153 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mbar_A3206 on replicon NC_007355
Organism: Methanosarcina barkeri str. Fusaro



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007355  Mbar_A3206  tRNA pseudouridine synthase D  100 
 
 		 438 aa  899    Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.688587  hitchhiker  0.00519063 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1281  tRNA pseudouridine synthase D  61.33 
 
 		 439 aa  583  1.0000000000000001e-165  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0398  tRNA pseudouridine synthase D  47.54 
 
 		 433 aa  431  1e-119  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1474  tRNA pseudouridine synthase D TruD  40.43 
 
 		 454 aa  323  3e-87  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2665  tRNA pseudouridine synthase D  39.7 
 
 		 452 aa  321  1.9999999999999998e-86  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2406  tRNA pseudouridine synthase D TruD  39.03 
 
 		 480 aa  315  7e-85  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.967787  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0017  tRNA pseudouridine synthase D  39.51 
 
 		 449 aa  308  9e-83  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1399  pseudouridylate synthase  37.41 
 
 		 423 aa  298  1e-79  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.770816  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1240  tRNA pseudouridine synthase D TruD  37.88 
 
 		 410 aa  283  4.0000000000000003e-75  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0906  pseudouridylate synthase  37.61 
 
 		 423 aa  281  2e-74  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.0000103937 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2096  tRNA pseudouridine synthase D TruD  34.87 
 
 		 422 aa  272  9e-72  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0572  tRNA pseudouridine synthase D  34.99 
 
 		 483 aa  270  2.9999999999999997e-71  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.0939983  normal  0.837825 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0808  pseudouridylate synthase  36.45 
 
 		 422 aa  268  1e-70  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.110756  normal  0.32964 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0803  hypothetical protein  34.78 
 
 		 422 aa  260  3e-68  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.929073  hitchhiker  0.0000530348 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1576  tRNA pseudouridine synthase D TruD  33.86 
 
 		 443 aa  247  3e-64  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.0247581  normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0685  pseudouridylate synthase  33.63 
 
 		 444 aa  226  6e-58  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0990  pseudouridylate synthase  32.26 
 
 		 390 aa  212  9e-54  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1638  tRNA pseudouridine synthase D TruD  32.49 
 
 		 430 aa  205  2e-51  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.197782  normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1488  tRNA pseudouridine synthase D TruD  32.64 
 
 		 390 aa  201  1.9999999999999998e-50  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0276  tRNA pseudouridine synthase D TruD  32.04 
 
 		 430 aa  199  1.0000000000000001e-49  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0971  tRNA pseudouridine synthase D, TruD  31.04 
 
 		 399 aa  176  9e-43  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0756  tRNA pseudouridine synthase D TruD  31.31 
 
 		 402 aa  174  2.9999999999999996e-42  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.476979  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0760  hypothetical protein  32.62 
 
 		 398 aa  171  2e-41  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000392805  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1198  tRNA pseudouridine synthase TruD  29.64 
 
 		 398 aa  169  6e-41  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1782  pseudouridylate synthase  27.9 
 
 		 411 aa  167  2e-40  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    hitchhiker  0.00000171757 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0520  hypothetical protein  29.4 
 
 		 408 aa  166  6.9999999999999995e-40  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0892738  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3033  tRNA pseudouridine synthase D, TruD  30.1 
 
 		 404 aa  165  1.0000000000000001e-39  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00845605  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1701  pseudouridylate synthase  28.99 
 
 		 400 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000153174  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0511  pseudouridylate synthase  29.48 
 
 		 412 aa  161  2e-38  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  0.0173312 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1445  tRNA pseudouridine synthase D TruD  28.84 
 
 		 398 aa  159  7e-38  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1594  tRNA pseudouridine synthase D TruD  27.54 
 
 		 412 aa  154  4e-36  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1684  pseudouridylate synthase  28.57 
 
 		 413 aa  150  4e-35  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.667214  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2776  tRNA pseudouridine synthase D TruD  27.08 
 
