152 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Aboo_1240 on replicon NC_013926
Organism: Aciduliprofundum boonei T469



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013926  Aboo_1240  tRNA pseudouridine synthase D TruD  100 
 
 		 410 aa  826    Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0398  tRNA pseudouridine synthase D  38.81 
 
 		 433 aa  297  2e-79  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3206  tRNA pseudouridine synthase D  37.88 
 
 		 438 aa  283  3.0000000000000004e-75  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.688587  hitchhiker  0.00519063 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1281  tRNA pseudouridine synthase D  39.17 
 
 		 439 aa  277  2e-73  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0017  tRNA pseudouridine synthase D  34.46 
 
 		 449 aa  241  2e-62  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1399  pseudouridylate synthase  35.85 
 
 		 423 aa  240  2.9999999999999997e-62  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.770816  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1474  tRNA pseudouridine synthase D TruD  32.67 
 
 		 454 aa  239  9e-62  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2665  tRNA pseudouridine synthase D  33.26 
 
 		 452 aa  231  1e-59  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2406  tRNA pseudouridine synthase D TruD  31.8 
 
 		 480 aa  229  5e-59  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.967787  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2096  tRNA pseudouridine synthase D TruD  33.57 
 
 		 422 aa  219  6e-56  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0906  pseudouridylate synthase  32.08 
 
 		 423 aa  218  2e-55  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.0000103937 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0808  pseudouridylate synthase  32.46 
 
 		 422 aa  216  5e-55  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.110756  normal  0.32964 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1576  tRNA pseudouridine synthase D TruD  32.56 
 
 		 443 aa  216  7e-55  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.0247581  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0572  tRNA pseudouridine synthase D  30.66 
 
 		 483 aa  209  9e-53  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.0939983  normal  0.837825 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0803  hypothetical protein  32.3 
 
 		 422 aa  206  7e-52  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.929073  hitchhiker  0.0000530348 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0685  pseudouridylate synthase  34.38 
 
 		 444 aa  201  1.9999999999999998e-50  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0990  pseudouridylate synthase  32.85 
 
 		 390 aa  181  2e-44  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1638  tRNA pseudouridine synthase D TruD  32.07 
 
 		 430 aa  167  4e-40  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.197782  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0276  tRNA pseudouridine synthase D TruD  32.07 
 
 		 430 aa  165  1.0000000000000001e-39  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1488  tRNA pseudouridine synthase D TruD  30.35 
 
 		 390 aa  162  1e-38  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0760  hypothetical protein  29.85 
 
 		 398 aa  161  2e-38  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000392805  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0971  tRNA pseudouridine synthase D, TruD  28.64 
 
 		 399 aa  146  6e-34  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3033  tRNA pseudouridine synthase D, TruD  27.38 
 
 		 404 aa  144  3e-33  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00845605  normal  1 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0756  tRNA pseudouridine synthase D TruD  30.57 
 
 		 402 aa  141  1.9999999999999998e-32  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.476979  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1198  tRNA pseudouridine synthase TruD  29.71 
 
 		 398 aa  139  7.999999999999999e-32  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1701  pseudouridylate synthase  25.87 
 
 		 400 aa  133  6e-30  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000153174  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0520  hypothetical protein  27.59 
 
 		 408 aa  132  1.0000000000000001e-29  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0892738  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2776  tRNA pseudouridine synthase D TruD  28.22 
 
 		 420 aa  130  3e-29  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.664077  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1684  pseudouridylate synthase  27.42 
 
 		 413 aa  131  3e-29  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.667214  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1445  tRNA pseudouridine synthase D TruD  27.03 
 
 		 398 aa  127  4.0000000000000003e-28  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1782  pseudouridylate synthase  27 
 
 		 411 aa  119  9e-26  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    hitchhiker  0.00000171757 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0511  pseudouridylate synthase  26.4 
 
 		 412 aa  119  9.999999999999999e-26  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  0.0173312 
 
