More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Namu_3910 on replicon NC_013235
Organism: Nakamurella multipartita DSM 44233



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013235  Namu_3910  Extracellular ligand-binding receptor  100 
 
 
420 aa  837    Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.420808  normal  0.127498 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7912  Extracellular ligand-binding receptor  62.22 
 
 
407 aa  432  1e-120  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0074  ABC branched-chain amino acid transporter substrate-binding protein  54.57 
 
 
394 aa  419  1e-116  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0038  Extracellular ligand-binding receptor  52.46 
 
 
391 aa  405  1.0000000000000001e-112  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0144084  normal  0.178822 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0417  extracellular ligand-binding receptor  55.94 
 
 
393 aa  397  1e-109  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.852036 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3805  extracellular ligand-binding receptor  35.34 
 
 
450 aa  212  9e-54  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0795418  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1801  extracellular ligand-binding receptor  31.93 
 
 
405 aa  176  8e-43  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.459563  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2031  putative branched-chain amino acid ABC transporter, branched chain amino acid-binding protein  31.62 
 
 
405 aa  174  1.9999999999999998e-42  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0138904  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1967  putative branched-chain amino acid ABC transporter, branched chain amino acid-binding protein  31.38 
 
 
405 aa  173  5.999999999999999e-42  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000097926 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2010  branched-chain amino acid ABC transporter, branched chain amino acid-binding protein, putative  31.38 
 
 
405 aa  171  2e-41  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1792  branched-chain amino acid ABC transporter branched chain amino acid-binding protein  31.15 
 
 
405 aa  171  2e-41  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.525895  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1749  branched-chain amino acid ABC transporter, substrate-binding protein  31.15 
 
 
405 aa  171  2e-41  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.593163  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1931  putative branched-chain amino acid ABC transporter, branched chain amino acid-binding protein  31.38 
 
 
405 aa  170  4e-41  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3411  putative branched-chain amino acid ABC transporter, branched chain amino acid-binding protein  31.38 
 
 
405 aa  170  4e-41  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000582907 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1766  branched-chain amino acid ABC transporter, substrate-binding protein  31.15 
 
 
405 aa  169  9e-41  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1931  branched chain amino acid ABC transporter amino acid-binding protein  32.54 
 
 
395 aa  168  2e-40  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4104  extracellular ligand-binding receptor  31.96 
 
 
470 aa  158  2e-37  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2551  extracellular ligand-binding receptor  32.33 
 
 
400 aa  153  5.9999999999999996e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2066  Extracellular ligand-binding receptor  33.15 
 
 
399 aa  152  1e-35  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.438352  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4882  Extracellular ligand-binding receptor  32.65 
 
 
394 aa  150  5e-35  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2416  Extracellular ligand-binding receptor  33.79 
 
 
397 aa  150  5e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.672056  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4279  extracellular ligand-binding receptor  32.65 
 
 
415 aa  149  1.0000000000000001e-34  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4056  extracellular ligand-binding receptor  32.79 
 
 
394 aa  148  2.0000000000000003e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.423392  normal  0.164952 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4204  extracellular ligand-binding receptor  32.26 
 
 
400 aa  147  5e-34  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.669867 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1986  extracellular ligand-binding receptor  30.79 
 
 
395 aa  139  7e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.597173  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1374  extracellular ligand-binding receptor  32.2 
 
 
393 aa  135  9.999999999999999e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7682  putative branched-chain amino-acid ABC transporter, periplasmic binding protein  31.98 
 
 
397 aa  134  1.9999999999999998e-30  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.540186  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0332  extracellular ligand-binding receptor  31.79 
 
 
399 aa  127  3e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0331  extracellular ligand-binding receptor  30.96 
 
 
403 aa  119  9e-26  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1208  extracellular ligand-binding receptor  27.3 
 
 
396 aa  97.8  3e-19  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3724  extracellular ligand-binding receptor  28.76 
 
 
384 aa  97.8  3e-19  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.159594  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3135  Extracellular ligand-binding receptor  25.54 
 
