153 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_2776 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011146  Gbem_2776  tRNA pseudouridine synthase D TruD  100 
 
 		 420 aa  850    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.664077  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1445  tRNA pseudouridine synthase D TruD  92.46 
 
 		 398 aa  754    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0971  tRNA pseudouridine synthase D, TruD  66.75 
 
 		 399 aa  523  1e-147  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3033  tRNA pseudouridine synthase D, TruD  64.63 
 
 		 404 aa  516  1.0000000000000001e-145  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00845605  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0520  hypothetical protein  63.04 
 
 		 408 aa  508  1e-143  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0892738  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1701  pseudouridylate synthase  57.11 
 
 		 400 aa  475  1e-133  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000153174  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0760  hypothetical protein  47.24 
 
 		 398 aa  376  1e-103  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000392805  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0594  pseudouridylate synthase  39.29 
 
 		 359 aa  227  3e-58  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.124721  normal  0.779245 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3769  tRNA pseudouridine synthase D TruD  37.03 
 
 		 349 aa  218  2e-55  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0245  tRNA pseudouridine synthase D TruD  36.79 
 
 		 388 aa  216  5.9999999999999996e-55  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.107807  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3643  pseudouridylate synthase  37.34 
 
 		 347 aa  214  1.9999999999999998e-54  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.320312  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3784  tRNA pseudouridine synthase D TruD  37.59 
 
 		 348 aa  213  7e-54  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0398  tRNA pseudouridine synthase D  33.57 
 
 		 433 aa  177  4e-43  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2096  tRNA pseudouridine synthase D TruD  30.17 
 
 		 422 aa  164  3e-39  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1009  tRNA pseudouridine synthase D  29.35 
 
 		 365 aa  164  3e-39  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1576  tRNA pseudouridine synthase D TruD  27.38 
 
 		 443 aa  159  9e-38  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.0247581  normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1488  tRNA pseudouridine synthase D TruD  28.5 
 
 		 390 aa  159  1e-37  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1041  tRNA pseudouridine synthase D  30.08 
 
 		 374 aa  159  1e-37  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.0766791  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1399  pseudouridylate synthase  30.02 
 
 		 423 aa  157  3e-37  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.770816  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0990  pseudouridylate synthase  28.4 
 
 		 390 aa  157  3e-37  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0808  pseudouridylate synthase  28.4 
 
 		 422 aa  156  5.0000000000000005e-37  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.110756  normal  0.32964 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0803  hypothetical protein  29.4 
 
 		 422 aa  156  7e-37  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.929073  hitchhiker  0.0000530348 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0138  pseudouridylate synthase  33.58 
 
 		 350 aa  155  1e-36  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0151671  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1032  tRNA pseudouridine synthase D  30.33 
 
 		 357 aa  154  4e-36  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.589732  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1181  tRNA pseudouridine synthase D TruD  29.19 
 
 		 361 aa  152  1e-35  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0089  tRNA pseudouridine synthase D  27.56 
 
 		 377 aa  152  1e-35  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1631  tRNA pseudouridine synthase D  31.32 
 
 		 372 aa  150  3e-35  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1617  tRNA pseudouridine synthase D TruD  46.59 
 
 		 357 aa  150  3e-35  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.0830625 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3206  tRNA pseudouridine synthase D  27.08 
 
 		 438 aa  150  5e-35  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.688587  hitchhiker  0.00519063 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0756  tRNA pseudouridine synthase D TruD  27.38 
 
 		 402 aa  150  6e-35  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.476979  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1638  tRNA pseudouridine synthase D TruD  28.39 
 
 		 430 aa  149  6e-35  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.197782  normal  1 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1450  tRNA pseudouridine synthase D  31.05 
 
 		 372 aa  148  2.0000000000000003e-34  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0276  tRNA pseudouridine synthase D TruD  27.93 
 
 		 430 aa  148  2.0000000000000003e-34  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4647  tRNA pseudouridine synthase D TruD  42.94 
 
 		 355 aa  147  4.0000000000000006e-34  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1281  tRNA pseudouridine synthase D  27 
 
 		 439 aa  147  4.0000000000000006e-34  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1792  tRNA pseudouridine synthase D  30.45 
 
 		 372 aa  147  4.0000000000000006e-34  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0774  tRNA pseudouridine synthase D  30.73 
 
 		 374 aa  146  9e-34  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1074  hypothetical protein  29.06 
 
 		 367 aa  144  4e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0906  pseudouridylate synthase  33.33 
 
 		 423 aa  143  6e-33  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.0000103937 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0572  tRNA pseudouridine synthase D  29.46 
 
 		 483 aa  142  9.999999999999999e-33  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.0939983  normal  0.837825 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1684  pseudouridylate synthase  31.14 
 
 		 413 aa  142  9.999999999999999e-33  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.667214  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00167  tRNA pseudouridine synthase D  30.33 
 
 		 403 aa  141  1.9999999999999998e-32  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.37551  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1411  tRNA pseudouridine synthase D TruD  30.57 
 
 		 345 aa  141  1.9999999999999998e-32  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0685  pseudouridylate synthase  30.81 
 
 		 444 aa  139  7e-32  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0372  tRNA pseudouridine synthase D  29.68 
 
 		 362 aa  137  5e-31  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0542  tRNA pseudouridine synthase D TruD  29.68 
 
 		 362 aa  137  5e-31  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.238992  hitchhiker  0.000000811718 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0017  tRNA pseudouridine synthase D  30.7 
 
 		 449 aa  135  9.999999999999999e-31  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0406  tRNA pseudouridine synthase D  26.94 
 
 		 375 aa  134  1.9999999999999998e-30  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2406  tRNA pseudouridine synthase D TruD  28.63 
 
