153 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppro_1701 on replicon NC_008609
Organism: Pelobacter propionicus DSM 2379



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008609  Ppro_1701  pseudouridylate synthase  100 
 
 		 400 aa  819    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000153174  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3033  tRNA pseudouridine synthase D, TruD  64.48 
 
 		 404 aa  521  1e-146  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00845605  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0520  hypothetical protein  61.36 
 
 		 408 aa  503  1e-141  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0892738  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0971  tRNA pseudouridine synthase D, TruD  60.35 
 
 		 399 aa  492  9.999999999999999e-139  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2776  tRNA pseudouridine synthase D TruD  57.11 
 
 		 420 aa  475  1e-133  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.664077  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1445  tRNA pseudouridine synthase D TruD  57.36 
 
 		 398 aa  477  1e-133  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0760  hypothetical protein  48.35 
 
 		 398 aa  379  1e-104  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000392805  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3769  tRNA pseudouridine synthase D TruD  39 
 
 		 349 aa  241  1e-62  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3643  pseudouridylate synthase  37 
 
 		 347 aa  231  2e-59  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.320312  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3784  tRNA pseudouridine synthase D TruD  36.76 
 
 		 348 aa  223  3e-57  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0245  tRNA pseudouridine synthase D TruD  37.59 
 
 		 388 aa  206  8e-52  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.107807  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0398  tRNA pseudouridine synthase D  34.71 
 
 		 433 aa  199  7.999999999999999e-50  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0594  pseudouridylate synthase  35.31 
 
 		 359 aa  195  1e-48  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.124721  normal  0.779245 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1576  tRNA pseudouridine synthase D TruD  30.48 
 
 		 443 aa  176  9e-43  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.0247581  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0808  pseudouridylate synthase  31.27 
 
 		 422 aa  172  9e-42  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.110756  normal  0.32964 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1399  pseudouridylate synthase  31.07 
 
 		 423 aa  167  2e-40  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.770816  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1009  tRNA pseudouridine synthase D  28.89 
 
 		 365 aa  166  9e-40  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3206  tRNA pseudouridine synthase D  28.99 
 
 		 438 aa  164  2.0000000000000002e-39  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.688587  hitchhiker  0.00519063 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0803  hypothetical protein  28.85 
 
 		 422 aa  161  2e-38  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.929073  hitchhiker  0.0000530348 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2096  tRNA pseudouridine synthase D TruD  31.39 
 
 		 422 aa  160  3e-38  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0685  pseudouridylate synthase  33.41 
 
 		 444 aa  160  3e-38  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1032  tRNA pseudouridine synthase D  29.67 
 
 		 357 aa  160  4e-38  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.589732  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1281  tRNA pseudouridine synthase D  28.17 
 
 		 439 aa  159  7e-38  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1041  tRNA pseudouridine synthase D  30.53 
 
 		 374 aa  158  1e-37  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.0766791  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1181  tRNA pseudouridine synthase D TruD  28.82 
 
 		 361 aa  158  2e-37  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0089  tRNA pseudouridine synthase D  29.44 
 
 		 377 aa  156  5.0000000000000005e-37  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1792  tRNA pseudouridine synthase D  29.12 
 
 		 372 aa  156  6e-37  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1005  tRNA pseudouridine synthase D TruD  46.02 
 
 		 359 aa  155  1e-36  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.604587  normal  0.323448 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0774  tRNA pseudouridine synthase D  28.19 
 
 		 374 aa  154  2e-36  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1631  tRNA pseudouridine synthase D  30.63 
 
 		 372 aa  152  8.999999999999999e-36  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0906  pseudouridylate synthase  31.45 
 
 		 423 aa  151  2e-35  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.0000103937 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0406  tRNA pseudouridine synthase D  27.96 
 
 		 375 aa  151  2e-35  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1450  tRNA pseudouridine synthase D  30.38 
 
