153 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mthe_0398 on replicon NC_008553
Organism: Methanosaeta thermophila PT



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008553  Mthe_0398  tRNA pseudouridine synthase D  100 
 
 		 433 aa  870    Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3206  tRNA pseudouridine synthase D  47.54 
 
 		 438 aa  431  1e-119  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.688587  hitchhiker  0.00519063 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1281  tRNA pseudouridine synthase D  48 
 
 		 439 aa  425  1e-118  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1474  tRNA pseudouridine synthase D TruD  42.11 
 
 		 454 aa  310  4e-83  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2406  tRNA pseudouridine synthase D TruD  40.99 
 
 		 480 aa  308  9e-83  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.967787  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0017  tRNA pseudouridine synthase D  43.02 
 
 		 449 aa  306  5.0000000000000004e-82  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2665  tRNA pseudouridine synthase D  41.31 
 
 		 452 aa  301  2e-80  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1240  tRNA pseudouridine synthase D TruD  38.81 
 
 		 410 aa  297  2e-79  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0572  tRNA pseudouridine synthase D  41.1 
 
 		 483 aa  293  5e-78  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.0939983  normal  0.837825 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1399  pseudouridylate synthase  41.39 
 
 		 423 aa  290  3e-77  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.770816  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0808  pseudouridylate synthase  39.71 
 
 		 422 aa  288  1e-76  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.110756  normal  0.32964 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2096  tRNA pseudouridine synthase D TruD  40.62 
 
 		 422 aa  281  2e-74  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0803  hypothetical protein  38.66 
 
 		 422 aa  267  2.9999999999999995e-70  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.929073  hitchhiker  0.0000530348 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0906  pseudouridylate synthase  40.19 
 
 		 423 aa  264  3e-69  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.0000103937 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1576  tRNA pseudouridine synthase D TruD  34.69 
 
 		 443 aa  238  2e-61  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.0247581  normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1488  tRNA pseudouridine synthase D TruD  34.42 
 
 		 390 aa  233  5e-60  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0685  pseudouridylate synthase  37.1 
 
 		 444 aa  225  2e-57  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0990  pseudouridylate synthase  32.77 
 
 		 390 aa  214  3.9999999999999995e-54  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0276  tRNA pseudouridine synthase D TruD  33.01 
 
 		 430 aa  209  8e-53  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0756  tRNA pseudouridine synthase D TruD  32.31 
 
 		 402 aa  207  4e-52  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.476979  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1684  pseudouridylate synthase  36.43 
 
 		 413 aa  204  3e-51  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.667214  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1638  tRNA pseudouridine synthase D TruD  33.17 
 
 		 430 aa  203  4e-51  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.197782  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3033  tRNA pseudouridine synthase D, TruD  35.73 
 
 		 404 aa  201  3e-50  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00845605  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1701  pseudouridylate synthase  34.71 
 
 		 400 aa  199  9e-50  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000153174  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0971  tRNA pseudouridine synthase D, TruD  34.78 
 
 		 399 aa  197  3e-49  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0760  hypothetical protein  33.97 
 
 		 398 aa  195  1e-48  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000392805  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0520  hypothetical protein  35.19 
 
 		 408 aa  188  1e-46  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0892738  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0511  pseudouridylate synthase  33.26 
 
 		 412 aa  181  2.9999999999999997e-44  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  0.0173312 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1594  tRNA pseudouridine synthase D TruD  33.64 
 
 		 412 aa  178  2e-43  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2776  tRNA pseudouridine synthase D TruD  33.57 
 
 		 420 aa  177  4e-43  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.664077  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1445  tRNA pseudouridine synthase D TruD  33.33 
 
 		 398 aa  175  9.999999999999999e-43  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1198  tRNA pseudouridine synthase TruD  29.37 
 
 		 398 aa  169  6e-41  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1782  pseudouridylate synthase  33.26 
 
 		 411 aa  168  1e-40  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    hitchhiker  0.00000171757 
 
