152 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene MmarC6_0276 on replicon NC_009975
Organism: Methanococcus maripaludis C6



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009135  MmarC5_0990  pseudouridylate synthase  95.38 
 
 		 390 aa  764    Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1488  tRNA pseudouridine synthase D TruD  79.74 
 
 		 390 aa  644    Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1638  tRNA pseudouridine synthase D TruD  94.42 
 
 		 430 aa  811    Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.197782  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0276  tRNA pseudouridine synthase D TruD  100 
 
 		 430 aa  870    Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0756  tRNA pseudouridine synthase D TruD  65.38 
 
 		 402 aa  500  1e-140  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.476979  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0398  tRNA pseudouridine synthase D  33.01 
 
 		 433 aa  218  1e-55  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3206  tRNA pseudouridine synthase D  32.04 
 
 		 438 aa  209  1e-52  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.688587  hitchhiker  0.00519063 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1281  tRNA pseudouridine synthase D  31.59 
 
 		 439 aa  199  6e-50  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1576  tRNA pseudouridine synthase D TruD  30.05 
 
 		 443 aa  177  4e-43  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.0247581  normal  1 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1240  tRNA pseudouridine synthase D TruD  32.07 
 
 		 410 aa  177  5e-43  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2096  tRNA pseudouridine synthase D TruD  27.49 
 
 		 422 aa  169  1e-40  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1684  pseudouridylate synthase  29.72 
 
 		 413 aa  166  6.9999999999999995e-40  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.667214  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1399  pseudouridylate synthase  28.5 
 
 		 423 aa  164  2.0000000000000002e-39  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.770816  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0017  tRNA pseudouridine synthase D  28.19 
 
 		 449 aa  161  2e-38  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3033  tRNA pseudouridine synthase D, TruD  27.2 
 
 		 404 aa  160  4e-38  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00845605  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0803  hypothetical protein  28.27 
 
 		 422 aa  160  4e-38  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.929073  hitchhiker  0.0000530348 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1445  tRNA pseudouridine synthase D TruD  27.32 
 
 		 398 aa  156  7e-37  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2776  tRNA pseudouridine synthase D TruD  27.93 
 
 		 420 aa  156  8e-37  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.664077  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0511  pseudouridylate synthase  28.64 
 
 		 412 aa  155  1e-36  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  0.0173312 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0906  pseudouridylate synthase  27.46 
 
 		 423 aa  155  2e-36  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.0000103937 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0572  tRNA pseudouridine synthase D  26.76 
 
 		 483 aa  154  2.9999999999999998e-36  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.0939983  normal  0.837825 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1474  tRNA pseudouridine synthase D TruD  26.75 
 
 		 454 aa  152  1e-35  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1701  pseudouridylate synthase  26.82 
 
 		 400 aa  150  6e-35  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000153174  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2665  tRNA pseudouridine synthase D  26.37 
 
 		 452 aa  149  9e-35  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0971  tRNA pseudouridine synthase D, TruD  26.68 
 
 		 399 aa  149  1.0000000000000001e-34  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2406  tRNA pseudouridine synthase D TruD  26.25 
 
 		 480 aa  147  4.0000000000000006e-34  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.967787  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0760  hypothetical protein  26.52 
 
 		 398 aa  146  5e-34  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000392805  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1594  tRNA pseudouridine synthase D TruD  28.97 
 
 		 412 aa  146  9e-34  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0520  hypothetical protein  26.77 
 
 		 408 aa  142  9e-33  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0892738  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0808  pseudouridylate synthase  28.8 
 
 		 422 aa  135  9.999999999999999e-31  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.110756  normal  0.32964 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0685  pseudouridylate synthase  28.97 
 
 		 444 aa  132  1.0000000000000001e-29  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1782  pseudouridylate synthase  26.07 
 
 		 411 aa  131  3e-29  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    hitchhiker  0.00000171757 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1152  tRNA pseudouridine synthase D TruD  28.65 
 
 		 377 aa  127  3e-28  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1198  tRNA pseudouridine synthase TruD  28.04 
 
