More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VEA_001246 on replicon NC_013457
Organism: Vibrio sp. Ex25



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013457  VEA_001246  GGDEF family protein  100 
 
 		 527 aa  1082    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.436694  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0086  GGDEF family protein  68.82 
 
 		 526 aa  728    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0685503  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05115  hypothetical protein  84.82 
 
 		 527 aa  923    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0452  putative GGDEF protein  41.94 
 
 		 528 aa  394  1e-108  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2253  diguanylate cyclase  40.2 
 
 		 342 aa  124  6e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0242555  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2092  diguanylate cyclase  40.2 
 
 		 342 aa  124  6e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0157551  normal  0.671157 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2370  diguanylate cyclase  40.2 
 
 		 342 aa  124  6e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.257282  normal  0.644967 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2104  diguanylate cyclase  40.2 
 
 		 342 aa  123  8e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2733  putative periplasmic ligand-binding sensor protein  37.56 
 
 		 965 aa  118  1.9999999999999998e-25  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2253  diguanylate cyclase  41.21 
 
 		 545 aa  117  6e-25  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.346813  normal  0.544502 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0797  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.66 
 
 		 374 aa  117  6e-25  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7005  GGDEF family protein  30.13 
 
 		 568 aa  114  4.0000000000000004e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2531  diguanylate cyclase  41.57 
 
 		 347 aa  114  4.0000000000000004e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.204125  normal  0.837026 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0413  diguanylate cyclase  38.69 
 
 		 373 aa  114  6e-24  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.191775  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2227  diguanylate cyclase  44.17 
 
 		 342 aa  113  9e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2380  diguanylate cyclase  29.82 
 
 		 410 aa  112  1.0000000000000001e-23  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3328  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.16 
 
 		 297 aa  112  1.0000000000000001e-23  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0918  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.55 
 
 		 297 aa  112  2.0000000000000002e-23  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.0046e-32 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1477  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36 
 
 		 317 aa  112  2.0000000000000002e-23  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3973  hypothetical protein  34.87 
 
 		 355 aa  112  2.0000000000000002e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0517181  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2325  diguanylate cyclase  38.38 
 
 		 350 aa  111  3e-23  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.74843  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0819  diguanylate cyclase  38.04 
 
 		 507 aa  111  3e-23  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00531525  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2702  diguanylate cyclase  37.1 
 
 		 794 aa  111  3e-23  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0564678  normal  0.658888 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1872  diguanylate cyclase  43.56 
 
 		 342 aa  111  3e-23  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.97558 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0528  diguanylate cyclase  40.76 
 
 		 354 aa  111  4.0000000000000004e-23  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0243341  normal  0.0197143 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1759  GGDEF domain-containing protein  43.12 
 
 		 355 aa  111  4.0000000000000004e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.538539  normal  0.0215764 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1213  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.25 
 
 		 457 aa  110  5e-23  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0266  diguanylate cyclase  35.43 
 
 		 942 aa  110  5e-23  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.955306  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2096  diguanylate cyclase  41.24 
 
 		 368 aa  110  7.000000000000001e-23  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1348  response regulator PleD  37.79 
 
 		 457 aa  110  7.000000000000001e-23  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0854  diguanylate cyclase  37.5 
 
 		 507 aa  110  8.000000000000001e-23  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.485181  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1066  diguanylate cyclase and serine/threonine protein kinase with TPR repeats  25.98 
 
 		 609 aa  110  9.000000000000001e-23  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.94417  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1432  response regulator PleD  37.99 
 
 		 457 aa  109  1e-22  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4028  diguanylate cyclase  29.03 
 
 		 447 aa  109  1e-22  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3038  response regulator PleD  37.08 
 
 		 457 aa  109  1e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.372566  normal  0.319547 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0842  diguanylate cyclase with extracellular sensor  37.7 
 
 		 484 aa  109  1e-22  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.105968  hitchhiker  0.00226884 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2332  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.26 
 
 		 324 aa  108  2e-22  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.532356  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3693  response regulator receiver domain-containing protein  35.89 
 
 		 476 aa  108  2e-22  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.963643  normal  0.0549661 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2834  diguanylate cyclase  31.05 
 
 		 355 aa  108  2e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.15225  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2867  diguanylate cyclase  38.76 
 
 		 402 aa  108  2e-22  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2092  response regulator receiver protein  38.55 
 
 		 459 aa  108  2e-22  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00000936351  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2322  diguanylate cyclase  32.24 
 
 		 354 aa  108  3e-22  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2049  GGDEF family protein  42.94 
 
 		 319 aa  107  4e-22  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0162  diguanylate cyclase  35.16 
 
 		 614 aa  107  4e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.155295  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000797  GGDEF family protein  35.29 
 
 		 337 aa  107  4e-22  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03006  hypothetical protein  39.05 
 
 		 520 aa  107  4e-22  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3282  diguanylate cyclase  39.76 
 
 		 523 aa  107  4e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.151406  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3541  response regulator PleD  39.88 
 