 		 372 aa  150  3e-35  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00167  tRNA pseudouridine synthase D  31.55 
 
 		 403 aa  149  6e-35  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.37551  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4647  tRNA pseudouridine synthase D TruD  45.3 
 
 		 355 aa  148  1.0000000000000001e-34  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1617  tRNA pseudouridine synthase D TruD  42.53 
 
 		 357 aa  148  2.0000000000000003e-34  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.0830625 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0990  pseudouridylate synthase  26.24 
 
 		 390 aa  147  3e-34  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009363  OSTLU_34867  predicted protein  28.37 
 
 		 652 aa  147  4.0000000000000006e-34  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.437532 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1488  tRNA pseudouridine synthase D TruD  25.81 
 
 		 390 aa  144  4e-33  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2665  tRNA pseudouridine synthase D  28.96 
 
 		 452 aa  144  4e-33  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1638  tRNA pseudouridine synthase D TruD  26.93 
 
 		 430 aa  143  5e-33  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.197782  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0276  tRNA pseudouridine synthase D TruD  26.82 
 
 		 430 aa  143  6e-33  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0017  tRNA pseudouridine synthase D  28.89 
 
 		 449 aa  142  9e-33  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0572  tRNA pseudouridine synthase D  28.09 
 
 		 483 aa  141  1.9999999999999998e-32  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.0939983  normal  0.837825 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1684  pseudouridylate synthase  29.9 
 
 		 413 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.667214  normal  1 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0756  tRNA pseudouridine synthase D TruD  26.47 
 
 		 402 aa  140  3e-32  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.476979  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03723  Pseudouridylate synthase  28.5 
 
 		 361 aa  138  1e-31  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.143609  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1074  hypothetical protein  28.47 
 
 		 367 aa  137  5e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0511  pseudouridylate synthase  28.68 
 
 		 412 aa  135  9e-31  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  0.0173312 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1835  tRNA pseudouridine synthase D  29.61 
 
 		 343 aa  135  9.999999999999999e-31  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.151087  normal  1 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1594  tRNA pseudouridine synthase D TruD  30.73 
 
 		 412 aa  133  5e-30  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1240  tRNA pseudouridine synthase D TruD  25.87 
 
 		 410 aa  133  6e-30  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2636  pseudouridylate synthase  30.52 
 
 		 348 aa  132  9e-30  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1011  tRNA pseudouridine synthase D  26.65 
 
 		 389 aa  130  4.0000000000000003e-29  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0935  tRNA pseudouridine synthase D  26.52 
 
 		 389 aa  129  8.000000000000001e-29  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1670  tRNA pseudouridine synthase D  27 
 
 		 389 aa  129  1.0000000000000001e-28  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1456  tRNA pseudouridine synthase D  42.94 
 
 		 343 aa  128  2.0000000000000002e-28  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1207  tRNA pseudouridine synthase D  25.06 
 
 		 389 aa  126  8.000000000000001e-28  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1984  tRNA pseudouridine synthase D, TruD  25.91 
 
 		 389 aa  125  1e-27  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00100615 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1782  pseudouridylate synthase  29.13 
 
 		 411 aa  123  5e-27  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    hitchhiker  0.00000171757 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2406  tRNA pseudouridine synthase D TruD  28.63 
 
 		 480 aa  121  1.9999999999999998e-26  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.967787  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1056  pseudouridylate synthase  28.43 
 
 		 357 aa  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1160  tRNA pseudouridine synthase D  24.88 
 
 		 399 aa  121  1.9999999999999998e-26  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  decreased coverage  0.00000300328  n/a   
 
 
-
 
NC_011674  PHATRDRAFT_45251  predicted protein  28.75 
 
 		 656 aa  119  9e-26  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0216  pseudouridylate synthase  27.37 
 
 		 346 aa  119  9.999999999999999e-26  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1411  tRNA pseudouridine synthase D TruD  30.39 
 
