153 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gmet_3033 on replicon NC_007517
Organism: Geobacter metallireducens GS-15



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007517  Gmet_3033  tRNA pseudouridine synthase D, TruD  100 
 
 		 404 aa  811    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00845605  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0520  hypothetical protein  75.51 
 
 		 408 aa  605  9.999999999999999e-173  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0892738  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0971  tRNA pseudouridine synthase D, TruD  72.15 
 
 		 399 aa  555  1e-157  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1701  pseudouridylate synthase  64.48 
 
 		 400 aa  521  1e-146  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000153174  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1445  tRNA pseudouridine synthase D TruD  64.63 
 
 		 398 aa  519  1e-146  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2776  tRNA pseudouridine synthase D TruD  64.63 
 
 		 420 aa  516  1.0000000000000001e-145  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.664077  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0760  hypothetical protein  54.45 
 
 		 398 aa  427  1e-118  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000392805  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3769  tRNA pseudouridine synthase D TruD  39.65 
 
 		 349 aa  234  2.0000000000000002e-60  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3784  tRNA pseudouridine synthase D TruD  38.46 
 
 		 348 aa  221  1.9999999999999999e-56  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3643  pseudouridylate synthase  39.75 
 
 		 347 aa  219  7e-56  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.320312  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0398  tRNA pseudouridine synthase D  35.73 
 
 		 433 aa  201  3e-50  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0245  tRNA pseudouridine synthase D TruD  36.54 
 
 		 388 aa  197  3e-49  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.107807  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1576  tRNA pseudouridine synthase D TruD  30.7 
 
 		 443 aa  182  6e-45  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.0247581  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2096  tRNA pseudouridine synthase D TruD  31.42 
 
 		 422 aa  166  5e-40  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4647  tRNA pseudouridine synthase D TruD  48.9 
 
 		 355 aa  166  5e-40  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3206  tRNA pseudouridine synthase D  30.1 
 
 		 438 aa  165  1.0000000000000001e-39  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.688587  hitchhiker  0.00519063 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0990  pseudouridylate synthase  27.27 
 
 		 390 aa  163  4.0000000000000004e-39  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0808  pseudouridylate synthase  29.93 
 
 		 422 aa  162  9e-39  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.110756  normal  0.32964 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1488  tRNA pseudouridine synthase D TruD  28.25 
 
 		 390 aa  161  2e-38  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0756  tRNA pseudouridine synthase D TruD  27.29 
 
 		 402 aa  160  5e-38  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.476979  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1399  pseudouridylate synthase  30.12 
 
 		 423 aa  159  7e-38  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.770816  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1638  tRNA pseudouridine synthase D TruD  28.32 
 
 		 430 aa  159  1e-37  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.197782  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1281  tRNA pseudouridine synthase D  29.27 
 
 		 439 aa  157  2e-37  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0572  tRNA pseudouridine synthase D  30.85 
 
 		 483 aa  156  7e-37  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.0939983  normal  0.837825 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0276  tRNA pseudouridine synthase D TruD  27.2 
 
 		 430 aa  153  5.9999999999999996e-36  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1474  tRNA pseudouridine synthase D TruD  31.13 
 
 		 454 aa  152  7e-36  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0138  pseudouridylate synthase  33.16 
 
 		 350 aa  152  8e-36  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0151671  normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0685  pseudouridylate synthase  31.43 
 
 		 444 aa  152  1e-35  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1617  tRNA pseudouridine synthase D TruD  51.22 
 
 		 357 aa  151  2e-35  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.0830625 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1032  tRNA pseudouridine synthase D  28.25 
 
 		 357 aa  150  3e-35  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.589732  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0803  hypothetical protein  28.91 
 
 		 422 aa  150  4e-35  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.929073  hitchhiker  0.0000530348 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1009  tRNA pseudouridine synthase D  29.4 
 
 		 365 aa  150  4e-35  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2665  tRNA pseudouridine synthase D  30.77 
 
