265 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bfae_10000 on replicon NC_013172
Organism: Brachybacterium faecium DSM 4810



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013172  Bfae_10000  16S rRNA processing protein RimM  100 
 
 		 194 aa  379  1e-104  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0953699  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0987  16S rRNA processing protein RimM  47.88 
 
 		 184 aa  144  5e-34  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  hitchhiker  0.000000000842356  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_23730  16S rRNA processing protein RimM  52.07 
 
 		 214 aa  143  2e-33  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.659902  normal  0.204427 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1169  16S rRNA processing protein RimM  46.15 
 
 		 181 aa  139  3e-32  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1472  16S rRNA processing protein RimM  50 
 
 		 188 aa  135  5e-31  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.0696089 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3257  16S rRNA processing protein RimM  46.49 
 
 		 184 aa  134  8e-31  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.682594  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2221  16S rRNA-processing protein RimM  42.13 
 
 		 181 aa  128  6e-29  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000411195 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1307  16S rRNA-processing protein RimM  44.13 
 
 		 180 aa  127  1.0000000000000001e-28  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0664  16S rRNA-processing protein RimM  47.02 
 
 		 170 aa  127  1.0000000000000001e-28  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.377331  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2538  16S rRNA processing protein RimM  45.88 
 
 		 182 aa  123  1e-27  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.139064  normal  0.135293 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1196  16S rRNA-processing protein RimM  43.33 
 
 		 180 aa  124  1e-27  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.934668 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5924  16S rRNA processing protein RimM  42.44 
 
 		 172 aa  121  8e-27  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.144619  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0226  16S rRNA processing protein RimM  46.15 
 
 		 170 aa  120  9e-27  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.652576  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1514  16S rRNA-processing protein RimM  40.35 
 
 		 187 aa  120  1.9999999999999998e-26  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.621384  normal  0.167537 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1829  16S rRNA processing protein RimM  44.12 
 
 		 171 aa  119  1.9999999999999998e-26  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0875871 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1619  16S rRNA processing protein RimM  38.95 
 
 		 173 aa  119  1.9999999999999998e-26  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0182275  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2481  16S rRNA-processing protein RimM  41.52 
 
 		 197 aa  119  3e-26  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.00367621  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1967  16S rRNA-processing protein RimM  40.12 
 
 		 173 aa  117  9.999999999999999e-26  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0420461  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_09770  16S rRNA processing protein RimM  41.71 
 
 		 174 aa  117  9.999999999999999e-26  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.098871  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2013  16S rRNA-processing protein RimM  40.12 
 
 		 173 aa  117  9.999999999999999e-26  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.325457 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1947  16S rRNA-processing protein RimM  40.12 
 
 		 173 aa  117  9.999999999999999e-26  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.638971 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3421  16S rRNA processing protein RimM  42.86 
 
 		 172 aa  116  1.9999999999999998e-25  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0959961  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3134  16S rRNA processing protein RimM  40.24 
 
 		 167 aa  114  1.0000000000000001e-24  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0103431  normal  0.109744 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0981  16S rRNA processing protein RimM  41.76 
 
 		 171 aa  113  2.0000000000000002e-24  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.613857  normal  0.277259 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1400  16S rRNA processing protein RimM  42.2 
 
 		 174 aa  113  2.0000000000000002e-24  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00457936 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_11060  16S rRNA processing protein RimM  44.12 
 
 		 182 aa  111  5e-24  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0760298  normal  0.041503 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1559  16S rRNA processing protein RimM  41.28 
 
 		 176 aa  111  5e-24  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.0559633 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2189  16S rRNA-processing protein RimM  40.12 
 
 		 172 aa  110  2.0000000000000002e-23  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0264003  normal  0.599871 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2183  16S rRNA processing protein RimM  37.43 
 
 		 169 aa  107  1e-22  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.141383  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2085  16S rRNA processing protein RimM  41.04 
 
 		 172 aa  106  2e-22  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.817011  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1054  RimM protein for 16S rRNA processing  37.89 
 
 		 204 aa  105  3e-22  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4173  16S rRNA-processing protein RimM  38.37 
 
