152 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pcal_1782 on replicon NC_009073
Organism: Pyrobaculum calidifontis JCM 11548



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009073  Pcal_1782  pseudouridylate synthase  100 
 
 		 411 aa  824    Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    hitchhiker  0.00000171757 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1684  pseudouridylate synthase  72.26 
 
 		 413 aa  624  1e-178  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.667214  normal  1 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1594  tRNA pseudouridine synthase D TruD  72.57 
 
 		 412 aa  576  1.0000000000000001e-163  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0511  pseudouridylate synthase  66.75 
 
 		 412 aa  569  1e-161  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  0.0173312 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1576  tRNA pseudouridine synthase D TruD  37.16 
 
 		 443 aa  254  2.0000000000000002e-66  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.0247581  normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0685  pseudouridylate synthase  36.57 
 
 		 444 aa  234  2.0000000000000002e-60  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1399  pseudouridylate synthase  33.18 
 
 		 423 aa  179  8e-44  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.770816  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3206  tRNA pseudouridine synthase D  28.12 
 
 		 438 aa  173  5e-42  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.688587  hitchhiker  0.00519063 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0398  tRNA pseudouridine synthase D  33.41 
 
 		 433 aa  173  5.999999999999999e-42  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1198  tRNA pseudouridine synthase TruD  27.71 
 
 		 398 aa  164  2.0000000000000002e-39  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0017  tRNA pseudouridine synthase D  30.65 
 
 		 449 aa  164  4.0000000000000004e-39  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2406  tRNA pseudouridine synthase D TruD  30 
 
 		 480 aa  163  5.0000000000000005e-39  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.967787  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0971  tRNA pseudouridine synthase D, TruD  33.41 
 
 		 399 aa  161  2e-38  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0808  pseudouridylate synthase  29.19 
 
 		 422 aa  156  6e-37  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.110756  normal  0.32964 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1474  tRNA pseudouridine synthase D TruD  30.04 
 
 		 454 aa  153  5e-36  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3033  tRNA pseudouridine synthase D, TruD  32.77 
 
 		 404 aa  151  2e-35  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00845605  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2665  tRNA pseudouridine synthase D  30.75 
 
 		 452 aa  151  2e-35  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1488  tRNA pseudouridine synthase D TruD  27.3 
 
 		 390 aa  150  3e-35  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2096  tRNA pseudouridine synthase D TruD  29.95 
 
 		 422 aa  149  7e-35  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0803  hypothetical protein  28.97 
 
 		 422 aa  144  3e-33  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.929073  hitchhiker  0.0000530348 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0990  pseudouridylate synthase  26.32 
 
 		 390 aa  143  5e-33  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0760  hypothetical protein  28.98 
 
 		 398 aa  143  6e-33  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000392805  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0520  hypothetical protein  30.71 
 
 		 408 aa  141  1.9999999999999998e-32  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0892738  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0572  tRNA pseudouridine synthase D  27.69 
 
 		 483 aa  140  4.999999999999999e-32  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.0939983  normal  0.837825 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1638  tRNA pseudouridine synthase D TruD  26.32 
 
 		 430 aa  139  1e-31  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.197782  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1445  tRNA pseudouridine synthase D TruD  30.79 
 
 		 398 aa  137  3.0000000000000003e-31  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0906  pseudouridylate synthase  30.14 
 
 		 423 aa  137  5e-31  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.0000103937 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2776  tRNA pseudouridine synthase D TruD  29.83 
 
 		 420 aa  135  9.999999999999999e-31  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.664077  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0276  tRNA pseudouridine synthase D TruD  26.07 
 
 		 430 aa  133  6e-30  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1281  tRNA pseudouridine synthase D  25.56 
 
 		 439 aa  132  1.0000000000000001e-29  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1701  pseudouridylate synthase  29.37 
 
 		 400 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000153174  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0756  tRNA pseudouridine synthase D TruD  25.19 
 
 		 402 aa  129  1.0000000000000001e-28  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.476979  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1240  tRNA pseudouridine synthase D TruD  27.74 
 
