153 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene MmarC7_1011 on replicon NC_009637
Organism: Methanococcus maripaludis C7



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009135  MmarC5_1670  tRNA pseudouridine synthase D  92.03 
 
 		 389 aa  724    Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1011  tRNA pseudouridine synthase D  100 
 
 		 389 aa  776    Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0935  tRNA pseudouridine synthase D  92.54 
 
 		 389 aa  728    Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1207  tRNA pseudouridine synthase D  71.5 
 
 		 389 aa  575  1.0000000000000001e-163  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1160  tRNA pseudouridine synthase D  56.28 
 
 		 399 aa  442  1e-123  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  decreased coverage  0.00000300328  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1378  tRNA pseudouridine synthase D TruD  28.06 
 
 		 455 aa  206  7e-52  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.416221  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1366  tRNA pseudouridine synthase D TruD  27.04 
 
 		 455 aa  204  1e-51  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.206358  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2489  tRNA pseudouridine synthase D, TruD  27.04 
 
 		 457 aa  204  2e-51  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.983394  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1463  tRNA pseudouridine synthase D TruD  26.53 
 
 		 455 aa  199  7e-50  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.278436  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3118  tRNA pseudouridine synthase D TruD  32.83 
 
 		 432 aa  196  8.000000000000001e-49  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.709417  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1745  pseudouridylate synthase  32.14 
 
 		 386 aa  194  2e-48  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.0000000122124  normal  0.627089 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2197  tRNA pseudouridine synthase D TruD  32.58 
 
 		 395 aa  174  2.9999999999999996e-42  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000286837  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0528  tRNA pseudouridine synthase D TruD  26.52 
 
 		 385 aa  135  9.999999999999999e-31  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0971  tRNA pseudouridine synthase D, TruD  26.24 
 
 		 399 aa  135  9.999999999999999e-31  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1701  pseudouridylate synthase  26.65 
 
 		 400 aa  130  4.0000000000000003e-29  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000153174  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0760  hypothetical protein  25.44 
 
 		 398 aa  130  5.0000000000000004e-29  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000392805  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2406  tRNA pseudouridine synthase D TruD  25.31 
 
 		 480 aa  125  1e-27  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.967787  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3033  tRNA pseudouridine synthase D, TruD  25.75 
 
 		 404 aa  125  2e-27  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00845605  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0398  tRNA pseudouridine synthase D  26.38 
 
 		 433 aa  120  4.9999999999999996e-26  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0520  hypothetical protein  25.06 
 
 		 408 aa  117  1.9999999999999998e-25  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0892738  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1399  pseudouridylate synthase  25.06 
 
 		 423 aa  116  6.9999999999999995e-25  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.770816  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0803  hypothetical protein  26.87 
 
 		 422 aa  115  2.0000000000000002e-24  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.929073  hitchhiker  0.0000530348 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0906  pseudouridylate synthase  29.92 
 
 		 423 aa  110  4.0000000000000004e-23  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.0000103937 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0808  pseudouridylate synthase  24.7 
 
 		 422 aa  109  8.000000000000001e-23  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.110756  normal  0.32964 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1281  tRNA pseudouridine synthase D  25.48 
 
 		 439 aa  109  9.000000000000001e-23  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3206  tRNA pseudouridine synthase D  26.21 
 
 		 438 aa  108  1e-22  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.688587  hitchhiker  0.00519063 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0017  tRNA pseudouridine synthase D  23.95 
 
 		 449 aa  108  1e-22  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1445  tRNA pseudouridine synthase D TruD  24 
 
 		 398 aa  105  1e-21  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1474  tRNA pseudouridine synthase D TruD  25.52 
 
 		 454 aa  105  2e-21  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2096  tRNA pseudouridine synthase D TruD  26.94 
 
 		 422 aa  103  4e-21  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2776  tRNA pseudouridine synthase D TruD  23.21 
 
 		 420 aa  102  2e-20  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.664077  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0685  pseudouridylate synthase  25.83 
 
 		 444 aa  102  2e-20  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1782  pseudouridylate synthase  23.89 
 
