More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_1316 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_1316  diguanylate cyclase  100 
 
 		 1004 aa  1968    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.730261  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2607  GGDEF domain-containing protein  25.15 
 
 		 1054 aa  346  2e-93  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.202674  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5621  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  27.9 
 
 		 1258 aa  333  7.000000000000001e-90  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.879931  normal  0.634334 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1317  ATP-binding region ATPase domain protein  27.6 
 
 		 1370 aa  319  2e-85  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1754  histidine kinase  27.82 
 
 		 1407 aa  305  3.0000000000000004e-81  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4824  histidine kinase  27.93 
 
 		 1024 aa  300  9e-80  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0714049  normal  0.112759 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02325  GGDEF domain protein  25.55 
 
 		 949 aa  294  5e-78  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0921  histidine kinase  27.84 
 
 		 1105 aa  292  2e-77  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.615746 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2076  histidine kinase  24.29 
 
 		 1373 aa  292  2e-77  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1331  sensor histidine kinase/response regulator  25.2 
 
 		 1118 aa  278  3e-73  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0783  ATP-binding region ATPase domain protein  27.29 
 
 		 1374 aa  276  2.0000000000000002e-72  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1685  GGDEF domain-containing protein  23.89 
 
 		 987 aa  273  1e-71  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  decreased coverage  0.00461565  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2726  ATP-binding region ATPase domain protein  24.67 
 
 		 1355 aa  267  7e-70  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.119041  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4681  GGDEF domain-containing protein  25.5 
 
 		 1034 aa  263  1e-68  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0812  histidine kinase  27.34 
 
 		 1335 aa  259  1e-67  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.127825  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0550  histidine kinase  28.47 
 
 		 1388 aa  259  2e-67  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.23656  normal  0.89256 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_105  histidine kinase CheY-like domain protein  25.26 
 
 		 1070 aa  255  2.0000000000000002e-66  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2648  response regulator receiver  24.64 
 
 		 1363 aa  255  3e-66  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1335  histidine kinase  28.31 
 
 		 1278 aa  254  5.000000000000001e-66  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.820531 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0275  histidine kinase  23.92 
 
 		 1070 aa  253  1e-65  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1027  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.48 
 
 		 1276 aa  253  1e-65  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6165  histidine kinase  26.53 
 
 		 1397 aa  251  6e-65  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000541195 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4321  histidine kinase  26.98 
 
 		 1355 aa  250  9e-65  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.295286 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1574  histidine kinase  26.91 
 
 		 1378 aa  249  2e-64  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.455228  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02778  GGDEF protein  25.47 
 
 		 946 aa  246  9.999999999999999e-64  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3543  Hpt sensor hybrid histidine kinase  26.41 
 
 		 1498 aa  244  6e-63  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.476146  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0792  histidine kinase  26.19 
 
 		 1378 aa  243  1e-62  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.134077 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3862  histidine kinase  22.58 
 
 		 1384 aa  242  2.9999999999999997e-62  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0667  response regulator receiver domain-containing protein  25.45 
 
 		 1526 aa  240  8e-62  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0280955  hitchhiker  0.000000898802 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4193  histidine kinase  23.06 
 
 		 1400 aa  240  1e-61  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  decreased coverage  0.00660029  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2733  putative periplasmic ligand-binding sensor protein  25.16 
 
 		 965 aa  237  8e-61  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3872  histidine kinase  23.13 
 
 		 1373 aa  237  8e-61  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0459124  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1225  diguanylate cyclase with beta propeller sensor  26.56 
 
 		 985 aa  236  2.0000000000000002e-60  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.90661  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2824  ATP-binding region ATPase domain protein  26.46 
 
 		 1374 aa  233  2e-59  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0505  response regulator receiver  22.76 
 
 		 1334 aa  233  2e-59  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1489  histidine kinase  26.53 
 
 		 1404 aa  231  6e-59  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.639294  normal  0.537564 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2832  ATP-binding region ATPase domain protein  24.25 
 
 		 1340 aa  231  7e-59  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0201204  hitchhiker  0.008817 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5389  histidine kinase  25.44 
 
 		 1414 aa  229  1e-58  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.157534 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2019  histidine kinase  22.12 
 
 		 1316 aa  229  2e-58  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.523526  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1010  histidine kinase  26.33 
 
 		 1347 aa  227  7e-58  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0363668  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0448  histidine kinase  25.27 
 
 		 1114 aa  227  7e-58  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.823175  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1699  ATP-binding region, ATPase-like protein  25.12 
 
 		 1396 aa  225  2e-57  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.170141  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0343  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  29.3 
 
 		 1079 aa  223  1.9999999999999999e-56  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0967  GGDEF family protein  25.63 
 
 		 976 aa  221  6e-56  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.1127  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0755  GGDEF domain-containing protein  22.03 
 
 		 1053 aa  219  2e-55  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1301  two component regulator propeller domain protein  28.7 
 
 		 1008 aa  218  4e-55  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.503431  normal  0.30236 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2852  histidine kinase  25.11 
 
 		 1342 aa  217  9.999999999999999e-55  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.0012841  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5544  histidine kinase  23.97 
 
 		 1306 aa  215  3.9999999999999995e-54  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.122286  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4008  response regulator receiver  25.29 
 
