa  75.5  0.000000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.471518  normal  0.833222 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>