153 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Hmuk_0017 on replicon NC_013202
Organism: Halomicrobium mukohataei DSM 12286



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013202  Hmuk_0017  tRNA pseudouridine synthase D  100 
 
 		 449 aa  898    Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1474  tRNA pseudouridine synthase D TruD  67.54 
 
 		 454 aa  595  1e-169  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2665  tRNA pseudouridine synthase D  65.49 
 
 		 452 aa  592  1e-168  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2406  tRNA pseudouridine synthase D TruD  62.21 
 
 		 480 aa  566  1e-160  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.967787  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0572  tRNA pseudouridine synthase D  61.09 
 
 		 483 aa  533  1e-150  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.0939983  normal  0.837825 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1281  tRNA pseudouridine synthase D  40.09 
 
 		 439 aa  323  4e-87  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3206  tRNA pseudouridine synthase D  39.51 
 
 		 438 aa  315  9.999999999999999e-85  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.688587  hitchhiker  0.00519063 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0398  tRNA pseudouridine synthase D  43.46 
 
 		 433 aa  313  3.9999999999999997e-84  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1399  pseudouridylate synthase  37.14 
 
 		 423 aa  273  3e-72  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.770816  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1240  tRNA pseudouridine synthase D TruD  34.46 
 
 		 410 aa  242  7.999999999999999e-63  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0803  hypothetical protein  32.75 
 
 		 422 aa  237  4e-61  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.929073  hitchhiker  0.0000530348 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0906  pseudouridylate synthase  35.25 
 
 		 423 aa  233  4.0000000000000004e-60  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.0000103937 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1576  tRNA pseudouridine synthase D TruD  33.33 
 
 		 443 aa  228  2e-58  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.0247581  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2096  tRNA pseudouridine synthase D TruD  32.75 
 
 		 422 aa  224  3e-57  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0808  pseudouridylate synthase  30.6 
 
 		 422 aa  211  3e-53  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.110756  normal  0.32964 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1684  pseudouridylate synthase  33.11 
 
 		 413 aa  189  1e-46  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.667214  normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0685  pseudouridylate synthase  32.15 
 
 		 444 aa  180  4e-44  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1594  tRNA pseudouridine synthase D TruD  31.59 
 
 		 412 aa  173  5.999999999999999e-42  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0511  pseudouridylate synthase  30.46 
 
 		 412 aa  172  1e-41  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  0.0173312 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1488  tRNA pseudouridine synthase D TruD  28.76 
 
 		 390 aa  170  6e-41  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0760  hypothetical protein  30.16 
 
 		 398 aa  167  2.9999999999999998e-40  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000392805  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1782  pseudouridylate synthase  30.28 
 
 		 411 aa  166  5e-40  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    hitchhiker  0.00000171757 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0990  pseudouridylate synthase  27.93 
 
 		 390 aa  164  3e-39  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0276  tRNA pseudouridine synthase D TruD  28.41 
 
 		 430 aa  158  2e-37  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0756  tRNA pseudouridine synthase D TruD  28.44 
 
 		 402 aa  155  2e-36  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.476979  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1638  tRNA pseudouridine synthase D TruD  28.35 
 
 		 430 aa  153  5e-36  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.197782  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1701  pseudouridylate synthase  29.12 
 
 		 400 aa  149  8e-35  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000153174  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0520  hypothetical protein  31.29 
 
 		 408 aa  147  3e-34  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0892738  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0971  tRNA pseudouridine synthase D, TruD  31.48 
 
 		 399 aa  145  2e-33  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1445  tRNA pseudouridine synthase D TruD  31.1 
 
 		 398 aa  144  3e-33  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3033  tRNA pseudouridine synthase D, TruD  30.56 
 
 		 404 aa  141  3e-32  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00845605  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2776  tRNA pseudouridine synthase D TruD  30.7 
 
 		 420 aa  140  7e-32  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.664077  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1198  tRNA pseudouridine synthase TruD  27.48 
 
 		 398 aa  140  7e-32  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009363  OSTLU_34867  predicted protein  31.25 
 
