More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_5799 on replicon NC_010557
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010557  BamMC406_5799  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  100 
 
 		 278 aa  564  1e-160  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5792  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  84.17 
 
 		 278 aa  441  1e-123  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5945  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  38.08 
 
 		 276 aa  177  2e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.039138 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1616  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  42.64 
 
 		 277 aa  176  4e-43  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.221158  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7085  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  37.31 
 
 		 276 aa  172  5.999999999999999e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.876756  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3753  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  42.37 
 
 		 264 aa  162  4.0000000000000004e-39  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.341199  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6263  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  37.93 
 
 		 279 aa  160  3e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.00180016  normal  0.468093 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6410  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  38.85 
 
 		 277 aa  158  9e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.639273  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4664  shikimate dehydrogenase  39.69 
 
 		 268 aa  157  1e-37  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3685  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  40.46 
 
 		 297 aa  157  2e-37  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5029  shikimate dehydrogenase  40 
 
 		 277 aa  157  2e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4100  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  38.46 
 
 		 277 aa  157  2e-37  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.231752  normal  0.0287781 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0340  shikimate dehydrogenase family protein  41.2 
 
 		 272 aa  156  3e-37  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4412  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  39.1 
 
 		 277 aa  155  5.0000000000000005e-37  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.855071  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4302  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  39.1 
 
 		 277 aa  155  5.0000000000000005e-37  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.261659  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2425  shikimate dehydrogenase  38.7 
 
 		 265 aa  154  1e-36  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.084211 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1437  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  41.43 
 
 		 271 aa  154  2e-36  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.563675 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3972  shikimate dehydrogenase  39.62 
 
 		 269 aa  154  2e-36  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4437  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  38.64 
 
 		 277 aa  152  5e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.553792  normal  0.62875 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0397  shikimate dehydrogenase family protein  39.25 
 
 		 272 aa  152  5.9999999999999996e-36  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0575  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  39.1 
 
 		 271 aa  151  1e-35  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2703  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  39.46 
 
 		 268 aa  150  2e-35  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0813959  normal  0.368485 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2706  shikimate dehydrogenase  40.16 
 
 		 264 aa  150  2e-35  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.14445  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6097  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  38.49 
 
 		 280 aa  150  3e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.00430016  normal  0.376579 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0034  shikimate dehydrogenase family protein  37.74 
 
 		 261 aa  149  5e-35  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20210  shikimate 5-dehydrogenase  36.09 
 
 		 290 aa  149  5e-35  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3325  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  38.72 
 
 		 277 aa  148  1.0000000000000001e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8643  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  39.23 
 
 		 277 aa  146  3e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0031  shikimate dehydrogenase family protein  37.35 
 
 		 261 aa  146  4.0000000000000006e-34  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.105922  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1649  shikimate dehydrogenase  33.7 
 
 		 303 aa  144  1e-33  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.264941  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2153  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  34.73 
 
 		 269 aa  144  2e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.778065 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2895  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  38.17 
 
 		 273 aa  143  3e-33  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0579203  hitchhiker  0.000304187 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0419  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  38.7 
 
 		 278 aa  142  8e-33  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1847  shikimate dehydrogenase  34.89 
 
 		 325 aa  140  1.9999999999999998e-32  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.127242  normal  0.110669 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6063  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  38.49 
 
 		 282 aa  139  3.9999999999999997e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0849637 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1663  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  38.93 
 
 		 291 aa  137  2e-31  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.486216 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1561  shikimate dehydrogenase  35.77 
 
 		 277 aa  137  3.0000000000000003e-31  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0353213  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1274  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  39.23 
 
 		 270 aa  134  9.999999999999999e-31  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00561367 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2608  shikimate dehydrogenase family protein  34.72 
 
 		 269 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0159253 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4665  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  37.22 
 
 		 276 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3117  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  34.73 
 
 		 269 aa  133  3e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7088  shikimate dehydrogenase  35.94 
 
 		 268 aa  132  5e-30  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.847734 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2294  shikimate dehydrogenase  34.41 
 
 		 288 aa  132  5e-30  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0433  shikimate dehydrogenase  40.89 
 
 		 273 aa  131  1.0000000000000001e-29  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3217  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  33.58 
 
 		 269 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0333  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  38.95 
 
 		 269 aa  129  4.0000000000000003e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.259796  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0879  shikimate dehydrogenase  38.34 
 
 		 281 aa  129  5.0000000000000004e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.955974  normal  0.327323 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0183  shikimate 5-dehydrogenase  29.96 
 
 		 280 aa  129  5.0000000000000004e-29  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4232  shikimate 5-dehydrogenase  32.03 
 
 		 277 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4080  shikimate 5-dehydrogenase  32.03 
 
 		 277 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4561  shikimate 5-dehydrogenase  32.16 
 
 		 308 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.120804  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4356  shikimate 5-dehydrogenase  32.03 
 
 		 277 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.110727 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4070  shikimate 5-dehydrogenase  32.03 
 
 		 277 aa  127  3e-28  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000710125  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4467  shikimate 5-dehydrogenase  31.25 
 
 		 277 aa  126  5e-28  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00323757  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4454  shikimate 5-dehydrogenase  31.64 
 
