153 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Memar_1399 on replicon NC_009051
Organism: Methanoculleus marisnigri JR1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009051  Memar_1399  pseudouridylate synthase  100 
 
 		 423 aa  870    Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.770816  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0906  pseudouridylate synthase  59.67 
 
 		 423 aa  503  1e-141  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.0000103937 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2096  tRNA pseudouridine synthase D TruD  57.92 
 
 		 422 aa  499  1e-140  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0803  hypothetical protein  52.01 
 
 		 422 aa  455  1e-127  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.929073  hitchhiker  0.0000530348 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0808  pseudouridylate synthase  45.31 
 
 		 422 aa  380  1e-104  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.110756  normal  0.32964 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1281  tRNA pseudouridine synthase D  39.03 
 
 		 439 aa  299  6e-80  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3206  tRNA pseudouridine synthase D  37.41 
 
 		 438 aa  298  1e-79  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.688587  hitchhiker  0.00519063 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0398  tRNA pseudouridine synthase D  41.39 
 
 		 433 aa  290  3e-77  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2665  tRNA pseudouridine synthase D  37.67 
 
 		 452 aa  270  2.9999999999999997e-71  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0017  tRNA pseudouridine synthase D  37.36 
 
 		 449 aa  267  2e-70  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1474  tRNA pseudouridine synthase D TruD  35.14 
 
 		 454 aa  251  2e-65  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2406  tRNA pseudouridine synthase D TruD  34.5 
 
 		 480 aa  249  6e-65  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.967787  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1240  tRNA pseudouridine synthase D TruD  35.85 
 
 		 410 aa  240  2.9999999999999997e-62  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0572  tRNA pseudouridine synthase D  33.61 
 
 		 483 aa  236  6e-61  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.0939983  normal  0.837825 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1576  tRNA pseudouridine synthase D TruD  33.18 
 
 		 443 aa  222  9.999999999999999e-57  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.0247581  normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0685  pseudouridylate synthase  36.43 
 
 		 444 aa  216  5e-55  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1782  pseudouridylate synthase  33.1 
 
 		 411 aa  173  3.9999999999999995e-42  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    hitchhiker  0.00000171757 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0971  tRNA pseudouridine synthase D, TruD  30.77 
 
 		 399 aa  172  1e-41  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1684  pseudouridylate synthase  32.24 
 
 		 413 aa  171  2e-41  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.667214  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0760  hypothetical protein  32.19 
 
 		 398 aa  171  3e-41  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000392805  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1701  pseudouridylate synthase  31.07 
 
 		 400 aa  167  2e-40  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000153174  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1638  tRNA pseudouridine synthase D TruD  28.3 
 
 		 430 aa  166  9e-40  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.197782  normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1488  tRNA pseudouridine synthase D TruD  29.67 
 
 		 390 aa  164  4.0000000000000004e-39  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1445  tRNA pseudouridine synthase D TruD  30.55 
 
 		 398 aa  163  7e-39  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0990  pseudouridylate synthase  27.82 
 
 		 390 aa  160  3e-38  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3033  tRNA pseudouridine synthase D, TruD  30.12 
 
 		 404 aa  159  8e-38  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00845605  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2776  tRNA pseudouridine synthase D TruD  30.02 
 
 		 420 aa  157  3e-37  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.664077  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1198  tRNA pseudouridine synthase TruD  27.93 
 
 		 398 aa  157  4e-37  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0276  tRNA pseudouridine synthase D TruD  28.5 
 
 		 430 aa  156  5.0000000000000005e-37  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0511  pseudouridylate synthase  29.29 
 
 		 412 aa  154  2e-36  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  0.0173312 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1594  tRNA pseudouridine synthase D TruD  30.28 
 
 		 412 aa  153  5e-36  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0520  hypothetical protein  29.56 
 
 		 408 aa  152  1e-35  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0892738  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0756  tRNA pseudouridine synthase D TruD  28.3 
 
 		 402 aa  150  4e-35  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.476979  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1745  pseudouridylate synthase  31.28 
 
