More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_0721 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_3724  RND family efflux transporter MFP subunit  76.9 
 
 		 420 aa  641    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.376754 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3365  RND family efflux transporter MFP subunit  77.38 
 
 		 420 aa  650    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4074  RND family efflux transporter MFP subunit  78.81 
 
 		 420 aa  669    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0721  RND family efflux transporter MFP subunit  100 
 
 		 420 aa  843    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0897  RND family efflux transporter MFP subunit  70.24 
 
 		 419 aa  578  1e-164  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0861  RND family efflux transporter MFP subunit  68.11 
 
 		 420 aa  575  1.0000000000000001e-163  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3262  RND family efflux transporter MFP subunit  68.11 
 
 		 420 aa  574  1.0000000000000001e-163  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.933024  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3161  RND family efflux transporter MFP subunit  67.87 
 
 		 420 aa  574  1.0000000000000001e-162  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0996  RND family efflux transporter MFP subunit  66.43 
 
 		 435 aa  565  1e-160  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1017  efflux transporter, RND family, MFP subunit  66.43 
 
 		 420 aa  565  1e-160  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1029  RND family efflux transporter MFP subunit  66.43 
 
 		 435 aa  566  1e-160  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.981321 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2993  RND family efflux transporter MFP subunit  66.43 
 
 		 435 aa  565  1e-160  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3343  RND family efflux transporter MFP subunit  66.19 
 
 		 435 aa  563  1.0000000000000001e-159  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2852  secretion protein HlyD  68.02 
 
 		 419 aa  558  1e-158  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3694  hypothetical protein  66.9 
 
 		 419 aa  555  1e-157  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2865  HlyD family secretion protein  61.58 
 
 		 418 aa  484  1e-135  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2405  RND family efflux transporter MFP subunit  43.26 
 
 		 443 aa  347  3e-94  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2238  RND family efflux transporter MFP subunit  44.15 
 
 		 421 aa  327  3e-88  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.811605  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3500  efflux transporter, RND family, MFP subunit  42.39 
 
 		 425 aa  310  2.9999999999999997e-83  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.226045 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03125  ABC transporter permease  41.39 
 
 		 392 aa  294  2e-78  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0572  RND family efflux transporter MFP subunit  38.86 
 
 		 423 aa  283  5.000000000000001e-75  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2352  efflux transporter, RND family, MFP subunit  22.07 
 
 		 419 aa  108  3e-22  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0918313  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5609  efflux transporter, RND family, MFP subunit  20.75 
 
 		 414 aa  105  2e-21  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0309  HlyD family secretion protein  23.38 
 
 		 416 aa  103  6e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.0376524 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4837  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.19 
 
 		 415 aa  100  5e-20  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG0680  RND family efflux transporter MFP subunit  22.71 
 
 		 417 aa  99  1e-19  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.0364598 
 
 
-
 
NC_002950  PG0283  RND family efflux transporter MFP subunit  23.56 
 
 		 416 aa  93.2  8e-18  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4588  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.37 
 
 		 415 aa  93.2  8e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00044707  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1331  RND family efflux transporter MFP subunit  22.62 
 
 		 412 aa  92.8  1e-17  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.100786  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0954  efflux transporter, RND family, MFP subunit  21.72 
 
 		 415 aa  90.5  6e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2118  RND family efflux transporter MFP subunit  22.6 
 
 		 418 aa  88.6  2e-16  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1901  RND family efflux transporter MFP subunit  22.46 
 
 		 417 aa  88.2  3e-16  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.637484 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0774  RND family efflux transporter MFP subunit  22.95 
 
 		 418 aa  79  0.0000000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.479896  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0748  putative PAS/PAC sensor protein  24.19 
 
 		 607 aa  76.3  0.0000000000009  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0838  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.7 
 
 		 432 aa  75.1  0.000000000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2744  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.7 
 
 		 475 aa  75.1  0.000000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4702  RND family efflux transporter MFP subunit  21.03 
 
 		 431 aa  73.2  0.000000000008  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2973  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.86 
 
 		 448 aa  73.2  0.000000000008  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1938  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24 
 
 		 462 aa  72.4  0.00000000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000755017  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3531  secretion protein HlyD  23.81 
 
 		 400 aa  72.8  0.00000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.445744  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3463  HlyD family secretion protein  26.57 
 
 		 378 aa  72.4  0.00000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2738  membrane-fusion protein  28.72 
 
 		 399 aa  70.1  0.00000000006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1497  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.66 
 
 		 407 aa  70.1  0.00000000007  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.30393  hitchhiker  0.00778895 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2477  RND family efflux transporter MFP subunit  22.44 
 
 		 420 aa  68.9  0.0000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1901  secretion protein HlyD family protein  25.27 
 
 		 403 aa  68.9  0.0000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.164629  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2843  efflux transporter, RND family, MFP subunit  22.74 
 
 		 496 aa  68.6  0.0000000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1067  secretion protein HlyD  28.74 
 
 		 364 aa  68.6  0.0000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.133207 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004022  membrane-fusion protein  28.92 
 
 		 369 aa  67.8  0.0000000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.000000160707  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3005  RND family efflux transporter MFP subunit  20.9 
 
 		 420 aa  67.4  0.0000000004  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000258393  hitchhiker  0.0000478824 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2575  RND family efflux transporter MFP subunit  22.48 
 
 		 420 aa  67.4  0.0000000005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1815  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.21 
 
