153 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cmaq_1576 on replicon NC_009954
Organism: Caldivirga maquilingensis IC-167



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009954  Cmaq_1576  tRNA pseudouridine synthase D TruD  100 
 
 		 443 aa  892    Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.0247581  normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0685  pseudouridylate synthase  40.86 
 
 		 444 aa  301  2e-80  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1684  pseudouridylate synthase  39.82 
 
 		 413 aa  280  3e-74  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.667214  normal  1 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0511  pseudouridylate synthase  39.55 
 
 		 412 aa  269  1e-70  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  0.0173312 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1594  tRNA pseudouridine synthase D TruD  39.08 
 
 		 412 aa  260  3e-68  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1782  pseudouridylate synthase  36.72 
 
 		 411 aa  251  2e-65  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    hitchhiker  0.00000171757 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3206  tRNA pseudouridine synthase D  33.86 
 
 		 438 aa  247  3e-64  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.688587  hitchhiker  0.00519063 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0398  tRNA pseudouridine synthase D  34.69 
 
 		 433 aa  238  2e-61  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0017  tRNA pseudouridine synthase D  33.12 
 
 		 449 aa  223  7e-57  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1399  pseudouridylate synthase  33.18 
 
 		 423 aa  222  9.999999999999999e-57  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.770816  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1281  tRNA pseudouridine synthase D  32.95 
 
 		 439 aa  220  3e-56  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1240  tRNA pseudouridine synthase D TruD  32.56 
 
 		 410 aa  216  7e-55  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2665  tRNA pseudouridine synthase D  32.83 
 
 		 452 aa  205  1e-51  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1474  tRNA pseudouridine synthase D TruD  32.75 
 
 		 454 aa  204  2e-51  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0572  tRNA pseudouridine synthase D  29.25 
 
 		 483 aa  202  9.999999999999999e-51  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.0939983  normal  0.837825 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2096  tRNA pseudouridine synthase D TruD  31.82 
 
 		 422 aa  198  2.0000000000000003e-49  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2406  tRNA pseudouridine synthase D TruD  30.64 
 
 		 480 aa  195  2e-48  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.967787  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0906  pseudouridylate synthase  31.26 
 
 		 423 aa  194  2e-48  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.0000103937 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0803  hypothetical protein  30.43 
 
 		 422 aa  190  4e-47  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.929073  hitchhiker  0.0000530348 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3033  tRNA pseudouridine synthase D, TruD  30.7 
 
 		 404 aa  182  7e-45  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00845605  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0520  hypothetical protein  30 
 
 		 408 aa  179  5.999999999999999e-44  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0892738  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0990  pseudouridylate synthase  30.75 
 
 		 390 aa  179  7e-44  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0808  pseudouridylate synthase  30.37 
 
 		 422 aa  178  2e-43  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.110756  normal  0.32964 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1701  pseudouridylate synthase  30.48 
 
 		 400 aa  176  9.999999999999999e-43  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000153174  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1488  tRNA pseudouridine synthase D TruD  30.3 
 
 		 390 aa  176  9.999999999999999e-43  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0276  tRNA pseudouridine synthase D TruD  29.66 
 
 		 430 aa  175  9.999999999999999e-43  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0971  tRNA pseudouridine synthase D, TruD  30.48 
 
 		 399 aa  174  3.9999999999999995e-42  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0756  tRNA pseudouridine synthase D TruD  29.34 
 
 		 402 aa  169  9e-41  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.476979  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1638  tRNA pseudouridine synthase D TruD  30.48 
 
 		 430 aa  167  4e-40  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.197782  normal  1 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1198  tRNA pseudouridine synthase TruD  29.68 
 
 		 398 aa  167  4e-40  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1445  tRNA pseudouridine synthase D TruD  27.96 
 
 		 398 aa  162  8.000000000000001e-39  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2776  tRNA pseudouridine synthase D TruD  27.38 
 
 		 420 aa  159  1e-37  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.664077  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0760  hypothetical protein  29.21 
 
