More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Oter_0500 on replicon NC_010571
Organism: Opitutus terrae PB90-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010571  Oter_0500  shikimate 5-dehydrogenase  100 
 
 		 318 aa  620  1e-177  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.645133  normal  0.846515 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2736  shikimate 5-dehydrogenase  40.99 
 
 		 298 aa  172  5e-42  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.302287  normal  0.994524 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0690  shikimate 5-dehydrogenase  36.33 
 
 		 288 aa  169  6e-41  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0022  shikimate dehydrogenase  40.07 
 
 		 286 aa  167  2e-40  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.301777  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1392  shikimate dehydrogenase  40.91 
 
 		 286 aa  162  5.0000000000000005e-39  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.975798 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0108  shikimate 5-dehydrogenase  32.87 
 
 		 289 aa  159  4e-38  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3106  shikimate 5-dehydrogenase  35.94 
 
 		 289 aa  159  4e-38  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.828808 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1154  shikimate 5-dehydrogenase  35.59 
 
 		 298 aa  159  5e-38  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1971  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  37.71 
 
 		 310 aa  155  6e-37  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.84305  hitchhiker  0.000409791 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2458  shikimate 5-dehydrogenase  34.16 
 
 		 277 aa  154  2e-36  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000134489  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3572  shikimate 5-dehydrogenase  36.88 
 
 		 284 aa  153  4e-36  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.162128  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1630  shikimate 5-dehydrogenase  39.86 
 
 		 290 aa  152  5.9999999999999996e-36  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4417  shikimate 5-dehydrogenase  35.97 
 
 		 288 aa  152  8.999999999999999e-36  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4481  shikimate 5-dehydrogenase  35.97 
 
 		 288 aa  152  8.999999999999999e-36  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.148819 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1503  shikimate 5-dehydrogenase  33.59 
 
 		 284 aa  151  2e-35  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2596  shikimate 5-dehydrogenase  39.64 
 
 		 290 aa  151  2e-35  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0450  shikimate 5-dehydrogenase  30.5 
 
 		 278 aa  150  4e-35  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0121036  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1303  shikimate 5-dehydrogenase  29.24 
 
 		 279 aa  148  1.0000000000000001e-34  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00894856  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1171  shikimate 5-dehydrogenase  40 
 
 		 290 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1163  shikimate 5-dehydrogenase  31.32 
 
 		 269 aa  147  3e-34  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.33376  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0923  shikimate dehydrogenase  37.02 
 
 		 280 aa  146  5e-34  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3458  shikimate 5-dehydrogenase  39.85 
 
 		 292 aa  145  7.0000000000000006e-34  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2494  shikimate 5-dehydrogenase  39.85 
 
 		 292 aa  145  1e-33  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.454315  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3493  shikimate 5-dehydrogenase  39.85 
 
 		 292 aa  145  1e-33  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3291  shikimate 5-dehydrogenase  39.85 
 
 		 292 aa  145  1e-33  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1274  shikimate 5-dehydrogenase  39.85 
 
 		 292 aa  145  1e-33  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3496  shikimate 5-dehydrogenase  39.85 
 
 		 292 aa  145  1e-33  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.664786  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0414  shikimate 5-dehydrogenase  39.85 
 
 		 292 aa  145  1e-33  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.341202  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_18411  shikimate / quinate 5-dehydrogenase  32.65 
 
 		 300 aa  144  2e-33  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  0.611208 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1564  shikimate 5-dehydrogenase  39.43 
 
 		 283 aa  144  2e-33  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1054  shikimate 5-dehydrogenase  33.45 
 
 		 275 aa  144  2e-33  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1688  shikimate 5-dehydrogenase  32.39 
 
 		 268 aa  143  5e-33  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.8714  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1653  shikimate 5-dehydrogenase  32.39 
 
 		 268 aa  143  5e-33  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2467  shikimate 5-dehydrogenase  38.52 
 