 
-
 
NC_009363  OSTLU_34867  predicted protein  25.68 
 
 		 652 aa  113  6e-24  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.437532 
 
 
-
 
NC_009045  PICST_46601  predicted protein  30.89 
 
 		 680 aa  111  2.0000000000000002e-23  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.628004  normal  0.0180876 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1594  tRNA pseudouridine synthase D TruD  25.75 
 
 		 412 aa  108  2e-22  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006693  CNH03600  pseudouridine synthase, putative  28.24 
 
 		 863 aa  105  1e-21  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00984  pseudouridine synthase TruD/Pus7, putative (AFU_orthologue; AFUA_1G16730)  26.3 
 
 		 745 aa  101  3e-20  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.584678 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3859  pseudouridylate synthase  24.58 
 
 		 350 aa  100  6e-20  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.629248  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3784  tRNA pseudouridine synthase D TruD  24.75 
 
 		 348 aa  99  1e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3769  tRNA pseudouridine synthase D TruD  24.5 
 
 		 349 aa  99  1e-19  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0245  tRNA pseudouridine synthase D TruD  32.37 
 
 		 388 aa  94.4  3e-18  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.107807  n/a   
 
 
-
 
NC_011674  PHATRDRAFT_45251  predicted protein  25.45 
 
 		 656 aa  94.4  4e-18  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3118  tRNA pseudouridine synthase D TruD  25.18 
 
 		 432 aa  94  4e-18  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.709417  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1152  tRNA pseudouridine synthase D TruD  27.45 
 
 		 377 aa  92.8  1e-17  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3643  pseudouridylate synthase  24.69 
 
 		 347 aa  92.8  1e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.320312  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1005  tRNA pseudouridine synthase D TruD  25.36 
 
 		 359 aa  92  1e-17  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.604587  normal  0.323448 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1011  tRNA pseudouridine synthase D  29.7 
 
 		 389 aa  92.4  1e-17  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0935  tRNA pseudouridine synthase D  29.15 
 
 		 389 aa  91.7  2e-17  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1433  tRNA pseudouridine synthase D  35.53 
 
 		 338 aa  90.9  4e-17  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.733655  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0206  tRNA pseudouridine synthase D, TruD  25.75 
 
 		 365 aa  90.5  5e-17  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.0784918  normal  0.0319695 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1670  tRNA pseudouridine synthase D  29.62 
 
 		 389 aa  90.1  6e-17  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1207  tRNA pseudouridine synthase D  31.06 
 
 		 389 aa  88.6  2e-16  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1745  pseudouridylate synthase  22.44 
 
 		 386 aa  86.7  7e-16  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.0000000122124  normal  0.627089 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1456  tRNA pseudouridine synthase D  30.57 
 
 		 343 aa  85.5  0.000000000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2197  tRNA pseudouridine synthase D TruD  27.38 
 
 		 395 aa  84.7  0.000000000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000286837  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0674  pseudouridylate synthase  34.16 
 
 		 344 aa  85.1  0.000000000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.305737  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0828  tRNA pseudouridine synthase D  33.33 
 
 		 348 aa  85.1  0.000000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.218757 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3346  tRNA pseudouridine synthase D TruD  24.74 
 
 		 355 aa  84.3  0.000000000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00141322  hitchhiker  0.000000295162 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3436  hypothetical protein  23.59 
 
 		 370 aa  84  0.000000000000005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1294  pseudouridylate synthase  24.87 
 
 		 356 aa  84  0.000000000000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.918905  hitchhiker  0.00000000169172 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3123  tRNA pseudouridine synthase D TruD  23.53 
 
 		 377 aa  82.4  0.00000000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.739944  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3129  tRNA pseudouridine synthase D  35.98 
 
 		 349 aa  82.4  0.00000000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3275  tRNA pseudouridine synthase D TruD  23.53 
 
 		 377 aa  82.4  0.00000000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1119  pseudouridylate synthase  23.59 
 
 		 375 aa  81.6  0.00000000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.774647  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1120  tRNA pseudouridine synthase D, TruD  23.85 
 
 		 375 aa  82  0.00000000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1241  tRNA pseudouridine synthase D TruD  23.53 
 