 
395 aa  93.6  6e-18  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2302  Extracellular ligand-binding receptor  22.58 
 
 
410 aa  92.4  1e-17  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0563  twin-arginine translocation pathway signal  28.41 
 
 
421 aa  92  2e-17  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.540695  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2772  extracellular ligand-binding receptor  27.87 
 
 
390 aa  90.5  5e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000645997  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2717  extracellular ligand-binding receptor  26.36 
 
 
396 aa  90.5  5e-17  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0418912  normal  0.429406 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6330  twin-arginine translocation pathway signal  24.87 
 
 
397 aa  87.8  4e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.238667  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1226  extracellular ligand-binding receptor  26.08 
 
 
397 aa  87.4  4e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.15047  normal  0.127165 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4035  plasmid encoded RepA protein  25.48 
 
 
406 aa  86.7  8e-16  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4112  extracellular ligand-binding receptor  25.33 
 
 
395 aa  86.3  0.000000000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.143493 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0836  extracellular ligand-binding receptor  26.2 
 
 
390 aa  85.9  0.000000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0783302 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0430  extracellular ligand-binding receptor  30.29 
 
 
445 aa  84.7  0.000000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.249043 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2428  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic substrate- binding protein  24.28 
 
 
395 aa  84.3  0.000000000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.600985  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3089  Extracellular ligand-binding receptor  25.36 
 
 
390 aa  84  0.000000000000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4127  extracellular ligand-binding receptor  28.53 
 
 
400 aa  83.6  0.000000000000006  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.515914  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2689  Extracellular ligand-binding receptor  24.4 
 
 
395 aa  83.2  0.000000000000007  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.00000331787  normal  0.185218 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1663  extracellular ligand-binding receptor  25.87 
 
 
398 aa  83.2  0.000000000000008  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.596073  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0182  Extracellular ligand-binding receptor  24.5 
 
 
401 aa  82  0.00000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.955323  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1173  extracellular ligand-binding receptor  26.14 
 
 
408 aa  82  0.00000000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2425  extracellular ligand-binding receptor  25.44 
 
 
411 aa  81.6  0.00000000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0193  extracellular ligand-binding receptor  23.96 
 
 
414 aa  81.6  0.00000000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.271143  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0126  extracellular ligand-binding receptor  26.09 
 
 
402 aa  80.1  0.00000000000007  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3994  extracellular ligand-binding receptor  32.52 
 
 
339 aa  80.1  0.00000000000007  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.0000070067  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1779  extracellular ligand-binding receptor  25.51 
 
 
392 aa  79.7  0.00000000000008  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000205301 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1329  extracellular ligand-binding receptor  25.45 
 
 
395 aa  79.3  0.0000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2341  extracellular ligand-binding receptor  25.45 
 
 
405 aa  78.6  0.0000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.840598  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4215  extracellular ligand-binding receptor  25.08 
 
 
402 aa  77.8  0.0000000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0877313 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1241  Extracellular ligand-binding receptor  28.08 
 
 
406 aa  77  0.0000000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4013  extracellular ligand-binding receptor  33.5 
 
 
391 aa  77  0.0000000000006  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  decreased coverage  0.00118971  normal  0.173861 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0159  extracellular ligand-binding receptor  24.43 
 
 
395 aa  76.6  0.0000000000007  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2391  extracellular ligand-binding receptor  26.87 
 
 
411 aa  75.9  0.000000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0276546  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1490  Extracellular ligand-binding receptor  32.74 
 
 
397 aa  75.9  0.000000000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1392  Extracellular ligand-binding receptor  29.11 
 
 
382 aa  75.1  0.000000000002  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.54413  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1976  extracellular ligand-binding receptor  27.76 
 
 
406 aa  74.7  0.000000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.102141  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4064  extracellular ligand-binding receptor  23.53 
 
 
401 aa  74.7  0.000000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.00184477  normal  0.421947 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2901  extracellular ligand-binding receptor  27.03 
 
