More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rleg2_5945 on replicon NC_011366
Organism: Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011366  Rleg2_5945  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  100 
 
 		 276 aa  560  1.0000000000000001e-159  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.039138 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7085  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  88.36 
 
 		 276 aa  501  1e-141  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.876756  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8643  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  68 
 
 		 277 aa  355  5.999999999999999e-97  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4100  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  63.7 
 
 		 277 aa  353  2e-96  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.231752  normal  0.0287781 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1561  shikimate dehydrogenase  65.09 
 
 		 277 aa  351  5.9999999999999994e-96  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0353213  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5029  shikimate dehydrogenase  65.45 
 
 		 277 aa  351  7e-96  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3325  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  67.64 
 
 		 277 aa  351  8e-96  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0419  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  66.06 
 
 		 278 aa  340  1e-92  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6410  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  61.09 
 
 		 277 aa  336  1.9999999999999998e-91  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.639273  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4495  shikimate dehydrogenase  64 
 
 		 277 aa  329  3e-89  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.39658 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4302  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  60.73 
 
 		 277 aa  328  5.0000000000000004e-89  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.261659  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4412  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  60.73 
 
 		 277 aa  328  5.0000000000000004e-89  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.855071  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4437  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  58.18 
 
 		 277 aa  319  3.9999999999999996e-86  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.553792  normal  0.62875 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1663  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  42.75 
 
 		 291 aa  190  2e-47  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.486216 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6263  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  37.84 
 
 		 279 aa  187  1e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.00180016  normal  0.468093 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4664  shikimate dehydrogenase  41.22 
 
 		 268 aa  181  9.000000000000001e-45  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0575  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  40.38 
 
 		 271 aa  180  2e-44  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2153  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  39.22 
 
 		 269 aa  178  1e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.778065 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3685  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  39.92 
 
 		 297 aa  176  5e-43  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0433  shikimate dehydrogenase  42.69 
 
 		 273 aa  171  2e-41  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2425  shikimate dehydrogenase  40.8 
 
 		 265 aa  168  8e-41  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.084211 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20210  shikimate 5-dehydrogenase  36.47 
 
 		 290 aa  166  4e-40  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3329  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  35.88 
 
 		 307 aa  166  5e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1274  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  40.38 
 
 		 270 aa  166  5e-40  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00561367 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3217  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  36.08 
 
 		 269 aa  165  6.9999999999999995e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2703  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  41.09 
 
 		 268 aa  165  9e-40  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0813959  normal  0.368485 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2608  shikimate dehydrogenase family protein  36.08 
 
 		 269 aa  163  3e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0159253 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1649  shikimate dehydrogenase  37.31 
 
 		 303 aa  163  3e-39  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.264941  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6097  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  39 
 
 		 280 aa  162  4.0000000000000004e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.00430016  normal  0.376579 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7088  shikimate dehydrogenase  42.86 
 
 		 268 aa  162  6e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.847734 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1847  shikimate dehydrogenase  38.58 
 
 		 325 aa  161  1e-38  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.127242  normal  0.110669 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2706  shikimate dehydrogenase  38.76 
 
 		 264 aa  160  2e-38  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.14445  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5799  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  38.08 
 
 		 278 aa  159  4e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3972  shikimate dehydrogenase  36.43 
 
 		 269 aa  159  4e-38  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0340  shikimate dehydrogenase family protein  38.22 
 
 		 272 aa  159  6e-38  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6063  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  38.31 
 
 		 282 aa  159  6e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0849637 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3753  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  40.64 
 
 		 264 aa  157  1e-37  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.341199  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0397  shikimate dehydrogenase family protein  38.22 
 
 		 272 aa  156  3e-37  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1616  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  37.98 
 
 		 277 aa  155  8e-37  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.221158  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5792  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  38.85 
 
 		 278 aa  154  1e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3117  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  35.29 
 
 		 269 aa  152  5e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0034  shikimate dehydrogenase family protein  35.91 
 
 		 261 aa  152  7e-36  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0031  shikimate dehydrogenase family protein  35.52 
 
 		 261 aa  149  7e-35  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.105922  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1437  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  40.73 
 
 		 271 aa  148  1.0000000000000001e-34  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.563675 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2895  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  36.05 
 
 		 273 aa  142  8e-33  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0579203  hitchhiker  0.000304187 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2294  shikimate dehydrogenase  34.39 
 
 		 288 aa  141  9.999999999999999e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4665  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  34.5 
 
 		 276 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5700  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  33.96 
 
 		 267 aa  135  9.999999999999999e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5661  Shikimate/quinate 5-dehydrogenase  34.07 
 
 		 293 aa  131  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.33462  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0879  shikimate dehydrogenase  32.85 
 
 		 281 aa  130  3e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.955974  normal  0.327323 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0333  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  39.04 
 
 		 269 aa  117  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.259796  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3613  shikimate 5-dehydrogenase  29.75 
 
 		 283 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3384  shikimate 5-dehydrogenase  32.73 
 
 		 292 aa  112  7.000000000000001e-24  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.442523 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0663  shikimate 5-dehydrogenase  31.64 
 
 		 294 aa  108  7.000000000000001e-23  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0854  shikimate dehydrogenase  31.6 
 
