149 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_1619 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_1619  tRNA pseudouridine synthase D  100 
 
 		 352 aa  708    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.241866 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4158  tRNA pseudouridine synthase D  99.43 
 
 		 352 aa  706    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.082047 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1173  tRNA pseudouridine synthase D  96.88 
 
 		 352 aa  651    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.378018 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4056  tRNA pseudouridine synthase D  90.91 
 
 		 352 aa  586  1e-166  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000302919 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1128  tRNA pseudouridine synthase D  78.69 
 
 		 352 aa  576  1.0000000000000001e-163  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1370  tRNA pseudouridine synthase D  77.27 
 
 		 352 aa  538  9.999999999999999e-153  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.16694  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1561  hypothetical protein  77.56 
 
 		 352 aa  536  1e-151  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.345596  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17440  tRNA pseudouridine synthase D  73.58 
 
 		 355 aa  526  1e-148  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1513  tRNA pseudouridine synthase D  73.58 
 
 		 355 aa  526  1e-148  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3025  tRNA pseudouridine synthase D  73.58 
 
 		 352 aa  511  1e-144  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000178626 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38720  tRNA pseudouridine synthase D  76.7 
 
 		 352 aa  501  1e-141  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.711816  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1835  tRNA pseudouridine synthase D  50.45 
 
 		 343 aa  271  1e-71  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.151087  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0856  tRNA pseudouridine synthase D  46.79 
 
 		 358 aa  265  5.999999999999999e-70  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1411  tRNA pseudouridine synthase D TruD  44.78 
 
 		 345 aa  261  8.999999999999999e-69  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2519  tRNA pseudouridine synthase D  43.7 
 
 		 354 aa  261  2e-68  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00167  tRNA pseudouridine synthase D  42.86 
 
 		 403 aa  249  7e-65  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.37551  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0216  pseudouridylate synthase  40 
 
 		 346 aa  247  2e-64  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2636  pseudouridylate synthase  44.94 
 
 		 348 aa  239  5.999999999999999e-62  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0674  pseudouridylate synthase  40.85 
 
 		 344 aa  237  3e-61  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.305737  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03723  Pseudouridylate synthase  39.13 
 
 		 361 aa  237  3e-61  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.143609  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1433  tRNA pseudouridine synthase D  43.2 
 
 		 338 aa  235  1.0000000000000001e-60  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.733655  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1456  tRNA pseudouridine synthase D  41.76 
 
 		 343 aa  231  2e-59  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1984  tRNA pseudouridine synthase D, TruD  39.78 
 
 		 389 aa  230  2e-59  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00100615 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0869  tRNA pseudouridine synthase D  42.38 
 
 		 357 aa  230  3e-59  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1696  hypothetical protein  37.56 
 
 		 403 aa  229  6e-59  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1971  pseudouridylate synthase  38.46 
 
 		 391 aa  223  3e-57  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1293  tRNA pseudouridine synthase D TruD  42.27 
 
 		 354 aa  223  4.9999999999999996e-57  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.970908  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0058  tRNA pseudouridine synthase D  39.59 
 
 		 361 aa  223  4.9999999999999996e-57  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1074  hypothetical protein  36.5 
 
 		 367 aa  219  5e-56  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0828  tRNA pseudouridine synthase D  41.16 
 
 		 348 aa  218  1e-55  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.218757 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3297  tRNA pseudouridine synthase D  40.95 
 
 		 349 aa  216  2.9999999999999998e-55  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0962  tRNA pseudouridine synthase D  40.95 
 
 		 349 aa  217  2.9999999999999998e-55  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3429  tRNA pseudouridine synthase D  40.95 
 
 		 349 aa  216  2.9999999999999998e-55  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.291589  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1499  tRNA pseudouridine synthase D  37.99 
 
 		 335 aa  216  4e-55  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.128377  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3436  hypothetical protein  40.29 
 
