153 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mpal_2096 on replicon NC_011832
Organism: Methanosphaerula palustris E1-9c



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011832  Mpal_2096  tRNA pseudouridine synthase D TruD  100 
 
 		 422 aa  872    Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1399  pseudouridylate synthase  58.25 
 
 		 423 aa  499  1e-140  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.770816  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0906  pseudouridylate synthase  55.53 
 
 		 423 aa  462  1e-129  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.0000103937 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0803  hypothetical protein  49.17 
 
 		 422 aa  410  1e-113  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.929073  hitchhiker  0.0000530348 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0808  pseudouridylate synthase  41.71 
 
 		 422 aa  347  3e-94  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.110756  normal  0.32964 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1281  tRNA pseudouridine synthase D  36.49 
 
 		 439 aa  291  2e-77  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0398  tRNA pseudouridine synthase D  40.62 
 
 		 433 aa  281  2e-74  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3206  tRNA pseudouridine synthase D  34.87 
 
 		 438 aa  272  9e-72  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.688587  hitchhiker  0.00519063 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1474  tRNA pseudouridine synthase D TruD  33.77 
 
 		 454 aa  241  2e-62  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2406  tRNA pseudouridine synthase D TruD  34.43 
 
 		 480 aa  229  7e-59  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.967787  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2665  tRNA pseudouridine synthase D  33.55 
 
 		 452 aa  225  1e-57  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0017  tRNA pseudouridine synthase D  32.75 
 
 		 449 aa  220  3e-56  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1240  tRNA pseudouridine synthase D TruD  33.57 
 
 		 410 aa  219  6e-56  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0572  tRNA pseudouridine synthase D  31.95 
 
 		 483 aa  216  5e-55  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.0939983  normal  0.837825 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1576  tRNA pseudouridine synthase D TruD  31.82 
 
 		 443 aa  198  2.0000000000000003e-49  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.0247581  normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0685  pseudouridylate synthase  33.18 
 
 		 444 aa  196  7e-49  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0971  tRNA pseudouridine synthase D, TruD  32.42 
 
 		 399 aa  181  2e-44  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1488  tRNA pseudouridine synthase D TruD  30.17 
 
 		 390 aa  177  3e-43  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0990  pseudouridylate synthase  28.78 
 
 		 390 aa  171  2e-41  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1638  tRNA pseudouridine synthase D TruD  29.06 
 
 		 430 aa  169  6e-41  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.197782  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0520  hypothetical protein  31.66 
 
 		 408 aa  169  1e-40  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0892738  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3033  tRNA pseudouridine synthase D, TruD  31.42 
 
 		 404 aa  166  5.9999999999999996e-40  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00845605  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1445  tRNA pseudouridine synthase D TruD  30.44 
 
 		 398 aa  165  2.0000000000000002e-39  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2776  tRNA pseudouridine synthase D TruD  30.17 
 
 		 420 aa  164  3e-39  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.664077  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0276  tRNA pseudouridine synthase D TruD  27.49 
 
 		 430 aa  162  1e-38  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1701  pseudouridylate synthase  31.39 
 
 		 400 aa  160  3e-38  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000153174  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1684  pseudouridylate synthase  31.13 
 
 		 413 aa  159  7e-38  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.667214  normal  1 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0756  tRNA pseudouridine synthase D TruD  28.71 
 
 		 402 aa  158  1e-37  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.476979  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0760  hypothetical protein  30.42 
 
 		 398 aa  152  1e-35  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000392805  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1594  tRNA pseudouridine synthase D TruD  30.02 
 
 		 412 aa  151  2e-35  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1782  pseudouridylate synthase  29.37 
 
 		 411 aa  144  2e-33  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    hitchhiker  0.00000171757 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0511  pseudouridylate synthase  27.57 
 
 		 412 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  0.0173312 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1198  tRNA pseudouridine synthase TruD  26.53 
 
 		 398 aa  133  6.999999999999999e-30  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009363  OSTLU_34867  predicted protein  28.2 
 