 		 377 aa  82  0.00000000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.148473  hitchhiker  0.0000000000992324 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2753  pseudouridylate synthase  23.59 
 
 		 360 aa  81.6  0.00000000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.908437  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3132  tRNA pseudouridine synthase D TruD  23.53 
 
 		 377 aa  82  0.00000000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3429  tRNA pseudouridine synthase D  33.14 
 
 		 349 aa  81.3  0.00000000000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.291589  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1190  pseudouridylate synthase  23.59 
 
 		 375 aa  81.3  0.00000000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3297  tRNA pseudouridine synthase D  33.14 
 
 		 349 aa  81.3  0.00000000000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0962  tRNA pseudouridine synthase D  33.14 
 
 		 349 aa  81.3  0.00000000000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0967  tRNA pseudouridine synthase D  34.94 
 
 		 349 aa  80.1  0.00000000000006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.77182 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2883  tRNA pseudouridine synthase D  34.94 
 
 		 349 aa  80.1  0.00000000000006  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1032  tRNA pseudouridine synthase D  36.72 
 
 		 357 aa  80.1  0.00000000000007  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.589732  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3118  tRNA pseudouridine synthase D  35.15 
 
 		 349 aa  79.7  0.00000000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3134  tRNA pseudouridine synthase D  35.15 
 
 		 349 aa  79.7  0.00000000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0800342 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3238  tRNA pseudouridine synthase D  35.15 
 
 		 349 aa  79.7  0.00000000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3079  tRNA pseudouridine synthase D  35.15 
 
 		 349 aa  79.7  0.00000000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.737275 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3053  tRNA pseudouridine synthase D  35.15 
 
 		 349 aa  79.7  0.00000000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1499  tRNA pseudouridine synthase D  24.09 
 
 		 335 aa  79.3  0.0000000000001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.128377  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3216  tRNA pseudouridine synthase D  35.54 
 
 		 349 aa  79.3  0.0000000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.285215 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3996  tRNA pseudouridine synthase D  35.37 
 
 		 349 aa  79  0.0000000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0838  tRNA pseudouridine synthase D  34.42 
 
 		 352 aa  79  0.0000000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02595  tRNA pseudouridine synthase D  35.37 
 
 		 349 aa  79  0.0000000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2870  tRNA pseudouridine synthase D  35.37 
 
 		 349 aa  79  0.0000000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02560  hypothetical protein  35.37 
 
 		 349 aa  79  0.0000000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1293  tRNA pseudouridine synthase D TruD  32.73 
 
 		 354 aa  78.2  0.0000000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.970908  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0138  pseudouridylate synthase  31.98 
 
 		 350 aa  78.6  0.0000000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0151671  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1303  tRNA pseudouridine synthase D TruD  29.19 
 
 		 363 aa  78.6  0.0000000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3046  tRNA pseudouridine synthase D  35.37 
 
 		 349 aa  79  0.0000000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.538175  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1189  tRNA pseudouridine synthase D TruD  33.13 
 
 		 354 aa  78.2  0.0000000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0943  tRNA pseudouridine synthase D TruD  33.13 
 
 		 349 aa  77.8  0.0000000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.336475  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0594  pseudouridylate synthase  31.25 
 
 		 359 aa  78.2  0.0000000000003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.124721  normal  0.779245 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1056  pseudouridylate synthase  25 
 
 		 357 aa  77  0.0000000000005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0869  tRNA pseudouridine synthase D  35.06 
 
 		 357 aa  77  0.0000000000005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1378  tRNA pseudouridine synthase D TruD  26.16 
 
 		 455 aa  77  0.0000000000005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.416221  normal  1 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1160  tRNA pseudouridine synthase D  28.78 
 
 		 399 aa  77  0.0000000000006  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  decreased coverage  0.00000300328  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4647  tRNA pseudouridine synthase D TruD  30.25 
 
 		 355 aa  76.6  0.0000000000007  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1617  tRNA pseudouridine synthase D TruD  32.92 
 
 		 357 aa  76.6  0.0000000000007  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.0830625 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>