151 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dgeo_0594 on replicon NC_008025
Organism: Deinococcus geothermalis DSM 11300



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008025  Dgeo_0594  pseudouridylate synthase  100 
 
 		 359 aa  710    Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.124721  normal  0.779245 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1005  tRNA pseudouridine synthase D TruD  48.69 
 
 		 359 aa  295  6e-79  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.604587  normal  0.323448 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1617  tRNA pseudouridine synthase D TruD  47.89 
 
 		 357 aa  285  1.0000000000000001e-75  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.0830625 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3769  tRNA pseudouridine synthase D TruD  47.85 
 
 		 349 aa  263  3e-69  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3643  pseudouridylate synthase  45.99 
 
 		 347 aa  254  2.0000000000000002e-66  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.320312  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3784  tRNA pseudouridine synthase D TruD  45.99 
 
 		 348 aa  253  3e-66  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1445  tRNA pseudouridine synthase D TruD  40.97 
 
 		 398 aa  234  1.0000000000000001e-60  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4647  tRNA pseudouridine synthase D TruD  42.86 
 
 		 355 aa  227  2e-58  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2776  tRNA pseudouridine synthase D TruD  39.29 
 
 		 420 aa  227  3e-58  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.664077  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0760  hypothetical protein  38.82 
 
 		 398 aa  218  1e-55  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000392805  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0245  tRNA pseudouridine synthase D TruD  38.27 
 
 		 388 aa  210  3e-53  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.107807  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0774  tRNA pseudouridine synthase D  34.86 
 
 		 374 aa  209  5e-53  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1032  tRNA pseudouridine synthase D  33.81 
 
 		 357 aa  204  1e-51  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.589732  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1181  tRNA pseudouridine synthase D TruD  34.63 
 
 		 361 aa  204  2e-51  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0406  tRNA pseudouridine synthase D  32.88 
 
 		 375 aa  203  4e-51  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0089  tRNA pseudouridine synthase D  34.19 
 
 		 377 aa  200  3e-50  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03521  tRNA pseudouridine synthase D  38.35 
 
 		 347 aa  199  7.999999999999999e-50  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1041  tRNA pseudouridine synthase D  32.61 
 
 		 374 aa  199  7.999999999999999e-50  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.0766791  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1792  tRNA pseudouridine synthase D  35.43 
 
 		 372 aa  197  2.0000000000000003e-49  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1009  tRNA pseudouridine synthase D  32.33 
 
 		 365 aa  196  4.0000000000000005e-49  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002512  tRNA pseudouridine 13 synthase  37.65 
 
 		 347 aa  196  7e-49  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.18424  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1631  tRNA pseudouridine synthase D  34.77 
 
 		 372 aa  196  8.000000000000001e-49  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1701  pseudouridylate synthase  35.31 
 
 		 400 aa  195  1e-48  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000153174  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0058  tRNA pseudouridine synthase D  38.82 
 
 		 361 aa  194  3e-48  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1450  tRNA pseudouridine synthase D  34.5 
 
 		 372 aa  193  4e-48  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0138  pseudouridylate synthase  40.06 
 
 		 350 aa  191  1e-47  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0151671  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2519  tRNA pseudouridine synthase D  38.02 
 
 		 354 aa  182  6e-45  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0216  pseudouridylate synthase  33.13 
 
 		 346 aa  180  2.9999999999999997e-44  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2510  tRNA pseudouridine synthase D  35.88 
 
 		 348 aa  180  2.9999999999999997e-44  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0869  tRNA pseudouridine synthase D  36.75 
 
 		 357 aa  178  1e-43  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2636  pseudouridylate synthase  37.95 
 
 		 348 aa  174  2.9999999999999996e-42  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0856  tRNA pseudouridine synthase D  36.99 
 
 		 358 aa  172  5.999999999999999e-42  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1411  tRNA pseudouridine synthase D TruD  37.89 
 
 		 345 aa  170  3e-41  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1074  hypothetical protein  34.86 
 
 		 367 aa  169  6e-41  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1835  tRNA pseudouridine synthase D  39.38 
 
 		 343 aa  169  8e-41  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.151087  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0838  tRNA pseudouridine synthase D  35.28 
 
 		 352 aa  168  2e-40  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03723  Pseudouridylate synthase  33.14 
 
 		 361 aa  167  2.9999999999999998e-40  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.143609  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0674  pseudouridylate synthase  34.25 
 
 		 344 aa  167  4e-40  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.305737  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1433  tRNA pseudouridine synthase D  38.27 
 
 		 338 aa  166  4e-40  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.733655  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3134  tRNA pseudouridine synthase D  35.04 
 
 		 349 aa  166  5e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0800342 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3053  tRNA pseudouridine synthase D  35.04 
 
 		 349 aa  166  8e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3118  tRNA pseudouridine synthase D  35.04 
 
 		 349 aa  166  8e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3238  tRNA pseudouridine synthase D  35.04 
 
 		 349 aa  166  8e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3079  tRNA pseudouridine synthase D  35.04 
 
 		 349 aa  166  8e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.737275 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2870  tRNA pseudouridine synthase D  34.1 
 
 		 349 aa  165  1.0000000000000001e-39  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3996  tRNA pseudouridine synthase D  33.82 
 
 		 349 aa  163  4.0000000000000004e-39  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3129  tRNA pseudouridine synthase D  33.82 
 
 		 349 aa  163  5.0000000000000005e-39  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02595  tRNA pseudouridine synthase D  33.82 
 
 		 349 aa  162  8.000000000000001e-39  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02560  hypothetical protein  33.82 
 
 		 349 aa  162  8.000000000000001e-39  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3046  tRNA pseudouridine synthase D  33.82 
 