 		 652 aa  123  8e-27  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.437532 
 
 
-
 
NC_009045  PICST_46601  predicted protein  31.94 
 
 		 680 aa  113  6e-24  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.628004  normal  0.0180876 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1670  tRNA pseudouridine synthase D  29.15 
 
 		 389 aa  109  8.000000000000001e-23  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0935  tRNA pseudouridine synthase D  24.64 
 
 		 389 aa  109  9.000000000000001e-23  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006693  CNH03600  pseudouridine synthase, putative  28.93 
 
 		 863 aa  106  1e-21  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1207  tRNA pseudouridine synthase D  26.08 
 
 		 389 aa  105  2e-21  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1011  tRNA pseudouridine synthase D  26.94 
 
 		 389 aa  103  4e-21  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1745  pseudouridylate synthase  26.37 
 
 		 386 aa  103  5e-21  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.0000000122124  normal  0.627089 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0594  pseudouridylate synthase  36.11 
 
 		 359 aa  101  2e-20  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.124721  normal  0.779245 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1160  tRNA pseudouridine synthase D  27.11 
 
 		 399 aa  100  3e-20  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  decreased coverage  0.00000300328  n/a   
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00984  pseudouridine synthase TruD/Pus7, putative (AFU_orthologue; AFUA_1G16730)  28.47 
 
 		 745 aa  99.4  1e-19  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.584678 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0245  tRNA pseudouridine synthase D TruD  36.54 
 
 		 388 aa  98.2  2e-19  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.107807  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1032  tRNA pseudouridine synthase D  33.52 
 
 		 357 aa  98.6  2e-19  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.589732  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2197  tRNA pseudouridine synthase D TruD  26.18 
 
 		 395 aa  97.8  3e-19  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000286837  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00167  tRNA pseudouridine synthase D  28.5 
 
 		 403 aa  98.2  3e-19  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.37551  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1152  tRNA pseudouridine synthase D TruD  24.7 
 
 		 377 aa  97.1  5e-19  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4647  tRNA pseudouridine synthase D TruD  37.79 
 
 		 355 aa  97.1  5e-19  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0528  tRNA pseudouridine synthase D TruD  27.12 
 
 		 385 aa  96.3  1e-18  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3784  tRNA pseudouridine synthase D TruD  35.5 
 
 		 348 aa  94.7  3e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1463  tRNA pseudouridine synthase D TruD  28.96 
 
 		 455 aa  93.2  8e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.278436  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3769  tRNA pseudouridine synthase D TruD  28.32 
 
 		 349 aa  93.2  8e-18  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2489  tRNA pseudouridine synthase D, TruD  29.18 
 
 		 457 aa  92.8  1e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.983394  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1366  tRNA pseudouridine synthase D TruD  29.18 
 
 		 455 aa  92.4  2e-17  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.206358  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3643  pseudouridylate synthase  36.6 
 
 		 347 aa  92  2e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.320312  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3118  tRNA pseudouridine synthase D TruD  23.81 
 
 		 432 aa  92  2e-17  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.709417  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1456  tRNA pseudouridine synthase D  37.58 
 
 		 343 aa  91.3  3e-17  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1411  tRNA pseudouridine synthase D TruD  27.23 
 
 		 345 aa  90.9  4e-17  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1181  tRNA pseudouridine synthase D TruD  21.19 
 
 		 361 aa  89  1e-16  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011674  PHATRDRAFT_45251  predicted protein  29.18 
 
 		 656 aa  88.6  2e-16  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1378  tRNA pseudouridine synthase D TruD  28.02 
 
 		 455 aa  88.6  2e-16  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.416221  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0138  pseudouridylate synthase  32.32 
 
 		 350 aa  87.4  5e-16  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0151671  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1835  tRNA pseudouridine synthase D  35.29 
 
 		 343 aa  87  6e-16  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.151087  normal  1 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0206  tRNA pseudouridine synthase D, TruD  31.76 
 
