151 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sdel_1181 on replicon NC_013512
Organism: Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013512  Sdel_1181  tRNA pseudouridine synthase D TruD  100 
 
 		 361 aa  745    Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0774  tRNA pseudouridine synthase D  52.76 
 
 		 374 aa  394  1e-108  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1009  tRNA pseudouridine synthase D  52.42 
 
 		 365 aa  389  1e-107  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1041  tRNA pseudouridine synthase D  53.06 
 
 		 374 aa  380  1e-104  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.0766791  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1631  tRNA pseudouridine synthase D  54.78 
 
 		 372 aa  377  1e-103  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1450  tRNA pseudouridine synthase D  55.06 
 
 		 372 aa  377  1e-103  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0406  tRNA pseudouridine synthase D  52.1 
 
 		 375 aa  374  1e-102  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1792  tRNA pseudouridine synthase D  54.49 
 
 		 372 aa  371  1e-101  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0089  tRNA pseudouridine synthase D  51.25 
 
 		 377 aa  367  1e-100  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1032  tRNA pseudouridine synthase D  48.76 
 
 		 357 aa  359  3e-98  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.589732  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0594  pseudouridylate synthase  34.63 
 
 		 359 aa  204  2e-51  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.124721  normal  0.779245 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1340  pseudouridylate synthase  38.11 
 
 		 291 aa  184  2.0000000000000003e-45  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.185288  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3769  tRNA pseudouridine synthase D TruD  33.43 
 
 		 349 aa  180  4e-44  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3643  pseudouridylate synthase  32.32 
 
 		 347 aa  177  2e-43  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.320312  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3784  tRNA pseudouridine synthase D TruD  30.58 
 
 		 348 aa  173  2.9999999999999996e-42  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1400  hypothetical protein  34.55 
 
 		 338 aa  170  3e-41  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1617  tRNA pseudouridine synthase D TruD  33.43 
 
 		 357 aa  168  2e-40  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.0830625 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4647  tRNA pseudouridine synthase D TruD  29.97 
 
 		 355 aa  166  5.9999999999999996e-40  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1593  hypothetical protein  33.52 
 
 		 338 aa  165  1.0000000000000001e-39  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1005  tRNA pseudouridine synthase D TruD  29.36 
 
 		 359 aa  164  2.0000000000000002e-39  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.604587  normal  0.323448 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0760  hypothetical protein  30.59 
 
 		 398 aa  164  3e-39  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000392805  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1701  pseudouridylate synthase  28.82 
 
 		 400 aa  158  1e-37  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000153174  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0520  hypothetical protein  28.43 
 
 		 408 aa  154  2e-36  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0892738  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2776  tRNA pseudouridine synthase D TruD  29.19 
 
 		 420 aa  152  1e-35  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.664077  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1445  tRNA pseudouridine synthase D TruD  28.5 
 
 		 398 aa  150  3e-35  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1209  pseudouridylate synthase  30.43 
 
 		 355 aa  150  4e-35  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.269002  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3033  tRNA pseudouridine synthase D, TruD  29.38 
 
 		 404 aa  149  9e-35  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00845605  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002512  tRNA pseudouridine 13 synthase  28.23 
 
 		 347 aa  146  4.0000000000000006e-34  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.18424  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03521  tRNA pseudouridine synthase D  28.76 
 
 		 347 aa  147  4.0000000000000006e-34  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1456  tRNA pseudouridine synthase D  29.61 
 
 		 343 aa  146  5e-34  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0869  tRNA pseudouridine synthase D  28.65 
 
 		 357 aa  143  6e-33  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0971  tRNA pseudouridine synthase D, TruD  27.21 
 
 		 399 aa  140  1.9999999999999998e-32  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1074  hypothetical protein  29.33 
 
 		 367 aa  140  3.9999999999999997e-32  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0216  pseudouridylate synthase  28.12 
 
 		 346 aa  138  1e-31  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0245  tRNA pseudouridine synthase D TruD  27.27 
 
 		 388 aa  138  2e-31  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.107807  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00167  tRNA pseudouridine synthase D  27.76 
 
 		 403 aa  136  4e-31  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.37551  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0058  tRNA pseudouridine synthase D  29.14 
 
 		 361 aa  136  6.0000000000000005e-31  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1294  pseudouridylate synthase  29.4 
 
 		 356 aa  136  6.0000000000000005e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.918905  hitchhiker  0.00000000169172 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1835  tRNA pseudouridine synthase D  28.57 
 
 		 343 aa  135  9e-31  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.151087  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1499  tRNA pseudouridine synthase D  28.95 
 
 		 335 aa  134  1.9999999999999998e-30  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.128377  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1056  pseudouridylate synthase  28.41 
 
 		 357 aa  132  6.999999999999999e-30  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3297  tRNA pseudouridine synthase D  27.71 
 
 		 349 aa  132  6.999999999999999e-30  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3429  tRNA pseudouridine synthase D  27.71 
 
 		 349 aa  132  6.999999999999999e-30  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.291589  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0856  tRNA pseudouridine synthase D  27.37 
 
 		 358 aa  132  1.0000000000000001e-29  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0962  tRNA pseudouridine synthase D  27.71 
 
 		 349 aa  132  1.0000000000000001e-29  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2510  tRNA pseudouridine synthase D  29.23 
 
 		 348 aa  131  2.0000000000000002e-29  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3346  tRNA pseudouridine synthase D TruD  28.42 
 
 		 355 aa  130  3e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00141322  hitchhiker  0.000000295162 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0138  pseudouridylate synthase  29.16 
 
 		 350 aa  130  4.0000000000000003e-29  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0151671  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1249  pseudouridylate synthase  36.82 
 