 		 298 aa  108  8.000000000000001e-23  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12500  shikimate 5-dehydrogenase  32.45 
 
 		 292 aa  108  1e-22  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2761  shikimate 5-dehydrogenase  30.91 
 
 		 276 aa  104  2e-21  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1303  shikimate 5-dehydrogenase  28.96 
 
 		 279 aa  102  6e-21  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00894856  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0108  shikimate 5-dehydrogenase  28.02 
 
 		 289 aa  102  8e-21  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_18411  shikimate / quinate 5-dehydrogenase  27.11 
 
 		 300 aa  102  9e-21  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  0.611208 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0196  shikimate 5-dehydrogenase  25.54 
 
 		 278 aa  101  2e-20  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2860  shikimate 5-dehydrogenase  26.29 
 
 		 276 aa  100  2e-20  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.928598  normal  0.516476 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_21871  shikimate 5-dehydrogenase  25 
 
 		 311 aa  100  3e-20  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2683  shikimate 5-dehydrogenase  31.4 
 
 		 289 aa  99.4  6e-20  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.905975  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1163  shikimate 5-dehydrogenase  29.1 
 
 		 269 aa  97.8  2e-19  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.33376  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1314  shikimate 5-dehydrogenase  24.3 
 
 		 311 aa  97.4  2e-19  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2596  shikimate 5-dehydrogenase  30.26 
 
 		 290 aa  97.8  2e-19  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_06560  shikimate 5-dehydrogenase  30.83 
 
 		 291 aa  97.4  2e-19  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1018  shikimate 5-dehydrogenase  29.47 
 
 		 291 aa  96.7  3e-19  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3572  shikimate 5-dehydrogenase  29.43 
 
 		 284 aa  97.1  3e-19  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.162128  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1278  shikimate 5-dehydrogenase  31.08 
 
 		 263 aa  97.1  3e-19  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.62401  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0450  shikimate 5-dehydrogenase  29 
 
 		 278 aa  97.1  3e-19  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0121036  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2458  shikimate 5-dehydrogenase  28.29 
 
 		 277 aa  97.1  3e-19  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000134489  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3109  shikimate 5-dehydrogenase  30.25 
 
 		 286 aa  96.7  4e-19  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1653  shikimate 5-dehydrogenase  30.77 
 
 		 268 aa  96.7  4e-19  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1688  shikimate 5-dehydrogenase  30.77 
 
 		 268 aa  96.7  4e-19  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.8714  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_18961  shikimate 5-dehydrogenase  25.93 
 
 		 285 aa  95.5  8e-19  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0183  shikimate 5-dehydrogenase  30.22 
 
 		 280 aa  95.1  1e-18  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6127  shikimate 5-dehydrogenase  31.64 
 
 		 286 aa  93.6  3e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2359  shikimate 5-dehydrogenase  32.13 
 
 		 277 aa  93.6  3e-18  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1829  shikimate 5-dehydrogenase  31.02 
 
 		 282 aa  92.8  5e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.037769 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4415  shikimate 5-dehydrogenase  28.62 
 
 		 277 aa  92.4  6e-18  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1719  shikimate 5-dehydrogenase  31.64 
 
 		 279 aa  92.4  7e-18  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.049913  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3450  shikimate 5-dehydrogenase  27.21 
 
 		 278 aa  91.7  1e-17  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2467  shikimate 5-dehydrogenase  30.48 
 
 		 288 aa  90.9  2e-17  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.502359  hitchhiker  0.0000000000141391 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2840  shikimate 5-dehydrogenase  30.45 
 
 		 274 aa  90.9  2e-17  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0530402 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0148  shikimate 5-dehydrogenase  31.94 
 
 		 297 aa  90.1  3e-17  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2691  shikimate 5-dehydrogenase  30.2 
 
 		 272 aa  90.5  3e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3060  shikimate 5-dehydrogenase  28.41 
 
 		 277 aa  90.5  3e-17  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.445957  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3564  shikimate dehydrogenase  30.92 
 
 		 279 aa  90.5  3e-17  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.490647  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1362  shikimate dehydrogenase  33.93 
 
 		 284 aa  90.1  3e-17  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.758988  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4356  shikimate 5-dehydrogenase  28.57 
 
 		 277 aa  90.1  4e-17  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.110727 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4070  shikimate 5-dehydrogenase  28.57 
 
 		 277 aa  89.7  4e-17  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000710125  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1392  shikimate dehydrogenase  30.23 
 
 		 286 aa  89.7  4e-17  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.975798 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4232  shikimate 5-dehydrogenase  28.27 
 
 		 277 aa  89.4  6e-17  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4561  shikimate 5-dehydrogenase  28.79 
 
 		 308 aa  89.4  6e-17  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.120804  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0119  shikimate 5-dehydrogenase  27.84 
 
 		 294 aa  89.4  6e-17  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.181103  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1353  shikimate 5-dehydrogenase  29.53 
 
 		 262 aa  89.4  6e-17  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.0000636445  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4467  shikimate 5-dehydrogenase  27.92 
 
 		 277 aa  89.4  6e-17  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00323757  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4185  shikimate 5-dehydrogenase  26.67 
 
 		 277 aa  89.4  6e-17  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.263341  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>