 		 452 aa  150  5e-35  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1684  pseudouridylate synthase  31.73 
 
 		 413 aa  150  6e-35  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.667214  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00167  tRNA pseudouridine synthase D  32.58 
 
 		 403 aa  149  1.0000000000000001e-34  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.37551  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1181  tRNA pseudouridine synthase D TruD  29.38 
 
 		 361 aa  149  1.0000000000000001e-34  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0511  pseudouridylate synthase  31.1 
 
 		 412 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  0.0173312 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2636  pseudouridylate synthase  34.34 
 
 		 348 aa  145  1e-33  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1450  tRNA pseudouridine synthase D  29.32 
 
 		 372 aa  144  2e-33  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1782  pseudouridylate synthase  32.77 
 
 		 411 aa  144  2e-33  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    hitchhiker  0.00000171757 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1240  tRNA pseudouridine synthase D TruD  27.38 
 
 		 410 aa  144  3e-33  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03723  Pseudouridylate synthase  29.6 
 
 		 361 aa  143  5e-33  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.143609  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1631  tRNA pseudouridine synthase D  29.32 
 
 		 372 aa  143  6e-33  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1792  tRNA pseudouridine synthase D  29.29 
 
 		 372 aa  142  7e-33  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1041  tRNA pseudouridine synthase D  29.31 
 
 		 374 aa  142  7e-33  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.0766791  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0774  tRNA pseudouridine synthase D  28.8 
 
 		 374 aa  142  9.999999999999999e-33  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0594  pseudouridylate synthase  46.15 
 
 		 359 aa  140  3e-32  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.124721  normal  0.779245 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1005  tRNA pseudouridine synthase D TruD  45.14 
 
 		 359 aa  140  4.999999999999999e-32  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.604587  normal  0.323448 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0406  tRNA pseudouridine synthase D  27.34 
 
 		 375 aa  140  4.999999999999999e-32  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0089  tRNA pseudouridine synthase D  28.61 
 
 		 377 aa  139  7.999999999999999e-32  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1074  hypothetical protein  28.91 
 
 		 367 aa  138  2e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0906  pseudouridylate synthase  31.1 
 
 		 423 aa  138  2e-31  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.0000103937 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0017  tRNA pseudouridine synthase D  30.34 
 
 		 449 aa  137  4e-31  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1984  tRNA pseudouridine synthase D, TruD  28.81 
 
 		 389 aa  137  4e-31  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00100615 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1594  tRNA pseudouridine synthase D TruD  32.21 
 
 		 412 aa  135  9.999999999999999e-31  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2406  tRNA pseudouridine synthase D TruD  29.8 
 
 		 480 aa  135  9.999999999999999e-31  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.967787  n/a   
 
 
-
 
NC_009363  OSTLU_34867  predicted protein  32.83 
 
 		 652 aa  134  1.9999999999999998e-30  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.437532 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03521  tRNA pseudouridine synthase D  28.64 
 
 		 347 aa  132  6.999999999999999e-30  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002512  tRNA pseudouridine 13 synthase  28.68 
 
 		 347 aa  129  7.000000000000001e-29  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.18424  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1207  tRNA pseudouridine synthase D  24.46 
 
 		 389 aa  129  1.0000000000000001e-28  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1670  tRNA pseudouridine synthase D  25.19 
 
 		 389 aa  126  5e-28  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0542  tRNA pseudouridine synthase D TruD  28.82 
 
 		 362 aa  124  2e-27  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.238992  hitchhiker  0.000000811718 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0372  tRNA pseudouridine synthase D  28.82 
 
 		 362 aa  124  2e-27  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1011  tRNA pseudouridine synthase D  25.75 
 
 		 389 aa  125  2e-27  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1128  tRNA pseudouridine synthase D  30.65 
 
 		 352 aa  123  6e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0674  pseudouridylate synthase  30.92 
 