 		 420 aa  150  5e-35  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.664077  n/a   
 
 
-
 
NC_009363  OSTLU_34867  predicted protein  27.29 
 
 		 652 aa  146  6e-34  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.437532 
 
 
-
 
NC_006693  CNH03600  pseudouridine synthase, putative  29.2 
 
 		 863 aa  135  1.9999999999999998e-30  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3118  tRNA pseudouridine synthase D TruD  27.04 
 
 		 432 aa  130  5.0000000000000004e-29  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.709417  n/a   
 
 
-
 
NC_009045  PICST_46601  predicted protein  27.15 
 
 		 680 aa  123  6e-27  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.628004  normal  0.0180876 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00984  pseudouridine synthase TruD/Pus7, putative (AFU_orthologue; AFUA_1G16730)  28.61 
 
 		 745 aa  117  3e-25  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.584678 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2197  tRNA pseudouridine synthase D TruD  27.59 
 
 		 395 aa  110  4.0000000000000004e-23  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000286837  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1160  tRNA pseudouridine synthase D  27.08 
 
 		 399 aa  110  5e-23  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  decreased coverage  0.00000300328  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1152  tRNA pseudouridine synthase D TruD  28.95 
 
 		 377 aa  110  7.000000000000001e-23  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0138  pseudouridylate synthase  25.89 
 
 		 350 aa  108  1e-22  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0151671  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1670  tRNA pseudouridine synthase D  26 
 
 		 389 aa  109  1e-22  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1011  tRNA pseudouridine synthase D  26.21 
 
 		 389 aa  108  1e-22  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1378  tRNA pseudouridine synthase D TruD  26.96 
 
 		 455 aa  108  1e-22  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.416221  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0935  tRNA pseudouridine synthase D  26.21 
 
 		 389 aa  107  3e-22  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1745  pseudouridylate synthase  25 
 
 		 386 aa  107  4e-22  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.0000000122124  normal  0.627089 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1366  tRNA pseudouridine synthase D TruD  26.72 
 
 		 455 aa  106  9e-22  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.206358  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2489  tRNA pseudouridine synthase D, TruD  26.47 
 
 		 457 aa  105  2e-21  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.983394  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1463  tRNA pseudouridine synthase D TruD  26.47 
 
 		 455 aa  105  2e-21  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.278436  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1207  tRNA pseudouridine synthase D  25.9 
 
 		 389 aa  103  5e-21  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3643  pseudouridylate synthase  27.59 
 
 		 347 aa  101  2e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.320312  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3784  tRNA pseudouridine synthase D TruD  27.96 
 
 		 348 aa  99.8  8e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3769  tRNA pseudouridine synthase D TruD  28.74 
 
 		 349 aa  99.8  8e-20  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011674  PHATRDRAFT_45251  predicted protein  30.95 
 
 		 656 aa  96.7  7e-19  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0528  tRNA pseudouridine synthase D TruD  26.11 
 
 		 385 aa  96.3  1e-18  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0594  pseudouridylate synthase  35.62 
 
 		 359 aa  93.6  6e-18  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.124721  normal  0.779245 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2870  tRNA pseudouridine synthase D  24.15 
 
 		 349 aa  90.9  4e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3996  tRNA pseudouridine synthase D  23.9 
 
 		 349 aa  88.6  2e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4647  tRNA pseudouridine synthase D TruD  32.53 
 
 		 355 aa  88.6  2e-16  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0245  tRNA pseudouridine synthase D TruD  32.92 
 
 		 388 aa  89  2e-16  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.107807  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0962  tRNA pseudouridine synthase D  25.97 
 
 		 349 aa  88.6  2e-16  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1074  hypothetical protein  24.46 
 
 		 367 aa  87.4  5e-16  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3429  tRNA pseudouridine synthase D  25.78 
 
 		 349 aa  87.4  5e-16  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.291589  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3297  tRNA pseudouridine synthase D  25.78 
 
 		 349 aa  87.4  5e-16  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3129  tRNA pseudouridine synthase D  23.66 
 
