More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_4665 on replicon NC_010552
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010552  BamMC406_4665  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  100 
 
 		 276 aa  556  1e-157  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5661  Shikimate/quinate 5-dehydrogenase  51.74 
 
 		 293 aa  225  7e-58  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.33462  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1616  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  48.69 
 
 		 277 aa  223  3e-57  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.221158  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4664  shikimate dehydrogenase  45.35 
 
 		 268 aa  213  2.9999999999999995e-54  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0340  shikimate dehydrogenase family protein  45.35 
 
 		 272 aa  199  5e-50  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0397  shikimate dehydrogenase family protein  44.57 
 
 		 272 aa  194  1e-48  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0575  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  44.19 
 
 		 271 aa  189  2.9999999999999997e-47  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6263  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  39.15 
 
 		 279 aa  189  2.9999999999999997e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.00180016  normal  0.468093 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3972  shikimate dehydrogenase  41.83 
 
 		 269 aa  184  1.0000000000000001e-45  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0031  shikimate dehydrogenase family protein  45.17 
 
 		 261 aa  181  1e-44  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.105922  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0034  shikimate dehydrogenase family protein  45.17 
 
 		 261 aa  180  2e-44  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7085  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  35.27 
 
 		 276 aa  174  9.999999999999999e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.876756  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5945  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  34.5 
 
 		 276 aa  172  5.999999999999999e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.039138 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3753  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  42.63 
 
 		 264 aa  168  7e-41  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.341199  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6410  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  34.5 
 
 		 277 aa  165  9e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.639273  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4302  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  34.88 
 
 		 277 aa  163  3e-39  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.261659  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4412  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  34.88 
 
 		 277 aa  163  3e-39  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.855071  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6063  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  39.54 
 
 		 282 aa  163  4.0000000000000004e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0849637 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4100  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  31.78 
 
 		 277 aa  162  7e-39  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.231752  normal  0.0287781 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1561  shikimate dehydrogenase  34.96 
 
 		 277 aa  161  9e-39  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0353213  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6097  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  37.64 
 
 		 280 aa  159  5e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.00430016  normal  0.376579 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1274  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  39.23 
 
 		 270 aa  158  1e-37  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00561367 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4437  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  34.11 
 
 		 277 aa  155  5.0000000000000005e-37  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.553792  normal  0.62875 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2153  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  34.87 
 
 		 269 aa  151  1e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.778065 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2425  shikimate dehydrogenase  37.31 
 
 		 265 aa  150  3e-35  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.084211 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5029  shikimate dehydrogenase  33.33 
 
 		 277 aa  148  8e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2706  shikimate dehydrogenase  38.61 
 
 		 264 aa  148  1.0000000000000001e-34  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.14445  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0419  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  34.21 
 
 		 278 aa  147  2.0000000000000003e-34  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5799  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  37.36 
 
 		 278 aa  146  3e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2608  shikimate dehydrogenase family protein  34.1 
 
 		 269 aa  146  5e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0159253 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3325  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  33.33 
 
 		 277 aa  145  5e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8643  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  34.5 
 
 		 277 aa  145  7.0000000000000006e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0333  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  41.96 
 
 		 269 aa  144  1e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.259796  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5792  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  37.31 
 
 		 278 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1663  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  37.31 
 
 		 291 aa  141  9.999999999999999e-33  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.486216 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0433  shikimate dehydrogenase  39.39 
 
 		 273 aa  141  9.999999999999999e-33  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4495  shikimate dehydrogenase  33.08 
 
 		 277 aa  141  9.999999999999999e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.39658 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3117  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  33.72 
 
 		 269 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3217  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  33.33 
 
 		 269 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2294  shikimate dehydrogenase  34.14 
 
 		 288 aa  140  3e-32  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20210  shikimate 5-dehydrogenase  32.57 
 
 		 290 aa  137  3.0000000000000003e-31  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2895  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  36.02 
 
 		 273 aa  135  7.000000000000001e-31  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0579203  hitchhiker  0.000304187 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3685  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  35.88 
 
 		 297 aa  133  3e-30  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2703  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  36.74 
 
 		 268 aa  131  1.0000000000000001e-29  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0813959  normal  0.368485 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0663  shikimate 5-dehydrogenase  32.57 
 
 		 294 aa  128  1.0000000000000001e-28  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3384  shikimate 5-dehydrogenase  36.06 
 
 		 292 aa  126  4.0000000000000003e-28  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.442523 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5700  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  36.74 
 
 		 267 aa  126  4.0000000000000003e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1649  shikimate dehydrogenase  34.57 
 
 		 303 aa  126  4.0000000000000003e-28  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.264941  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0656  shikimate 5-dehydrogenase  37.16 
 
 		 297 aa  125  7e-28  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.323596  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1847  shikimate dehydrogenase  36.98 
 
 		 325 aa  123  3e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.127242  normal  0.110669 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1018  shikimate 5-dehydrogenase  35.11 
 
 		 291 aa  122  6e-27  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03620  Shikimate/quinate 5-dehydrogenase  38.21 
 
 		 283 aa  122  7e-27  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0590963  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1303  shikimate 5-dehydrogenase  27.97 
 
 		 279 aa  122  8e-27  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00894856  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1503  shikimate 5-dehydrogenase  30.5 
 
 		 284 aa  121  9.999999999999999e-27  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0854  shikimate dehydrogenase  30.8 
 