 
419 aa  74.7  0.000000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2023  Extracellular ligand-binding receptor  25.95 
 
 
415 aa  74.3  0.000000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0664  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  25.21 
 
 
402 aa  73.6  0.000000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4775  putative ABC transporter substrate binding protein  25.21 
 
 
393 aa  73.6  0.000000000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00131883  normal  0.383486 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2830  Extracellular ligand-binding receptor  26.18 
 
 
367 aa  72.4  0.00000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.345866 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3099  Extracellular ligand-binding receptor  28.74 
 
 
367 aa  72.4  0.00000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.419035 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0042  extracellular ligand-binding receptor  25.39 
 
 
368 aa  72.4  0.00000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.538449  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05343  hypothetical protein  28.44 
 
 
391 aa  72  0.00000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4699  extracellular ligand-binding receptor  26.77 
 
 
432 aa  71.6  0.00000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.525381 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2270  extracellular ligand-binding receptor  25.41 
 
 
391 aa  71.6  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.733577  normal  0.60166 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3823  Extracellular ligand-binding receptor  26.67 
 
 
394 aa  71.6  0.00000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00025514  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4333  Extracellular ligand-binding receptor  24.78 
 
 
402 aa  71.6  0.00000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.782262 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4465  extracellular ligand-binding receptor  24.8 
 
 
406 aa  71.2  0.00000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.662069  normal  0.481724 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0538  extracellular ligand-binding receptor  27.81 
 
 
368 aa  71.6  0.00000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0513259  normal  0.872247 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0154  extracellular ligand-binding receptor  25.38 
 
 
395 aa  70.5  0.00000000005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3698  Extracellular ligand-binding receptor  27.03 
 
 
415 aa  70.5  0.00000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0172  Extracellular ligand-binding receptor  25.38 
 
 
395 aa  70.9  0.00000000005  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0221424  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1622  extracellular ligand-binding receptor  24.2 
 
 
389 aa  70.5  0.00000000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.810291 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1177  Extracellular ligand-binding receptor  29.21 
 
 
390 aa  70.5  0.00000000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0214  extracellular ligand-binding receptor  25.26 
 
 
393 aa  69.7  0.00000000008  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.486026  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1365  extracellular ligand-binding receptor  24.53 
 
 
392 aa  69.3  0.0000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.780713  normal  0.67049 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1586  twin-arginine translocation pathway signal  26.87 
 
 
392 aa  69.3  0.0000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.764817 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5728  twin-arginine translocation pathway signal  26.32 
 
 
407 aa  68.9  0.0000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6092  ABC-type branched-chain amino acid transport system periplasmic component  26.32 
 
 
407 aa  68.9  0.0000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.299527  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6575  ABC-type branched-chain amino acid transport system periplasmic component  26.32 
 
 
402 aa  68.9  0.0000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0967723  normal  0.0140332 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4559  Extracellular ligand-binding receptor  26.87 
 
 
392 aa  68.9  0.0000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.61677  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1579  extracellular ligand-binding receptor  26.17 
 
 
392 aa  68.6  0.0000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.409097 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0857  extracellular ligand-binding receptor  24.51 
 
 
411 aa  68.6  0.0000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1582  branched-chain amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  30 
 
 
388 aa  68.2  0.0000000003  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.0000809144  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1520  extracellular ligand-binding receptor  27.47 
 
 
381 aa  67.8  0.0000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.657552  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4331  extracellular ligand-binding receptor  30.26 
 
 
373 aa  68.2  0.0000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0730184 
 
 
-
 
NC_004310  BR0014  branched-chain amino acid ABC transporter, perisplasmic amino acid-binding protein, putative  28.95 
 
 
368 aa  67.8  0.0000000004  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1803  hypothetical protein  27.56 
 
 
417 aa  67.8  0.0000000004  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.387974  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3369  extracellular ligand-binding receptor  31.14 
 
 
402 aa  67.4  0.0000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.998438  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4475  branched-chain amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  24.59 
 
 
392 aa  66.6  0.0000000007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00447507 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>