 		 329 aa  130  5.0000000000000004e-29  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.883014  normal  0.601505 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2753  pseudouridylate synthase  28.18 
 
 		 360 aa  130  5.0000000000000004e-29  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.908437  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0838  tRNA pseudouridine synthase D  26.16 
 
 		 352 aa  129  9.000000000000001e-29  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3053  tRNA pseudouridine synthase D  28.53 
 
 		 349 aa  128  1.0000000000000001e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1120  tRNA pseudouridine synthase D, TruD  28.18 
 
 		 375 aa  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1040  pseudouridylate synthase  29.35 
 
 		 360 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.871922 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3123  tRNA pseudouridine synthase D TruD  27.52 
 
 		 377 aa  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.739944  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3238  tRNA pseudouridine synthase D  28.53 
 
 		 349 aa  128  1.0000000000000001e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3079  tRNA pseudouridine synthase D  28.53 
 
 		 349 aa  128  1.0000000000000001e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.737275 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3118  tRNA pseudouridine synthase D  28.53 
 
 		 349 aa  128  1.0000000000000001e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3275  tRNA pseudouridine synthase D TruD  27.52 
 
 		 377 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2519  tRNA pseudouridine synthase D  27.87 
 
 		 354 aa  128  2.0000000000000002e-28  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3134  tRNA pseudouridine synthase D  28.53 
 
 		 349 aa  128  2.0000000000000002e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0800342 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1696  hypothetical protein  26.5 
 
 		 403 aa  128  2.0000000000000002e-28  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17440  tRNA pseudouridine synthase D  27.73 
 
 		 355 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1241  tRNA pseudouridine synthase D TruD  27.52 
 
 		 377 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.148473  hitchhiker  0.0000000000992324 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1513  tRNA pseudouridine synthase D  28.29 
 
 		 355 aa  128  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3132  tRNA pseudouridine synthase D TruD  27.52 
 
 		 377 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2636  pseudouridylate synthase  27.81 
 
 		 348 aa  127  3e-28  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1984  tRNA pseudouridine synthase D, TruD  27.79 
 
 		 389 aa  127  4.0000000000000003e-28  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00100615 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3025  tRNA pseudouridine synthase D  26.78 
 
 		 352 aa  126  5e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000178626 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1190  pseudouridylate synthase  28.49 
 
 		 375 aa  125  9e-28  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3351  tRNA pseudouridine synthase D  27.49 
 
 		 348 aa  125  9e-28  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1119  pseudouridylate synthase  27.23 
 
 		 375 aa  125  1e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.774647  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0828  tRNA pseudouridine synthase D  27.87 
 
 		 348 aa  124  2e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.218757 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1971  pseudouridylate synthase  26.45 
 
 		 391 aa  124  3e-27  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38720  tRNA pseudouridine synthase D  27.84 
 
 		 352 aa  124  3e-27  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.711816  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1411  tRNA pseudouridine synthase D TruD  26.72 
 
 		 345 aa  124  3e-27  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3436  hypothetical protein  26.65 
 
 		 370 aa  123  5e-27  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3508  tRNA pseudouridine synthase D  26.09 
 
 		 348 aa  122  8e-27  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1128  tRNA pseudouridine synthase D  28.25 
 
 		 352 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1433  tRNA pseudouridine synthase D  27.86 
 
 		 338 aa  121  1.9999999999999998e-26  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.733655  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03723  Pseudouridylate synthase  26.65 
 
 		 361 aa  120  3e-26  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.143609  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1189  tRNA pseudouridine synthase D TruD  33.81 
 
 		 354 aa  120  4.9999999999999996e-26  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3859  pseudouridylate synthase  25.82 
 
 		 350 aa  119  6e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.629248  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3216  tRNA pseudouridine synthase D  26.89 
 
 		 349 aa  119  6e-26  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.285215 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2883  tRNA pseudouridine synthase D  27.67 
 
 		 349 aa  119  7e-26  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0967  tRNA pseudouridine synthase D  27.67 
 
 		 349 aa  119  7e-26  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.77182 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02595  tRNA pseudouridine synthase D  27.43 
 
 		 349 aa  119  9.999999999999999e-26  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0943  tRNA pseudouridine synthase D TruD  27.43 
 
 		 349 aa  119  9.999999999999999e-26  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.336475  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02560  hypothetical protein  27.43 
 
 		 349 aa  119  9.999999999999999e-26  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3046  tRNA pseudouridine synthase D  27.43 
 
 		 349 aa  119  9.999999999999999e-26  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.538175  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2870  tRNA pseudouridine synthase D  27.3 
 
 		 349 aa  118  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3996  tRNA pseudouridine synthase D  27.01 
 
 		 349 aa  117  3.9999999999999997e-25  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1200  pseudouridylate synthase  33.68 
 
 		 362 aa  116  6.9999999999999995e-25  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00296391  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1293  tRNA pseudouridine synthase D TruD  31.1 
 
 		 354 aa  115  1.0000000000000001e-24  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.970908  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3129  tRNA pseudouridine synthase D  27.14 
 
 		 349 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1619  tRNA pseudouridine synthase D  33.5 
 
 		 352 aa  114  3e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.241866 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0674  pseudouridylate synthase  27.27 
 
 		 344 aa  114  3e-24  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.305737  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4158  tRNA pseudouridine synthase D  33.5 
 
 		 352 aa  113  5e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.082047 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1303  tRNA pseudouridine synthase D TruD  27.17 
 
 		 363 aa  113  5e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1370  tRNA pseudouridine synthase D  27.07 
 
 		 352 aa  113  6e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.16694  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>