94 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nmar_1198 on replicon NC_010085
Organism: Nitrosopumilus maritimus SCM1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010085  Nmar_1198  tRNA pseudouridine synthase TruD  100 
 
 		 398 aa  809    Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1684  pseudouridylate synthase  26.75 
 
 		 413 aa  175  9.999999999999999e-43  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.667214  normal  1 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0511  pseudouridylate synthase  28.64 
 
 		 412 aa  171  3e-41  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  0.0173312 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3206  tRNA pseudouridine synthase D  29.64 
 
 		 438 aa  169  5e-41  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.688587  hitchhiker  0.00519063 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0398  tRNA pseudouridine synthase D  29.37 
 
 		 433 aa  169  6e-41  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0808  pseudouridylate synthase  29.36 
 
 		 422 aa  168  2e-40  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.110756  normal  0.32964 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1576  tRNA pseudouridine synthase D TruD  29.68 
 
 		 443 aa  167  4e-40  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.0247581  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1281  tRNA pseudouridine synthase D  26.94 
 
 		 439 aa  164  2.0000000000000002e-39  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1782  pseudouridylate synthase  27.71 
 
 		 411 aa  164  3e-39  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    hitchhiker  0.00000171757 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0685  pseudouridylate synthase  30.5 
 
 		 444 aa  164  3e-39  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1594  tRNA pseudouridine synthase D TruD  28.5 
 
 		 412 aa  162  1e-38  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1399  pseudouridylate synthase  27.93 
 
 		 423 aa  157  3e-37  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.770816  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0803  hypothetical protein  26.73 
 
 		 422 aa  140  4.999999999999999e-32  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.929073  hitchhiker  0.0000530348 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1240  tRNA pseudouridine synthase D TruD  29.71 
 
 		 410 aa  139  7e-32  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0206  tRNA pseudouridine synthase D, TruD  28.54 
 
 		 365 aa  139  1e-31  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.0784918  normal  0.0319695 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1152  tRNA pseudouridine synthase D TruD  30.88 
 
 		 377 aa  139  1e-31  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2096  tRNA pseudouridine synthase D TruD  26.53 
 
 		 422 aa  133  6.999999999999999e-30  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0017  tRNA pseudouridine synthase D  27.03 
 
 		 449 aa  131  3e-29  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0906  pseudouridylate synthase  26.73 
 
 		 423 aa  129  9.000000000000001e-29  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.0000103937 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1488  tRNA pseudouridine synthase D TruD  27.7 
 
 		 390 aa  128  1.0000000000000001e-28  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2665  tRNA pseudouridine synthase D  25.06 
 
 		 452 aa  125  1e-27  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1474  tRNA pseudouridine synthase D TruD  26.55 
 
 		 454 aa  124  2e-27  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0760  hypothetical protein  28.26 
 
 		 398 aa  124  2e-27  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000392805  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2406  tRNA pseudouridine synthase D TruD  24.37 
 
 		 480 aa  122  9.999999999999999e-27  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.967787  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0572  tRNA pseudouridine synthase D  25.16 
 
 		 483 aa  122  1.9999999999999998e-26  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.0939983  normal  0.837825 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0276  tRNA pseudouridine synthase D TruD  28.04 
 
 		 430 aa  120  3.9999999999999996e-26  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0990  pseudouridylate synthase  28.33 
 
 		 390 aa  120  3.9999999999999996e-26  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1638  tRNA pseudouridine synthase D TruD  28.18 
 
 		 430 aa  120  6e-26  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.197782  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1445  tRNA pseudouridine synthase D TruD  26.49 
 
 		 398 aa  102  1e-20  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2776  tRNA pseudouridine synthase D TruD  27.14 
 
 		 420 aa  97.8  3e-19  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.664077  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0971  tRNA pseudouridine synthase D, TruD  24.25 
 
 		 399 aa  94.7  2e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0756  tRNA pseudouridine synthase D TruD  25.93 
 
 		 402 aa  92.4  1e-17  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.476979  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3033  tRNA pseudouridine synthase D, TruD  25.85 
 
 		 404 aa  91.3  2e-17  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00845605  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3118  tRNA pseudouridine synthase D TruD  25.19 
 
 		 432 aa  90.5  4e-17  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.709417  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0520  hypothetical protein  25.18 
 
 		 408 aa  90.1  6e-17  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0892738  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0528  tRNA pseudouridine synthase D TruD  24.32 
 
 		 385 aa  87.8  3e-16  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1701  pseudouridylate synthase  24.65 
 
 		 400 aa  85.9  0.000000000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000153174  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1160  tRNA pseudouridine synthase D  25.25 
 
 		 399 aa  84  0.000000000000004  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  decreased coverage  0.00000300328  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1011  tRNA pseudouridine synthase D  27.36 
 
 		 389 aa  82.8  0.000000000000009  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006693  CNH03600  pseudouridine synthase, putative  26.59 
 
 		 863 aa  80.1  0.00000000000006  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009045  PICST_46601  predicted protein  28.93 
 
 		 680 aa  79.7  0.00000000000009  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.628004  normal  0.0180876 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1207  tRNA pseudouridine synthase D  24.81 
 
 		 389 aa  77  0.0000000000005  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0935  tRNA pseudouridine synthase D  25.91 
 
 		 389 aa  76.6  0.0000000000007  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1745  pseudouridylate synthase  22.81 
 
 		 386 aa  75.1  0.000000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.0000000122124  normal  0.627089 
 
 
-
 
NC_009363  OSTLU_34867  predicted protein  26.15 
 
 		 652 aa  74.7  0.000000000003  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.437532 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1670  tRNA pseudouridine synthase D  24.81 
 