 		 370 aa  216  7e-55  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1400  hypothetical protein  37.35 
 
 		 338 aa  215  8e-55  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1040  pseudouridylate synthase  41.11 
 
 		 360 aa  215  8e-55  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.871922 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1209  pseudouridylate synthase  39.71 
 
 		 355 aa  215  9.999999999999999e-55  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.269002  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1294  pseudouridylate synthase  39.88 
 
 		 356 aa  214  9.999999999999999e-55  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.918905  hitchhiker  0.00000000169172 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3859  pseudouridylate synthase  35.5 
 
 		 350 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.629248  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1056  pseudouridylate synthase  39.42 
 
 		 357 aa  214  1.9999999999999998e-54  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1120  tRNA pseudouridine synthase D, TruD  39.71 
 
 		 375 aa  214  1.9999999999999998e-54  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0372  tRNA pseudouridine synthase D  42.38 
 
 		 362 aa  213  2.9999999999999995e-54  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0542  tRNA pseudouridine synthase D TruD  42.38 
 
 		 362 aa  213  2.9999999999999995e-54  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.238992  hitchhiker  0.000000811718 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3351  tRNA pseudouridine synthase D  40.55 
 
 		 348 aa  213  4.9999999999999996e-54  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1190  pseudouridylate synthase  39.71 
 
 		 375 aa  213  5.999999999999999e-54  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1593  hypothetical protein  37.35 
 
 		 338 aa  212  7e-54  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1119  pseudouridylate synthase  39.71 
 
 		 375 aa  212  7.999999999999999e-54  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.774647  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0838  tRNA pseudouridine synthase D  40.47 
 
 		 352 aa  212  1e-53  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2753  pseudouridylate synthase  39.47 
 
 		 360 aa  209  8e-53  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.908437  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3508  tRNA pseudouridine synthase D  39.94 
 
 		 348 aa  208  1e-52  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1241  tRNA pseudouridine synthase D TruD  38.82 
 
 		 377 aa  204  1e-51  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.148473  hitchhiker  0.0000000000992324 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3132  tRNA pseudouridine synthase D TruD  38.82 
 
 		 377 aa  204  1e-51  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3123  tRNA pseudouridine synthase D TruD  38.82 
 
 		 377 aa  204  2e-51  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.739944  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002512  tRNA pseudouridine 13 synthase  36.45 
 
 		 347 aa  204  2e-51  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.18424  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3275  tRNA pseudouridine synthase D TruD  38.82 
 
 		 377 aa  204  2e-51  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3346  tRNA pseudouridine synthase D TruD  38.12 
 
 		 355 aa  204  2e-51  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00141322  hitchhiker  0.000000295162 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03521  tRNA pseudouridine synthase D  36.17 
 
 		 347 aa  200  3e-50  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3216  tRNA pseudouridine synthase D  39.82 
 
 		 349 aa  198  1.0000000000000001e-49  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.285215 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3134  tRNA pseudouridine synthase D  37.9 
 
 		 349 aa  198  1.0000000000000001e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0800342 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3053  tRNA pseudouridine synthase D  37.9 
 
 		 349 aa  198  2.0000000000000003e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3079  tRNA pseudouridine synthase D  37.9 
 
 		 349 aa  198  2.0000000000000003e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.737275 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3118  tRNA pseudouridine synthase D  37.9 
 
 		 349 aa  198  2.0000000000000003e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3238  tRNA pseudouridine synthase D  37.9 
 
 		 349 aa  198  2.0000000000000003e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1189  tRNA pseudouridine synthase D TruD  38.64 
 
 		 354 aa  196  5.000000000000001e-49  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1249  pseudouridylate synthase  36.42 
 
 		 329 aa  194  2e-48  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.883014  normal  0.601505 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2510  tRNA pseudouridine synthase D  35.42 
 
 		 348 aa  194  2e-48  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1200  pseudouridylate synthase  38.46 
 