 		 457 aa  107  4e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3115  diguanylate cyclase  36 
 
 		 354 aa  107  5e-22  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.276087 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2413  diguanylate cyclase  39.76 
 
 		 544 aa  107  6e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0773  response regulator PleD  35.98 
 
 		 458 aa  107  6e-22  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0021  diguanylate cyclase  37.02 
 
 		 423 aa  107  7e-22  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2413  response regulator PleD  38.65 
 
 		 457 aa  106  8e-22  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.592932  normal  0.173821 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1922  diguanylate cyclase  38.1 
 
 		 527 aa  106  1e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.252712 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2077  diguanylate cyclase  41.57 
 
 		 343 aa  106  1e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.984314  normal  0.163131 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2442  response regulator PleD  37.43 
 
 		 457 aa  106  1e-21  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.696702  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0820  GGDEF domain-containing protein  38.82 
 
 		 333 aa  105  2e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3516  diguanylate cyclase  39.62 
 
 		 160 aa  105  2e-21  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.013928  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6137  diguanylate cyclase  30.4 
 
 		 551 aa  105  2e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.11555  normal  0.0857113 
 
 
-
 
NC_002978  WD0221  response regulator PleD  37.2 
 
 		 460 aa  105  3e-21  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06694  hypothetical protein  35.71 
 
 		 337 aa  104  3e-21  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0138  diguanylate cyclase  35.2 
 
 		 355 aa  105  3e-21  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.508736 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003519  diguanylate cyclase (GGDEF domain) with PAS/PAC sensor  40.33 
 
 		 280 aa  105  3e-21  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000133532  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2835  response regulator receiver domain-containing protein  34.78 
 
 		 346 aa  105  3e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.157532  normal  0.231861 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3427  putative diguanylate cyclase (GGDEF)  37.14 
 
 		 368 aa  105  3e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000401587 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3487  diguanylate cyclase  38.07 
 
 		 345 aa  104  4e-21  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1277  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.35 
 
 		 454 aa  104  4e-21  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.410696  normal  0.0388481 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6549  diguanylate cyclase  28.86 
 
 		 546 aa  103  6e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.530699 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4746  response regulator PleD  38.75 
 
 		 466 aa  103  6e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0979514  normal  0.753316 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0512  response regulator PleD  39.31 
 
 		 456 aa  103  6e-21  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0926  response regulator PleD  35.42 
 
 		 455 aa  103  6e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.773886 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1306  diguanylate cyclase  38.12 
 
 		 615 aa  103  7e-21  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.550913  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0380  diguanylate cyclase  31.84 
 
 		 563 aa  103  7e-21  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.620025  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3537  GGDEF family protein  39.87 
 
 		 393 aa  103  8e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0694  diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 536 aa  103  8e-21  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1643  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  33.89 
 
 		 316 aa  103  9e-21  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.176359  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1497  response regulator PleD  30.13 
 
 		 454 aa  103  9e-21  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.122959 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0519  diguanylate cyclase  38.46 
 
 		 631 aa  103  9e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.447681 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1369  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.95 
 
 		 302 aa  103  9e-21  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.975059  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4159  diguanylate cyclase  32 
 
 		 530 aa  103  1e-20  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.956326 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2580  GGDEF domain-containing protein  34.27 
 
 		 1774 aa  103  1e-20  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.386865  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3023  diguanylate cyclase  36.31 
 
 		 362 aa  102  1e-20  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2951  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 306 aa  103  1e-20  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1099  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 334 aa  102  1e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0304  response regulator PleD  34.76 
 
 		 458 aa  102  1e-20  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0864091  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1658  diguanylate cyclase  34.17 
 
 		 354 aa  103  1e-20  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.287196  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0589  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.79 
 
 		 305 aa  102  1e-20  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.352095  hitchhiker  0.000774187 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1887  diguanylate cyclase  40.12 
 
 		 517 aa  102  1e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1290  diguanylate cyclase  37.11 
 
 		 353 aa  102  1e-20  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3308  response regulator PleD  36.93 
 
 		 457 aa  102  1e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.268667  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3525  diguanylate cyclase  37.2 
 
 		 227 aa  102  1e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.395826  normal  0.08798 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1614  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.48 
 
 		 531 aa  103  1e-20  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.423577 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2873  diguanylate cyclase  34.38 
 
 		 650 aa  102  1e-20  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1802  diguanylate cyclase  35.14 
 
 		 263 aa  102  1e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2637  diguanylate cyclase with extracellular sensor  34.67 
 
 		 474 aa  103  1e-20  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0895  GAF domain/GGDEF domain-containing protein  39.16 
 
 		 688 aa  102  2e-20  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0310961  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1309  GGDEF  33.7 
 
 		 334 aa  102  2e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00365402 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1616  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.27 
 
 		 796 aa  102  2e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000405684 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1723  response regulator receiver domain-containing protein  39.88 
 
 		 325 aa  102  2e-20  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1668  GGDEF domain-containing protein  38.86 
 
 		 356 aa  102  2e-20  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>