More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_2287 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009952  Dshi_2287  putative TRAP transporter  100 
 
 
639 aa  1217    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1255  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  36.64 
 
 
662 aa  281  3e-74  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0618  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  39.25 
 
 
649 aa  280  9e-74  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3211  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  34.38 
 
 
656 aa  268  2e-70  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0359  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  37.53 
 
 
723 aa  264  4e-69  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0524012  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4025  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  32.12 
 
 
677 aa  261  3e-68  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3829  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  32.3 
 
 
677 aa  261  3e-68  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3902  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  32.12 
 
 
677 aa  261  3e-68  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3721  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  34.81 
 
 
628 aa  261  3e-68  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.457399  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0432  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  32.12 
 
 
677 aa  259  1e-67  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2349  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  37.64 
 
 
731 aa  258  2e-67  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.179181  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4559  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  33.67 
 
 
675 aa  258  2e-67  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_73110  hypothetical protein  33.4 
 
 
674 aa  258  3e-67  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6346  hypothetical protein  34 
 
 
674 aa  257  6e-67  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0372  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  36.3 
 
 
636 aa  256  7e-67  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3624  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  34.48 
 
 
703 aa  254  4.0000000000000004e-66  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3382  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  31.05 
 
 
677 aa  253  8.000000000000001e-66  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.672695  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0986  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  36.36 
 
 
656 aa  251  2e-65  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0127241  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3955  transporter, putative  34.72 
 
 
675 aa  251  3e-65  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.300174 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3569  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  31.78 
 
 
677 aa  251  3e-65  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0460  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  31.61 
 
 
677 aa  251  4e-65  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0456  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  31.62 
 
 
677 aa  249  9e-65  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1194  TRAP transporter  36.24 
 
 
743 aa  248  2e-64  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3565  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  32.16 
 
 
683 aa  248  3e-64  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.274322  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3266  hypothetical protein  34.69 
 
 
715 aa  247  6e-64  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.491727 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4159  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  37.33 
 
 
649 aa  243  1e-62  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.876202  normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0799  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  32.74 
 
 
657 aa  241  2e-62  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.897954  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0455  transporter  30.81 
 
 
677 aa  239  8e-62  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2685  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  31.66 
 
 
632 aa  238  2e-61  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.486304  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0873  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  35.57 
 
 
757 aa  238  2e-61  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.575747  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1634  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  31.08 
 
 
700 aa  234  4.0000000000000004e-60  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0743  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  35.56 
 
 
687 aa  234  4.0000000000000004e-60  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0748  TRAP-T family transporter fused inner membrane subunits  35.56 
 
 
694 aa  233  7.000000000000001e-60  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.546913  normal  0.914898 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2409  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  37 
 
 
725 aa  232  2e-59  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.275658  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2673  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  32.22 
 
 
647 aa  231  3e-59  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.488379  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0382  integral membrane protein  34.92 
 
 
658 aa  231  4e-59  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0432  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  31.35 
 
 
677 aa  229  9e-59  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1614  TRAP dicarboxylate family transporter DctQ subunit  33.09 
 
 
705 aa  228  3e-58  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2428  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  33.33 
 
 
683 aa  226  7e-58  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.865765  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0291  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  34.3 
 
 
702 aa  226  1e-57  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.658932  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0315  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  33.97 
 
 
691 aa  226  1e-57  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.171628  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1192  hypothetical protein  33.62 
 
 
682 aa  225  2e-57  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0663  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  32.56 
 
 
688 aa  225  2e-57  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1466  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  36.01 
 
 
621 aa  225  3e-57  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0290  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  32.45 
 
 
662 aa  224  4e-57  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.433897  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0994  TRAP transporter  33.64 
 
 
639 aa  224  4.9999999999999996e-57  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.166639  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2879  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  30.67 
 
 
739 aa  220  5e-56  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.512732  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0032  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  31.92 
 
 
737 aa  218  2e-55  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.764201  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0847  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  33.72 
 
 
635 aa  216  9.999999999999999e-55  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2073  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  34.78 
 
 
706 aa  215  1.9999999999999998e-54  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.748226  normal  0.29835 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0938  C4-dicarboxylate transporter  30.91 
 
 
697 aa  214  4.9999999999999996e-54  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.944103  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0388  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  30.53 
 
 
724 aa  210  7e-53  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.648814  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1091  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  33.4 
 