 		 349 aa  162  8.000000000000001e-39  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.538175  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0943  tRNA pseudouridine synthase D TruD  33.82 
 
 		 349 aa  162  1e-38  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.336475  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2883  tRNA pseudouridine synthase D  34.1 
 
 		 349 aa  162  1e-38  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0967  tRNA pseudouridine synthase D  34.1 
 
 		 349 aa  162  1e-38  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.77182 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1209  pseudouridylate synthase  34.32 
 
 		 355 aa  160  2e-38  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.269002  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1303  tRNA pseudouridine synthase D TruD  34.2 
 
 		 363 aa  161  2e-38  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1293  tRNA pseudouridine synthase D TruD  35.71 
 
 		 354 aa  161  2e-38  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.970908  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3351  tRNA pseudouridine synthase D  34.8 
 
 		 348 aa  159  9e-38  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3508  tRNA pseudouridine synthase D  34.21 
 
 		 348 aa  159  9e-38  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3859  pseudouridylate synthase  30.51 
 
 		 350 aa  157  3e-37  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.629248  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0962  tRNA pseudouridine synthase D  35.42 
 
 		 349 aa  157  3e-37  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00167  tRNA pseudouridine synthase D  34.12 
 
 		 403 aa  156  4e-37  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.37551  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1984  tRNA pseudouridine synthase D, TruD  32.88 
 
 		 389 aa  157  4e-37  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00100615 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3216  tRNA pseudouridine synthase D  33.72 
 
 		 349 aa  156  6e-37  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.285215 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1056  pseudouridylate synthase  35.24 
 
 		 357 aa  155  7e-37  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0971  tRNA pseudouridine synthase D, TruD  47.4 
 
 		 399 aa  155  8e-37  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1456  tRNA pseudouridine synthase D  34.83 
 
 		 343 aa  155  8e-37  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1696  hypothetical protein  33.52 
 
 		 403 aa  155  9e-37  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3297  tRNA pseudouridine synthase D  35.12 
 
 		 349 aa  154  2e-36  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0828  tRNA pseudouridine synthase D  34.11 
 
 		 348 aa  154  2e-36  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.218757 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3429  tRNA pseudouridine synthase D  35.12 
 
 		 349 aa  154  2e-36  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.291589  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1128  tRNA pseudouridine synthase D  34.25 
 
 		 352 aa  152  8e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1120  tRNA pseudouridine synthase D, TruD  33.24 
 
 		 375 aa  152  8.999999999999999e-36  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0542  tRNA pseudouridine synthase D TruD  37.13 
 
 		 362 aa  152  1e-35  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.238992  hitchhiker  0.000000811718 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0372  tRNA pseudouridine synthase D  37.13 
 
 		 362 aa  152  1e-35  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17440  tRNA pseudouridine synthase D  36.11 
 
 		 355 aa  149  7e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1593  hypothetical protein  31.52 
 
 		 338 aa  148  1.0000000000000001e-34  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1400  hypothetical protein  30.06 
 
 		 338 aa  148  1.0000000000000001e-34  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1119  pseudouridylate synthase  33.13 
 
 		 375 aa  149  1.0000000000000001e-34  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.774647  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1190  pseudouridylate synthase  33.13 
 
 		 375 aa  149  1.0000000000000001e-34  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1040  pseudouridylate synthase  33.92 
 
 		 360 aa  149  1.0000000000000001e-34  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.871922 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1513  tRNA pseudouridine synthase D  36.22 
 
 		 355 aa  149  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1499  tRNA pseudouridine synthase D  29.29 
 
 		 335 aa  147  2.0000000000000003e-34  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.128377  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1370  tRNA pseudouridine synthase D  33.54 
 
 		 352 aa  147  3e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.16694  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3346  tRNA pseudouridine synthase D TruD  33.33 
 
 		 355 aa  146  4.0000000000000006e-34  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00141322  hitchhiker  0.000000295162 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3436  hypothetical protein  31.92 
 
 		 370 aa  147  4.0000000000000006e-34  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1971  pseudouridylate synthase  31.94 
 
 		 391 aa  146  7.0000000000000006e-34  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1189  tRNA pseudouridine synthase D TruD  31.91 
 
 		 354 aa  144  3e-33  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1561  hypothetical protein  34.05 
 
 		 352 aa  143  4e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.345596  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0520  hypothetical protein  45.09 
 
 		 408 aa  143  5e-33  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0892738  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3033  tRNA pseudouridine synthase D, TruD  46.15 
 
 		 404 aa  140  1.9999999999999998e-32  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00845605  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2753  pseudouridylate synthase  31.55 
 
 		 360 aa  140  1.9999999999999998e-32  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.908437  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1294  pseudouridylate synthase  32.74 
 
 		 356 aa  140  3e-32  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.918905  hitchhiker  0.00000000169172 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1340  pseudouridylate synthase  31.29 
 
 		 291 aa  140  3.9999999999999997e-32  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.185288  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1173  tRNA pseudouridine synthase D  35 
 
 		 352 aa  139  6e-32  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.378018 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1619  tRNA pseudouridine synthase D  33.96 
 
 		 352 aa  139  8.999999999999999e-32  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.241866 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1249  pseudouridylate synthase  31.38 
 
 		 329 aa  139  1e-31  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.883014  normal  0.601505 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1200  pseudouridylate synthase  31.69 
 
 		 362 aa  138  2e-31  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00296391  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1148  tRNA pseudouridine synthase D TruD  32.08 
 
 		 363 aa  137  2e-31  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4158  tRNA pseudouridine synthase D  33.96 
 
 		 352 aa  136  5e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.082047 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1241  tRNA pseudouridine synthase D TruD  31.45 
 
 		 377 aa  136  5e-31  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.148473  hitchhiker  0.0000000000992324 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>