153 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plim_3118 on replicon NC_014148
Organism: Planctomyces limnophilus DSM 3776



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014148  Plim_3118  tRNA pseudouridine synthase D TruD  100 
 
 		 432 aa  899    Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.709417  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1207  tRNA pseudouridine synthase D  32.99 
 
 		 389 aa  203  4e-51  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0935  tRNA pseudouridine synthase D  32.83 
 
 		 389 aa  198  2.0000000000000003e-49  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1011  tRNA pseudouridine synthase D  32.83 
 
 		 389 aa  196  9e-49  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1745  pseudouridylate synthase  31.27 
 
 		 386 aa  194  2e-48  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.0000000122124  normal  0.627089 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1670  tRNA pseudouridine synthase D  31.91 
 
 		 389 aa  189  5.999999999999999e-47  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1160  tRNA pseudouridine synthase D  32.26 
 
 		 399 aa  185  1.0000000000000001e-45  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  decreased coverage  0.00000300328  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1378  tRNA pseudouridine synthase D TruD  34.43 
 
 		 455 aa  183  5.0000000000000004e-45  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.416221  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1366  tRNA pseudouridine synthase D TruD  34.12 
 
 		 455 aa  182  8.000000000000001e-45  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.206358  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1463  tRNA pseudouridine synthase D TruD  33.89 
 
 		 455 aa  182  1e-44  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.278436  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2489  tRNA pseudouridine synthase D, TruD  34.38 
 
 		 457 aa  180  4.999999999999999e-44  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.983394  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0528  tRNA pseudouridine synthase D TruD  34.26 
 
 		 385 aa  178  2e-43  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2197  tRNA pseudouridine synthase D TruD  31.04 
 
 		 395 aa  174  2.9999999999999996e-42  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000286837  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0398  tRNA pseudouridine synthase D  29.41 
 
 		 433 aa  133  6e-30  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3206  tRNA pseudouridine synthase D  27.04 
 
 		 438 aa  130  5.0000000000000004e-29  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.688587  hitchhiker  0.00519063 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1281  tRNA pseudouridine synthase D  24.77 
 
 		 439 aa  123  6e-27  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0906  pseudouridylate synthase  32.09 
 
 		 423 aa  116  6.9999999999999995e-25  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.0000103937 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1399  pseudouridylate synthase  25.42 
 
 		 423 aa  110  4.0000000000000004e-23  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.770816  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0803  hypothetical protein  28.46 
 
 		 422 aa  104  2e-21  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.929073  hitchhiker  0.0000530348 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0808  pseudouridylate synthase  24.75 
 
 		 422 aa  103  9e-21  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.110756  normal  0.32964 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1701  pseudouridylate synthase  26.52 
 
 		 400 aa  102  2e-20  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000153174  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1576  tRNA pseudouridine synthase D TruD  24.52 
 
 		 443 aa  95.1  2e-18  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.0247581  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0760  hypothetical protein  24.94 
 
 		 398 aa  94.7  3e-18  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000392805  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3033  tRNA pseudouridine synthase D, TruD  24.57 
 
 		 404 aa  94.7  3e-18  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00845605  normal  1 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1240  tRNA pseudouridine synthase D TruD  25.18 
 
 		 410 aa  94  4e-18  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2096  tRNA pseudouridine synthase D TruD  23.81 
 
 		 422 aa  92  2e-17  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0017  tRNA pseudouridine synthase D  25.97 
 
 		 449 aa  91.3  3e-17  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1198  tRNA pseudouridine synthase TruD  25.19 
 
 		 398 aa  90.5  5e-17  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1445  tRNA pseudouridine synthase D TruD  25.89 
 
 		 398 aa  89.4  1e-16  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2665  tRNA pseudouridine synthase D  25.23 
 
 		 452 aa  88.6  2e-16  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2519  tRNA pseudouridine synthase D  26.12 
 
 		 354 aa  87.4  4e-16  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011674  PHATRDRAFT_45251  predicted protein  24.51 
 