 		 652 aa  117  3.9999999999999997e-25  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.437532 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1011  tRNA pseudouridine synthase D  24.19 
 
 		 389 aa  112  1.0000000000000001e-23  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0935  tRNA pseudouridine synthase D  23.74 
 
 		 389 aa  110  6e-23  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1207  tRNA pseudouridine synthase D  23.84 
 
 		 389 aa  110  7.000000000000001e-23  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1670  tRNA pseudouridine synthase D  24.32 
 
 		 389 aa  109  1e-22  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009045  PICST_46601  predicted protein  25.66 
 
 		 680 aa  108  2e-22  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.628004  normal  0.0180876 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3769  tRNA pseudouridine synthase D TruD  31.25 
 
 		 349 aa  108  2e-22  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1152  tRNA pseudouridine synthase D TruD  25.88 
 
 		 377 aa  103  7e-21  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006693  CNH03600  pseudouridine synthase, putative  26.28 
 
 		 863 aa  102  1e-20  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3118  tRNA pseudouridine synthase D TruD  26.65 
 
 		 432 aa  98.2  2e-19  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.709417  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3643  pseudouridylate synthase  29.33 
 
 		 347 aa  97.8  3e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.320312  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3784  tRNA pseudouridine synthase D TruD  29.47 
 
 		 348 aa  94  5e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2197  tRNA pseudouridine synthase D TruD  23.68 
 
 		 395 aa  92.4  2e-17  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000286837  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1433  tRNA pseudouridine synthase D  39.16 
 
 		 338 aa  92  2e-17  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.733655  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1160  tRNA pseudouridine synthase D  22.2 
 
 		 399 aa  92.4  2e-17  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  decreased coverage  0.00000300328  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1032  tRNA pseudouridine synthase D  25.92 
 
 		 357 aa  87.8  4e-16  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.589732  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0206  tRNA pseudouridine synthase D, TruD  28.43 
 
 		 365 aa  87.4  4e-16  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.0784918  normal  0.0319695 
 
 
-
 
NC_011674  PHATRDRAFT_45251  predicted protein  25.87 
 
 		 656 aa  84.7  0.000000000000003  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00167  tRNA pseudouridine synthase D  26.3 
 
 		 403 aa  84  0.000000000000005  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.37551  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2519  tRNA pseudouridine synthase D  38.1 
 
 		 354 aa  82.8  0.00000000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1745  pseudouridylate synthase  23.78 
 
 		 386 aa  82.4  0.00000000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.0000000122124  normal  0.627089 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0528  tRNA pseudouridine synthase D TruD  27.65 
 
 		 385 aa  82.8  0.00000000000001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00984  pseudouridine synthase TruD/Pus7, putative (AFU_orthologue; AFUA_1G16730)  27.65 
 
 		 745 aa  82  0.00000000000002  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.584678 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2489  tRNA pseudouridine synthase D, TruD  26.71 
 
 		 457 aa  82  0.00000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.983394  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1456  tRNA pseudouridine synthase D  34.91 
 
 		 343 aa  82  0.00000000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0138  pseudouridylate synthase  35.84 
 
 		 350 aa  81.3  0.00000000000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0151671  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3129  tRNA pseudouridine synthase D  35.12 
 
 		 349 aa  80.5  0.00000000000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0245  tRNA pseudouridine synthase D TruD  31.05 
 
 		 388 aa  80.5  0.00000000000006  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.107807  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02595  tRNA pseudouridine synthase D  35.12 
 
 		 349 aa  80.1  0.00000000000007  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3996  tRNA pseudouridine synthase D  35.12 
 
 		 349 aa  80.1  0.00000000000007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02560  hypothetical protein  35.12 
 
 		 349 aa  80.1  0.00000000000007  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2870  tRNA pseudouridine synthase D  35.12 
 
 		 349 aa  80.1  0.00000000000007  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0967  tRNA pseudouridine synthase D  35.71 
 
 		 349 aa  80.1  0.00000000000007  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.77182 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2883  tRNA pseudouridine synthase D  35.71 
 