 		 277 aa  125  7e-28  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.809096  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4415  shikimate 5-dehydrogenase  31.25 
 
 		 277 aa  124  2e-27  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5661  Shikimate/quinate 5-dehydrogenase  37.07 
 
 		 293 aa  124  2e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.33462  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0783  shikimate 5-dehydrogenase  31.25 
 
 		 277 aa  123  3e-27  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000231913  hitchhiker  0.0000496147 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3109  shikimate 5-dehydrogenase  32.64 
 
 		 286 aa  123  3e-27  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1719  shikimate 5-dehydrogenase  30.27 
 
 		 279 aa  122  6e-27  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.049913  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3329  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  33.96 
 
 		 307 aa  122  6e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1018  shikimate 5-dehydrogenase  35.21 
 
 		 291 aa  122  7e-27  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0022  shikimate dehydrogenase  33.96 
 
 		 286 aa  121  9.999999999999999e-27  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.301777  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0656  shikimate 5-dehydrogenase  32.87 
 
 		 297 aa  120  3e-26  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.323596  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1303  shikimate 5-dehydrogenase  27.46 
 
 		 279 aa  120  3e-26  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00894856  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4185  shikimate 5-dehydrogenase  30.47 
 
 		 277 aa  119  4.9999999999999996e-26  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.263341  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4495  shikimate dehydrogenase  35.38 
 
 		 277 aa  119  4.9999999999999996e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.39658 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0663  shikimate 5-dehydrogenase  30.08 
 
 		 294 aa  119  7.999999999999999e-26  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0450  shikimate 5-dehydrogenase  28.03 
 
 		 278 aa  116  3.9999999999999997e-25  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0121036  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0743  shikimate 5-dehydrogenase  29.5 
 
 		 280 aa  115  6e-25  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.738673  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3060  shikimate 5-dehydrogenase  31.25 
 
 		 277 aa  112  6e-24  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.445957  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5700  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  35.61 
 
 		 267 aa  111  1.0000000000000001e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_06560  shikimate 5-dehydrogenase  33.33 
 
 		 291 aa  110  2.0000000000000002e-23  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1163  shikimate 5-dehydrogenase  28.63 
 
 		 269 aa  110  3e-23  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.33376  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0854  shikimate dehydrogenase  31.09 
 
 		 298 aa  110  3e-23  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3613  shikimate 5-dehydrogenase  33.96 
 
 		 283 aa  109  5e-23  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1688  shikimate 5-dehydrogenase  27.13 
 
 		 268 aa  108  7.000000000000001e-23  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.8714  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1653  shikimate 5-dehydrogenase  27.13 
 
 		 268 aa  108  7.000000000000001e-23  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1362  shikimate dehydrogenase  39.38 
 
 		 284 aa  108  8.000000000000001e-23  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.758988  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1680  shikimate 5-dehydrogenase  30.4 
 
 		 292 aa  108  9.000000000000001e-23  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.00934148  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1503  shikimate 5-dehydrogenase  27.1 
 
 		 284 aa  108  1e-22  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03620  Shikimate/quinate 5-dehydrogenase  35.21 
 
 		 283 aa  108  1e-22  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0590963  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0524  shikimate 5-dehydrogenase  30.92 
 
 		 290 aa  108  1e-22  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0148  shikimate 5-dehydrogenase  35.32 
 
 		 297 aa  105  6e-22  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1184  shikimate 5-dehydrogenase  27.59 
 
 		 273 aa  105  9e-22  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.504249  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2458  shikimate 5-dehydrogenase  32.03 
 
 		 277 aa  105  1e-21  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000134489  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12500  shikimate 5-dehydrogenase  32.71 
 
 		 292 aa  105  1e-21  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2150  shikimate 5-dehydrogenase-like oxidoreductase  32.12 
 
 		 283 aa  104  1e-21  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.411469  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05960  shikimate 5-dehydrogenase  29.7 
 
 		 289 aa  104  1e-21  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0253  shikimate 5-dehydrogenase  30.91 
 
 		 284 aa  104  2e-21  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.624987  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0006  shikimate dehydrogenase  29.2 
 
 		 246 aa  104  2e-21  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.171843  normal  1 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_21871  shikimate 5-dehydrogenase  27.21 
 
 		 311 aa  104  2e-21  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0196  shikimate 5-dehydrogenase  31.18 
 
 		 278 aa  103  3e-21  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2746  shikimate 5-dehydrogenase  31.09 
 
 		 288 aa  103  3e-21  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0290691  normal  0.306598 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2596  shikimate 5-dehydrogenase  32.85 
 
 		 290 aa  102  9e-21  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3384  shikimate 5-dehydrogenase  33.21 
 
 		 292 aa  100  2e-20  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.442523 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1590  shikimate 5-dehydrogenase  35.27 
 
 		 276 aa  100  2e-20  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.494855  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1829  shikimate 5-dehydrogenase  32.95 
 
 		 282 aa  101  2e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.037769 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0993  shikimate 5-dehydrogenase  33.07 
 
 		 276 aa  100  3e-20  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_18961  shikimate 5-dehydrogenase  24.72 
 
 		 285 aa  100  3e-20  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>