 		 1374 aa  213  1e-53  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.702059  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_84  histidine kinase  24.24 
 
 		 1084 aa  213  2e-53  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6436  histidine kinase  25.17 
 
 		 1418 aa  212  3e-53  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6369  histidine kinase  26.25 
 
 		 1366 aa  209  2e-52  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2600  diguanylate cyclase with beta propeller sensor  25.13 
 
 		 977 aa  206  2e-51  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2791  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  25.7 
 
 		 1226 aa  206  2e-51  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.544858 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3298  sensory box protein  24.97 
 
 		 1494 aa  204  9e-51  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.217559 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3424  GGDEF domain-containing protein  22.35 
 
 		 1502 aa  201  7e-50  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3042  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  28.07 
 
 		 1181 aa  197  7e-49  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.227036  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00967  Putative signal protein with GGDEF domain  27.28 
 
 		 990 aa  194  5e-48  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0579558  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06199  Putative signal protein with GGDEF domain  27.28 
 
 		 990 aa  194  5e-48  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.368142  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1944  histidine kinase  25.65 
 
 		 1278 aa  193  1e-47  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.866742 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2107  two component transcriptional regulator, AraC family  25.69 
 
 		 1349 aa  191  7e-47  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.000288147  normal  0.419692 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1703  histidine kinase  28.23 
 
 		 1346 aa  189  2e-46  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0559  histidine kinase  23.9 
 
 		 1327 aa  189  3e-46  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00477073  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5256  histidine kinase  24.32 
 
 		 1063 aa  188  5e-46  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.015523  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1764  sensor histidine kinase/response regulator  21.59 
 
 		 1093 aa  187  7e-46  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.412354  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4560  histidine kinase  23.05 
 
 		 1313 aa  187  1.0000000000000001e-45  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.498007  normal  0.022289 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1493  sensor histidine kinase/response regulator  21.7 
 
 		 1086 aa  186  1.0000000000000001e-45  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0890895  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0415  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  22.1 
 
 		 1486 aa  186  2.0000000000000003e-45  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4159  histidine kinase  22.93 
 
 		 1017 aa  184  8.000000000000001e-45  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0934723  normal  0.139569 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4600  two component regulator propeller domain protein  24.92 
 
 		 1194 aa  182  2.9999999999999997e-44  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.779291 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0536  histidine kinase  22.85 
 
 		 1324 aa  178  5e-43  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0692259  normal  0.421547 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3829  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  22.63 
 
 		 1505 aa  175  2.9999999999999996e-42  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0605  histidine kinase  28.04 
 
 		 1190 aa  175  3.9999999999999995e-42  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01691  histidine kinase/response regulator hybrid protein  25.14 
 
 		 1185 aa  175  5e-42  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.578363  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0688  histidine kinase/response regulator hybrid protein  27.9 
 
 		 1179 aa  174  9e-42  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2140  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  26.77 
 
 		 1211 aa  172  3e-41  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.382987 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0311  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  23.16 
 
 		 1504 aa  172  3e-41  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3648  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  22.71 
 
 		 1511 aa  171  7e-41  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2298  histidine kinase  23.28 
 
 		 1093 aa  171  9e-41  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2723  histidine kinase  23.99 
 
 		 1347 aa  170  9e-41  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0341  sensory box protein  21.72 
 
 		 1515 aa  167  9e-40  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0156  adenylate/guanylate cyclase catalytic domain-containing protein  23.33 
 
 		 1075 aa  166  1.0000000000000001e-39  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  unclonable  0.000640114  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1105  signal transduction histidine kinase-like protein  25 
 
 		 1141 aa  166  2.0000000000000002e-39  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3633  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  22.9 
 
 		 1504 aa  166  3e-39  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2980  histidine kinase  29.53 
 
 		 1311 aa  164  9e-39  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.229379  normal  0.450681 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3041  histidine kinase  26.27 
 
 		 1175 aa  163  1e-38  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.551193  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2954  diguanylate cyclase  46.07 
 
 		 612 aa  161  6e-38  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0512853  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2353  signal transduction histidine kinase, LytS  23.49 
 
 		 1021 aa  159  2e-37  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4145  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  22.1 
 
 		 1508 aa  158  4e-37  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3950  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  22.44 
 
 		 1508 aa  159  4e-37  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1872  sensor histidine kinase  24.34 
 
 		 1046 aa  158  6e-37  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2605  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  24.88 
 
 		 1453 aa  157  8e-37  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4026  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  21.65 
 
 		 1508 aa  157  8e-37  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2588  response regulator receiver protein  45.13 
 
 		 568 aa  155  4e-36  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.649054  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3354  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  21.84 
 
 		 1242 aa  153  2e-35  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4052  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  21.92 
 
 		 1508 aa  152  3e-35  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4291  histidine kinase  23.24 
 
 		 954 aa  151  7e-35  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.608548  normal  0.104271 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3749  putative signal transduction histidine kinase  25.79 
 
 		 1018 aa  150  9e-35  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0973084  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2442  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  24.86 
 
 		 1030 aa  148  5e-34  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.223882  normal  0.750566 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05925  GGDEF domain protein  26.43 
 
 		 1005 aa  147  8.000000000000001e-34  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.40002  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>