 		 345 aa  118  1.9999999999999998e-25  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0542  tRNA pseudouridine synthase D TruD  28.14 
 
 		 362 aa  117  3e-25  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.238992  hitchhiker  0.000000811718 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0372  tRNA pseudouridine synthase D  28.14 
 
 		 362 aa  117  3e-25  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3859  pseudouridylate synthase  36.9 
 
 		 350 aa  117  5e-25  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.629248  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1293  tRNA pseudouridine synthase D TruD  41.21 
 
 		 354 aa  115  1.0000000000000001e-24  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.970908  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1433  tRNA pseudouridine synthase D  29.61 
 
 		 338 aa  114  2.0000000000000002e-24  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.733655  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1474  tRNA pseudouridine synthase D TruD  26.82 
 
 		 454 aa  114  2.0000000000000002e-24  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3429  tRNA pseudouridine synthase D  38.12 
 
 		 349 aa  113  6e-24  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.291589  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3297  tRNA pseudouridine synthase D  38.12 
 
 		 349 aa  113  6e-24  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0962  tRNA pseudouridine synthase D  38.12 
 
 		 349 aa  113  6e-24  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0838  tRNA pseudouridine synthase D  36.88 
 
 		 352 aa  112  8.000000000000001e-24  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1128  tRNA pseudouridine synthase D  27.65 
 
 		 352 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0869  tRNA pseudouridine synthase D  36.75 
 
 		 357 aa  112  1.0000000000000001e-23  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1561  hypothetical protein  29.02 
 
 		 352 aa  112  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.345596  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3216  tRNA pseudouridine synthase D  37.58 
 
 		 349 aa  110  3e-23  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.285215 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0967  tRNA pseudouridine synthase D  38.79 
 
 		 349 aa  109  7.000000000000001e-23  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.77182 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2883  tRNA pseudouridine synthase D  38.79 
 
 		 349 aa  109  7.000000000000001e-23  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0828  tRNA pseudouridine synthase D  36.25 
 
 		 348 aa  109  7.000000000000001e-23  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.218757 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02595  tRNA pseudouridine synthase D  38.79 
 
 		 349 aa  109  9.000000000000001e-23  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02560  hypothetical protein  38.79 
 
 		 349 aa  109  9.000000000000001e-23  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2870  tRNA pseudouridine synthase D  38.79 
 
 		 349 aa  109  9.000000000000001e-23  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3046  tRNA pseudouridine synthase D  38.79 
 
 		 349 aa  109  9.000000000000001e-23  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.538175  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0943  tRNA pseudouridine synthase D TruD  38.79 
 
 		 349 aa  108  1e-22  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.336475  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1370  tRNA pseudouridine synthase D  28.76 
 
 		 352 aa  109  1e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.16694  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3996  tRNA pseudouridine synthase D  38.79 
 
 		 349 aa  109  1e-22  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3351  tRNA pseudouridine synthase D  35.29 
 
 		 348 aa  108  2e-22  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3118  tRNA pseudouridine synthase D  37.58 
 
 		 349 aa  108  2e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1209  pseudouridylate synthase  26.16 
 
 		 355 aa  108  2e-22  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.269002  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3238  tRNA pseudouridine synthase D  37.58 
 
 		 349 aa  108  2e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3053  tRNA pseudouridine synthase D  37.58 
 
 		 349 aa  108  2e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3134  tRNA pseudouridine synthase D  37.58 
 
 		 349 aa  108  2e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0800342 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3079  tRNA pseudouridine synthase D  37.58 
 
 		 349 aa  108  2e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.737275 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2753  pseudouridylate synthase  40.66 
 
 		 360 aa  107  3e-22  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.908437  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1189  tRNA pseudouridine synthase D TruD  35.71 
 
 		 354 aa  107  3e-22  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3129  tRNA pseudouridine synthase D  38.18 
 
 		 349 aa  107  4e-22  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>