More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Haur_4468 on replicon NC_009972
Organism: Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009972  Haur_4468  shikimate 5-dehydrogenase  100 
 
 		 273 aa  534  1e-151  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.334714  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3415  shikimate 5-dehydrogenase  52.55 
 
 		 283 aa  228  8e-59  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.17955  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1564  shikimate 5-dehydrogenase  51.46 
 
 		 283 aa  222  4.9999999999999996e-57  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1838  shikimate 5-dehydrogenase  50.74 
 
 		 285 aa  176  5e-43  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1303  shikimate 5-dehydrogenase  34.83 
 
 		 279 aa  174  9.999999999999999e-43  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00894856  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0108  shikimate 5-dehydrogenase  35.23 
 
 		 289 aa  168  9e-41  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4467  shikimate 5-dehydrogenase  36.46 
 
 		 277 aa  166  2.9999999999999998e-40  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00323757  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4070  shikimate 5-dehydrogenase  35.64 
 
 		 277 aa  166  5e-40  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000710125  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2840  shikimate 5-dehydrogenase  43.31 
 
 		 274 aa  166  5e-40  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0530402 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4415  shikimate 5-dehydrogenase  35.27 
 
 		 277 aa  165  5.9999999999999996e-40  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4356  shikimate 5-dehydrogenase  35.64 
 
 		 277 aa  165  9e-40  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.110727 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4232  shikimate 5-dehydrogenase  35.64 
 
 		 277 aa  164  1.0000000000000001e-39  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4561  shikimate 5-dehydrogenase  35.4 
 
 		 308 aa  164  1.0000000000000001e-39  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.120804  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4454  shikimate 5-dehydrogenase  36.46 
 
 		 277 aa  163  3e-39  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.809096  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0022  shikimate dehydrogenase  40.45 
 
 		 286 aa  163  3e-39  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.301777  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4080  shikimate 5-dehydrogenase  35.27 
 
 		 277 aa  162  4.0000000000000004e-39  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0690  shikimate 5-dehydrogenase  39.71 
 
 		 288 aa  161  1e-38  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1503  shikimate 5-dehydrogenase  36.68 
 
 		 284 aa  159  4e-38  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0783  shikimate 5-dehydrogenase  36.1 
 
 		 277 aa  159  7e-38  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000231913  hitchhiker  0.0000496147 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3060  shikimate 5-dehydrogenase  36.79 
 
 		 277 aa  158  8e-38  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.445957  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4185  shikimate 5-dehydrogenase  35.38 
 
 		 277 aa  157  1e-37  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.263341  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1971  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  37.5 
 
 		 310 aa  157  3e-37  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.84305  hitchhiker  0.000409791 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3572  shikimate 5-dehydrogenase  41.3 
 
 		 284 aa  154  2e-36  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.162128  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2683  shikimate 5-dehydrogenase  40.43 
 
 		 289 aa  152  4e-36  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.905975  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2458  shikimate 5-dehydrogenase  33.93 
 
 		 277 aa  151  1e-35  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000134489  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0923  shikimate dehydrogenase  36.84 
 
 		 280 aa  150  2e-35  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3106  shikimate 5-dehydrogenase  37.96 
 
 		 289 aa  150  2e-35  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.828808 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1392  shikimate dehydrogenase  41.52 
 
 		 286 aa  150  2e-35  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.975798 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1271  shikimate 5-dehydrogenase  45.45 
 
 		 360 aa  150  3e-35  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.945829  normal  0.49023 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1154  shikimate 5-dehydrogenase  37.5 
 
 		 298 aa  149  4e-35  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0550  shikimate 5-dehydrogenase  32.1 
 
 		 273 aa  148  1.0000000000000001e-34  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.950076 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0148  shikimate 5-dehydrogenase  38.99 
 
 		 297 aa  148  1.0000000000000001e-34  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2736  shikimate 5-dehydrogenase  39.72 
 
 		 298 aa  147  1.0000000000000001e-34  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.302287  normal  0.994524 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2860  shikimate 5-dehydrogenase  36.15 
 