 		 398 aa  154  2.9999999999999998e-36  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000392805  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3769  tRNA pseudouridine synthase D TruD  28.98 
 
 		 349 aa  125  1e-27  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1152  tRNA pseudouridine synthase D TruD  29.19 
 
 		 377 aa  110  3e-23  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1670  tRNA pseudouridine synthase D  25.92 
 
 		 389 aa  103  9e-21  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1745  pseudouridylate synthase  24.23 
 
 		 386 aa  102  2e-20  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.0000000122124  normal  0.627089 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0206  tRNA pseudouridine synthase D, TruD  31.19 
 
 		 365 aa  100  6e-20  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.0784918  normal  0.0319695 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3784  tRNA pseudouridine synthase D TruD  26.42 
 
 		 348 aa  98.2  2e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1160  tRNA pseudouridine synthase D  27.46 
 
 		 399 aa  97.1  6e-19  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  decreased coverage  0.00000300328  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0935  tRNA pseudouridine synthase D  24.54 
 
 		 389 aa  96.7  8e-19  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3118  tRNA pseudouridine synthase D TruD  24.52 
 
 		 432 aa  95.1  2e-18  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.709417  n/a   
 
 
-
 
NC_006693  CNH03600  pseudouridine synthase, putative  28.15 
 
 		 863 aa  94  5e-18  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1011  tRNA pseudouridine synthase D  25.82 
 
 		 389 aa  93.2  9e-18  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009363  OSTLU_34867  predicted protein  29.26 
 
 		 652 aa  92.8  1e-17  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.437532 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00984  pseudouridine synthase TruD/Pus7, putative (AFU_orthologue; AFUA_1G16730)  25.8 
 
 		 745 aa  92  2e-17  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.584678 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1411  tRNA pseudouridine synthase D TruD  34.94 
 
 		 345 aa  90.9  5e-17  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1293  tRNA pseudouridine synthase D TruD  30.86 
 
 		 354 aa  90.1  8e-17  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.970908  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0542  tRNA pseudouridine synthase D TruD  30.23 
 
 		 362 aa  89  1e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.238992  hitchhiker  0.000000811718 
 
 
-
 
NC_009045  PICST_46601  predicted protein  26.87 
 
 		 680 aa  89.4  1e-16  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.628004  normal  0.0180876 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0372  tRNA pseudouridine synthase D  30.23 
 
 		 362 aa  89  1e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1207  tRNA pseudouridine synthase D  24.77 
 
 		 389 aa  88.6  2e-16  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0245  tRNA pseudouridine synthase D TruD  28.22 
 
 		 388 aa  85.1  0.000000000000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.107807  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1378  tRNA pseudouridine synthase D TruD  23.96 
 
 		 455 aa  85.1  0.000000000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.416221  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2489  tRNA pseudouridine synthase D, TruD  24.25 
 
 		 457 aa  84.7  0.000000000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.983394  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1366  tRNA pseudouridine synthase D TruD  23.81 
 
 		 455 aa  84  0.000000000000004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.206358  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1032  tRNA pseudouridine synthase D  23.94 
 
 		 357 aa  84  0.000000000000005  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.589732  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3643  pseudouridylate synthase  30.73 
 
 		 347 aa  82  0.00000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.320312  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0594  pseudouridylate synthase  31.84 
 
 		 359 aa  82  0.00000000000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.124721  normal  0.779245 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1456  tRNA pseudouridine synthase D  29.83 
 
 		 343 aa  82  0.00000000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0528  tRNA pseudouridine synthase D TruD  24.23 
 
 		 385 aa  82  0.00000000000002  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1463  tRNA pseudouridine synthase D TruD  23.76 
 
 		 455 aa  80.1  0.00000000000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.278436  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1617  tRNA pseudouridine synthase D TruD  29.48 
 
 		 357 aa  80.1  0.00000000000007  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.0830625 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1561  hypothetical protein  25.08 
 
 		 352 aa  79.7  0.00000000000009  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.345596  n/a   
 
