More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_0861 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009665  Shew185_0996  RND family efflux transporter MFP subunit  88.81 
 
 		 435 aa  771    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3694  hypothetical protein  90.71 
 
 		 419 aa  771    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1029  RND family efflux transporter MFP subunit  88.33 
 
 		 435 aa  767    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.981321 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1017  efflux transporter, RND family, MFP subunit  88.57 
 
 		 420 aa  769    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3343  RND family efflux transporter MFP subunit  88.1 
 
 		 435 aa  766    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0861  RND family efflux transporter MFP subunit  100 
 
 		 420 aa  848    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3161  RND family efflux transporter MFP subunit  99.52 
 
 		 420 aa  844    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2993  RND family efflux transporter MFP subunit  88.57 
 
 		 435 aa  764    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3262  RND family efflux transporter MFP subunit  99.05 
 
 		 420 aa  840    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.933024  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4074  RND family efflux transporter MFP subunit  72.18 
 
 		 420 aa  608  1e-173  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3724  RND family efflux transporter MFP subunit  71.7 
 
 		 420 aa  585  1e-166  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.376754 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3365  RND family efflux transporter MFP subunit  68.11 
 
 		 420 aa  574  1.0000000000000001e-163  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0721  RND family efflux transporter MFP subunit  68.11 
 
 		 420 aa  565  1e-160  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0897  RND family efflux transporter MFP subunit  66.9 
 
 		 419 aa  557  1e-157  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2852  secretion protein HlyD  66.19 
 
 		 419 aa  542  1e-153  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2865  HlyD family secretion protein  59 
 
 		 418 aa  481  1e-134  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2405  RND family efflux transporter MFP subunit  42.99 
 
 		 443 aa  331  2e-89  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0572  RND family efflux transporter MFP subunit  40.28 
 
 		 423 aa  307  2.0000000000000002e-82  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2238  RND family efflux transporter MFP subunit  39.9 
 
 		 421 aa  308  2.0000000000000002e-82  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.811605  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3500  efflux transporter, RND family, MFP subunit  39.25 
 
 		 425 aa  290  3e-77  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.226045 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03125  ABC transporter permease  38.72 
 
 		 392 aa  282  6.000000000000001e-75  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4837  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.35 
 
 		 415 aa  116  7.999999999999999e-25  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0309  HlyD family secretion protein  26.73 
 
 		 416 aa  109  1e-22  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.0376524 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5609  efflux transporter, RND family, MFP subunit  22.66 
 
 		 414 aa  108  2e-22  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG0680  RND family efflux transporter MFP subunit  24.06 
 
 		 417 aa  107  4e-22  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.0364598 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1331  RND family efflux transporter MFP subunit  23.99 
 
 		 412 aa  105  1e-21  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.100786  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4588  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.42 
 
 		 415 aa  106  1e-21  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00044707  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2352  efflux transporter, RND family, MFP subunit  21.8 
 
 		 419 aa  104  2e-21  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0918313  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0954  efflux transporter, RND family, MFP subunit  21.98 
 
 		 415 aa  98.2  2e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0838  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.94 
 
 		 432 aa  97.4  4e-19  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1901  RND family efflux transporter MFP subunit  23.75 
 
 		 417 aa  93.6  6e-18  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.637484 
 
 
-
 
NC_002950  PG0283  RND family efflux transporter MFP subunit  23.41 
 
 		 416 aa  89.4  1e-16  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2118  RND family efflux transporter MFP subunit  24.14 
 
 		 418 aa  87.4  5e-16  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0774  RND family efflux transporter MFP subunit  23.26 
 
 		 418 aa  82.8  0.00000000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.479896  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0328  ABC transporter permease  21.45 
 
 		 434 aa  79.7  0.00000000000009  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.33045 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4702  RND family efflux transporter MFP subunit  21.29 
 
 		 431 aa  75.9  0.000000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2843  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.16 
 
 		 496 aa  73.6  0.000000000006  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4150  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.53 
 
 		 397 aa  73.2  0.000000000007  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00923789  hitchhiker  0.000000297953 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1497  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25 
 
 		 407 aa  72.4  0.00000000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.30393  hitchhiker  0.00778895 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3253  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.38 
 
 		 496 aa  72.4  0.00000000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2601  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.21 
 
 		 440 aa  72  0.00000000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2973  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.28 
 
 		 448 aa  72.4  0.00000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0366  secretion protein HlyD  20.83 
 
 		 437 aa  71.6  0.00000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.93288  normal  0.93988 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0200  secretion protein HlyD  25.8 
 
 		 365 aa  70.5  0.00000000006  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1815  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.8 
 
 		 388 aa  68.6  0.0000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.100454  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2744  efflux transporter, RND family, MFP subunit  22.3 
 
 		 475 aa  68.9  0.0000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2477  RND family efflux transporter MFP subunit  22.78 
 
 		 420 aa  68.9  0.0000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2020  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.44 
 
 		 414 aa  68.6  0.0000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.152554 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4176  hypothetical protein  23.44 
 
 		 423 aa  68.2  0.0000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3005  RND family efflux transporter MFP subunit  21.85 
 
 		 420 aa  67.8  0.0000000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000258393  hitchhiker  0.0000478824 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1938  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.63 
 