 		 276 aa  147  2.0000000000000003e-34  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.928598  normal  0.516476 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0656  shikimate 5-dehydrogenase  41.13 
 
 		 297 aa  147  2.0000000000000003e-34  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.323596  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2596  shikimate 5-dehydrogenase  40.36 
 
 		 290 aa  146  3e-34  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3384  shikimate 5-dehydrogenase  41.83 
 
 		 292 aa  145  6e-34  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.442523 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1630  shikimate 5-dehydrogenase  40.74 
 
 		 290 aa  145  9e-34  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6806  shikimate 5-dehydrogenase  41.18 
 
 		 282 aa  144  2e-33  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0429993  normal  0.348952 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1653  shikimate 5-dehydrogenase  32.22 
 
 		 268 aa  144  2e-33  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1054  shikimate 5-dehydrogenase  34.56 
 
 		 275 aa  144  2e-33  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1688  shikimate 5-dehydrogenase  32.22 
 
 		 268 aa  144  2e-33  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.8714  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4417  shikimate 5-dehydrogenase  38.55 
 
 		 288 aa  142  6e-33  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4481  shikimate 5-dehydrogenase  38.55 
 
 		 288 aa  142  6e-33  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.148819 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1798  shikimate 5-dehydrogenase  33.21 
 
 		 286 aa  140  1.9999999999999998e-32  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1819  shikimate 5-dehydrogenase  42.32 
 
 		 271 aa  140  1.9999999999999998e-32  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.302994  normal  0.244145 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2537  shikimate 5-dehydrogenase  41.8 
 
 		 280 aa  139  3e-32  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2746  shikimate 5-dehydrogenase  38.97 
 
 		 288 aa  138  8.999999999999999e-32  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0290691  normal  0.306598 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3537  shikimate 5-dehydrogenase  38.32 
 
 		 295 aa  138  1e-31  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.784567  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0993  shikimate 5-dehydrogenase  36 
 
 		 276 aa  136  3.0000000000000003e-31  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2187  shikimate 5-dehydrogenase  35.64 
 
 		 301 aa  136  3.0000000000000003e-31  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.134368 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0450  shikimate 5-dehydrogenase  30.6 
 
 		 278 aa  136  3.0000000000000003e-31  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0121036  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1558  shikimate dehydrogenase  42.64 
 
 		 295 aa  136  5e-31  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.523819 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1138  shikimate 5-dehydrogenase  31.97 
 
 		 261 aa  135  5e-31  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1774  shikimate 5-dehydrogenase  34.18 
 
 		 293 aa  135  8e-31  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0571  shikimate 5-dehydrogenase  35.23 
 
 		 263 aa  135  9e-31  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0851  shikimate 5-dehydrogenase  36.56 
 
 		 292 aa  135  9e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_18961  shikimate 5-dehydrogenase  32.38 
 
 		 286 aa  134  9.999999999999999e-31  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2675  shikimate 5-dehydrogenase  35 
 
 		 289 aa  135  9.999999999999999e-31  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3450  shikimate 5-dehydrogenase  38.32 
 
 		 278 aa  134  9.999999999999999e-31  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4285  shikimate 5-dehydrogenase  41.96 
 
 		 282 aa  134  9.999999999999999e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0105341 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0854  shikimate dehydrogenase  32.05 
 
 		 298 aa  135  9.999999999999999e-31  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1829  shikimate 5-dehydrogenase  39.53 
 
 		 282 aa  135  9.999999999999999e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.037769 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3211  shikimate 5-dehydrogenase  38.27 
 
 		 286 aa  134  1.9999999999999998e-30  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0182  shikimate 5-dehydrogenase  38.55 
 
 		 298 aa  134  1.9999999999999998e-30  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1184  shikimate 5-dehydrogenase  30.89 
 
 		 273 aa  134  1.9999999999999998e-30  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.504249  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0361  shikimate 5-dehydrogenase  38.55 
 
 		 298 aa  134  1.9999999999999998e-30  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.746823 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05960  shikimate 5-dehydrogenase  35.63 
 