 
-
 
NC_011674  PHATRDRAFT_45251  predicted protein  25.07 
 
 		 656 aa  78.2  0.0000000000003  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17440  tRNA pseudouridine synthase D  30 
 
 		 355 aa  76.6  0.0000000000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1835  tRNA pseudouridine synthase D  28.83 
 
 		 343 aa  76.3  0.0000000000009  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.151087  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2197  tRNA pseudouridine synthase D TruD  22.3 
 
 		 395 aa  76.6  0.0000000000009  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000286837  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1400  hypothetical protein  34.38 
 
 		 338 aa  75.9  0.000000000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002512  tRNA pseudouridine 13 synthase  34.88 
 
 		 347 aa  75.1  0.000000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.18424  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1181  tRNA pseudouridine synthase D TruD  21.53 
 
 		 361 aa  75.5  0.000000000002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1370  tRNA pseudouridine synthase D  24.83 
 
 		 352 aa  75.1  0.000000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.16694  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1040  pseudouridylate synthase  23.24 
 
 		 360 aa  74.3  0.000000000004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.871922 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03521  tRNA pseudouridine synthase D  34.11 
 
 		 347 aa  74.3  0.000000000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03723  Pseudouridylate synthase  22.5 
 
 		 361 aa  73.9  0.000000000006  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.143609  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1303  tRNA pseudouridine synthase D TruD  28.11 
 
 		 363 aa  73.6  0.000000000006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1593  hypothetical protein  33.59 
 
 		 338 aa  73.6  0.000000000007  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2519  tRNA pseudouridine synthase D  31.29 
 
 		 354 aa  73.2  0.000000000009  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1619  tRNA pseudouridine synthase D  24.67 
 
 		 352 aa  72.4  0.00000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.241866 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0856  tRNA pseudouridine synthase D  31.06 
 
 		 358 aa  72.8  0.00000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4158  tRNA pseudouridine synthase D  24.67 
 
 		 352 aa  72.4  0.00000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.082047 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00167  tRNA pseudouridine synthase D  26.84 
 
 		 403 aa  72.4  0.00000000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.37551  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1433  tRNA pseudouridine synthase D  31.48 
 
 		 338 aa  71.6  0.00000000003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.733655  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3025  tRNA pseudouridine synthase D  29.19 
 
 		 352 aa  71.2  0.00000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000178626 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1513  tRNA pseudouridine synthase D  29.38 
 
 		 355 aa  71.6  0.00000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1173  tRNA pseudouridine synthase D  24.67 
 
 		 352 aa  70.9  0.00000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.378018 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1005  tRNA pseudouridine synthase D TruD  33.33 
 
 		 359 aa  70.5  0.00000000006  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.604587  normal  0.323448 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4647  tRNA pseudouridine synthase D TruD  28.26 
 
 		 355 aa  70.5  0.00000000006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0138  pseudouridylate synthase  28.28 
 
 		 350 aa  70.1  0.00000000007  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0151671  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1148  tRNA pseudouridine synthase D TruD  29.78 
 
 		 363 aa  70.1  0.00000000008  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1128  tRNA pseudouridine synthase D  28.12 
 
 		 352 aa  69.7  0.0000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0406  tRNA pseudouridine synthase D  29.41 
 
 		 375 aa  67.8  0.0000000004  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38720  tRNA pseudouridine synthase D  27.68 
 
 		 352 aa  67.4  0.0000000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.711816  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1009  tRNA pseudouridine synthase D  26.14 
 
 		 365 aa  67  0.0000000006  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1190  pseudouridylate synthase  29.38 
 
 		 375 aa  67  0.0000000007  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1119  pseudouridylate synthase  29.38 
 
 		 375 aa  66.6  0.0000000008  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.774647  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1189  tRNA pseudouridine synthase D TruD  29.55 
 
 		 354 aa  66.6  0.0000000008  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3436  hypothetical protein  29.38 
 
 		 370 aa  66.2  0.000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2636  pseudouridylate synthase  28.57 
 
 		 348 aa  65.9  0.000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0058  tRNA pseudouridine synthase D  30 
 
 		 361 aa  65.9  0.000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>