 		 462 aa  67.8  0.0000000004  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000755017  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004022  membrane-fusion protein  25.5 
 
 		 369 aa  66.6  0.0000000008  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.000000160707  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1164  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.3 
 
 		 467 aa  66.2  0.000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.748472 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4415  RND family efflux transporter MFP subunit  20.94 
 
 		 412 aa  65.5  0.000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2928  RND family efflux transporter MFP subunit  24.33 
 
 		 431 aa  65.5  0.000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00603978  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2559  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.73 
 
 		 349 aa  65.5  0.000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.99545  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2530  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.51 
 
 		 430 aa  65.1  0.000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.559583  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2575  RND family efflux transporter MFP subunit  22.22 
 
 		 420 aa  65.5  0.000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1522  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.66 
 
 		 422 aa  64.7  0.000000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.656128  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2543  secretion protein HlyD  23.34 
 
 		 471 aa  64.7  0.000000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.467529  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2100  RND family efflux transporter MFP subunit  25.82 
 
 		 379 aa  64.3  0.000000004  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0493506  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20080  hypothetical protein  27.4 
 
 		 323 aa  64.3  0.000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0768  acriflavin resistance periplasmic protein  20.6 
 
 		 348 aa  63.9  0.000000005  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.69171  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0870  acriflavin resistance periplasmic protein  23.72 
 
 		 351 aa  63.5  0.000000007  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0438  hypothetical protein  26.57 
 
 		 352 aa  63.2  0.00000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.0000000000000466929  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0880  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.28 
 
 		 397 aa  62.4  0.00000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.995952  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1146  RND family efflux transporter MFP subunit  23.72 
 
 		 351 aa  62.4  0.00000001  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1901  secretion protein HlyD family protein  25.3 
 
 		 403 aa  62.8  0.00000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.164629  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1728  hypothetical protein  27.4 
 
 		 323 aa  62.8  0.00000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0534587  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1210  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.13 
 
 		 389 aa  61.6  0.00000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00968103 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3531  secretion protein HlyD  26.56 
 
 		 400 aa  62  0.00000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.445744  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4563  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.65 
 
 		 426 aa  61.2  0.00000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0307  RND family efflux transporter MFP subunit  28.18 
 
 		 413 aa  61.2  0.00000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.240103  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0609  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26 
 
 		 353 aa  61.2  0.00000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.593708  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0748  putative PAS/PAC sensor protein  22.07 
 
 		 607 aa  60.8  0.00000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1067  secretion protein HlyD  25.97 
 
 		 364 aa  60.5  0.00000006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.133207 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1477  efflux transporter, RND family, MFP subunit  22.99 
 
 		 390 aa  60.1  0.00000007  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1119  RND family efflux transporter MFP subunit  28.81 
 
 		 369 aa  60.1  0.00000007  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000371819  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0212  secretion protein HlyD  22.36 
 
 		 364 aa  59.7  0.00000009  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.59943 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0573  macrolide secretion protein MacA  24.01 
 
 		 455 aa  59.7  0.0000001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  unclonable  0.00000000000123833  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4492  secretion protein HlyD  26.51 
 
 		 382 aa  59.7  0.0000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0226833 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2492  RND family efflux transporter subunit MFP  25.15 
 
 		 437 aa  59.7  0.0000001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.311613  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1924  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.97 
 
 		 352 aa  59.3  0.0000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.896235 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4993  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.32 
 
 		 401 aa  59.3  0.0000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1636  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.32 
 
 		 383 aa  58.9  0.0000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.372421  normal  0.934491 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0308  secretion protein HlyD  23.43 
 
 		 421 aa  59.7  0.0000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.742688 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01444  hypothetical protein  29.3 
 
 		 350 aa  59.7  0.0000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3507  RND family efflux transporter MFP subunit  27.03 
 
 		 421 aa  58.9  0.0000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.568774  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1940  efflux transporter, RND family, MFP subunit  20.99 
 
 		 377 aa  58.5  0.0000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.69897  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2095  secretion protein HlyD  28.57 
 
 		 354 aa  58.9  0.0000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3078  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.66 
 
 		 460 aa  58.9  0.0000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4678  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.1 
 
 		 442 aa  58.5  0.0000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00314415  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1156  RND family efflux transporter MFP subunit  31.46 
 
 		 370 aa  58.9  0.0000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.00000000311518  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1030  RND family efflux transporter MFP subunit  30.51 
 
 		 365 aa  58.9  0.0000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.000000101532  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2520  RND family efflux transporter MFP subunit  23.34 
 
 		 406 aa  58.5  0.0000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0275  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.28 
 
 		 381 aa  58.9  0.0000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1921  RND family efflux transporter MFP subunit  26 
 
 		 340 aa  58.5  0.0000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00271277  normal  0.413551 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5197  hypothetical protein  21.91 
 
 		 411 aa  58.2  0.0000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0742487 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3169  RND family efflux transporter MFP subunit  26.1 
 
 		 369 aa  57.8  0.0000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00000000222351  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3170  RND family efflux transporter MFP subunit  26.1 
 
 		 369 aa  57.8  0.0000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000000721535  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>