 		 288 aa  142  6e-33  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.502359  hitchhiker  0.0000000000141391 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03620  Shikimate/quinate 5-dehydrogenase  37.04 
 
 		 283 aa  142  7e-33  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0590963  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0550  shikimate 5-dehydrogenase  32.16 
 
 		 273 aa  142  8e-33  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.950076 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0854  shikimate dehydrogenase  30.6 
 
 		 298 aa  142  9e-33  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1489  shikimate 5-dehydrogenase  39.43 
 
 		 278 aa  141  9.999999999999999e-33  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.06753 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1767  shikimate 5-dehydrogenase  38.71 
 
 		 288 aa  141  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.393552  normal  0.147032 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1489  shikimate 5-dehydrogenase  39.07 
 
 		 278 aa  141  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.130432  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2304  shikimate 5-dehydrogenase  36.64 
 
 		 289 aa  140  3e-32  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0539  shikimate 5-dehydrogenase  37.81 
 
 		 287 aa  140  3e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0238  shikimate 5-dehydrogenase  38.46 
 
 		 301 aa  139  3.9999999999999997e-32  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0130  shikimate 5-dehydrogenase  40.51 
 
 		 288 aa  140  3.9999999999999997e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.676056  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0613  shikimate 5-dehydrogenase  40.51 
 
 		 288 aa  140  3.9999999999999997e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0148  shikimate 5-dehydrogenase  37.1 
 
 		 297 aa  139  4.999999999999999e-32  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0361  shikimate 5-dehydrogenase  36.36 
 
 		 298 aa  139  6e-32  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.746823 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0538  shikimate 5-dehydrogenase  40 
 
 		 288 aa  139  6e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.617722 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0182  shikimate 5-dehydrogenase  36.36 
 
 		 298 aa  139  6e-32  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0093  shikimate 5-dehydrogenase  37.86 
 
 		 274 aa  139  7.999999999999999e-32  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.275997  hitchhiker  0.0000233392 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3695  shikimate 5-dehydrogenase  40.98 
 
 		 288 aa  138  1e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.452524 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0581  shikimate 5-dehydrogenase  40.29 
 
 		 288 aa  138  1e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00113233 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2772  shikimate 5-dehydrogenase  38.83 
 
 		 288 aa  138  1e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1271  shikimate 5-dehydrogenase  40.98 
 
 		 360 aa  138  1e-31  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.945829  normal  0.49023 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3680  shikimate 5-dehydrogenase  41.35 
 
 		 277 aa  138  1e-31  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0514  shikimate 5-dehydrogenase  39.18 
 
 		 288 aa  138  1e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1501  shikimate 5-dehydrogenase  41.22 
 
 		 269 aa  138  1e-31  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2537  shikimate 5-dehydrogenase  39.56 
 
 		 280 aa  137  2e-31  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0183  shikimate 5-dehydrogenase  29.96 
 
 		 280 aa  137  2e-31  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1998  shikimate dehydrogenase  36.92 
 
 		 269 aa  137  2e-31  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0090  shikimate 5-dehydrogenase  37.86 
 
 		 274 aa  137  2e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0851  shikimate 5-dehydrogenase  35.04 
 
 		 292 aa  137  3.0000000000000003e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2622  shikimate 5-dehydrogenase  38.16 
 
 		 290 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1719  shikimate 5-dehydrogenase  32.13 
 
 		 279 aa  136  5e-31  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.049913  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_18961  shikimate 5-dehydrogenase  29.93 
 
 		 285 aa  136  5e-31  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_19151  shikimate 5-dehydrogenase  30.88 
 
 		 286 aa  136  5e-31  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3537  shikimate 5-dehydrogenase  34.09 
 
 		 295 aa  136  6.0000000000000005e-31  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.784567  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0663  shikimate 5-dehydrogenase  30.48 
 
 		 294 aa  136  6.0000000000000005e-31  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3415  shikimate 5-dehydrogenase  39.35 
 