 		 411 aa  100  5e-20  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    hitchhiker  0.00000171757 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1032  tRNA pseudouridine synthase D  34.08 
 
 		 357 aa  98.2  2e-19  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.589732  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0756  tRNA pseudouridine synthase D TruD  25.8 
 
 		 402 aa  97.1  5e-19  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.476979  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2665  tRNA pseudouridine synthase D  21.4 
 
 		 452 aa  95.1  2e-18  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0245  tRNA pseudouridine synthase D TruD  36.2 
 
 		 388 aa  94.4  3e-18  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.107807  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1576  tRNA pseudouridine synthase D TruD  25.82 
 
 		 443 aa  93.2  8e-18  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.0247581  normal  1 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1240  tRNA pseudouridine synthase D TruD  29.7 
 
 		 410 aa  92.4  1e-17  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0572  tRNA pseudouridine synthase D  22.58 
 
 		 483 aa  92.8  1e-17  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.0939983  normal  0.837825 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0138  pseudouridylate synthase  33.33 
 
 		 350 aa  90.1  5e-17  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0151671  normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1488  tRNA pseudouridine synthase D TruD  27.91 
 
 		 390 aa  89.7  9e-17  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1148  tRNA pseudouridine synthase D TruD  31.19 
 
 		 363 aa  88.6  2e-16  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3436  hypothetical protein  34.15 
 
 		 370 aa  86.7  6e-16  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0511  pseudouridylate synthase  24.69 
 
 		 412 aa  87  6e-16  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  0.0173312 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2753  pseudouridylate synthase  34.15 
 
 		 360 aa  86.7  7e-16  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.908437  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1005  tRNA pseudouridine synthase D TruD  35.53 
 
 		 359 aa  84.7  0.000000000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.604587  normal  0.323448 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2519  tRNA pseudouridine synthase D  33.55 
 
 		 354 aa  85.1  0.000000000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1209  pseudouridylate synthase  34.15 
 
 		 355 aa  85.1  0.000000000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.269002  normal  1 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1684  pseudouridylate synthase  21.53 
 
 		 413 aa  85.1  0.000000000000002  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.667214  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0276  tRNA pseudouridine synthase D TruD  27.74 
 
 		 430 aa  84.7  0.000000000000002  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1056  pseudouridylate synthase  31.52 
 
 		 357 aa  84.3  0.000000000000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3123  tRNA pseudouridine synthase D TruD  31.9 
 
 		 377 aa  84.3  0.000000000000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.739944  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3275  tRNA pseudouridine synthase D TruD  31.9 
 
 		 377 aa  84.7  0.000000000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1241  tRNA pseudouridine synthase D TruD  31.9 
 
 		 377 aa  84  0.000000000000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.148473  hitchhiker  0.0000000000992324 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1119  pseudouridylate synthase  33.54 
 
 		 375 aa  84.3  0.000000000000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.774647  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1190  pseudouridylate synthase  33.54 
 
 		 375 aa  84.3  0.000000000000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1120  tRNA pseudouridine synthase D, TruD  33.54 
 
 		 375 aa  84.3  0.000000000000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3132  tRNA pseudouridine synthase D TruD  31.9 
 
 		 377 aa  84  0.000000000000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0372  tRNA pseudouridine synthase D  32.89 
 
 		 362 aa  83.2  0.000000000000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0990  pseudouridylate synthase  26.1 
 
 		 390 aa  83.6  0.000000000000006  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0542  tRNA pseudouridine synthase D TruD  32.89 
 
 		 362 aa  83.2  0.000000000000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.238992  hitchhiker  0.000000811718 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3351  tRNA pseudouridine synthase D  33.52 
 
 		 348 aa  83.2  0.000000000000006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1411  tRNA pseudouridine synthase D TruD  29.52 
 
 		 345 aa  83.2  0.000000000000007  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0089  tRNA pseudouridine synthase D  33.56 
 
 		 377 aa  83.2  0.000000000000007  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1617  tRNA pseudouridine synthase D TruD  34 
 