 		 173 aa  105  4e-22  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3592  16S rRNA-processing protein RimM  38.2 
 
 		 179 aa  105  5e-22  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0324  16S rRNA processing protein RimM  38.33 
 
 		 199 aa  102  3e-21  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.884603 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4207  16S rRNA-processing protein RimM  37.65 
 
 		 221 aa  92.8  3e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.408553  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3753  16S rRNA-processing protein RimM  37.28 
 
 		 189 aa  92.4  3e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.13311  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4006  16S rRNA processing protein RimM  40.52 
 
 		 177 aa  92  5e-18  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1420  16S rRNA-processing protein RimM  35.03 
 
 		 188 aa  91.7  6e-18  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.261134  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4076  16S rRNA-processing protein RimM  37.04 
 
 		 189 aa  91.3  9e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2897  16S rRNA processing protein RimM  35.76 
 
 		 185 aa  89.7  2e-17  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_09170  16S rRNA processing protein RimM  39.33 
 
 		 200 aa  88.2  6e-17  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1150  16S rRNA-processing protein RimM  32.08 
 
 		 225 aa  88.2  7e-17  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0280728 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1152  16S rRNA-processing protein RimM  32.93 
 
 		 168 aa  86.7  2e-16  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.000000000355761  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12921  16S rRNA-processing protein RimM  35.23 
 
 		 176 aa  85.5  5e-16  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.368366 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0085  16S rRNA-processing protein RimM  33.14 
 
 		 191 aa  84.7  8e-16  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3098  16S rRNA-processing protein RimM  35.39 
 
 		 206 aa  82.8  0.000000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.700744  normal  0.9458 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2885  16S rRNA processing protein RimM  35.68 
 
 		 210 aa  81.3  0.000000000000008  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.524407 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1355  16S rRNA processing protein RimM  36.48 
 
 		 177 aa  80.9  0.00000000000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  unclonable  0.0000000116768  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2144  16S rRNA processing protein RimM  34.68 
 
 		 176 aa  79.7  0.00000000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0366  16S rRNA-processing protein RimM  33.93 
 
 		 198 aa  79  0.00000000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.875502  normal  0.464938 
 
 
-
 
NC_004310  BR1915  16S rRNA-processing protein RimM  28.11 
 
 		 189 aa  78.2  0.00000000000007  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1843  16S rRNA-processing protein RimM  28.11 
 
 		 189 aa  78.2  0.00000000000007  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0355078  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0943  16S rRNA-processing protein RimM  28.8 
 
 		 189 aa  77.4  0.0000000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1091  16S rRNA-processing protein RimM  30.36 
 
 		 172 aa  75.5  0.0000000000005  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.00000000000655231  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0665  16S rRNA-processing protein RimM  33.72 
 
 		 223 aa  75.1  0.0000000000007  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0329294 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3443  16S rRNA-processing protein RimM  33.51 
 
 		 212 aa  74.3  0.000000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.609284  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0633  16S rRNA-processing protein RimM  33.14 
 
 		 224 aa  73.9  0.000000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.279374 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0654  16S rRNA-processing protein RimM  33.14 
 
 		 223 aa  73.6  0.000000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0548885  normal  0.131666 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2726  16S rRNA processing protein RimM  35 
 
 		 163 aa  72.8  0.000000000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3580  16S rRNA-processing protein RimM  32.93 
 
 		 173 aa  72.4  0.000000000004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.264248  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4889  16S rRNA-processing protein RimM  35.36 
 
 		 200 aa  72  0.000000000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1186  16S rRNA processing protein RimM  35.39 
 
 		 201 aa  71.2  0.000000000008  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.292134  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1801  16S rRNA processing protein RimM  31.74 
 
 		 168 aa  71.2  0.000000000009  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.165752  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2609  16S rRNA-processing protein RimM  33.93 
 
 		 171 aa  70.9  0.00000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.740533  normal  0.0121185 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3882  16S rRNA-processing protein RimM  34.15 
 
 		 167 aa  70.9  0.00000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.13781  normal  0.932135 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0805  16S rRNA-processing protein RimM  26.47 
 
 		 167 aa  70.1  0.00000000002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  unclonable  0.0000000000000311839  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2781  16S rRNA-processing protein RimM  32.53 
 