 		 386 aa  134  3.9999999999999996e-30  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.0000000122124  normal  0.627089 
 
 
-
 
NC_009363  OSTLU_34867  predicted protein  28.5 
 
 		 652 aa  132  2.0000000000000002e-29  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.437532 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1152  tRNA pseudouridine synthase D TruD  25.64 
 
 		 377 aa  122  9e-27  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2197  tRNA pseudouridine synthase D TruD  27.3 
 
 		 395 aa  120  4.9999999999999996e-26  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000286837  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0528  tRNA pseudouridine synthase D TruD  29.98 
 
 		 385 aa  117  3.9999999999999997e-25  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1011  tRNA pseudouridine synthase D  25.06 
 
 		 389 aa  116  7.999999999999999e-25  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1670  tRNA pseudouridine synthase D  24.32 
 
 		 389 aa  114  3e-24  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0935  tRNA pseudouridine synthase D  23.95 
 
 		 389 aa  114  4.0000000000000004e-24  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3118  tRNA pseudouridine synthase D TruD  25.42 
 
 		 432 aa  110  4.0000000000000004e-23  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.709417  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1366  tRNA pseudouridine synthase D TruD  29.66 
 
 		 455 aa  107  3e-22  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.206358  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2489  tRNA pseudouridine synthase D, TruD  27.25 
 
 		 457 aa  108  3e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.983394  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1207  tRNA pseudouridine synthase D  25 
 
 		 389 aa  107  5e-22  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1032  tRNA pseudouridine synthase D  34.46 
 
 		 357 aa  106  6e-22  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.589732  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1378  tRNA pseudouridine synthase D TruD  28.9 
 
 		 455 aa  106  7e-22  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.416221  normal  1 
 
 
-
 
NC_009045  PICST_46601  predicted protein  26.07 
 
 		 680 aa  104  3e-21  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.628004  normal  0.0180876 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1160  tRNA pseudouridine synthase D  27.48 
 
 		 399 aa  103  6e-21  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  decreased coverage  0.00000300328  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1463  tRNA pseudouridine synthase D TruD  28.9 
 
 		 455 aa  102  9e-21  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.278436  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3643  pseudouridylate synthase  28.4 
 
 		 347 aa  100  4e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.320312  n/a   
 
 
-
 
NC_006693  CNH03600  pseudouridine synthase, putative  29.79 
 
 		 863 aa  100  6e-20  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3784  tRNA pseudouridine synthase D TruD  27.9 
 
 		 348 aa  99.4  1e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1411  tRNA pseudouridine synthase D TruD  26.83 
 
 		 345 aa  98.6  2e-19  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00984  pseudouridine synthase TruD/Pus7, putative (AFU_orthologue; AFUA_1G16730)  29.2 
 
 		 745 aa  97.1  6e-19  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.584678 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0245  tRNA pseudouridine synthase D TruD  33.14 
 
 		 388 aa  96.7  8e-19  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.107807  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0594  pseudouridylate synthase  35.06 
 
 		 359 aa  96.3  9e-19  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.124721  normal  0.779245 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0138  pseudouridylate synthase  35.15 
 
 		 350 aa  95.9  1e-18  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0151671  normal  1 
 
 
-
 
NC_011674  PHATRDRAFT_45251  predicted protein  31.51 
 
 		 656 aa  95.1  2e-18  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3769  tRNA pseudouridine synthase D TruD  28.15 
 
 		 349 aa  94.7  2e-18  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4647  tRNA pseudouridine synthase D TruD  35.43 
 
 		 355 aa  94.4  4e-18  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1456  tRNA pseudouridine synthase D  36.08 
 
 		 343 aa  93.6  7e-18  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2519  tRNA pseudouridine synthase D  37.25 
 
 		 354 aa  90.9  4e-17  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1005  tRNA pseudouridine synthase D TruD  37.58 
 
 		 359 aa  90.1  7e-17  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.604587  normal  0.323448 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1835  tRNA pseudouridine synthase D  34.21 
 
 		 343 aa  87.4  5e-16  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.151087  normal  1 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1009  tRNA pseudouridine synthase D  31.07 
 