 		 389 aa  73.6  0.000000000006  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2489  tRNA pseudouridine synthase D, TruD  23.63 
 
 		 457 aa  72.8  0.00000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.983394  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2197  tRNA pseudouridine synthase D TruD  24.11 
 
 		 395 aa  72  0.00000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000286837  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1378  tRNA pseudouridine synthase D TruD  26.1 
 
 		 455 aa  71.2  0.00000000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.416221  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1366  tRNA pseudouridine synthase D TruD  23.63 
 
 		 455 aa  70.5  0.00000000004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.206358  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1463  tRNA pseudouridine synthase D TruD  23.38 
 
 		 455 aa  66.6  0.0000000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.278436  n/a   
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00984  pseudouridine synthase TruD/Pus7, putative (AFU_orthologue; AFUA_1G16730)  23.19 
 
 		 745 aa  61.6  0.00000002  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.584678 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0372  tRNA pseudouridine synthase D  25.9 
 
 		 362 aa  58.9  0.0000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0542  tRNA pseudouridine synthase D TruD  25.9 
 
 		 362 aa  58.9  0.0000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.238992  hitchhiker  0.000000811718 
 
 
-
 
NC_011674  PHATRDRAFT_45251  predicted protein  25.37 
 
 		 656 aa  58.2  0.0000003  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1411  tRNA pseudouridine synthase D TruD  27.61 
 
 		 345 aa  55.5  0.000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3643  pseudouridylate synthase  21.64 
 
 		 347 aa  53.5  0.000007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.320312  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2519  tRNA pseudouridine synthase D  27.92 
 
 		 354 aa  53.1  0.000009  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1400  hypothetical protein  30.67 
 
 		 338 aa  51.2  0.00003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3508  tRNA pseudouridine synthase D  26.62 
 
 		 348 aa  50.4  0.00005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3351  tRNA pseudouridine synthase D  25.49 
 
 		 348 aa  49.7  0.00009  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1593  hypothetical protein  29.33 
 
 		 338 aa  49.3  0.0001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0838  tRNA pseudouridine synthase D  25.32 
 
 		 352 aa  48.9  0.0002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0594  pseudouridylate synthase  24.53 
 
 		 359 aa  48.9  0.0002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.124721  normal  0.779245 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0869  tRNA pseudouridine synthase D  24.18 
 
 		 357 aa  48.1  0.0003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1456  tRNA pseudouridine synthase D  24.84 
 
 		 343 aa  47.4  0.0005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2883  tRNA pseudouridine synthase D  24.84 
 
 		 349 aa  47  0.0007  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0967  tRNA pseudouridine synthase D  24.84 
 
 		 349 aa  47  0.0007  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.77182 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002512  tRNA pseudouridine 13 synthase  25.48 
 
 		 347 aa  46.6  0.0008  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.18424  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0138  pseudouridylate synthase  21.43 
 
 		 350 aa  46.6  0.0009  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0151671  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0058  tRNA pseudouridine synthase D  25.81 
 
 		 361 aa  46.2  0.001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03521  tRNA pseudouridine synthase D  25.45 
 
 		 347 aa  46.2  0.001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3216  tRNA pseudouridine synthase D  26.62 
 
 		 349 aa  46.2  0.001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.285215 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3769  tRNA pseudouridine synthase D TruD  26 
 
 		 349 aa  45.1  0.002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3238  tRNA pseudouridine synthase D  26.45 
 
 		 349 aa  45.1  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3053  tRNA pseudouridine synthase D  26.45 
 
 		 349 aa  45.1  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3859  pseudouridylate synthase  22.28 
 
 		 350 aa  45.1  0.002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.629248  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4647  tRNA pseudouridine synthase D TruD  28.75 
 
 		 355 aa  45.4  0.002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3079  tRNA pseudouridine synthase D  26.45 
 
 		 349 aa  45.1  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.737275 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3118  tRNA pseudouridine synthase D  26.45 
 
 		 349 aa  45.1  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3134  tRNA pseudouridine synthase D  26.45 
 
 		 349 aa  45.1  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0800342 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0828  tRNA pseudouridine synthase D  25.64 
 
 		 348 aa  44.7  0.003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.218757 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1370  tRNA pseudouridine synthase D  25.66 
 
 		 352 aa  44.3  0.004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.16694  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1835  tRNA pseudouridine synthase D  21.94 
 
 		 343 aa  43.9  0.005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.151087  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1561  hypothetical protein  24.53 
 
 		 352 aa  43.9  0.005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.345596  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02595  tRNA pseudouridine synthase D  24.84 
 
 		 349 aa  43.9  0.006  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02560  hypothetical protein  24.84 
 
 		 349 aa  43.9  0.006  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3996  tRNA pseudouridine synthase D  24.84 
 
 		 349 aa  43.5  0.006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3129  tRNA pseudouridine synthase D  24.84 
 
 		 349 aa  43.5  0.006  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2870  tRNA pseudouridine synthase D  24.84 
 
 		 349 aa  43.5  0.006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3046  tRNA pseudouridine synthase D  24.84 
 
 		 349 aa  43.9  0.006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.538175  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0943  tRNA pseudouridine synthase D TruD  24.84 
 
 		 349 aa  43.5  0.007  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.336475  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1617  tRNA pseudouridine synthase D TruD  27.32 
 
 		 357 aa  43.1  0.009  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.0830625 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1032  tRNA pseudouridine synthase D  26.99 
 
 		 357 aa  42.7  0.01  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.589732  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>