 		 289 aa  134  1.9999999999999998e-30  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_19151  shikimate 5-dehydrogenase  32.5 
 
 		 286 aa  134  1.9999999999999998e-30  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2150  shikimate 5-dehydrogenase-like oxidoreductase  38.97 
 
 		 283 aa  133  3e-30  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.411469  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1719  shikimate 5-dehydrogenase  30.96 
 
 		 279 aa  133  3e-30  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.049913  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2895  shikimate 5-dehydrogenase  36.96 
 
 		 279 aa  133  3e-30  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0777149  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0183  shikimate 5-dehydrogenase  30.36 
 
 		 280 aa  132  5e-30  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0442  shikimate 5-dehydrogenase  33.57 
 
 		 286 aa  132  7.999999999999999e-30  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.437298  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3037  shikimate 5-dehydrogenase  41.95 
 
 		 265 aa  132  7.999999999999999e-30  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.314744  normal  0.137134 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2671  shikimate 5-dehydrogenase  37.36 
 
 		 279 aa  132  7.999999999999999e-30  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.134722  normal  0.358722 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0708  shikimate dehydrogenase  34.38 
 
 		 295 aa  132  7.999999999999999e-30  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1314  shikimate 5-dehydrogenase  29.43 
 
 		 311 aa  131  1.0000000000000001e-29  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0004  shikimate 5-dehydrogenase  38.24 
 
 		 286 aa  131  1.0000000000000001e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2304  shikimate 5-dehydrogenase  36.04 
 
 		 289 aa  131  1.0000000000000001e-29  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1921  shikimate 5-dehydrogenase  33.96 
 
 		 286 aa  131  1.0000000000000001e-29  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  unclonable  0.0000576763  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_30051  shikimate 5-dehydrogenase  33.11 
 
 		 322 aa  131  1.0000000000000001e-29  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.355106 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1234  shikimate 5-dehydrogenase  36.73 
 
 		 279 aa  130  2.0000000000000002e-29  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3480  shikimate 5-dehydrogenase  37.55 
 
 		 279 aa  130  2.0000000000000002e-29  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1504  quinate/shikimate dehydrogenase  32.97 
 
 		 288 aa  130  2.0000000000000002e-29  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0010931 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1163  shikimate 5-dehydrogenase  30.74 
 
 		 269 aa  130  3e-29  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.33376  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_408  shikimate 5-dehydrogenase  34.3 
 
 		 286 aa  130  3e-29  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4263  shikimate 5-dehydrogenase  37.94 
 
 		 285 aa  129  4.0000000000000003e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.43866  normal  0.585644 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01661  quinate/shikimate 5-dehydrogenase, NAD(P)-binding  32.6 
 
 		 288 aa  129  5.0000000000000004e-29  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1950  Quinate/shikimate dehydrogenase  32.6 
 
 		 288 aa  129  5.0000000000000004e-29  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.210326  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1895  quinate/shikimate dehydrogenase  32.6 
 
 		 288 aa  129  5.0000000000000004e-29  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1773  quinate/shikimate dehydrogenase  32.6 
 
 		 288 aa  129  5.0000000000000004e-29  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01650  hypothetical protein  32.6 
 
 		 288 aa  129  5.0000000000000004e-29  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2408  quinate/shikimate dehydrogenase  32.6 
 
 		 288 aa  129  5.0000000000000004e-29  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.419065 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1939  quinate/shikimate dehydrogenase  32.6 
 
 		 288 aa  129  5.0000000000000004e-29  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000737953 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_18961  shikimate 5-dehydrogenase  29.64 
 
 		 285 aa  129  5.0000000000000004e-29  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2790  shikimate 5-dehydrogenase  39.21 
 
 		 280 aa  129  7.000000000000001e-29  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2066  shikimate 5-dehydrogenase  35.94 
 
 		 283 aa  129  7.000000000000001e-29  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1908  quinate/shikimate dehydrogenase  32.23 
 
 		 288 aa  128  8.000000000000001e-29  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1345  quinate/shikimate 5-dehydrogenase  35.69 
 
 		 287 aa  128  1.0000000000000001e-28  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.786263  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>