 		 357 aa  83.2  0.000000000000008  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.0830625 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1200  pseudouridylate synthase  30.49 
 
 		 362 aa  83.2  0.000000000000008  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00296391  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0869  tRNA pseudouridine synthase D  33.78 
 
 		 357 aa  83.2  0.000000000000008  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1198  tRNA pseudouridine synthase TruD  27.36 
 
 		 398 aa  82.8  0.000000000000008  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3784  tRNA pseudouridine synthase D TruD  27.33 
 
 		 348 aa  82.4  0.00000000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1400  hypothetical protein  35.8 
 
 		 338 aa  82.8  0.00000000000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3859  pseudouridylate synthase  33.33 
 
 		 350 aa  82.4  0.00000000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.629248  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3346  tRNA pseudouridine synthase D TruD  34.15 
 
 		 355 aa  82  0.00000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00141322  hitchhiker  0.000000295162 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1294  pseudouridylate synthase  33.74 
 
 		 356 aa  80.9  0.00000000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.918905  hitchhiker  0.00000000169172 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3508  tRNA pseudouridine synthase D  34.5 
 
 		 348 aa  80.9  0.00000000000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0828  tRNA pseudouridine synthase D  30.97 
 
 		 348 aa  80.9  0.00000000000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.218757 
 
 
-
 
NC_011674  PHATRDRAFT_45251  predicted protein  28.09 
 
 		 656 aa  80.5  0.00000000000005  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3429  tRNA pseudouridine synthase D  33.73 
 
 		 349 aa  80.1  0.00000000000005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.291589  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3297  tRNA pseudouridine synthase D  33.73 
 
 		 349 aa  80.1  0.00000000000005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1189  tRNA pseudouridine synthase D TruD  35.53 
 
 		 354 aa  80.1  0.00000000000006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0962  tRNA pseudouridine synthase D  33.73 
 
 		 349 aa  80.1  0.00000000000006  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1593  hypothetical protein  33.95 
 
 		 338 aa  79.7  0.00000000000007  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0406  tRNA pseudouridine synthase D  32.72 
 
 		 375 aa  80.1  0.00000000000007  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1499  tRNA pseudouridine synthase D  35.62 
 
 		 335 aa  79.7  0.00000000000008  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.128377  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0594  pseudouridylate synthase  34.39 
 
 		 359 aa  79  0.0000000000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.124721  normal  0.779245 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1456  tRNA pseudouridine synthase D  27.1 
 
 		 343 aa  78.2  0.0000000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0674  pseudouridylate synthase  35.76 
 
 		 344 aa  78.2  0.0000000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.305737  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0838  tRNA pseudouridine synthase D  31.54 
 
 		 352 aa  78.6  0.0000000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1984  tRNA pseudouridine synthase D, TruD  33.74 
 
 		 389 aa  78.6  0.0000000000002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00100615 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3769  tRNA pseudouridine synthase D TruD  22 
 
 		 349 aa  78.6  0.0000000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1009  tRNA pseudouridine synthase D  32.12 
 
 		 365 aa  78.6  0.0000000000002  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0774  tRNA pseudouridine synthase D  24.21 
 
 		 374 aa  78.6  0.0000000000002  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1040  pseudouridylate synthase  30.86 
 
 		 360 aa  77.8  0.0000000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.871922 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2510  tRNA pseudouridine synthase D  33.99 
 
 		 348 aa  77.4  0.0000000000004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3643  pseudouridylate synthase  27.95 
 
 		 347 aa  77  0.0000000000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.320312  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1181  tRNA pseudouridine synthase D TruD  24.06 
 
 		 361 aa  76.3  0.0000000000008  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0058  tRNA pseudouridine synthase D  30.92 
 
 		 361 aa  75.5  0.000000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1594  tRNA pseudouridine synthase D TruD  21.98 
 
 		 412 aa  75.9  0.000000000001  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1340  pseudouridylate synthase  37.4 
 
 		 291 aa  75.1  0.000000000002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.185288  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1249  pseudouridylate synthase  33.33 
 
 		 329 aa  75.1  0.000000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.883014  normal  0.601505 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>