 
-
 
NC_009363  OSTLU_34867  predicted protein  30.48 
 
 		 652 aa  159  1e-37  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.437532 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3118  tRNA pseudouridine synthase D TruD  29.41 
 
 		 432 aa  133  6e-30  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.709417  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1378  tRNA pseudouridine synthase D TruD  27.86 
 
 		 455 aa  133  6.999999999999999e-30  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.416221  normal  1 
 
 
-
 
NC_006693  CNH03600  pseudouridine synthase, putative  29.01 
 
 		 863 aa  128  2.0000000000000002e-28  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009045  PICST_46601  predicted protein  32.15 
 
 		 680 aa  127  4.0000000000000003e-28  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.628004  normal  0.0180876 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3643  pseudouridylate synthase  29.52 
 
 		 347 aa  124  2e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.320312  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3784  tRNA pseudouridine synthase D TruD  30 
 
 		 348 aa  124  4e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011674  PHATRDRAFT_45251  predicted protein  29.27 
 
 		 656 aa  122  9e-27  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00984  pseudouridine synthase TruD/Pus7, putative (AFU_orthologue; AFUA_1G16730)  33.22 
 
 		 745 aa  120  3e-26  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.584678 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1745  pseudouridylate synthase  28.68 
 
 		 386 aa  120  3.9999999999999996e-26  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.0000000122124  normal  0.627089 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1011  tRNA pseudouridine synthase D  26.38 
 
 		 389 aa  120  6e-26  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3769  tRNA pseudouridine synthase D TruD  29.45 
 
 		 349 aa  120  7e-26  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1670  tRNA pseudouridine synthase D  27.56 
 
 		 389 aa  119  9e-26  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1366  tRNA pseudouridine synthase D TruD  27.86 
 
 		 455 aa  117  3e-25  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.206358  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2489  tRNA pseudouridine synthase D, TruD  27.01 
 
 		 457 aa  117  5e-25  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.983394  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0935  tRNA pseudouridine synthase D  26.16 
 
 		 389 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0245  tRNA pseudouridine synthase D TruD  26.76 
 
 		 388 aa  114  5e-24  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.107807  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1463  tRNA pseudouridine synthase D TruD  26.78 
 
 		 455 aa  112  1.0000000000000001e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.278436  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1152  tRNA pseudouridine synthase D TruD  27.87 
 
 		 377 aa  110  5e-23  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1207  tRNA pseudouridine synthase D  25.31 
 
 		 389 aa  109  9.000000000000001e-23  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0594  pseudouridylate synthase  36.52 
 
 		 359 aa  102  1e-20  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.124721  normal  0.779245 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1835  tRNA pseudouridine synthase D  36.16 
 
 		 343 aa  102  1e-20  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.151087  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2197  tRNA pseudouridine synthase D TruD  26.16 
 
 		 395 aa  102  2e-20  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000286837  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0528  tRNA pseudouridine synthase D TruD  26.86 
 
 		 385 aa  99.8  8e-20  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1074  hypothetical protein  25.58 
 
 		 367 aa  98.2  3e-19  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0206  tRNA pseudouridine synthase D, TruD  28.81 
 
 		 365 aa  97.8  3e-19  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.0784918  normal  0.0319695 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1160  tRNA pseudouridine synthase D  24.04 
 
 		 399 aa  98.2  3e-19  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  decreased coverage  0.00000300328  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0138  pseudouridylate synthase  36.14 
 
 		 350 aa  96.7  7e-19  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0151671  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1293  tRNA pseudouridine synthase D TruD  36.26 
 
 		 354 aa  95.1  2e-18  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.970908  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0089  tRNA pseudouridine synthase D  25.73 
 
 		 377 aa  95.5  2e-18  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0962  tRNA pseudouridine synthase D  26.48 
 
 		 349 aa  94.4  3e-18  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00167  tRNA pseudouridine synthase D  25.24 
 
