150 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CFF8240_0089 on replicon NC_008599
Organism: Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008599  CFF8240_0089  tRNA pseudouridine synthase D  100 
 
 		 377 aa  770    Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0774  tRNA pseudouridine synthase D  64.81 
 
 		 374 aa  515  1.0000000000000001e-145  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1041  tRNA pseudouridine synthase D  65.61 
 
 		 374 aa  506  9.999999999999999e-143  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.0766791  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1450  tRNA pseudouridine synthase D  60.64 
 
 		 372 aa  466  9.999999999999999e-131  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1631  tRNA pseudouridine synthase D  60.11 
 
 		 372 aa  461  9.999999999999999e-129  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1792  tRNA pseudouridine synthase D  60.11 
 
 		 372 aa  459  9.999999999999999e-129  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0406  tRNA pseudouridine synthase D  58.58 
 
 		 375 aa  456  1e-127  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1009  tRNA pseudouridine synthase D  51.5 
 
 		 365 aa  382  1e-105  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1181  tRNA pseudouridine synthase D TruD  51.25 
 
 		 361 aa  367  1e-100  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1032  tRNA pseudouridine synthase D  45.21 
 
 		 357 aa  317  2e-85  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.589732  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0594  pseudouridylate synthase  34.19 
 
 		 359 aa  200  3e-50  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.124721  normal  0.779245 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3769  tRNA pseudouridine synthase D TruD  31.18 
 
 		 349 aa  172  6.999999999999999e-42  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1005  tRNA pseudouridine synthase D TruD  30.46 
 
 		 359 aa  167  2.9999999999999998e-40  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.604587  normal  0.323448 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3643  pseudouridylate synthase  30.17 
 
 		 347 aa  162  7e-39  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.320312  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1617  tRNA pseudouridine synthase D TruD  33.91 
 
 		 357 aa  158  1e-37  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.0830625 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1701  pseudouridylate synthase  29.44 
 
 		 400 aa  156  5.0000000000000005e-37  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000153174  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0520  hypothetical protein  28.79 
 
 		 408 aa  154  2.9999999999999998e-36  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0892738  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3784  tRNA pseudouridine synthase D TruD  27.62 
 
 		 348 aa  153  5.9999999999999996e-36  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1445  tRNA pseudouridine synthase D TruD  27.8 
 
 		 398 aa  152  1e-35  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2776  tRNA pseudouridine synthase D TruD  27.56 
 
 		 420 aa  152  1e-35  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.664077  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1340  pseudouridylate synthase  33.22 
 
 		 291 aa  149  8e-35  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.185288  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4647  tRNA pseudouridine synthase D TruD  30.29 
 
 		 355 aa  147  2.0000000000000003e-34  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0971  tRNA pseudouridine synthase D, TruD  26.88 
 
 		 399 aa  143  4e-33  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0760  hypothetical protein  29.37 
 
 		 398 aa  142  7e-33  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000392805  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3033  tRNA pseudouridine synthase D, TruD  28.61 
 
 		 404 aa  139  7e-32  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00845605  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1128  tRNA pseudouridine synthase D  29.49 
 
 		 352 aa  137  2e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0245  tRNA pseudouridine synthase D TruD  27.18 
 
 		 388 aa  138  2e-31  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.107807  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1400  hypothetical protein  31.04 
 
 		 338 aa  134  3e-30  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1499  tRNA pseudouridine synthase D  29.05 
 
 		 335 aa  134  3e-30  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.128377  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1593  hypothetical protein  30.41 
 
 		 338 aa  132  1.0000000000000001e-29  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0058  tRNA pseudouridine synthase D  29.63 
 
 		 361 aa  132  1.0000000000000001e-29  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03723  Pseudouridylate synthase  31.02 
 
 		 361 aa  132  1.0000000000000001e-29  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.143609  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0828  tRNA pseudouridine synthase D  28.49 
 
 		 348 aa  132  1.0000000000000001e-29  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.218757 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00167  tRNA pseudouridine synthase D  29.43 
 
 		 403 aa  130  3e-29  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.37551  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1513  tRNA pseudouridine synthase D  29.94 
 
 		 355 aa  130  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17440  tRNA pseudouridine synthase D  28.98 
 
 		 355 aa  129  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1456  tRNA pseudouridine synthase D  27.2 
 
 		 343 aa  128  2.0000000000000002e-28  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0856  tRNA pseudouridine synthase D  27.64 
 
 		 358 aa  127  4.0000000000000003e-28  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002512  tRNA pseudouridine 13 synthase  27.73 
 
 		 347 aa  127  4.0000000000000003e-28  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.18424  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1835  tRNA pseudouridine synthase D  26.49 
 
 		 343 aa  126  5e-28  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.151087  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3025  tRNA pseudouridine synthase D  27.65 
 
 		 352 aa  126  6e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000178626 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2636  pseudouridylate synthase  27.48 
 
 		 348 aa  125  9e-28  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1411  tRNA pseudouridine synthase D TruD  27.3 
 
 		 345 aa  125  1e-27  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0869  tRNA pseudouridine synthase D  26.98 
 
 		 357 aa  125  1e-27  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1433  tRNA pseudouridine synthase D  26.16 
 
 		 338 aa  124  2e-27  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.733655  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1984  tRNA pseudouridine synthase D, TruD  27.01 
 
 		 389 aa  124  2e-27  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00100615 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3859  pseudouridylate synthase  27.3 
 
 		 350 aa  124  3e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.629248  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03521  tRNA pseudouridine synthase D  25.87 
 
 		 347 aa  124  4e-27  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0962  tRNA pseudouridine synthase D  27.93 
 
