150 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sputcn32_2753 on replicon NC_009438
Organism: Shewanella putrefaciens CN-32



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_3436  hypothetical protein  88.33 
 
 		 370 aa  669    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1119  pseudouridylate synthase  92.59 
 
 		 375 aa  682    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.774647  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1190  pseudouridylate synthase  92.88 
 
 		 375 aa  684    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1241  tRNA pseudouridine synthase D TruD  93.1 
 
 		 377 aa  687    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.148473  hitchhiker  0.0000000000992324 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1120  tRNA pseudouridine synthase D, TruD  93.73 
 
 		 375 aa  690    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3123  tRNA pseudouridine synthase D TruD  92.82 
 
 		 377 aa  686    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.739944  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2753  pseudouridylate synthase  100 
 
 		 360 aa  746    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.908437  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3132  tRNA pseudouridine synthase D TruD  93.1 
 
 		 377 aa  687    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3275  tRNA pseudouridine synthase D TruD  92.82 
 
 		 377 aa  686    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1056  pseudouridylate synthase  70.77 
 
 		 357 aa  537  1e-151  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1200  pseudouridylate synthase  70.95 
 
 		 362 aa  523  1e-147  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00296391  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1294  pseudouridylate synthase  72.3 
 
 		 356 aa  520  1e-146  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.918905  hitchhiker  0.00000000169172 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1189  tRNA pseudouridine synthase D TruD  73.96 
 
 		 354 aa  519  1e-146  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3346  tRNA pseudouridine synthase D TruD  70.85 
 
 		 355 aa  505  9.999999999999999e-143  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00141322  hitchhiker  0.000000295162 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1209  pseudouridylate synthase  69.48 
 
 		 355 aa  495  1e-139  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.269002  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1040  pseudouridylate synthase  64.9 
 
 		 360 aa  484  1e-135  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.871922 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3859  pseudouridylate synthase  45.91 
 
 		 350 aa  308  8e-83  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.629248  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1074  hypothetical protein  45.51 
 
 		 367 aa  296  3e-79  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0962  tRNA pseudouridine synthase D  44.94 
 
 		 349 aa  281  1e-74  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3297  tRNA pseudouridine synthase D  44.64 
 
 		 349 aa  278  7e-74  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3429  tRNA pseudouridine synthase D  44.64 
 
 		 349 aa  278  7e-74  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.291589  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0828  tRNA pseudouridine synthase D  44.78 
 
 		 348 aa  277  2e-73  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.218757 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2519  tRNA pseudouridine synthase D  44.41 
 
 		 354 aa  271  1e-71  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0674  pseudouridylate synthase  44.11 
 
 		 344 aa  271  1e-71  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.305737  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0838  tRNA pseudouridine synthase D  44.78 
 
 		 352 aa  271  1e-71  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03723  Pseudouridylate synthase  41.69 
 
 		 361 aa  271  2e-71  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.143609  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2883  tRNA pseudouridine synthase D  46.11 
 
 		 349 aa  270  2.9999999999999997e-71  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0967  tRNA pseudouridine synthase D  46.11 
 
 		 349 aa  270  2.9999999999999997e-71  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.77182 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3996  tRNA pseudouridine synthase D  45.95 
 
 		 349 aa  270  4e-71  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3351  tRNA pseudouridine synthase D  44.97 
 
 		 348 aa  270  4e-71  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02595  tRNA pseudouridine synthase D  46.11 
 
 		 349 aa  269  5e-71  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02560  hypothetical protein  46.11 
 
 		 349 aa  269  5e-71  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3046  tRNA pseudouridine synthase D  46.11 
 
 		 349 aa  269  5e-71  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.538175  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0943  tRNA pseudouridine synthase D TruD  46.11 
 
 		 349 aa  268  1e-70  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.336475  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2870  tRNA pseudouridine synthase D  45.35 
 
 		 349 aa  267  2e-70  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3129  tRNA pseudouridine synthase D  45.24 
 
 		 349 aa  265  5.999999999999999e-70  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3238  tRNA pseudouridine synthase D  45.35 
 
 		 349 aa  265  1e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3079  tRNA pseudouridine synthase D  45.35 
 
 		 349 aa  265  1e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.737275 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3118  tRNA pseudouridine synthase D  45.35 
 
 		 349 aa  265  1e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3053  tRNA pseudouridine synthase D  45.35 
 
 		 349 aa  265  1e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3508  tRNA pseudouridine synthase D  44.05 
 
 		 348 aa  264  1e-69  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3134  tRNA pseudouridine synthase D  44.64 
 
 		 349 aa  263  4.999999999999999e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0800342 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0869  tRNA pseudouridine synthase D  43.67 
 
 		 357 aa  259  4e-68  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3216  tRNA pseudouridine synthase D  44.31 
 
 		 349 aa  254  2.0000000000000002e-66  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.285215 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1411  tRNA pseudouridine synthase D TruD  42.12 
 
 		 345 aa  247  2e-64  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1400  hypothetical protein  42.86 
 
 		 338 aa  247  3e-64  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1499  tRNA pseudouridine synthase D  41.07 
 
 		 335 aa  246  4.9999999999999997e-64  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.128377  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1456  tRNA pseudouridine synthase D  41.21 
 
 		 343 aa  242  6e-63  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1593  hypothetical protein  42.25 
 
 		 338 aa  242  7.999999999999999e-63  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002512  tRNA pseudouridine 13 synthase  40.41 
 
 		 347 aa  242  9e-63  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.18424  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03521  tRNA pseudouridine synthase D  40.17 
 