 		 298 aa  121  9.999999999999999e-27  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3329  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  30.42 
 
 		 307 aa  120  1.9999999999999998e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1392  shikimate dehydrogenase  35.66 
 
 		 286 aa  120  3.9999999999999996e-26  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.975798 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0879  shikimate dehydrogenase  34.08 
 
 		 281 aa  119  7.999999999999999e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.955974  normal  0.327323 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1437  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  35.6 
 
 		 271 aa  119  7.999999999999999e-26  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.563675 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1184  shikimate 5-dehydrogenase  32.14 
 
 		 273 aa  117  1.9999999999999998e-25  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.504249  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1385  quinate/shikimate dehydrogenase  31.94 
 
 		 289 aa  115  1.0000000000000001e-24  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.859901  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4356  shikimate 5-dehydrogenase  31.47 
 
 		 277 aa  114  1.0000000000000001e-24  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.110727 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0783  shikimate 5-dehydrogenase  31.47 
 
 		 277 aa  114  2.0000000000000002e-24  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000231913  hitchhiker  0.0000496147 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4415  shikimate 5-dehydrogenase  30.68 
 
 		 277 aa  113  3e-24  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2150  shikimate 5-dehydrogenase-like oxidoreductase  34.5 
 
 		 283 aa  113  3e-24  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.411469  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4080  shikimate 5-dehydrogenase  31.08 
 
 		 277 aa  113  4.0000000000000004e-24  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4454  shikimate 5-dehydrogenase  31.08 
 
 		 277 aa  112  5e-24  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.809096  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4561  shikimate 5-dehydrogenase  31.08 
 
 		 308 aa  112  6e-24  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.120804  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4070  shikimate 5-dehydrogenase  31.08 
 
 		 277 aa  112  7.000000000000001e-24  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000710125  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4232  shikimate 5-dehydrogenase  31.08 
 
 		 277 aa  112  8.000000000000001e-24  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2458  shikimate 5-dehydrogenase  30.52 
 
 		 277 aa  112  9e-24  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000134489  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0450  shikimate 5-dehydrogenase  30.89 
 
 		 278 aa  112  9e-24  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0121036  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7088  shikimate dehydrogenase  33.46 
 
 		 268 aa  111  1.0000000000000001e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.847734 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1362  shikimate dehydrogenase  37.07 
 
 		 284 aa  111  1.0000000000000001e-23  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.758988  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2596  shikimate 5-dehydrogenase  33.33 
 
 		 290 aa  111  1.0000000000000001e-23  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0550  shikimate 5-dehydrogenase  29.58 
 
 		 273 aa  110  2.0000000000000002e-23  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.950076 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4467  shikimate 5-dehydrogenase  30.28 
 
 		 277 aa  110  2.0000000000000002e-23  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00323757  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0690  shikimate 5-dehydrogenase  31.03 
 
 		 288 aa  110  3e-23  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1630  shikimate 5-dehydrogenase  32.95 
 
 		 290 aa  109  4.0000000000000004e-23  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1680  shikimate 5-dehydrogenase  30.19 
 
 		 292 aa  108  1e-22  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.00934148  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1829  shikimate 5-dehydrogenase  35.68 
 
 		 282 aa  108  1e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.037769 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1908  quinate/shikimate dehydrogenase  29.01 
 
 		 288 aa  108  1e-22  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01661  quinate/shikimate 5-dehydrogenase, NAD(P)-binding  29.01 
 
 		 288 aa  107  2e-22  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01650  hypothetical protein  29.01 
 
 		 288 aa  107  2e-22  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1950  Quinate/shikimate dehydrogenase  29.01 
 
 		 288 aa  107  2e-22  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.210326  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1504  quinate/shikimate dehydrogenase  29.01 
 
 		 288 aa  107  2e-22  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0010931 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1939  quinate/shikimate dehydrogenase  29.01 
 
 		 288 aa  107  2e-22  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000737953 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1895  quinate/shikimate dehydrogenase  29.01 
 
 		 288 aa  107  2e-22  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2683  shikimate 5-dehydrogenase  31.66 
 
 		 289 aa  107  2e-22  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.905975  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1773  quinate/shikimate dehydrogenase  29.01 
 
 		 288 aa  107  2e-22  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_06560  shikimate 5-dehydrogenase  29.66 
 
 		 291 aa  106  4e-22  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2761  shikimate 5-dehydrogenase  36.4 
 
 		 276 aa  106  4e-22  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2408  quinate/shikimate dehydrogenase  30.04 
 
 		 288 aa  105  5e-22  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.419065 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3572  shikimate 5-dehydrogenase  33.73 
 
 		 284 aa  105  6e-22  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.162128  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4185  shikimate 5-dehydrogenase  29.48 
 
 		 277 aa  105  9e-22  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.263341  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3109  shikimate 5-dehydrogenase  32.95 
 
 		 286 aa  105  1e-21  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2356  shikimate 5-dehydrogenase  28.35 
 
 		 283 aa  105  1e-21  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  4.49241e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0108  shikimate 5-dehydrogenase  30.43 
 
 		 289 aa  104  2e-21  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05960  shikimate 5-dehydrogenase  28.35 
 
 		 289 aa  104  2e-21  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1889  shikimate 5-dehydrogenase  27.13 
 
 		 288 aa  103  4e-21  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>