 
641 aa  209  1e-52  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.768429  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3796  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  34.37 
 
 
641 aa  207  3e-52  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000778061 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2595  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  32.91 
 
 
634 aa  206  1e-51  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.379501 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4330  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  31.59 
 
 
706 aa  205  2e-51  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.200779 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0933  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  32.54 
 
 
634 aa  205  2e-51  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4399  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  30.96 
 
 
705 aa  204  4e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.859318  normal  0.285387 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4225  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  30.79 
 
 
706 aa  203  8e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.450059 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4100  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  31.01 
 
 
701 aa  202  9.999999999999999e-51  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.102466  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5001  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  32.24 
 
 
706 aa  202  9.999999999999999e-51  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.140245  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1879  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  31.12 
 
 
586 aa  201  3.9999999999999996e-50  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.781253  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2837  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  30.4 
 
 
717 aa  196  1e-48  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0648  N-carbamoyl-L-amino acid hydrolase (L-carbamoylase)  30.4 
 
 
688 aa  192  2e-47  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0081  transporter  28.14 
 
 
689 aa  191  5e-47  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.1356  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0538  transporter  29.4 
 
 
689 aa  190  9e-47  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1088  TRAP transporter  33.99 
 
 
595 aa  189  1e-46  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.149938  normal  0.307021 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3949  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  34.05 
 
 
688 aa  186  1.0000000000000001e-45  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.772343  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3311  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  32.88 
 
 
692 aa  185  3e-45  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.968927  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2109  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  33.7 
 
 
689 aa  184  4.0000000000000006e-45  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.527307  normal  0.040839 
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3943  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  33.48 
 
 
666 aa  184  6e-45  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.386566  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0355  integral membrane transport protein  35.18 
 
 
859 aa  183  7e-45  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.15446  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2847  hypothetical protein  38.36 
 
 
854 aa  182  1e-44  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1634  TRAP transporter transmembrane protein  30.31 
 
 
681 aa  182  2e-44  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0894778  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0341  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  30.66 
 
 
639 aa  181  2.9999999999999997e-44  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.20739  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2158  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  32.01 
 
 
671 aa  181  2.9999999999999997e-44  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.362569  normal  0.151437 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4445  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  36.72 
 
 
852 aa  178  3e-43  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0646  TRAP-type uncharacterized transport system, fused permease components  35.16 
 
 
700 aa  177  5e-43  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001680  TRAP-type uncharacterized transport system fused permease component  35.28 
 
 
859 aa  175  1.9999999999999998e-42  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2062  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  41.6 
 
 
866 aa  175  2.9999999999999996e-42  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.977688  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00792  hypothetical protein  35.86 
 
 
927 aa  174  2.9999999999999996e-42  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2903  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  31.94 
 
 
798 aa  174  3.9999999999999995e-42  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.857102  n/a   
 
 
-
 
NC_013924  Nmag_4025  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  31.87 
 
 
663 aa  173  1e-41  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1555  transporter  37.42 
 
 
927 aa  172  1e-41  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012030  Hlac_3526  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  31.09 
 
 
674 aa  172  2e-41  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3840  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  34.39 
 
 
837 aa  171  3e-41  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0404123  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2587  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  29.67 
 
 
663 aa  171  4e-41  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1039  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  41.33 
 
 
865 aa  168  2.9999999999999998e-40  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1891  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  42.73 
 
 
930 aa  166  1.0000000000000001e-39  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2670  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  42.58 
 
 
865 aa  165  2.0000000000000002e-39  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3010  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  32.52 
 
 
707 aa  164  4.0000000000000004e-39  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.783716  normal  0.957451 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_1412  TRAP dicarboxylate family transporter DctQ subunit  36.18 
 
 
877 aa  163  1e-38  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.358678  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3482  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  35.84 
 
 
870 aa  162  2e-38  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000811  TRAP-type uncharacterized transport system fused permease component  32.93 
 
 
707 aa  161  3e-38  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06716  hypothetical protein  32.93 
 
 
707 aa  161  4e-38  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2005  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  36.86 
 
 
884 aa  160  5e-38  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0467  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  28.91 
 
 
670 aa  158  2e-37  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1131  hypothetical protein  34.14 
 
 
577 aa  159  2e-37  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1444  TRAP transporter  33.9 
 
 
884 aa  154  4e-36  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.636964 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0724  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  38.83 
 
 
868 aa  154  4e-36  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>