 		 656 aa  87.4  4e-16  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0520  hypothetical protein  23.83 
 
 		 408 aa  87  5e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0892738  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1488  tRNA pseudouridine synthase D TruD  26.19 
 
 		 390 aa  86.7  8e-16  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0572  tRNA pseudouridine synthase D  26.35 
 
 		 483 aa  86.3  0.000000000000001  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.0939983  normal  0.837825 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0971  tRNA pseudouridine synthase D, TruD  24.4 
 
 		 399 aa  84.3  0.000000000000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0685  pseudouridylate synthase  23.64 
 
 		 444 aa  82.8  0.00000000000001  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0990  pseudouridylate synthase  22.58 
 
 		 390 aa  82.4  0.00000000000001  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1474  tRNA pseudouridine synthase D TruD  24.05 
 
 		 454 aa  82.8  0.00000000000001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2776  tRNA pseudouridine synthase D TruD  25.51 
 
 		 420 aa  80.5  0.00000000000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.664077  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2406  tRNA pseudouridine synthase D TruD  23.65 
 
 		 480 aa  79  0.0000000000001  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.967787  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0276  tRNA pseudouridine synthase D TruD  23.76 
 
 		 430 aa  78.2  0.0000000000003  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1638  tRNA pseudouridine synthase D TruD  25.65 
 
 		 430 aa  77.4  0.0000000000004  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.197782  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2510  tRNA pseudouridine synthase D  32.72 
 
 		 348 aa  74.7  0.000000000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0511  pseudouridylate synthase  23.44 
 
 		 412 aa  73.6  0.000000000007  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  0.0173312 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0869  tRNA pseudouridine synthase D  32.68 
 
 		 357 aa  72.8  0.00000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0943  tRNA pseudouridine synthase D TruD  29.73 
 
 		 349 aa  72  0.00000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.336475  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1593  hypothetical protein  31.82 
 
 		 338 aa  72  0.00000000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1411  tRNA pseudouridine synthase D TruD  31.36 
 
 		 345 aa  72.4  0.00000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1400  hypothetical protein  31.17 
 
 		 338 aa  71.6  0.00000000003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1032  tRNA pseudouridine synthase D  27.95 
 
 		 357 aa  71.2  0.00000000003  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.589732  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1782  pseudouridylate synthase  23.53 
 
 		 411 aa  71.2  0.00000000003  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    hitchhiker  0.00000171757 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1456  tRNA pseudouridine synthase D  30.72 
 
 		 343 aa  71.2  0.00000000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02595  tRNA pseudouridine synthase D  29.19 
 
 		 349 aa  70.1  0.00000000006  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02560  hypothetical protein  29.19 
 
 		 349 aa  70.1  0.00000000006  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009045  PICST_46601  predicted protein  28.24 
 
 		 680 aa  70.1  0.00000000006  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.628004  normal  0.0180876 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3046  tRNA pseudouridine synthase D  29.19 
 
 		 349 aa  70.1  0.00000000006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.538175  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0967  tRNA pseudouridine synthase D  29.35 
 
 		 349 aa  69.3  0.0000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.77182 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0594  pseudouridylate synthase  29.34 
 
 		 359 aa  69.3  0.0000000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.124721  normal  0.779245 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1594  tRNA pseudouridine synthase D TruD  22.94 
 
 		 412 aa  69.3  0.0000000001  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0058  tRNA pseudouridine synthase D  29.11 
 
 		 361 aa  69.3  0.0000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0756  tRNA pseudouridine synthase D TruD  22.51 
 
 		 402 aa  69.3  0.0000000001  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.476979  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2883  tRNA pseudouridine synthase D  29.35 
 
 		 349 aa  69.3  0.0000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1433  tRNA pseudouridine synthase D  29.3 
 
 		 338 aa  68.9  0.0000000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.733655  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1984  tRNA pseudouridine synthase D, TruD  30.51 
 
 		 389 aa  68.2  0.0000000003  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00100615 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002512  tRNA pseudouridine 13 synthase  27.44 
 