 		 410 aa  125  2e-27  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1152  tRNA pseudouridine synthase D TruD  26.21 
 
 		 377 aa  110  4.0000000000000004e-23  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006693  CNH03600  pseudouridine synthase, putative  26.67 
 
 		 863 aa  110  4.0000000000000004e-23  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009045  PICST_46601  predicted protein  27.23 
 
 		 680 aa  109  9.000000000000001e-23  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.628004  normal  0.0180876 
 
 
-
 
NC_009363  OSTLU_34867  predicted protein  27.36 
 
 		 652 aa  106  7e-22  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.437532 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1011  tRNA pseudouridine synthase D  24.57 
 
 		 389 aa  105  2e-21  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1670  tRNA pseudouridine synthase D  24.51 
 
 		 389 aa  104  3e-21  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1207  tRNA pseudouridine synthase D  21.95 
 
 		 389 aa  102  9e-21  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0935  tRNA pseudouridine synthase D  23.53 
 
 		 389 aa  100  4e-20  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1745  pseudouridylate synthase  27.9 
 
 		 386 aa  98.6  2e-19  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.0000000122124  normal  0.627089 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1593  hypothetical protein  25.34 
 
 		 338 aa  95.1  2e-18  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1400  hypothetical protein  24.52 
 
 		 338 aa  95.1  2e-18  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0206  tRNA pseudouridine synthase D, TruD  28.49 
 
 		 365 aa  94  4e-18  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.0784918  normal  0.0319695 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0528  tRNA pseudouridine synthase D TruD  26.95 
 
 		 385 aa  90.1  7e-17  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1835  tRNA pseudouridine synthase D  28.1 
 
 		 343 aa  89  2e-16  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.151087  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0058  tRNA pseudouridine synthase D  25.81 
 
 		 361 aa  87.4  4e-16  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2197  tRNA pseudouridine synthase D TruD  23.69 
 
 		 395 aa  82.4  0.00000000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000286837  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0594  pseudouridylate synthase  27.68 
 
 		 359 aa  80.9  0.00000000000004  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.124721  normal  0.779245 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1032  tRNA pseudouridine synthase D  24.5 
 
 		 357 aa  79.7  0.00000000000009  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.589732  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1241  tRNA pseudouridine synthase D TruD  22.94 
 
 		 377 aa  79.3  0.0000000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.148473  hitchhiker  0.0000000000992324 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3123  tRNA pseudouridine synthase D TruD  22.94 
 
 		 377 aa  79.3  0.0000000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.739944  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3132  tRNA pseudouridine synthase D TruD  22.94 
 
 		 377 aa  79.3  0.0000000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3275  tRNA pseudouridine synthase D TruD  22.94 
 
 		 377 aa  79.3  0.0000000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2519  tRNA pseudouridine synthase D  35.62 
 
 		 354 aa  79  0.0000000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00984  pseudouridine synthase TruD/Pus7, putative (AFU_orthologue; AFUA_1G16730)  26.52 
 
 		 745 aa  78.2  0.0000000000003  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.584678 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3769  tRNA pseudouridine synthase D TruD  28.86 
 
 		 349 aa  77.8  0.0000000000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3643  pseudouridylate synthase  27.09 
 
 		 347 aa  77.4  0.0000000000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.320312  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3784  tRNA pseudouridine synthase D TruD  27.21 
 
 		 348 aa  76.6  0.0000000000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2510  tRNA pseudouridine synthase D  32.52 
 
 		 348 aa  76.3  0.000000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0542  tRNA pseudouridine synthase D TruD  32.54 
 
 		 362 aa  76.3  0.000000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.238992  hitchhiker  0.000000811718 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002512  tRNA pseudouridine 13 synthase  31.58 
 
 		 347 aa  75.9  0.000000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.18424  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0372  tRNA pseudouridine synthase D  32.54 
 
 		 362 aa  76.3  0.000000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011674  PHATRDRAFT_45251  predicted protein  24.24 
 
