More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_2040 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_2040  diguanylate cyclase  100 
 
 		 347 aa  711    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.405567  normal  0.0142229 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2077  diguanylate cyclase  67.54 
 
 		 343 aa  504  1e-141  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.984314  normal  0.163131 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2531  diguanylate cyclase  61.47 
 
 		 347 aa  453  1.0000000000000001e-126  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.204125  normal  0.837026 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2325  diguanylate cyclase  59.94 
 
 		 350 aa  442  1e-123  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.74843  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2092  diguanylate cyclase  61.38 
 
 		 342 aa  423  1e-117  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0157551  normal  0.671157 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2104  diguanylate cyclase  61.38 
 
 		 342 aa  423  1e-117  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2253  diguanylate cyclase  61.38 
 
 		 342 aa  422  1e-117  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0242555  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2370  diguanylate cyclase  61.38 
 
 		 342 aa  423  1e-117  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.257282  normal  0.644967 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2096  diguanylate cyclase  60.78 
 
 		 368 aa  419  1e-116  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1872  diguanylate cyclase  59.88 
 
 		 342 aa  409  1e-113  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.97558 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2227  diguanylate cyclase  58.98 
 
 		 342 aa  407  1.0000000000000001e-112  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2049  GGDEF family protein  59.87 
 
 		 319 aa  394  1e-108  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1927  diguanylate cyclase  55.29 
 
 		 340 aa  383  1e-105  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0449945  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1878  GGDEF domain-containing protein  52.55 
 
 		 339 aa  369  1e-101  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2102  diguanylate cyclase  60.33 
 
 		 308 aa  370  1e-101  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.307021  normal  0.599711 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1759  GGDEF domain-containing protein  50.15 
 
 		 355 aa  328  1.0000000000000001e-88  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.538539  normal  0.0215764 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1019  diguanylate cyclase  38.86 
 
 		 351 aa  210  3e-53  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2754  diguanylate cyclase  35.71 
 
 		 355 aa  199  5e-50  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0798314  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2986  diguanylate cyclase  34.95 
 
 		 352 aa  189  9e-47  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0275567 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2462  GGDEF domain-containing protein  34.63 
 
 		 355 aa  188  1e-46  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.118701  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2834  diguanylate cyclase  33.98 
 
 		 355 aa  187  3e-46  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.15225  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3973  hypothetical protein  33.04 
 
 		 355 aa  187  3e-46  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0517181  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2322  diguanylate cyclase  34.23 
 
 		 354 aa  186  4e-46  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0172  GGDEF domain-containing protein  33.96 
 
 		 328 aa  182  1e-44  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1290  diguanylate cyclase  31.82 
 
 		 353 aa  179  9e-44  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4332  diguanylate cyclase  32.24 
 
 		 353 aa  176  6e-43  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.338226 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3983  diguanylate cyclase  33.23 
 
 		 369 aa  173  3.9999999999999995e-42  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.349216  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1658  diguanylate cyclase  32.34 
 
 		 354 aa  170  3e-41  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.287196  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4352  diguanylate cyclase  33.23 
 
 		 369 aa  170  4e-41  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.560351 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3254  diguanylate cyclase  29.94 
 
 		 351 aa  168  1e-40  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00411067  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4463  diguanylate cyclase  33.23 
 
 		 372 aa  166  5e-40  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.379038 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1323  diguanylate cyclase  30.96 
 
 		 350 aa  164  1.0000000000000001e-39  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.134516  normal  0.420197 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3324  diguanylate cyclase  30.75 
 
 		 353 aa  164  2.0000000000000002e-39  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1264  diguanylate cyclase  32.14 
 
 		 355 aa  163  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.196717  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2596  diguanylate cyclase  32.69 
 
 		 343 aa  162  7e-39  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0998  diguanylate cyclase  33.12 
 
 		 352 aa  159  7e-38  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.660105  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2514  diguanylate cyclase  30.72 
 
 		 341 aa  156  6e-37  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.39605  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0200  diguanylate cyclase  30 
 
 		 352 aa  152  1e-35  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.321217  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0457  diguanylate cyclase  28.96 
 
 		 349 aa  151  1e-35  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.163256  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000797  GGDEF family protein  29.27 
 
 		 337 aa  151  1e-35  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2490  diguanylate cyclase  32.35 
 
 		 341 aa  149  6e-35  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.316308  normal  0.521612 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06694  hypothetical protein  28.96 
 
 		 337 aa  148  1.0000000000000001e-34  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1832  diguanylate cyclase  30.79 
 
 		 504 aa  145  7.0000000000000006e-34  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.252767  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1643  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  43.96 
 
 		 316 aa  142  9.999999999999999e-33  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.176359  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2126  diguanylate cyclase  30.5 
 
 		 341 aa  141  9.999999999999999e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.128443  normal  0.0489303 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2395  diguanylate cyclase  33.02 
 
 		 359 aa  142  9.999999999999999e-33  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.423308  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2197  GGDEF family protein  29.48 
 
 		 341 aa  141  1.9999999999999998e-32  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3704  diguanylate cyclase  41.05 
 
 		 460 aa  141  1.9999999999999998e-32  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0078  GGDEF domain-containing protein  41.3 
 