 		 347 aa  67.8  0.0000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.18424  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3769  tRNA pseudouridine synthase D TruD  24.49 
 
 		 349 aa  67.8  0.0000000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03521  tRNA pseudouridine synthase D  27.44 
 
 		 347 aa  68.2  0.0000000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1499  tRNA pseudouridine synthase D  31.66 
 
 		 335 aa  67.8  0.0000000004  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.128377  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1119  pseudouridylate synthase  26.09 
 
 		 375 aa  67.8  0.0000000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.774647  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1190  pseudouridylate synthase  26.09 
 
 		 375 aa  67.8  0.0000000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3129  tRNA pseudouridine synthase D  28.65 
 
 		 349 aa  67.4  0.0000000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4647  tRNA pseudouridine synthase D TruD  29.7 
 
 		 355 aa  67.8  0.0000000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2870  tRNA pseudouridine synthase D  28.65 
 
 		 349 aa  67.4  0.0000000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3996  tRNA pseudouridine synthase D  28.65 
 
 		 349 aa  67.4  0.0000000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1040  pseudouridylate synthase  30.46 
 
 		 360 aa  67.4  0.0000000005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.871922 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3123  tRNA pseudouridine synthase D TruD  26.09 
 
 		 377 aa  67  0.0000000006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.739944  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3275  tRNA pseudouridine synthase D TruD  26.09 
 
 		 377 aa  67  0.0000000006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2753  pseudouridylate synthase  26.63 
 
 		 360 aa  66.6  0.0000000007  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.908437  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1120  tRNA pseudouridine synthase D, TruD  25.53 
 
 		 375 aa  66.2  0.000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1684  pseudouridylate synthase  23.36 
 
 		 413 aa  65.9  0.000000001  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.667214  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0838  tRNA pseudouridine synthase D  31.85 
 
 		 352 aa  66.2  0.000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0245  tRNA pseudouridine synthase D TruD  23 
 
 		 388 aa  65.1  0.000000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.107807  n/a   
 
 
-
 
NC_009363  OSTLU_34867  predicted protein  23.96 
 
 		 652 aa  65.1  0.000000002  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.437532 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3216  tRNA pseudouridine synthase D  29.19 
 
 		 349 aa  65.1  0.000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.285215 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3132  tRNA pseudouridine synthase D TruD  25.54 
 
 		 377 aa  65.1  0.000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1241  tRNA pseudouridine synthase D TruD  25.54 
 
 		 377 aa  65.1  0.000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.148473  hitchhiker  0.0000000000992324 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1074  hypothetical protein  27.75 
 
 		 367 aa  65.1  0.000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3134  tRNA pseudouridine synthase D  28.11 
 
 		 349 aa  63.9  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0800342 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3238  tRNA pseudouridine synthase D  28.11 
 
 		 349 aa  63.9  0.000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3053  tRNA pseudouridine synthase D  28.11 
 
 		 349 aa  63.9  0.000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3079  tRNA pseudouridine synthase D  28.11 
 
 		 349 aa  63.9  0.000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.737275 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3118  tRNA pseudouridine synthase D  28.11 
 
 		 349 aa  63.9  0.000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3436  hypothetical protein  25.7 
 
 		 370 aa  63.2  0.000000008  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1835  tRNA pseudouridine synthase D  29.65 
 
 		 343 aa  63.2  0.000000009  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.151087  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2636  pseudouridylate synthase  28.74 
 
 		 348 aa  62.8  0.00000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1294  pseudouridylate synthase  22.36 
 
 		 356 aa  62.8  0.00000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.918905  hitchhiker  0.00000000169172 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1189  tRNA pseudouridine synthase D TruD  26.09 
 
 		 354 aa  62.8  0.00000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00167  tRNA pseudouridine synthase D  25.99 
 
 		 403 aa  62  0.00000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.37551  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0138  pseudouridylate synthase  29.65 
 
 		 350 aa  61.2  0.00000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0151671  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>