 		 283 aa  135  9e-31  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.17955  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0090  shikimate 5-dehydrogenase  38.21 
 
 		 274 aa  135  9e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000484063 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0074  shikimate 5-dehydrogenase  37.5 
 
 		 274 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0521802  hitchhiker  0.000359852 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2281  shikimate 5-dehydrogenase  39.27 
 
 		 282 aa  134  9.999999999999999e-31  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.010499 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2187  shikimate 5-dehydrogenase  34.15 
 
 		 301 aa  135  9.999999999999999e-31  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.134368 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3419  shikimate 5-dehydrogenase  37.76 
 
 		 287 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.108659 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1490  shikimate 5-dehydrogenase  36.3 
 
 		 286 aa  134  1.9999999999999998e-30  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0290047  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_30051  shikimate 5-dehydrogenase  32.89 
 
 		 322 aa  134  1.9999999999999998e-30  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.355106 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0783  shikimate 5-dehydrogenase  31.91 
 
 		 277 aa  134  1.9999999999999998e-30  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000231913  hitchhiker  0.0000496147 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2504  shikimate dehydrogenase  39.71 
 
 		 265 aa  134  1.9999999999999998e-30  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00230  shikimate 5-dehydrogenase  39.64 
 
 		 270 aa  134  1.9999999999999998e-30  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.677963  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2675  shikimate 5-dehydrogenase  36.81 
 
 		 289 aa  134  1.9999999999999998e-30  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0538  shikimate 5-dehydrogenase  38.19 
 
 		 277 aa  134  1.9999999999999998e-30  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1809  shikimate dehydrogenase  35 
 
 		 280 aa  133  3e-30  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1798  shikimate 5-dehydrogenase  30.53 
 
 		 286 aa  134  3e-30  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1732  shikimate 5-dehydrogenase  32.07 
 
 		 305 aa  133  3e-30  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.035063 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2445  shikimate dehydrogenase  37.63 
 
 		 270 aa  134  3e-30  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00000308711  normal  0.608428 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2825  shikimate dehydrogenase  40.21 
 
 		 270 aa  134  3e-30  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1921  shikimate 5-dehydrogenase  32.85 
 
 		 286 aa  133  3e-30  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  unclonable  0.0000576763  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_18961  shikimate 5-dehydrogenase  30.9 
 
 		 286 aa  133  3.9999999999999996e-30  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4468  shikimate 5-dehydrogenase  40.43 
 
 		 273 aa  132  7.999999999999999e-30  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.334714  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4070  shikimate 5-dehydrogenase  31.07 
 
 		 277 aa  132  7.999999999999999e-30  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000710125  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4561  shikimate 5-dehydrogenase  32.2 
 
 		 308 aa  132  7.999999999999999e-30  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.120804  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4454  shikimate 5-dehydrogenase  31.21 
 
 		 277 aa  132  9e-30  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.809096  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2150  shikimate 5-dehydrogenase-like oxidoreductase  34.06 
 
 		 283 aa  132  9e-30  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.411469  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0689  shikimate 5-dehydrogenase  31.16 
 
 		 285 aa  132  9e-30  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4232  shikimate 5-dehydrogenase  31.07 
 
 		 277 aa  131  1.0000000000000001e-29  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3907  shikimate dehydrogenase  39.22 
 
 		 274 aa  131  1.0000000000000001e-29  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2840  shikimate 5-dehydrogenase  37.92 
 
 		 274 aa  131  1.0000000000000001e-29  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0530402 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4080  shikimate 5-dehydrogenase  31.07 
 
 		 277 aa  131  2.0000000000000002e-29  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4356  shikimate 5-dehydrogenase  31.07 
 
 		 277 aa  131  2.0000000000000002e-29  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.110727 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4467  shikimate 5-dehydrogenase  30.71 
 
 		 277 aa  130  2.0000000000000002e-29  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00323757  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>