 		 656 aa  75.5  0.000000000002  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0138  pseudouridylate synthase  32.74 
 
 		 350 aa  74.3  0.000000000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0151671  normal  1 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1160  tRNA pseudouridine synthase D  20.49 
 
 		 399 aa  73.9  0.000000000004  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  decreased coverage  0.00000300328  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03521  tRNA pseudouridine synthase D  31.58 
 
 		 347 aa  73.9  0.000000000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3118  tRNA pseudouridine synthase D TruD  23.53 
 
 		 432 aa  73.6  0.000000000006  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.709417  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1293  tRNA pseudouridine synthase D TruD  35.06 
 
 		 354 aa  72.8  0.00000000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.970908  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3216  tRNA pseudouridine synthase D  31.9 
 
 		 349 aa  72.8  0.00000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.285215 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1200  pseudouridylate synthase  28.24 
 
 		 362 aa  72  0.00000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00296391  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1617  tRNA pseudouridine synthase D TruD  32.56 
 
 		 357 aa  72  0.00000000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.0830625 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1181  tRNA pseudouridine synthase D TruD  22.91 
 
 		 361 aa  71.6  0.00000000002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1209  pseudouridylate synthase  27.22 
 
 		 355 aa  71.6  0.00000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.269002  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1294  pseudouridylate synthase  23.47 
 
 		 356 aa  70.9  0.00000000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.918905  hitchhiker  0.00000000169172 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2753  pseudouridylate synthase  21.52 
 
 		 360 aa  70.5  0.00000000005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.908437  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0245  tRNA pseudouridine synthase D TruD  23.13 
 
 		 388 aa  70.5  0.00000000006  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.107807  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0089  tRNA pseudouridine synthase D  22.96 
 
 		 377 aa  68.9  0.0000000002  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0674  pseudouridylate synthase  32.95 
 
 		 344 aa  68.2  0.0000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.305737  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03723  Pseudouridylate synthase  22.63 
 
 		 361 aa  67.8  0.0000000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.143609  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02595  tRNA pseudouridine synthase D  31.93 
 
 		 349 aa  67.4  0.0000000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3996  tRNA pseudouridine synthase D  31.93 
 
 		 349 aa  67.4  0.0000000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2883  tRNA pseudouridine synthase D  31.93 
 
 		 349 aa  67.8  0.0000000004  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3046  tRNA pseudouridine synthase D  31.93 
 
 		 349 aa  67.4  0.0000000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.538175  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02560  hypothetical protein  31.93 
 
 		 349 aa  67.4  0.0000000004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0967  tRNA pseudouridine synthase D  31.93 
 
 		 349 aa  67.8  0.0000000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.77182 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2870  tRNA pseudouridine synthase D  31.93 
 
 		 349 aa  67.4  0.0000000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1120  tRNA pseudouridine synthase D, TruD  21.84 
 
 		 375 aa  67  0.0000000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0943  tRNA pseudouridine synthase D TruD  31.93 
 
 		 349 aa  67  0.0000000006  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.336475  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1128  tRNA pseudouridine synthase D  34.59 
 
 		 352 aa  67  0.0000000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1056  pseudouridylate synthase  28.95 
 
 		 357 aa  67  0.0000000006  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3436  hypothetical protein  21.84 
 
 		 370 aa  66.6  0.0000000007  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3859  pseudouridylate synthase  30.22 
 
 		 350 aa  66.2  0.0000000009  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.629248  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1190  pseudouridylate synthase  21.84 
 
 		 375 aa  66.2  0.0000000009  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3053  tRNA pseudouridine synthase D  32.73 
 
 		 349 aa  66.2  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0216  pseudouridylate synthase  31.25 
 
 		 346 aa  65.9  0.000000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3134  tRNA pseudouridine synthase D  32.73 
 
 		 349 aa  66.2  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0800342 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3118  tRNA pseudouridine synthase D  32.73 
 
 		 349 aa  66.2  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3079  tRNA pseudouridine synthase D  32.73 
 
 		 349 aa  66.2  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.737275 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>