 		 344 aa  122  9.999999999999999e-27  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.305737  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0935  tRNA pseudouridine synthase D  24.3 
 
 		 389 aa  120  3.9999999999999996e-26  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1835  tRNA pseudouridine synthase D  41.82 
 
 		 343 aa  119  9.999999999999999e-26  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.151087  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1378  tRNA pseudouridine synthase D TruD  29.04 
 
 		 455 aa  119  9.999999999999999e-26  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.416221  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1411  tRNA pseudouridine synthase D TruD  44.51 
 
 		 345 aa  117  5e-25  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011674  PHATRDRAFT_45251  predicted protein  27.36 
 
 		 656 aa  116  6.9999999999999995e-25  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1456  tRNA pseudouridine synthase D  40 
 
 		 343 aa  115  1.0000000000000001e-24  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3436  hypothetical protein  37.36 
 
 		 370 aa  115  2.0000000000000002e-24  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1120  tRNA pseudouridine synthase D, TruD  37.91 
 
 		 375 aa  115  2.0000000000000002e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1294  pseudouridylate synthase  38.12 
 
 		 356 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.918905  hitchhiker  0.00000000169172 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1189  tRNA pseudouridine synthase D TruD  38.67 
 
 		 354 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1400  hypothetical protein  39.31 
 
 		 338 aa  113  5e-24  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1119  pseudouridylate synthase  37.91 
 
 		 375 aa  113  6e-24  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.774647  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1190  pseudouridylate synthase  37.91 
 
 		 375 aa  113  7.000000000000001e-24  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1241  tRNA pseudouridine synthase D TruD  38.46 
 
 		 377 aa  112  8.000000000000001e-24  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.148473  hitchhiker  0.0000000000992324 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1200  pseudouridylate synthase  37.22 
 
 		 362 aa  112  8.000000000000001e-24  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00296391  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1593  hypothetical protein  39.43 
 
 		 338 aa  112  9e-24  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1056  pseudouridylate synthase  36.31 
 
 		 357 aa  112  9e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3132  tRNA pseudouridine synthase D TruD  38.46 
 
 		 377 aa  112  1.0000000000000001e-23  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1463  tRNA pseudouridine synthase D TruD  28.35 
 
 		 455 aa  112  1.0000000000000001e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.278436  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17440  tRNA pseudouridine synthase D  31.43 
 
 		 355 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3123  tRNA pseudouridine synthase D TruD  37.36 
 
 		 377 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.739944  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1209  pseudouridylate synthase  37.57 
 
 		 355 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.269002  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3275  tRNA pseudouridine synthase D TruD  37.36 
 
 		 377 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1513  tRNA pseudouridine synthase D  31.96 
 
 		 355 aa  111  3e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3346  tRNA pseudouridine synthase D TruD  37.02 
 
 		 355 aa  110  6e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00141322  hitchhiker  0.000000295162 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3859  pseudouridylate synthase  37.5 
 
 		 350 aa  110  6e-23  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.629248  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1366  tRNA pseudouridine synthase D TruD  28.1 
 
 		 455 aa  110  6e-23  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.206358  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1293  tRNA pseudouridine synthase D TruD  43.03 
 
 		 354 aa  110  6e-23  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.970908  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3508  tRNA pseudouridine synthase D  40.35 
 
 		 348 aa  109  7.000000000000001e-23  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2489  tRNA pseudouridine synthase D, TruD  28.61 
 
 		 457 aa  109  8.000000000000001e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.983394  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2753  pseudouridylate synthase  36.81 
 
 		 360 aa  109  8.000000000000001e-23  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.908437  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1619  tRNA pseudouridine synthase D  30.93 
 
 		 352 aa  109  1e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.241866 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0216  pseudouridylate synthase  27.16 
 
 		 346 aa  108  1e-22  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0838  tRNA pseudouridine synthase D  38.95 
 
 		 352 aa  108  1e-22  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>