 		 480 aa  134  3e-30  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.967787  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0511  pseudouridylate synthase  29.54 
 
 		 412 aa  134  3.9999999999999996e-30  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  0.0173312 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1474  tRNA pseudouridine synthase D TruD  29.11 
 
 		 454 aa  132  1.0000000000000001e-29  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2665  tRNA pseudouridine synthase D  26.88 
 
 		 452 aa  132  2.0000000000000002e-29  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1240  tRNA pseudouridine synthase D TruD  28.22 
 
 		 410 aa  130  3e-29  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2519  tRNA pseudouridine synthase D  32.74 
 
 		 354 aa  130  5.0000000000000004e-29  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1782  pseudouridylate synthase  29.59 
 
 		 411 aa  130  5.0000000000000004e-29  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    hitchhiker  0.00000171757 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1594  tRNA pseudouridine synthase D TruD  30.27 
 
 		 412 aa  129  1.0000000000000001e-28  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1456  tRNA pseudouridine synthase D  30.37 
 
 		 343 aa  127  4.0000000000000003e-28  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1148  tRNA pseudouridine synthase D TruD  30.33 
 
 		 363 aa  127  4.0000000000000003e-28  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1005  tRNA pseudouridine synthase D TruD  41.82 
 
 		 359 aa  125  1e-27  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.604587  normal  0.323448 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1293  tRNA pseudouridine synthase D TruD  30.3 
 
 		 354 aa  124  4e-27  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.970908  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1433  tRNA pseudouridine synthase D  30.77 
 
 		 338 aa  123  6e-27  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.733655  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2636  pseudouridylate synthase  38.89 
 
 		 348 aa  121  1.9999999999999998e-26  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1128  tRNA pseudouridine synthase D  30.05 
 
 		 352 aa  119  9.999999999999999e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1835  tRNA pseudouridine synthase D  42.68 
 
 		 343 aa  119  9.999999999999999e-26  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.151087  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3025  tRNA pseudouridine synthase D  30.23 
 
 		 352 aa  117  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000178626 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1984  tRNA pseudouridine synthase D, TruD  25.91 
 
 		 389 aa  116  6e-25  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00100615 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0216  pseudouridylate synthase  26.26 
 
 		 346 aa  114  2.0000000000000002e-24  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3436  hypothetical protein  27.16 
 
 		 370 aa  113  8.000000000000001e-24  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009363  OSTLU_34867  predicted protein  29.43 
 
 		 652 aa  109  9.000000000000001e-23  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.437532 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0838  tRNA pseudouridine synthase D  36.47 
 
 		 352 aa  108  2e-22  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011674  PHATRDRAFT_45251  predicted protein  28.83 
 
 		 656 aa  107  3e-22  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3346  tRNA pseudouridine synthase D TruD  27.41 
 
 		 355 aa  105  1e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00141322  hitchhiker  0.000000295162 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0869  tRNA pseudouridine synthase D  37.5 
 
 		 357 aa  104  2e-21  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2510  tRNA pseudouridine synthase D  26.33 
 
 		 348 aa  104  3e-21  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002512  tRNA pseudouridine 13 synthase  38.24 
 
 		 347 aa  104  3e-21  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.18424  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1207  tRNA pseudouridine synthase D  22.95 
 
 		 389 aa  103  4e-21  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1303  tRNA pseudouridine synthase D TruD  34.52 
 
 		 363 aa  103  4e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1400  hypothetical protein  37.89 
 
 		 338 aa  103  5e-21  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03521  tRNA pseudouridine synthase D  38.24 
 
 		 347 aa  103  7e-21  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1593  hypothetical protein  36.48 
 
 		 338 aa  102  1e-20  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38720  tRNA pseudouridine synthase D  29.53 
 
 		 352 aa  102  1e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.711816  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1011  tRNA pseudouridine synthase D  23.21 
 
 		 389 aa  102  2e-20  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3859  pseudouridylate synthase  36.11 
 
 		 350 aa  101  3e-20  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.629248  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3216  tRNA pseudouridine synthase D  36.88 
 
 		 349 aa  101  3e-20  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.285215 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0935  tRNA pseudouridine synthase D  22.96 
 
 		 389 aa  101  3e-20  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3429  tRNA pseudouridine synthase D  36.65 
 
 		 349 aa  100  5e-20  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.291589  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3297  tRNA pseudouridine synthase D  36.65 
 
 		 349 aa  100  5e-20  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1696  hypothetical protein  24.36 
 
 		 403 aa  100  6e-20  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0828  tRNA pseudouridine synthase D  33.75 
 
 		 348 aa  100  6e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.218757 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0962  tRNA pseudouridine synthase D  36.65 
 
 		 349 aa  100  6e-20  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3118  tRNA pseudouridine synthase D  36.65 
 
 		 349 aa  100  7e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3238  tRNA pseudouridine synthase D  36.65 
 
 		 349 aa  100  7e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3079  tRNA pseudouridine synthase D  36.65 
 
 		 349 aa  100  7e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.737275 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3053  tRNA pseudouridine synthase D  36.65 
 
 		 349 aa  100  7e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3134  tRNA pseudouridine synthase D  36.65 
 
 		 349 aa  99.8  7e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0800342 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0674  pseudouridylate synthase  35.56 
 
 		 344 aa  99.8  8e-20  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.305737  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1120  tRNA pseudouridine synthase D, TruD  34.52 
 
 		 375 aa  99.8  9e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0967  tRNA pseudouridine synthase D  37.13 
 
 		 349 aa  99.4  1e-19  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.77182 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3123  tRNA pseudouridine synthase D TruD  35.63 
 
 		 377 aa  99  1e-19  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.739944  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2883  tRNA pseudouridine synthase D  37.13 
 
 		 349 aa  99.4  1e-19  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>