 		 362 aa  194  3e-48  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00296391  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2870  tRNA pseudouridine synthase D  37.99 
 
 		 349 aa  192  7e-48  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3996  tRNA pseudouridine synthase D  37.69 
 
 		 349 aa  191  2e-47  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2883  tRNA pseudouridine synthase D  37.69 
 
 		 349 aa  190  2.9999999999999997e-47  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0967  tRNA pseudouridine synthase D  37.69 
 
 		 349 aa  190  2.9999999999999997e-47  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.77182 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1303  tRNA pseudouridine synthase D TruD  34.88 
 
 		 363 aa  190  4e-47  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02595  tRNA pseudouridine synthase D  37.69 
 
 		 349 aa  189  5.999999999999999e-47  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02560  hypothetical protein  37.69 
 
 		 349 aa  189  5.999999999999999e-47  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3129  tRNA pseudouridine synthase D  37.69 
 
 		 349 aa  189  5.999999999999999e-47  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3046  tRNA pseudouridine synthase D  37.69 
 
 		 349 aa  189  5.999999999999999e-47  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.538175  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0943  tRNA pseudouridine synthase D TruD  37.69 
 
 		 349 aa  189  7e-47  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.336475  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0925  pseudouridylate synthase  36.93 
 
 		 351 aa  184  2.0000000000000003e-45  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.260913  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0138  pseudouridylate synthase  37.06 
 
 		 350 aa  180  2.9999999999999997e-44  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0151671  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1148  tRNA pseudouridine synthase D TruD  34.2 
 
 		 363 aa  167  2e-40  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3643  pseudouridylate synthase  38.55 
 
 		 347 aa  166  6.9999999999999995e-40  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.320312  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3769  tRNA pseudouridine synthase D TruD  38.04 
 
 		 349 aa  159  7e-38  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0245  tRNA pseudouridine synthase D TruD  34.21 
 
 		 388 aa  159  1e-37  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.107807  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4647  tRNA pseudouridine synthase D TruD  35.06 
 
 		 355 aa  155  7e-37  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3784  tRNA pseudouridine synthase D TruD  37.43 
 
 		 348 aa  154  2e-36  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1617  tRNA pseudouridine synthase D TruD  36.79 
 
 		 357 aa  150  5e-35  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.0830625 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0594  pseudouridylate synthase  33.83 
 
 		 359 aa  149  8e-35  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.124721  normal  0.779245 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1005  tRNA pseudouridine synthase D TruD  33.33 
 
 		 359 aa  141  1.9999999999999998e-32  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.604587  normal  0.323448 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1792  tRNA pseudouridine synthase D  30.99 
 
 		 372 aa  140  1.9999999999999998e-32  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1450  tRNA pseudouridine synthase D  31.27 
 
 		 372 aa  140  3e-32  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1631  tRNA pseudouridine synthase D  30.99 
 
 		 372 aa  139  4.999999999999999e-32  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0406  tRNA pseudouridine synthase D  28.53 
 
 		 375 aa  138  2e-31  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0774  tRNA pseudouridine synthase D  31.53 
 
 		 374 aa  135  9e-31  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1032  tRNA pseudouridine synthase D  29.41 
 
 		 357 aa  134  3e-30  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.589732  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1009  tRNA pseudouridine synthase D  29.92 
 
 		 365 aa  133  3.9999999999999996e-30  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0760  hypothetical protein  32.65 
 
 		 398 aa  133  5e-30  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000392805  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0089  tRNA pseudouridine synthase D  27.76 
 
 		 377 aa  132  1.0000000000000001e-29  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3033  tRNA pseudouridine synthase D, TruD  31.39 
 
 		 404 aa  130  4.0000000000000003e-29  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00845605  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1041  tRNA pseudouridine synthase D  28.65 
 
 		 374 aa  128  1.0000000000000001e-28  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.0766791  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>