74 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msed_0206 on replicon NC_009440
Organism: Metallosphaera sedula DSM 5348



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009440  Msed_0206  tRNA pseudouridine synthase D, TruD  100 
 
 		 365 aa  752    Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.0784918  normal  0.0319695 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1152  tRNA pseudouridine synthase D TruD  45.58 
 
 		 377 aa  314  1.9999999999999998e-84  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1198  tRNA pseudouridine synthase TruD  28.54 
 
 		 398 aa  139  8.999999999999999e-32  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0511  pseudouridylate synthase  28.04 
 
 		 412 aa  105  1e-21  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  0.0173312 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1576  tRNA pseudouridine synthase D TruD  31.19 
 
 		 443 aa  100  5e-20  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.0247581  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0398  tRNA pseudouridine synthase D  28.81 
 
 		 433 aa  97.8  2e-19  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0906  pseudouridylate synthase  33.33 
 
 		 423 aa  97.4  4e-19  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.0000103937 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1594  tRNA pseudouridine synthase D TruD  27.25 
 
 		 412 aa  94.4  3e-18  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1782  pseudouridylate synthase  28.49 
 
 		 411 aa  94  4e-18  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    hitchhiker  0.00000171757 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0808  pseudouridylate synthase  25.75 
 
 		 422 aa  93.2  6e-18  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.110756  normal  0.32964 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0803  hypothetical protein  31.51 
 
 		 422 aa  92.8  9e-18  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.929073  hitchhiker  0.0000530348 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3033  tRNA pseudouridine synthase D, TruD  28.11 
 
 		 404 aa  92.4  1e-17  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00845605  normal  1 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1684  pseudouridylate synthase  28.91 
 
 		 413 aa  91.7  2e-17  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.667214  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2665  tRNA pseudouridine synthase D  26.54 
 
 		 452 aa  90.5  4e-17  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1240  tRNA pseudouridine synthase D TruD  25.75 
 
 		 410 aa  90.5  4e-17  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1445  tRNA pseudouridine synthase D TruD  26.8 
 
 		 398 aa  89.7  7e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0971  tRNA pseudouridine synthase D, TruD  26.85 
 
 		 399 aa  88.2  2e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2096  tRNA pseudouridine synthase D TruD  31.76 
 
 		 422 aa  86.3  7e-16  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0760  hypothetical protein  27.14 
 
 		 398 aa  86.7  7e-16  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000392805  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1399  pseudouridylate synthase  31.51 
 
 		 423 aa  84.3  0.000000000000003  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.770816  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1701  pseudouridylate synthase  30.55 
 
 		 400 aa  82.8  0.000000000000009  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000153174  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0685  pseudouridylate synthase  30.14 
 
 		 444 aa  81.3  0.00000000000002  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2776  tRNA pseudouridine synthase D TruD  27.07 
 
 		 420 aa  82  0.00000000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.664077  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0017  tRNA pseudouridine synthase D  29.1 
 
 		 449 aa  81.3  0.00000000000003  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2406  tRNA pseudouridine synthase D TruD  28.38 
 
 		 480 aa  80.5  0.00000000000004  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.967787  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0520  hypothetical protein  25.07 
 
 		 408 aa  77.4  0.0000000000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0892738  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1488  tRNA pseudouridine synthase D TruD  28.65 
 
 		 390 aa  77.4  0.0000000000004  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1281  tRNA pseudouridine synthase D  28.86 
 
 		 439 aa  77.4  0.0000000000004  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3206  tRNA pseudouridine synthase D  29.76 
 
 		 438 aa  77  0.0000000000005  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.688587  hitchhiker  0.00519063 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1474  tRNA pseudouridine synthase D TruD  26.56 
 
 		 454 aa  75.1  0.000000000002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0276  tRNA pseudouridine synthase D TruD  31.35 
 
 		 430 aa  73.2  0.000000000006  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0990  pseudouridylate synthase  29.48 
 
 		 390 aa  72.8  0.000000000008  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0572  tRNA pseudouridine synthase D  27.76 
 
 		 483 aa  72  0.00000000002  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.0939983  normal  0.837825 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0756  tRNA pseudouridine synthase D TruD  28.68 
 
 		 402 aa  70.9  0.00000000003  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.476979  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1638  tRNA pseudouridine synthase D TruD  31.6 
 
 		 430 aa  66.2  0.0000000007  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.197782  normal  1 
 
 
-
 
NC_009363  OSTLU_34867  predicted protein  28.29 
 
 		 652 aa  65.1  0.000000002  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.437532 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1745  pseudouridylate synthase  28.57 
 