 		 347 aa  241  2e-62  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0856  tRNA pseudouridine synthase D  42.98 
 
 		 358 aa  238  1e-61  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00167  tRNA pseudouridine synthase D  39.94 
 
 		 403 aa  234  2.0000000000000002e-60  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.37551  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0216  pseudouridylate synthase  39.4 
 
 		 346 aa  233  4.0000000000000004e-60  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2636  pseudouridylate synthase  40.36 
 
 		 348 aa  230  3e-59  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0058  tRNA pseudouridine synthase D  38.64 
 
 		 361 aa  224  2e-57  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2510  tRNA pseudouridine synthase D  38.37 
 
 		 348 aa  220  3.9999999999999997e-56  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0542  tRNA pseudouridine synthase D TruD  40.18 
 
 		 362 aa  216  5e-55  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.238992  hitchhiker  0.000000811718 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0372  tRNA pseudouridine synthase D  40.18 
 
 		 362 aa  216  5e-55  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1433  tRNA pseudouridine synthase D  40.3 
 
 		 338 aa  215  9e-55  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.733655  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1128  tRNA pseudouridine synthase D  41.06 
 
 		 352 aa  214  9.999999999999999e-55  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1249  pseudouridylate synthase  36.96 
 
 		 329 aa  214  1.9999999999999998e-54  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.883014  normal  0.601505 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1513  tRNA pseudouridine synthase D  41.14 
 
 		 355 aa  214  2.9999999999999995e-54  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17440  tRNA pseudouridine synthase D  39.7 
 
 		 355 aa  208  1e-52  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1835  tRNA pseudouridine synthase D  37.94 
 
 		 343 aa  207  2e-52  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.151087  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1293  tRNA pseudouridine synthase D TruD  37.94 
 
 		 354 aa  205  1e-51  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.970908  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1696  hypothetical protein  36.51 
 
 		 403 aa  204  2e-51  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3025  tRNA pseudouridine synthase D  40.47 
 
 		 352 aa  204  3e-51  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000178626 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1370  tRNA pseudouridine synthase D  39.71 
 
 		 352 aa  202  9e-51  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.16694  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1561  hypothetical protein  40.18 
 
 		 352 aa  200  3e-50  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.345596  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1971  pseudouridylate synthase  38.36 
 
 		 391 aa  200  3e-50  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1619  tRNA pseudouridine synthase D  39.52 
 
 		 352 aa  194  3e-48  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.241866 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1173  tRNA pseudouridine synthase D  39.22 
 
 		 352 aa  191  1e-47  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.378018 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4158  tRNA pseudouridine synthase D  39.22 
 
 		 352 aa  187  2e-46  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.082047 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1148  tRNA pseudouridine synthase D TruD  35.23 
 
 		 363 aa  184  3e-45  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1984  tRNA pseudouridine synthase D, TruD  35.11 
 
 		 389 aa  183  5.0000000000000004e-45  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00100615 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4056  tRNA pseudouridine synthase D  39.88 
 
 		 352 aa  182  1e-44  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000302919 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0138  pseudouridylate synthase  37.76 
 
 		 350 aa  181  1e-44  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0151671  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1303  tRNA pseudouridine synthase D TruD  33.8 
 
 		 363 aa  181  1e-44  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38720  tRNA pseudouridine synthase D  38.3 
 
 		 352 aa  178  1e-43  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.711816  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0925  pseudouridylate synthase  31.27 
 
 		 351 aa  154  2e-36  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.260913  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4647  tRNA pseudouridine synthase D TruD  34.38 
 
 		 355 aa  146  5e-34  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1032  tRNA pseudouridine synthase D  30.92 
 
 		 357 aa  143  6e-33  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.589732  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0594  pseudouridylate synthase  31.55 
 
 		 359 aa  140  1.9999999999999998e-32  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.124721  normal  0.779245 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0245  tRNA pseudouridine synthase D TruD  33.73 
 
 		 388 aa  141  1.9999999999999998e-32  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.107807  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3643  pseudouridylate synthase  31.7 
 
 		 347 aa  137  2e-31  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.320312  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3769  tRNA pseudouridine synthase D TruD  31.55 
 
 		 349 aa  138  2e-31  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0520  hypothetical protein  31.91 
 
 		 408 aa  134  3e-30  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0892738  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1009  tRNA pseudouridine synthase D  29.14 
 
 		 365 aa  131  2.0000000000000002e-29  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3784  tRNA pseudouridine synthase D TruD  31.52 
 
 		 348 aa  130  3e-29  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1181  tRNA pseudouridine synthase D TruD  28.18 
 
 		 361 aa  130  5.0000000000000004e-29  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1005  tRNA pseudouridine synthase D TruD  31.29 
 
 		 359 aa  127  3e-28  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.604587  normal  0.323448 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1617  tRNA pseudouridine synthase D TruD  31.49 
 
 		 357 aa  123  6e-27  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.0830625 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0760  hypothetical protein  29.68 
 
 		 398 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000392805  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0406  tRNA pseudouridine synthase D  28.18 
 
 		 375 aa  121  1.9999999999999998e-26  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1792  tRNA pseudouridine synthase D  27.61 
 
 		 372 aa  115  1.0000000000000001e-24  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0774  tRNA pseudouridine synthase D  27.03 
 
 		 374 aa  110  3e-23  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1631  tRNA pseudouridine synthase D  28.12 
 
 		 372 aa  110  4.0000000000000004e-23  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1340  pseudouridylate synthase  31.23 
 
 		 291 aa  110  5e-23  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.185288  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1450  tRNA pseudouridine synthase D  28.12 
 
 		 372 aa  110  5e-23  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>