 		 398 aa  122  1.9999999999999998e-26  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006693  CNH03600  pseudouridine synthase, putative  31.78 
 
 		 863 aa  112  1.0000000000000001e-23  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009363  OSTLU_34867  predicted protein  30.23 
 
 		 652 aa  106  1e-21  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.437532 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00984  pseudouridine synthase TruD/Pus7, putative (AFU_orthologue; AFUA_1G16730)  27.74 
 
 		 745 aa  104  3e-21  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.584678 
 
 
-
 
NC_009045  PICST_46601  predicted protein  29.43 
 
 		 680 aa  103  4e-21  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.628004  normal  0.0180876 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3643  pseudouridylate synthase  25.13 
 
 		 347 aa  98.2  2e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.320312  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3859  pseudouridylate synthase  26.03 
 
 		 350 aa  89.7  9e-17  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.629248  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1207  tRNA pseudouridine synthase D  26.59 
 
 		 389 aa  86.7  7e-16  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1032  tRNA pseudouridine synthase D  27.61 
 
 		 357 aa  85.5  0.000000000000002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.589732  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1670  tRNA pseudouridine synthase D  26.89 
 
 		 389 aa  85.1  0.000000000000002  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1011  tRNA pseudouridine synthase D  27.74 
 
 		 389 aa  85.1  0.000000000000002  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3784  tRNA pseudouridine synthase D TruD  24.87 
 
 		 348 aa  84.7  0.000000000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3769  tRNA pseudouridine synthase D TruD  22.17 
 
 		 349 aa  84.7  0.000000000000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03723  Pseudouridylate synthase  25.34 
 
 		 361 aa  84.3  0.000000000000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.143609  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3118  tRNA pseudouridine synthase D TruD  23.51 
 
 		 432 aa  80.1  0.00000000000006  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.709417  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0935  tRNA pseudouridine synthase D  26.41 
 
 		 389 aa  79.7  0.0000000000001  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1411  tRNA pseudouridine synthase D TruD  23.58 
 
 		 345 aa  77.8  0.0000000000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011674  PHATRDRAFT_45251  predicted protein  28.23 
 
 		 656 aa  76.6  0.0000000000008  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2519  tRNA pseudouridine synthase D  31.71 
 
 		 354 aa  75.5  0.000000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1148  tRNA pseudouridine synthase D TruD  35.67 
 
 		 363 aa  75.5  0.000000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0594  pseudouridylate synthase  28.83 
 
 		 359 aa  74.7  0.000000000003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.124721  normal  0.779245 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1209  pseudouridylate synthase  31.06 
 
 		 355 aa  74.7  0.000000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.269002  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1400  hypothetical protein  26.46 
 
 		 338 aa  73.6  0.000000000007  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0206  tRNA pseudouridine synthase D, TruD  31.35 
 
 		 365 aa  73.2  0.000000000008  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.0784918  normal  0.0319695 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1074  hypothetical protein  34.4 
 
 		 367 aa  72  0.00000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1463  tRNA pseudouridine synthase D TruD  23.93 
 
 		 455 aa  71.6  0.00000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.278436  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2489  tRNA pseudouridine synthase D, TruD  23.93 
 
 		 457 aa  72.4  0.00000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.983394  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1249  pseudouridylate synthase  25.33 
 
 		 329 aa  71.6  0.00000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.883014  normal  0.601505 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1499  tRNA pseudouridine synthase D  22.28 
 
 		 335 aa  72  0.00000000002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.128377  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1056  pseudouridylate synthase  25.95 
 
 		 357 aa  72.4  0.00000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0245  tRNA pseudouridine synthase D TruD  29.01 
 
 		 388 aa  72.4  0.00000000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.107807  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0528  tRNA pseudouridine synthase D TruD  23.19 
 
 		 385 aa  71.6  0.00000000002  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0943  tRNA pseudouridine synthase D TruD  33.33 
 