 		 349 aa  80.1  0.00000000000007  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3046  tRNA pseudouridine synthase D  35.12 
 
 		 349 aa  80.1  0.00000000000007  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.538175  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1366  tRNA pseudouridine synthase D TruD  26.79 
 
 		 455 aa  79.7  0.00000000000009  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.206358  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0943  tRNA pseudouridine synthase D TruD  35.12 
 
 		 349 aa  79.3  0.0000000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.336475  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1293  tRNA pseudouridine synthase D TruD  36.07 
 
 		 354 aa  78.6  0.0000000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.970908  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3429  tRNA pseudouridine synthase D  35.12 
 
 		 349 aa  78.6  0.0000000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.291589  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3297  tRNA pseudouridine synthase D  35.12 
 
 		 349 aa  78.6  0.0000000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0962  tRNA pseudouridine synthase D  35.12 
 
 		 349 aa  78.6  0.0000000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002512  tRNA pseudouridine 13 synthase  33.72 
 
 		 347 aa  78.2  0.0000000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.18424  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4647  tRNA pseudouridine synthase D TruD  32.26 
 
 		 355 aa  78.2  0.0000000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2510  tRNA pseudouridine synthase D  31.36 
 
 		 348 aa  77.4  0.0000000000004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3216  tRNA pseudouridine synthase D  36.31 
 
 		 349 aa  77.8  0.0000000000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.285215 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03521  tRNA pseudouridine synthase D  32.42 
 
 		 347 aa  76.6  0.0000000000009  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0838  tRNA pseudouridine synthase D  36.69 
 
 		 352 aa  76.3  0.000000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1463  tRNA pseudouridine synthase D TruD  26.33 
 
 		 455 aa  75.1  0.000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.278436  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1378  tRNA pseudouridine synthase D TruD  25.46 
 
 		 455 aa  75.9  0.000000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.416221  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0828  tRNA pseudouridine synthase D  34.32 
 
 		 348 aa  75.1  0.000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.218757 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1005  tRNA pseudouridine synthase D TruD  34.66 
 
 		 359 aa  74.7  0.000000000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.604587  normal  0.323448 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1411  tRNA pseudouridine synthase D TruD  37.5 
 
 		 345 aa  74.3  0.000000000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3118  tRNA pseudouridine synthase D  32.74 
 
 		 349 aa  73.9  0.000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3053  tRNA pseudouridine synthase D  32.74 
 
 		 349 aa  73.9  0.000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3238  tRNA pseudouridine synthase D  32.74 
 
 		 349 aa  73.9  0.000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3134  tRNA pseudouridine synthase D  32.74 
 
 		 349 aa  73.9  0.000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0800342 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3079  tRNA pseudouridine synthase D  32.74 
 
 		 349 aa  73.9  0.000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.737275 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0869  tRNA pseudouridine synthase D  32.93 
 
 		 357 aa  71.6  0.00000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0058  tRNA pseudouridine synthase D  32.75 
 
 		 361 aa  71.6  0.00000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0372  tRNA pseudouridine synthase D  32.97 
 
 		 362 aa  71.6  0.00000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0542  tRNA pseudouridine synthase D TruD  32.97 
 
 		 362 aa  71.6  0.00000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.238992  hitchhiker  0.000000811718 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1294  pseudouridylate synthase  30.91 
 
 		 356 aa  71.6  0.00000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.918905  hitchhiker  0.00000000169172 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3346  tRNA pseudouridine synthase D TruD  30.3 
 
 		 355 aa  71.2  0.00000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00141322  hitchhiker  0.000000295162 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0216  pseudouridylate synthase  31.93 
 
 		 346 aa  71.2  0.00000000004  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0594  pseudouridylate synthase  31.79 
 
 		 359 aa  70.9  0.00000000004  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.124721  normal  0.779245 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1835  tRNA pseudouridine synthase D  32.74 
 
 		 343 aa  69.7  0.00000000009  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.151087  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1617  tRNA pseudouridine synthase D TruD  31.82 
 
 		 357 aa  68.9  0.0000000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.0830625 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>