More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPS_0572 on replicon NC_003910
Organism: Colwellia psychrerythraea 34H



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003910  CPS_0572  RND family efflux transporter MFP subunit  100 
 
 		 423 aa  855    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0996  RND family efflux transporter MFP subunit  40.33 
 
 		 435 aa  309  6.999999999999999e-83  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3262  RND family efflux transporter MFP subunit  40.28 
 
 		 420 aa  308  1.0000000000000001e-82  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.933024  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0861  RND family efflux transporter MFP subunit  40.28 
 
 		 420 aa  307  2.0000000000000002e-82  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3161  RND family efflux transporter MFP subunit  40.05 
 
 		 420 aa  306  3e-82  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1017  efflux transporter, RND family, MFP subunit  40.09 
 
 		 420 aa  306  4.0000000000000004e-82  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1029  RND family efflux transporter MFP subunit  40.09 
 
 		 435 aa  304  2.0000000000000002e-81  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.981321 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3343  RND family efflux transporter MFP subunit  39.86 
 
 		 435 aa  304  2.0000000000000002e-81  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2993  RND family efflux transporter MFP subunit  39.19 
 
 		 435 aa  302  6.000000000000001e-81  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3694  hypothetical protein  40.24 
 
 		 419 aa  301  1e-80  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2405  RND family efflux transporter MFP subunit  38.84 
 
 		 443 aa  297  2e-79  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4074  RND family efflux transporter MFP subunit  38.95 
 
 		 420 aa  294  2e-78  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0897  RND family efflux transporter MFP subunit  40.62 
 
 		 419 aa  284  2.0000000000000002e-75  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3365  RND family efflux transporter MFP subunit  39.52 
 
 		 420 aa  283  5.000000000000001e-75  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3724  RND family efflux transporter MFP subunit  38.95 
 
 		 420 aa  279  7e-74  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.376754 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0721  RND family efflux transporter MFP subunit  38.55 
 
 		 420 aa  278  1e-73  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2852  secretion protein HlyD  37.65 
 
 		 419 aa  274  2.0000000000000002e-72  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2865  HlyD family secretion protein  35.78 
 
 		 418 aa  267  2.9999999999999995e-70  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2238  RND family efflux transporter MFP subunit  34.94 
 
 		 421 aa  254  2.0000000000000002e-66  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.811605  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03125  ABC transporter permease  30.63 
 
 		 392 aa  209  5e-53  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3500  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.37 
 
 		 425 aa  194  2e-48  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.226045 
 
 
-
 
NC_002950  PG0680  RND family efflux transporter MFP subunit  24.14 
 
 		 417 aa  102  1e-20  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.0364598 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1331  RND family efflux transporter MFP subunit  24.64 
 
 		 412 aa  101  3e-20  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.100786  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4837  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.61 
 
 		 415 aa  91.7  2e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4588  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.91 
 
 		 415 aa  88.6  2e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00044707  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1901  RND family efflux transporter MFP subunit  24.47 
 
 		 417 aa  88.6  2e-16  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.637484 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2352  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.59 
 
 		 419 aa  87.8  4e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0918313  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0309  HlyD family secretion protein  24.21 
 
 		 416 aa  86.3  9e-16  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.0376524 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4702  RND family efflux transporter MFP subunit  23.9 
 
 		 431 aa  83.2  0.000000000000008  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0954  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.72 
 
 		 415 aa  76.6  0.0000000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5609  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.02 
 
 		 414 aa  74.7  0.000000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0774  RND family efflux transporter MFP subunit  22.07 
 
 		 418 aa  73.6  0.000000000006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.479896  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2601  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.13 
 
 		 440 aa  70.1  0.00000000007  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3531  secretion protein HlyD  26.54 
 
 		 400 aa  69.7  0.0000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.445744  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1177  RND family efflux transporter MFP subunit  23.08 
 
 		 417 aa  69.3  0.0000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2383  RND family efflux transporter MFP subunit  27.91 
 
 		 530 aa  68.6  0.0000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.182874  normal  0.0987183 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0366  secretion protein HlyD  25.64 
 
 		 437 aa  68.2  0.0000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.93288  normal  0.93988 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0838  efflux transporter, RND family, MFP subunit  22.85 
 
 		 432 aa  66.6  0.0000000007  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0815  RND family efflux transporter MFP subunit  26.75 
 
 		 359 aa  66.6  0.0000000008  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.60919  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1815  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.32 
 
 		 388 aa  66.2  0.0000000009  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.100454  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1154  RND family efflux transporter MFP subunit  29.71 
 
 		 375 aa  65.9  0.000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.504084  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4415  RND family efflux transporter MFP subunit  22.51 
 
 		 412 aa  66.2  0.000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3735  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.43 
 
 		 362 aa  66.2  0.000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.532617  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2665  RND family efflux transporter MFP subunit  22.59 
 
 		 360 aa  65.9  0.000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000267288  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2550  RND family efflux transporter MFP subunit  22.59 
 
 		 360 aa  65.9  0.000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000229958  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1796  efflux transporter, RND family, MFP subunit  22.59 
 
 		 360 aa  65.9  0.000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000436323  hitchhiker  0.00000011193 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1636  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.62 
 
 		 383 aa  65.9  0.000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.372421  normal  0.934491 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4150  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.06 
 
 		 397 aa  66.2  0.000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00923789  hitchhiker  0.000000297953 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2338  RND family efflux transporter MFP subunit  24 
 
 		 360 aa  65.1  0.000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00136978  hitchhiker  0.0000141161 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2410  RND family efflux transporter MFP subunit  24 
 