 		 173 aa  70.1  0.00000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  decreased coverage  0.00810863  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0344  16S rRNA-processing protein RimM  34.12 
 
 		 166 aa  70.1  0.00000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0800  16S rRNA processing protein RimM  27.44 
 
 		 166 aa  68.6  0.00000000005  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.0383963  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_17291  16S rRNA-processing protein RimM  30 
 
 		 176 aa  68.6  0.00000000006  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0787  16S rRNA-processing protein RimM  30.07 
 
 		 173 aa  68.6  0.00000000006  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  unclonable  1.0056e-16  unclonable  2.29437e-28 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0182  16S rRNA-processing protein RimM  34.73 
 
 		 169 aa  67  0.0000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0712  16S rRNA-processing protein RimM  23.81 
 
 		 169 aa  65.5  0.0000000004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000237491  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1047  16S rRNA-processing protein RimM  32.93 
 
 		 169 aa  65.1  0.0000000006  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.105176  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0351  16S rRNA-processing protein RimM  30.67 
 
 		 182 aa  65.1  0.0000000006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0767  16S rRNA-processing protein RimM  22.75 
 
 		 174 aa  65.1  0.0000000006  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000495507  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3307  16S rRNA processing protein RimM  28.24 
 
 		 182 aa  64.7  0.0000000008  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1984  16S rRNA-processing protein RimM  29.76 
 
 		 172 aa  64.3  0.000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2494  16S rRNA-processing protein RimM  28.14 
 
 		 171 aa  63.9  0.000000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.00000000966692  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_18151  16S rRNA-processing protein RimM  23.7 
 
 		 179 aa  63.9  0.000000001  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2708  16S rRNA-processing protein RimM  32.34 
 
 		 169 aa  63.9  0.000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0300271 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2052  16S rRNA processing protein RimM  28.57 
 
 		 169 aa  63.9  0.000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000163547  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2889  16S rRNA-processing protein RimM  33.89 
 
 		 204 aa  63.5  0.000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1020  16S rRNA-processing protein RimM  32.72 
 
 		 178 aa  63.5  0.000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.104306  normal  0.553883 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1698  16S rRNA-processing protein RimM  23.56 
 
 		 179 aa  63.5  0.000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3941  16S rRNA-processing protein RimM  26.35 
 
 		 171 aa  63.2  0.000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000195727  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1302  16S rRNA-processing protein RimM  26.35 
 
 		 171 aa  63.5  0.000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.000000000535622  unclonable  1.06066e-25 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2658  16S rRNA processing protein RimM  32.24 
 
 		 157 aa  62.8  0.000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2886  16S rRNA-processing protein RimM  28.66 
 
 		 199 aa  62.8  0.000000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0689866 
 
 
-
 
NC_009359  OSTLU_38467  predicted protein  34.03 
 
 		 235 aa  62.4  0.000000004  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.375973 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1097  16S rRNA processing protein RimM  32.18 
 
 		 176 aa  62  0.000000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.349347  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0244  16S rRNA-processing protein RimM  30.06 
 
 		 176 aa  61.6  0.000000006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_17931  16S rRNA-processing protein RimM  22.54 
 
 		 179 aa  61.6  0.000000006  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1323  16S rRNA-processing protein RimM  26.19 
 
 		 167 aa  61.2  0.000000008  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  0.0000000721778  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1298  16S rRNA-processing protein RimM  26.19 
 
 		 167 aa  61.2  0.000000008  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  0.0000000105261  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0969  16S rRNA processing protein RimM  31.11 
 
 		 176 aa  61.2  0.000000009  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000000000035902  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2512  16S rRNA-processing protein RimM  30.82 
 
 		 185 aa  61.2  0.000000009  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.681752  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1491  16S rRNA processing protein RimM  30.82 
 
 		 173 aa  61.2  0.00000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0241337  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4156  16S rRNA-processing protein RimM  30.86 
 
 		 178 aa  60.8  0.00000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.12723  normal  0.417935 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_26021  16S rRNA-processing protein RimM  32.16 
 
 		 181 aa  60.8  0.00000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>