 		 403 aa  93.6  7e-18  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.37551  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1411  tRNA pseudouridine synthase D TruD  35.93 
 
 		 345 aa  93.2  7e-18  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3429  tRNA pseudouridine synthase D  26.24 
 
 		 349 aa  92.8  1e-17  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.291589  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3297  tRNA pseudouridine synthase D  26.24 
 
 		 349 aa  92.8  1e-17  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3859  pseudouridylate synthase  31.14 
 
 		 350 aa  91.7  2e-17  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.629248  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1499  tRNA pseudouridine synthase D  23.72 
 
 		 335 aa  91.3  3e-17  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.128377  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2510  tRNA pseudouridine synthase D  31.14 
 
 		 348 aa  91.7  3e-17  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1400  hypothetical protein  34.59 
 
 		 338 aa  90.9  4e-17  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4647  tRNA pseudouridine synthase D TruD  35.44 
 
 		 355 aa  90.5  6e-17  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1005  tRNA pseudouridine synthase D TruD  39.24 
 
 		 359 aa  90.5  6e-17  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.604587  normal  0.323448 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0967  tRNA pseudouridine synthase D  33.54 
 
 		 349 aa  89.7  8e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.77182 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3216  tRNA pseudouridine synthase D  33.54 
 
 		 349 aa  89.7  8e-17  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.285215 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2883  tRNA pseudouridine synthase D  33.54 
 
 		 349 aa  89.7  8e-17  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3134  tRNA pseudouridine synthase D  25.89 
 
 		 349 aa  90.1  8e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0800342 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0216  pseudouridylate synthase  33.77 
 
 		 346 aa  89.4  1e-16  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1032  tRNA pseudouridine synthase D  33.14 
 
 		 357 aa  89.4  1e-16  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.589732  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1593  hypothetical protein  35.22 
 
 		 338 aa  88.6  2e-16  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2870  tRNA pseudouridine synthase D  33.54 
 
 		 349 aa  88.2  2e-16  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3996  tRNA pseudouridine synthase D  33.54 
 
 		 349 aa  88.6  2e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1456  tRNA pseudouridine synthase D  34.94 
 
 		 343 aa  88.6  2e-16  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02595  tRNA pseudouridine synthase D  33.54 
 
 		 349 aa  88.2  3e-16  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0943  tRNA pseudouridine synthase D TruD  33.54 
 
 		 349 aa  87.8  3e-16  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.336475  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02560  hypothetical protein  33.54 
 
 		 349 aa  88.2  3e-16  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3046  tRNA pseudouridine synthase D  33.54 
 
 		 349 aa  88.2  3e-16  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.538175  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002512  tRNA pseudouridine 13 synthase  33.53 
 
 		 347 aa  88.2  3e-16  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.18424  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0674  pseudouridylate synthase  34.15 
 
 		 344 aa  87  6e-16  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.305737  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03521  tRNA pseudouridine synthase D  33.53 
 
 		 347 aa  87  6e-16  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3129  tRNA pseudouridine synthase D  32.93 
 
 		 349 aa  86.7  7e-16  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3079  tRNA pseudouridine synthase D  32.93 
 
 		 349 aa  86.3  0.000000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.737275 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3053  tRNA pseudouridine synthase D  32.93 
 
 		 349 aa  86.3  0.000000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3238  tRNA pseudouridine synthase D  32.93 
 
 		 349 aa  86.3  0.000000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0372  tRNA pseudouridine synthase D  34.32 
 
 		 362 aa  86.3  0.000000000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0542  tRNA pseudouridine synthase D TruD  34.32 
 
 		 362 aa  86.3  0.000000000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.238992  hitchhiker  0.000000811718 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3118  tRNA pseudouridine synthase D  32.93 
 
 		 349 aa  86.3  0.000000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0058  tRNA pseudouridine synthase D  32.93 
 
 		 361 aa  85.9  0.000000000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0828  tRNA pseudouridine synthase D  32.32 
 
 		 348 aa  85.9  0.000000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.218757 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>