 		 349 aa  71.2  0.00000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.336475  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4647  tRNA pseudouridine synthase D TruD  25.93 
 
 		 355 aa  71.2  0.00000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1835  tRNA pseudouridine synthase D  30.36 
 
 		 343 aa  71.2  0.00000000004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.151087  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1294  pseudouridylate synthase  31.06 
 
 		 356 aa  70.9  0.00000000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.918905  hitchhiker  0.00000000169172 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0967  tRNA pseudouridine synthase D  32.73 
 
 		 349 aa  70.5  0.00000000006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.77182 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2883  tRNA pseudouridine synthase D  32.73 
 
 		 349 aa  70.5  0.00000000006  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0856  tRNA pseudouridine synthase D  22.96 
 
 		 358 aa  70.1  0.00000000007  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2510  tRNA pseudouridine synthase D  30.91 
 
 		 348 aa  70.1  0.00000000008  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1366  tRNA pseudouridine synthase D TruD  23.57 
 
 		 455 aa  70.1  0.00000000008  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.206358  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1189  tRNA pseudouridine synthase D TruD  29.81 
 
 		 354 aa  70.1  0.00000000008  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3216  tRNA pseudouridine synthase D  32.93 
 
 		 349 aa  69.7  0.00000000009  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.285215 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2753  pseudouridylate synthase  28.95 
 
 		 360 aa  69.7  0.00000000009  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.908437  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02595  tRNA pseudouridine synthase D  32.73 
 
 		 349 aa  69.3  0.0000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1593  hypothetical protein  25.4 
 
 		 338 aa  69.7  0.0000000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02560  hypothetical protein  32.73 
 
 		 349 aa  69.3  0.0000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1745  pseudouridylate synthase  22.85 
 
 		 386 aa  68.9  0.0000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.0000000122124  normal  0.627089 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0138  pseudouridylate synthase  30.86 
 
 		 350 aa  69.3  0.0000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0151671  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1433  tRNA pseudouridine synthase D  30.12 
 
 		 338 aa  69.7  0.0000000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.733655  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3025  tRNA pseudouridine synthase D  23.12 
 
 		 352 aa  68.9  0.0000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000178626 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2870  tRNA pseudouridine synthase D  32.73 
 
 		 349 aa  69.3  0.0000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3996  tRNA pseudouridine synthase D  32.73 
 
 		 349 aa  69.3  0.0000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3046  tRNA pseudouridine synthase D  32.73 
 
 		 349 aa  69.3  0.0000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.538175  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1200  pseudouridylate synthase  29.17 
 
 		 362 aa  68.6  0.0000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00296391  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3123  tRNA pseudouridine synthase D TruD  31.05 
 
 		 377 aa  68.6  0.0000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.739944  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3129  tRNA pseudouridine synthase D  32.73 
 
 		 349 aa  68.6  0.0000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3275  tRNA pseudouridine synthase D TruD  31.05 
 
 		 377 aa  68.6  0.0000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3436  hypothetical protein  29.47 
 
 		 370 aa  67.8  0.0000000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1119  pseudouridylate synthase  28.95 
 
 		 375 aa  67.8  0.0000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.774647  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1190  pseudouridylate synthase  28.95 
 
 		 375 aa  67.8  0.0000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1120  tRNA pseudouridine synthase D, TruD  28.95 
 
 		 375 aa  67.8  0.0000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3132  tRNA pseudouridine synthase D TruD  31.05 
 
 		 377 aa  67.8  0.0000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1378  tRNA pseudouridine synthase D TruD  22.38 
 
 		 455 aa  68.2  0.0000000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.416221  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1241  tRNA pseudouridine synthase D TruD  31.05 
 
 		 377 aa  67.8  0.0000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.148473  hitchhiker  0.0000000000992324 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1160  tRNA pseudouridine synthase D  25.82 
 
 		 399 aa  67.8  0.0000000004  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  decreased coverage  0.00000300328  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2197  tRNA pseudouridine synthase D TruD  25.81 
 
 		 395 aa  67  0.0000000005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000286837  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>