 		 360 aa  65.1  0.000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.000315716  hitchhiker  0.00636413 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004022  membrane-fusion protein  24.61 
 
 		 369 aa  65.1  0.000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.000000160707  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1658  RND family efflux transporter MFP subunit  24 
 
 		 360 aa  65.1  0.000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000232607  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3313  RND family efflux transporter MFP subunit  24.31 
 
 		 369 aa  64.7  0.000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00000984298  normal  0.15916 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01444  hypothetical protein  26.37 
 
 		 350 aa  65.1  0.000000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0328  ABC transporter permease  22.95 
 
 		 434 aa  64.7  0.000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.33045 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1156  RND family efflux transporter MFP subunit  23.81 
 
 		 370 aa  64.7  0.000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.00000000311518  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1201  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.31 
 
 		 369 aa  64.7  0.000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000000118856  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2118  RND family efflux transporter MFP subunit  21.13 
 
 		 418 aa  63.9  0.000000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2322  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.36 
 
 		 371 aa  63.9  0.000000005  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0437768 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3169  RND family efflux transporter MFP subunit  24.14 
 
 		 369 aa  63.9  0.000000006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00000000222351  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3170  RND family efflux transporter MFP subunit  24.31 
 
 		 369 aa  63.5  0.000000006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000000721535  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1881  HlyD family-like protein  24 
 
 		 360 aa  63.5  0.000000007  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1266  RND family efflux transporter MFP subunit  24.53 
 
 		 371 aa  63.5  0.000000007  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.00000032302  hitchhiker  0.00027333 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1084  RND family efflux transporter MFP subunit  25.68 
 
 		 370 aa  63.2  0.000000008  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0120074  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2588  RND family efflux transporter MFP subunit  22.18 
 
 		 360 aa  63.2  0.000000009  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000000707575  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1150  RND family efflux transporter MFP subunit  25.68 
 
 		 373 aa  63.2  0.000000009  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0000335121  normal  0.257402 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0609  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.34 
 
 		 353 aa  61.6  0.00000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.593708  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1084  RND family efflux transporter MFP subunit  24.04 
 
 		 370 aa  61.6  0.00000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.143794  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3208  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.71 
 
 		 357 aa  61.2  0.00000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0146448  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_02661  membrane-fusion protein  23.5 
 
 		 375 aa  61.2  0.00000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.489029 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3204  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.73 
 
 		 368 aa  61.2  0.00000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4993  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.84 
 
 		 401 aa  60.5  0.00000005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3552  multidrug efflux system subunit MdtA  26.74 
 
 		 413 aa  60.1  0.00000007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2872  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.56 
 
 		 387 aa  59.3  0.0000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2064  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.95 
 
 		 365 aa  59.3  0.0000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1851  RND family efflux transporter MFP subunit  25.62 
 
 		 361 aa  59.3  0.0000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.000181813  hitchhiker  0.00565244 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1580  RND family efflux transporter MFP subunit  25.14 
 
 		 365 aa  59.3  0.0000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.186167  normal  0.460313 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2619  RND family efflux transporter MFP subunit  26.87 
 
 		 405 aa  59.3  0.0000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1186  RND family efflux transporter MFP subunit  27.12 
 
 		 374 aa  59.7  0.0000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.425099  normal  0.0297054 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1030  RND family efflux transporter MFP subunit  24.61 
 
 		 365 aa  59.7  0.0000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.000000101532  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2786  RND family efflux transporter MFP subunit  24.74 
 
 		 372 aa  59.3  0.0000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.000125206  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3483  HlyD family secretion protein  23.5 
 
 		 369 aa  58.5  0.0000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1497  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.05 
 
 		 407 aa  58.5  0.0000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.30393  hitchhiker  0.00778895 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0308  secretion protein HlyD  22.29 
 
 		 421 aa  58.9  0.0000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.742688 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1288  RND family efflux transporter MFP subunit  25.93 
 
 		 365 aa  57.8  0.0000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2567  secretion protein HlyD  22.67 
 
 		 401 aa  58.2  0.0000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.484116 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0438  hypothetical protein  22.1 
 
 		 352 aa  58.2  0.0000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.0000000000000466929  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1209  RND family efflux transporter MFP subunit  24.54 
 
 		 381 aa  58.2  0.0000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.421019  normal  0.31825 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1906  HlyD family-like protein  22.98 
 
 		 361 aa  57.8  0.0000004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.000977353  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1737  secretion protein HlyD  26.16 
 
 		 360 aa  57.4  0.0000004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000000190652  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3679  RND family efflux transporter MFP subunit  25.41 
 
 		 365 aa  57.4  0.0000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0768  acriflavin resistance periplasmic protein  20.35 
 
 		 348 aa  57  0.0000006  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.69171  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8250  efflux transporter, RND family, MFP subunit  22.58 
 
 		 368 aa  57  0.0000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.673804  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1580  RND family efflux transporter MFP subunit  25.93 
 
 		 365 aa  57  0.0000006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.610408  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1496  RND family efflux transporter MFP subunit  25.93 
 
 		 365 aa  57  0.0000006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2020  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.51 
 
 		 414 aa  57  0.0000006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.152554 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2100  RND family efflux transporter MFP subunit  22.47 
 
 		 379 aa  56.6  0.0000008  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0493506  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1940  efflux transporter, RND family, MFP subunit  21.53 
 
 		 377 aa  56.6  0.0000009  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.69897  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1119  RND family efflux transporter MFP subunit  26.14 
 
 		 369 aa  56.2  0.0000009  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000371819  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0031  RND family efflux transporter MFP subunit  27.37 
 
 		 365 aa  55.8  0.000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>