 		 565 aa  140  1.9999999999999998e-32  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0465  diguanylate cyclase  29.08 
 
 		 340 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.254562  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4245  GGDEF domain-containing protein  47.5 
 
 		 477 aa  140  3e-32  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1831  diguanylate cyclase  30.45 
 
 		 341 aa  140  3e-32  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0533362  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1805  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  42.08 
 
 		 960 aa  140  3e-32  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1845  diguanylate cyclase  30.75 
 
 		 341 aa  140  3e-32  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.103325  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2446  diguanylate cyclase  30.45 
 
 		 341 aa  140  3e-32  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0209282  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0680  diguanylate cyclase  40.53 
 
 		 466 aa  140  3.9999999999999997e-32  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3261  diguanylate cyclase  29.81 
 
 		 360 aa  139  6e-32  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.455053  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1879  diguanylate cyclase  30.15 
 
 		 341 aa  139  7e-32  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.182724  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3550  diguanylate cyclase  44.85 
 
 		 559 aa  139  7.999999999999999e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.953301  normal  0.354246 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0392  diguanylate cyclase  44.19 
 
 		 768 aa  138  1e-31  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.000907702  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2151  diguanylate cyclase  39.09 
 
 		 583 aa  138  1e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.984421  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1795  diguanylate cyclase  31.36 
 
 		 339 aa  138  1e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1741  diguanylate cyclase  29.8 
 
 		 341 aa  138  1e-31  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2198  diguanylate cyclase  30.03 
 
 		 341 aa  138  2e-31  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.83837  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2275  diguanylate cyclase  30.03 
 
 		 341 aa  137  2e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.131648  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2075  GGDEF protein  32.2 
 
 		 334 aa  138  2e-31  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.605759  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2254  sensory box protein  44.31 
 
 		 422 aa  137  2e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0809  hypothetical protein  39.68 
 
 		 516 aa  137  3.0000000000000003e-31  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2019  diguanylate cyclase  29.47 
 
 		 355 aa  137  3.0000000000000003e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0050  putative diguanylate cyclase  37.5 
 
 		 696 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.315879  normal  0.219682 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2207  diguanylate cyclase  46.11 
 
 		 735 aa  137  3.0000000000000003e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2626  diguanylate cyclase  34.26 
 
 		 599 aa  137  3.0000000000000003e-31  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2827  diguanylate cyclase  32.44 
 
 		 348 aa  137  3.0000000000000003e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3807  diguanylate cyclase  52.44 
 
 		 510 aa  136  4e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.417307 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1122  GGDEF domain-containing protein  47.88 
 
 		 506 aa  137  4e-31  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.014859  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2408  diguanylate cyclase  30.33 
 
 		 341 aa  136  4e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.62942  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4649  diguanylate cyclase  52.44 
 
 		 510 aa  136  4e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3714  diguanylate cyclase  52.44 
 
 		 510 aa  136  4e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.28391  normal  0.0412955 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1336  diguanylate cyclase  38.65 
 
 		 439 aa  136  5e-31  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0220322  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0638  diguanylate cyclase  40.19 
 
 		 569 aa  136  5e-31  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1934  hypothetical protein  41.86 
 
 		 634 aa  135  7.000000000000001e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2939  GGDEF  39.91 
 
 		 318 aa  136  7.000000000000001e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.417006  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0780  hypothetical protein  39.68 
 
 		 516 aa  135  8e-31  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3023  diguanylate cyclase  46.88 
 
 		 362 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2715  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.3 
 
 		 314 aa  135  9.999999999999999e-31  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2241  diguanylate cyclase  30.31 
 
 		 355 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1501  diguanylate cyclase  41.94 
 
 		 360 aa  134  1.9999999999999998e-30  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.15986  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0803  diguanylate cyclase  39 
 
 		 346 aa  134  1.9999999999999998e-30  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4297  diguanylate cyclase  43.17 
 
 		 522 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0491288  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2312  GGDEF domain-containing protein  28.49 
 
 		 341 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1949  sensory box/GGDEF family protein  41.4 
 
 		 579 aa  134  1.9999999999999998e-30  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.773832  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2202  diguanylate cyclase  28.88 
 
 		 342 aa  135  1.9999999999999998e-30  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.758849  normal  0.575152 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1681  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45 
 
 		 496 aa  134  3e-30  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.650455  unclonable  0.00000301378 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0620  diguanylate cyclase  44.71 
 
 		 517 aa  134  3e-30  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0089586 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0058  diguanylate cyclase  43.81 
 
 		 565 aa  134  3e-30  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.714624  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4104  diguanylate cyclase  41.41 
 
 		 610 aa  134  3e-30  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.147884 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0413  diguanylate cyclase  45 
 
 		 373 aa  133  3.9999999999999996e-30  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.191775  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1143  diguanylate cyclase  47.2 
 
 		 532 aa  133  3.9999999999999996e-30  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1576  diguanylate cyclase  45.34 
 
 		 764 aa  133  3.9999999999999996e-30  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1281  diguanylate cyclase with GAF sensor  43.43 
 
 		 586 aa  133  3.9999999999999996e-30  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>