 		 388 aa  67  0.0000000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.100454  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01444  hypothetical protein  28.49 
 
 		 350 aa  66.6  0.0000000007  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4415  RND family efflux transporter MFP subunit  21.34 
 
 		 412 aa  66.6  0.0000000008  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3253  efflux transporter, RND family, MFP subunit  22.57 
 
 		 496 aa  65.9  0.000000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2095  secretion protein HlyD  28.11 
 
 		 354 aa  65.9  0.000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0328  ABC transporter permease  21.23 
 
 		 434 aa  64.7  0.000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.33045 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1164  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.92 
 
 		 467 aa  64.3  0.000000004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.748472 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2601  efflux transporter, RND family, MFP subunit  21.71 
 
 		 440 aa  63.9  0.000000005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1084  RND family efflux transporter MFP subunit  28.02 
 
 		 370 aa  63.9  0.000000005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0120074  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1150  RND family efflux transporter MFP subunit  28.02 
 
 		 373 aa  63.9  0.000000005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0000335121  normal  0.257402 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2322  secretion protein HlyD  22.77 
 
 		 399 aa  63.2  0.000000008  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.000000756014  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0831  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.91 
 
 		 372 aa  63.2  0.000000009  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0273609  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4492  secretion protein HlyD  25.09 
 
 		 382 aa  62.8  0.00000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0226833 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1156  RND family efflux transporter MFP subunit  25.46 
 
 		 370 aa  62.4  0.00000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.00000000311518  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2520  RND family efflux transporter MFP subunit  22.78 
 
 		 406 aa  62.4  0.00000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1084  RND family efflux transporter MFP subunit  27.11 
 
 		 370 aa  62.8  0.00000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.143794  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0396  RND family efflux transporter MFP subunit  25.41 
 
 		 413 aa  62  0.00000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1522  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.74 
 
 		 422 aa  61.6  0.00000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.656128  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2786  RND family efflux transporter MFP subunit  26.46 
 
 		 372 aa  61.6  0.00000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.000125206  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1039  secretion protein HlyD  26.63 
 
 		 427 aa  61.2  0.00000003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5197  hypothetical protein  23.06 
 
 		 411 aa  60.8  0.00000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0742487 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0870  acriflavin resistance periplasmic protein  25.26 
 
 		 351 aa  60.8  0.00000004  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1030  RND family efflux transporter MFP subunit  29.52 
 
 		 365 aa  60.8  0.00000004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.000000101532  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0768  acriflavin resistance periplasmic protein  21.43 
 
 		 348 aa  60.8  0.00000004  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.69171  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4176  hypothetical protein  20.53 
 
 		 423 aa  60.5  0.00000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0200  secretion protein HlyD  23.31 
 
 		 365 aa  60.5  0.00000006  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2559  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.62 
 
 		 349 aa  60.5  0.00000006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.99545  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3507  RND family efflux transporter MFP subunit  23.99 
 
 		 421 aa  60.1  0.00000007  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.568774  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1146  RND family efflux transporter MFP subunit  25.26 
 
 		 351 aa  60.1  0.00000007  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3483  HlyD family secretion protein  24.89 
 
 		 369 aa  59.3  0.0000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0438  hypothetical protein  26.53 
 
 		 352 aa  59.3  0.0000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.0000000000000466929  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0880  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.34 
 
 		 397 aa  59.3  0.0000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.995952  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3170  RND family efflux transporter MFP subunit  26.48 
 
 		 369 aa  58.5  0.0000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000000721535  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1477  efflux transporter, RND family, MFP subunit  21.51 
 
 		 390 aa  58.5  0.0000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3208  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.32 
 
 		 357 aa  58.9  0.0000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0146448  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3204  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.18 
 
 		 368 aa  58.5  0.0000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3169  RND family efflux transporter MFP subunit  26.48 
 
 		 369 aa  58.5  0.0000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00000000222351  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0895  secretion protein HlyD family protein  25.87 
 
 		 405 aa  58.2  0.0000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1943  efflux transporter, RND family, MFP subunit  22.59 
 
 		 450 aa  57.8  0.0000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3313  RND family efflux transporter MFP subunit  26.48 
 
 		 369 aa  58.2  0.0000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00000984298  normal  0.15916 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01736  HlyD family secretion protein  25.58 
 
 		 349 aa  58.2  0.0000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1201  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.48 
 
 		 369 aa  58.2  0.0000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000000118856  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1851  RND family efflux transporter MFP subunit  23.57 
 
 		 361 aa  57.4  0.0000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.000181813  hitchhiker  0.00565244 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0472  secretion protein HlyD  30.54 
 
 		 359 aa  57.4  0.0000004  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  decreased coverage  0.000402153  normal  0.138011 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1189  secretion protein HlyD  28.08 
 
 		 323 aa  57.8  0.0000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.315896  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2928  RND family efflux transporter MFP subunit  22.52 
 
 		 431 aa  57.8  0.0000004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00603978  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20080  hypothetical protein  26.94 
 
 		 323 aa  57.4  0.0000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4108  putative secretion protein (HlyD)  23.37 
 
 		 391 aa  57  0.0000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.331978  normal  0.146318 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1161  RND family efflux transporter MFP subunit  22.42 
 
 		 404 aa  56.6  0.0000008  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0203325  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2777  secretion protein HlyD family protein  27.59 
 
 		 323 aa  56.6  0.0000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.991626  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>