 		 349 aa  123  5e-27  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3351  tRNA pseudouridine synthase D  26.65 
 
 		 348 aa  122  7e-27  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3297  tRNA pseudouridine synthase D  27.65 
 
 		 349 aa  122  8e-27  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3429  tRNA pseudouridine synthase D  27.65 
 
 		 349 aa  122  8e-27  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.291589  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1370  tRNA pseudouridine synthase D  28.81 
 
 		 352 aa  122  9e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.16694  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2510  tRNA pseudouridine synthase D  27.68 
 
 		 348 aa  122  9.999999999999999e-27  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3508  tRNA pseudouridine synthase D  26.12 
 
 		 348 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1561  hypothetical protein  28.25 
 
 		 352 aa  120  3e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.345596  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38720  tRNA pseudouridine synthase D  28.69 
 
 		 352 aa  120  3e-26  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.711816  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0138  pseudouridylate synthase  27.66 
 
 		 350 aa  120  4.9999999999999996e-26  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0151671  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0542  tRNA pseudouridine synthase D TruD  27.34 
 
 		 362 aa  119  6e-26  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.238992  hitchhiker  0.000000811718 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0372  tRNA pseudouridine synthase D  27.34 
 
 		 362 aa  119  6e-26  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2519  tRNA pseudouridine synthase D  29.58 
 
 		 354 aa  117  3e-25  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0674  pseudouridylate synthase  27.82 
 
 		 344 aa  117  3.9999999999999997e-25  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.305737  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1148  tRNA pseudouridine synthase D TruD  27.06 
 
 		 363 aa  117  5e-25  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1293  tRNA pseudouridine synthase D TruD  27.03 
 
 		 354 aa  115  1.0000000000000001e-24  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.970908  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1619  tRNA pseudouridine synthase D  26.96 
 
 		 352 aa  115  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.241866 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1971  pseudouridylate synthase  25.69 
 
 		 391 aa  114  2.0000000000000002e-24  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1173  tRNA pseudouridine synthase D  27.25 
 
 		 352 aa  115  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.378018 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1696  hypothetical protein  24.94 
 
 		 403 aa  114  3e-24  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0838  tRNA pseudouridine synthase D  34.36 
 
 		 352 aa  114  3e-24  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1249  pseudouridylate synthase  28.57 
 
 		 329 aa  113  5e-24  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.883014  normal  0.601505 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3134  tRNA pseudouridine synthase D  26.35 
 
 		 349 aa  112  8.000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0800342 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1074  hypothetical protein  28.93 
 
 		 367 aa  112  8.000000000000001e-24  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3346  tRNA pseudouridine synthase D TruD  28.49 
 
 		 355 aa  112  1.0000000000000001e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00141322  hitchhiker  0.000000295162 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3079  tRNA pseudouridine synthase D  26.35 
 
 		 349 aa  112  1.0000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.737275 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3238  tRNA pseudouridine synthase D  26.35 
 
 		 349 aa  112  1.0000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3053  tRNA pseudouridine synthase D  26.35 
 
 		 349 aa  112  1.0000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3118  tRNA pseudouridine synthase D  26.35 
 
 		 349 aa  112  1.0000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1056  pseudouridylate synthase  28.03 
 
 		 357 aa  110  3e-23  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1120  tRNA pseudouridine synthase D, TruD  28.24 
 
 		 375 aa  110  3e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1119  pseudouridylate synthase  35.2 
 
 		 375 aa  109  7.000000000000001e-23  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.774647  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1190  pseudouridylate synthase  35.2 
 
 		 375 aa  109  7.000000000000001e-23  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4158  tRNA pseudouridine synthase D  26.67 
 
 		 352 aa  109  8.000000000000001e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.082047 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1209  pseudouridylate synthase  28.86 
 
 		 355 aa  108  1e-22  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.269002  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2753  pseudouridylate synthase  26.58 
 
 		 360 aa  108  2e-22  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.908437  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1294  pseudouridylate synthase  27.99 
 
 		 356 aa  107  2e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.918905  hitchhiker  0.00000000169172 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0216  pseudouridylate synthase  26.53 
 
 		 346 aa  107  4e-22  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3216  tRNA pseudouridine synthase D  33.17 
 
 		 349 aa  107  5e-22  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.285215 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2870  tRNA pseudouridine synthase D  27.14 
 
 		 349 aa  106  6e-22  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3996  tRNA pseudouridine synthase D  27.35 
 
 		 349 aa  106  6e-22  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1040  pseudouridylate synthase  25.7 
 
 		 360 aa  106  6e-22  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.871922 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3129  tRNA pseudouridine synthase D  26.86 
 
 		 349 aa  106  7e-22  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2883  tRNA pseudouridine synthase D  26.76 
 
 		 349 aa  105  1e-21  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0967  tRNA pseudouridine synthase D  26.76 
 
 		 349 aa  105  1e-21  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.77182 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3436  hypothetical protein  33.67 
 
 		 370 aa  104  2e-21  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0943  tRNA pseudouridine synthase D TruD  26.76 
 
 		 349 aa  104  3e-21  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.336475  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1200  pseudouridylate synthase  32.14 
 
 		 362 aa  104  3e-21  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00296391  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02560  hypothetical protein  26.76 
 
 		 349 aa  104  3e-21  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4056  tRNA pseudouridine synthase D  27.89 
 
 		 352 aa  104  3e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000302919 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3132  tRNA pseudouridine synthase D TruD  25.34 
 
 		 377 aa  104  3e-21  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1241  tRNA pseudouridine synthase D TruD  25.34 
 
 		 377 aa  104  3e-21  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.148473  hitchhiker  0.0000000000992324 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>