 		 386 aa  65.1  0.000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.0000000122124  normal  0.627089 
 
 
-
 
NC_006693  CNH03600  pseudouridine synthase, putative  25.95 
 
 		 863 aa  61.2  0.00000002  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2197  tRNA pseudouridine synthase D TruD  28.63 
 
 		 395 aa  60.5  0.00000004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000286837  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3118  tRNA pseudouridine synthase D TruD  24.8 
 
 		 432 aa  59.7  0.00000007  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.709417  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2519  tRNA pseudouridine synthase D  25.61 
 
 		 354 aa  59.7  0.00000008  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1670  tRNA pseudouridine synthase D  23.66 
 
 		 389 aa  57.8  0.0000003  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1040  pseudouridylate synthase  24.69 
 
 		 360 aa  53.5  0.000006  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.871922 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0935  tRNA pseudouridine synthase D  23.45 
 
 		 389 aa  52.8  0.000009  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0828  tRNA pseudouridine synthase D  24.72 
 
 		 348 aa  51.6  0.00002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.218757 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1011  tRNA pseudouridine synthase D  22.16 
 
 		 389 aa  50.4  0.00004  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2489  tRNA pseudouridine synthase D, TruD  25.56 
 
 		 457 aa  50.8  0.00004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.983394  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1303  tRNA pseudouridine synthase D TruD  33.33 
 
 		 363 aa  50.1  0.00006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1366  tRNA pseudouridine synthase D TruD  25.19 
 
 		 455 aa  49.3  0.0001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.206358  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0838  tRNA pseudouridine synthase D  29.33 
 
 		 352 aa  48.9  0.0001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1411  tRNA pseudouridine synthase D TruD  26.91 
 
 		 345 aa  49.3  0.0001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1463  tRNA pseudouridine synthase D TruD  25.19 
 
 		 455 aa  49.3  0.0001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.278436  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3429  tRNA pseudouridine synthase D  24.72 
 
 		 349 aa  48.5  0.0002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.291589  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3297  tRNA pseudouridine synthase D  24.72 
 
 		 349 aa  48.5  0.0002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1294  pseudouridylate synthase  23.94 
 
 		 356 aa  48.5  0.0002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.918905  hitchhiker  0.00000000169172 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0962  tRNA pseudouridine synthase D  28.67 
 
 		 349 aa  47.8  0.0003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1032  tRNA pseudouridine synthase D  29.69 
 
 		 357 aa  47  0.0005  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.589732  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1160  tRNA pseudouridine synthase D  23.08 
 
 		 399 aa  45.8  0.001  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  decreased coverage  0.00000300328  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1561  hypothetical protein  31.3 
 
 		 352 aa  45.8  0.001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.345596  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1340  pseudouridylate synthase  25.65 
 
 		 291 aa  44.7  0.002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.185288  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002512  tRNA pseudouridine 13 synthase  31.48 
 
 		 347 aa  45.4  0.002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.18424  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3346  tRNA pseudouridine synthase D TruD  31.5 
 
 		 355 aa  45.4  0.002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00141322  hitchhiker  0.000000295162 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1207  tRNA pseudouridine synthase D  25.27 
 
 		 389 aa  45.4  0.002  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03521  tRNA pseudouridine synthase D  30.86 
 
 		 347 aa  44.3  0.004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2510  tRNA pseudouridine synthase D  24.1 
 
 		 348 aa  44.3  0.004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0869  tRNA pseudouridine synthase D  24.14 
 
 		 357 aa  43.9  0.004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0372  tRNA pseudouridine synthase D  30.07 
 
 		 362 aa  43.9  0.005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0542  tRNA pseudouridine synthase D TruD  30.07 
 
 		 362 aa  43.9  0.005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.238992  hitchhiker  0.000000811718 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0089  tRNA pseudouridine synthase D  32.86 
 
 		 377 aa  43.5  0.005  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1056  pseudouridylate synthase  24.54 
 
 		 357 aa  43.1  0.008  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1370  tRNA pseudouridine synthase D  29.77 
 
 		 352 aa  43.1  0.008  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.16694  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1209  pseudouridylate synthase  24.07 
 
 		 355 aa  42.7  0.009  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.269002  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3351  tRNA pseudouridine synthase D  23.41 
 
 		 348 aa  42.7  0.01  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1181  tRNA pseudouridine synthase D TruD  25.1 
 
 		 361 aa  42.7  0.01  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>