 		 365 aa  86.3  9e-16  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3216  tRNA pseudouridine synthase D  34.18 
 
 		 349 aa  84.3  0.000000000000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.285215 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1074  hypothetical protein  33.13 
 
 		 367 aa  84.3  0.000000000000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00167  tRNA pseudouridine synthase D  25.99 
 
 		 403 aa  84.3  0.000000000000004  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.37551  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0206  tRNA pseudouridine synthase D, TruD  31.51 
 
 		 365 aa  84.3  0.000000000000004  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.0784918  normal  0.0319695 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1617  tRNA pseudouridine synthase D TruD  34.76 
 
 		 357 aa  83.6  0.000000000000006  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.0830625 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1249  pseudouridylate synthase  30.35 
 
 		 329 aa  82.4  0.00000000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.883014  normal  0.601505 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0774  tRNA pseudouridine synthase D  32.32 
 
 		 374 aa  82.8  0.00000000000001  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0856  tRNA pseudouridine synthase D  34.36 
 
 		 358 aa  81.6  0.00000000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1181  tRNA pseudouridine synthase D TruD  30.73 
 
 		 361 aa  81.6  0.00000000000002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1148  tRNA pseudouridine synthase D TruD  33.33 
 
 		 363 aa  80.9  0.00000000000004  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1433  tRNA pseudouridine synthase D  33.33 
 
 		 338 aa  80.9  0.00000000000004  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.733655  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2510  tRNA pseudouridine synthase D  31.65 
 
 		 348 aa  80.1  0.00000000000007  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0216  pseudouridylate synthase  31.03 
 
 		 346 aa  79.7  0.00000000000008  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03723  Pseudouridylate synthase  32.57 
 
 		 361 aa  79.3  0.0000000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.143609  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0089  tRNA pseudouridine synthase D  22.67 
 
 		 377 aa  79.3  0.0000000000001  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1040  pseudouridylate synthase  28.57 
 
 		 360 aa  79.3  0.0000000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.871922 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0828  tRNA pseudouridine synthase D  32.05 
 
 		 348 aa  79.3  0.0000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.218757 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1056  pseudouridylate synthase  31.9 
 
 		 357 aa  78.6  0.0000000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1041  tRNA pseudouridine synthase D  32.32 
 
 		 374 aa  78.6  0.0000000000002  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.0766791  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3436  hypothetical protein  31.71 
 
 		 370 aa  78.2  0.0000000000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0943  tRNA pseudouridine synthase D TruD  32.1 
 
 		 349 aa  76.6  0.0000000000007  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.336475  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1120  tRNA pseudouridine synthase D, TruD  31.1 
 
 		 375 aa  76.6  0.0000000000007  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1293  tRNA pseudouridine synthase D TruD  31.74 
 
 		 354 aa  77  0.0000000000007  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.970908  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1241  tRNA pseudouridine synthase D TruD  31.29 
 
 		 377 aa  76.6  0.0000000000008  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.148473  hitchhiker  0.0000000000992324 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3132  tRNA pseudouridine synthase D TruD  31.29 
 
 		 377 aa  76.6  0.0000000000008  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0674  pseudouridylate synthase  33.33 
 
 		 344 aa  76.6  0.0000000000009  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.305737  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3238  tRNA pseudouridine synthase D  33.54 
 
 		 349 aa  76.3  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3053  tRNA pseudouridine synthase D  33.54 
 
 		 349 aa  76.3  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3079  tRNA pseudouridine synthase D  33.54 
 
 		 349 aa  76.3  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.737275 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3118  tRNA pseudouridine synthase D  33.54 
 
 		 349 aa  76.3  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3123  tRNA pseudouridine synthase D TruD  31.29 
 
 		 377 aa  76.3  0.000000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.739944  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3297  tRNA pseudouridine synthase D  32.54 
 
 		 349 aa  76.3  0.000000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3275  tRNA pseudouridine synthase D TruD  31.29 
 
 		 377 aa  76.3  0.000000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0962  tRNA pseudouridine synthase D  32.54 
 
 		 349 aa  76.3  0.000000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>