 		 365 aa  86.3  8e-16  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.0784918  normal  0.0319695 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1209  pseudouridylate synthase  35.57 
 
 		 355 aa  85.5  0.000000000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.269002  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2753  pseudouridylate synthase  27.48 
 
 		 360 aa  85.1  0.000000000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.908437  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1433  tRNA pseudouridine synthase D  32.16 
 
 		 338 aa  84.3  0.000000000000004  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.733655  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3436  hypothetical protein  34.67 
 
 		 370 aa  84  0.000000000000005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1617  tRNA pseudouridine synthase D TruD  36.13 
 
 		 357 aa  83.6  0.000000000000007  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.0830625 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1119  pseudouridylate synthase  34 
 
 		 375 aa  82.4  0.00000000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.774647  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1190  pseudouridylate synthase  34 
 
 		 375 aa  82.4  0.00000000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1120  tRNA pseudouridine synthase D, TruD  34 
 
 		 375 aa  82.4  0.00000000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1303  tRNA pseudouridine synthase D TruD  30.56 
 
 		 363 aa  81.6  0.00000000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17440  tRNA pseudouridine synthase D  33.11 
 
 		 355 aa  81.3  0.00000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0216  pseudouridylate synthase  35.57 
 
 		 346 aa  80.9  0.00000000000004  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002512  tRNA pseudouridine 13 synthase  36.09 
 
 		 347 aa  80.5  0.00000000000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.18424  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3429  tRNA pseudouridine synthase D  36.36 
 
 		 349 aa  80.5  0.00000000000006  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.291589  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0967  tRNA pseudouridine synthase D  34.19 
 
 		 349 aa  80.1  0.00000000000006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.77182 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1513  tRNA pseudouridine synthase D  33.77 
 
 		 355 aa  80.5  0.00000000000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3297  tRNA pseudouridine synthase D  36.36 
 
 		 349 aa  80.5  0.00000000000006  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2883  tRNA pseudouridine synthase D  34.19 
 
 		 349 aa  80.1  0.00000000000006  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0962  tRNA pseudouridine synthase D  36.36 
 
 		 349 aa  80.5  0.00000000000006  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1241  tRNA pseudouridine synthase D TruD  34 
 
 		 377 aa  80.1  0.00000000000007  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.148473  hitchhiker  0.0000000000992324 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3123  tRNA pseudouridine synthase D TruD  34 
 
 		 377 aa  80.1  0.00000000000007  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.739944  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2636  pseudouridylate synthase  35.95 
 
 		 348 aa  79.7  0.00000000000008  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3132  tRNA pseudouridine synthase D TruD  34 
 
 		 377 aa  79.7  0.00000000000008  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3275  tRNA pseudouridine synthase D TruD  34 
 
 		 377 aa  79.7  0.00000000000008  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02595  tRNA pseudouridine synthase D  34.19 
 
 		 349 aa  79.3  0.0000000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02560  hypothetical protein  34.19 
 
 		 349 aa  79.3  0.0000000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2870  tRNA pseudouridine synthase D  34.19 
 
 		 349 aa  79  0.0000000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3996  tRNA pseudouridine synthase D  34.19 
 
 		 349 aa  79  0.0000000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3216  tRNA pseudouridine synthase D  31.71 
 
 		 349 aa  79.3  0.0000000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.285215 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3025  tRNA pseudouridine synthase D  34.9 
 
 		 352 aa  79.7  0.0000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000178626 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3046  tRNA pseudouridine synthase D  34.19 
 
 		 349 aa  79.3  0.0000000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.538175  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1189  tRNA pseudouridine synthase D TruD  33.56 
 
 		 354 aa  79.7  0.0000000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03723  Pseudouridylate synthase  24.75 
 
 		 361 aa  79.7  0.0000000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.143609  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0943  tRNA pseudouridine synthase D TruD  34.19 
 
 		 349 aa  78.6  0.0000000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.336475  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03521  tRNA pseudouridine synthase D  35.34 
 
 		 347 aa  78.6  0.0000000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>