 		 349 aa  85.9  0.000000000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2753  pseudouridylate synthase  35.95 
 
 		 360 aa  85.9  0.000000000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.908437  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1032  tRNA pseudouridine synthase D  32.22 
 
 		 357 aa  85.5  0.000000000000002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.589732  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1056  pseudouridylate synthase  37.25 
 
 		 357 aa  84.7  0.000000000000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1400  hypothetical protein  38.93 
 
 		 338 aa  84.3  0.000000000000004  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3079  tRNA pseudouridine synthase D  24.45 
 
 		 349 aa  84.3  0.000000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.737275 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3053  tRNA pseudouridine synthase D  24.45 
 
 		 349 aa  84.3  0.000000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3118  tRNA pseudouridine synthase D  24.45 
 
 		 349 aa  84.3  0.000000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3238  tRNA pseudouridine synthase D  24.45 
 
 		 349 aa  84.3  0.000000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3436  hypothetical protein  37.25 
 
 		 370 aa  84  0.000000000000005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1593  hypothetical protein  37.33 
 
 		 338 aa  84  0.000000000000005  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1249  pseudouridylate synthase  36.71 
 
 		 329 aa  83.6  0.000000000000007  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.883014  normal  0.601505 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1696  hypothetical protein  25.24 
 
 		 403 aa  82.8  0.00000000000001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1617  tRNA pseudouridine synthase D TruD  35.19 
 
 		 357 aa  82.4  0.00000000000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.0830625 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1241  tRNA pseudouridine synthase D TruD  35.95 
 
 		 377 aa  82.4  0.00000000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.148473  hitchhiker  0.0000000000992324 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1971  pseudouridylate synthase  25.12 
 
 		 391 aa  82  0.00000000000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1119  pseudouridylate synthase  35.95 
 
 		 375 aa  82  0.00000000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.774647  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1190  pseudouridylate synthase  35.95 
 
 		 375 aa  82  0.00000000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3346  tRNA pseudouridine synthase D TruD  35.29 
 
 		 355 aa  82  0.00000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00141322  hitchhiker  0.000000295162 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1433  tRNA pseudouridine synthase D  32.47 
 
 		 338 aa  81.6  0.00000000000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.733655  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3123  tRNA pseudouridine synthase D TruD  37.18 
 
 		 377 aa  82.4  0.00000000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.739944  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3132  tRNA pseudouridine synthase D TruD  35.95 
 
 		 377 aa  82  0.00000000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1411  tRNA pseudouridine synthase D TruD  33.77 
 
 		 345 aa  81.6  0.00000000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3275  tRNA pseudouridine synthase D TruD  37.18 
 
 		 377 aa  82.4  0.00000000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1120  tRNA pseudouridine synthase D, TruD  35.95 
 
 		 375 aa  81.3  0.00000000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1456  tRNA pseudouridine synthase D  31.21 
 
 		 343 aa  80.5  0.00000000000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0372  tRNA pseudouridine synthase D  29.38 
 
 		 362 aa  80.1  0.00000000000007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0542  tRNA pseudouridine synthase D TruD  29.38 
 
 		 362 aa  80.1  0.00000000000007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.238992  hitchhiker  0.000000811718 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00167  tRNA pseudouridine synthase D  29.3 
 
 		 403 aa  79.7  0.00000000000009  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.37551  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3216  tRNA pseudouridine synthase D  30.97 
 
 		 349 aa  79.7  0.0000000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.285215 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0967  tRNA pseudouridine synthase D  30.32 
 
 		 349 aa  79  0.0000000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.77182 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3351  tRNA pseudouridine synthase D  29.68 
 
 		 348 aa  79  0.0000000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2883  tRNA pseudouridine synthase D  30.32 
 
 		 349 aa  79  0.0000000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02595  tRNA pseudouridine synthase D  29.03 
 
 		 349 aa  77.4  0.0000000000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1200  pseudouridylate synthase  34.84 
 
 		 362 aa  77.8  0.0000000000004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00296391  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>