More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewana3_3262 on replicon NC_008577
Organism: Shewanella sp. ANA-3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_3694  hypothetical protein  90.24 
 
 		 419 aa  767    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1029  RND family efflux transporter MFP subunit  87.86 
 
 		 435 aa  761    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.981321 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0996  RND family efflux transporter MFP subunit  88.33 
 
 		 435 aa  765    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3343  RND family efflux transporter MFP subunit  87.62 
 
 		 435 aa  760    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0861  RND family efflux transporter MFP subunit  99.05 
 
 		 420 aa  840    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2993  RND family efflux transporter MFP subunit  88.1 
 
 		 435 aa  760    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3161  RND family efflux transporter MFP subunit  99.05 
 
 		 420 aa  841    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1017  efflux transporter, RND family, MFP subunit  88.1 
 
 		 420 aa  763    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3262  RND family efflux transporter MFP subunit  100 
 
 		 420 aa  847    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.933024  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4074  RND family efflux transporter MFP subunit  72.18 
 
 		 420 aa  605  9.999999999999999e-173  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3724  RND family efflux transporter MFP subunit  71.94 
 
 		 420 aa  585  1e-166  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.376754 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3365  RND family efflux transporter MFP subunit  68.59 
 
 		 420 aa  577  1.0000000000000001e-163  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0721  RND family efflux transporter MFP subunit  68.11 
 
 		 420 aa  564  1e-160  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0897  RND family efflux transporter MFP subunit  66.9 
 
 		 419 aa  556  1e-157  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2852  secretion protein HlyD  65.95 
 
 		 419 aa  539  9.999999999999999e-153  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2865  HlyD family secretion protein  58.77 
 
 		 418 aa  476  1e-133  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2405  RND family efflux transporter MFP subunit  42.76 
 
 		 443 aa  328  1.0000000000000001e-88  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0572  RND family efflux transporter MFP subunit  40.28 
 
 		 423 aa  308  1.0000000000000001e-82  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2238  RND family efflux transporter MFP subunit  40.14 
 
 		 421 aa  306  3e-82  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.811605  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3500  efflux transporter, RND family, MFP subunit  39.02 
 
 		 425 aa  287  2e-76  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.226045 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03125  ABC transporter permease  38.46 
 
 		 392 aa  280  4e-74  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4837  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.6 
 
 		 415 aa  119  9.999999999999999e-26  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4588  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.67 
 
 		 415 aa  108  2e-22  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00044707  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0309  HlyD family secretion protein  24.19 
 
 		 416 aa  107  4e-22  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.0376524 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1331  RND family efflux transporter MFP subunit  23.71 
 
 		 412 aa  107  4e-22  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.100786  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0680  RND family efflux transporter MFP subunit  23.58 
 
 		 417 aa  107  5e-22  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.0364598 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5609  efflux transporter, RND family, MFP subunit  22.22 
 
 		 414 aa  106  8e-22  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2352  efflux transporter, RND family, MFP subunit  21.56 
 
 		 419 aa  105  1e-21  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0918313  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0954  efflux transporter, RND family, MFP subunit  22.22 
 
 		 415 aa  101  3e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0838  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.41 
 
 		 432 aa  95.1  2e-18  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1901  RND family efflux transporter MFP subunit  23.15 
 
 		 417 aa  94.4  3e-18  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.637484 
 
 
-
 
NC_002950  PG0283  RND family efflux transporter MFP subunit  23.6 
 
 		 416 aa  88.6  2e-16  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2118  RND family efflux transporter MFP subunit  23.87 
 
 		 418 aa  84  0.000000000000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0328  ABC transporter permease  21.7 
 
 		 434 aa  80.5  0.00000000000006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.33045 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0774  RND family efflux transporter MFP subunit  22.31 
 
 		 418 aa  79.3  0.0000000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.479896  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4702  RND family efflux transporter MFP subunit  21.29 
 
 		 431 aa  77.8  0.0000000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2973  efflux transporter, RND family, MFP subunit  22.91 
 
 		 448 aa  72  0.00000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0366  secretion protein HlyD  20.83 
 
 		 437 aa  71.6  0.00000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.93288  normal  0.93988 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2744  efflux transporter, RND family, MFP subunit  22.54 
 
 		 475 aa  70.9  0.00000000004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2843  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.95 
 
 		 496 aa  70.5  0.00000000005  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3253  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.16 
 
 		 496 aa  69.7  0.00000000009  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2601  efflux transporter, RND family, MFP subunit  22.99 
 
 		 440 aa  69.7  0.00000000009  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2559  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.23 
 
 		 349 aa  68.9  0.0000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.99545  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1497  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.75 
 
 		 407 aa  69.7  0.0000000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.30393  hitchhiker  0.00778895 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2477  RND family efflux transporter MFP subunit  23.06 
 
 		 420 aa  68.6  0.0000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4150  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.9 
 
 		 397 aa  68.6  0.0000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00923789  hitchhiker  0.000000297953 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1815  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.39 
 
 		 388 aa  68.2  0.0000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.100454  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0200  secretion protein HlyD  25.44 
 
 		 365 aa  67.4  0.0000000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3005  RND family efflux transporter MFP subunit  22.13 
 
 		 420 aa  67.4  0.0000000004  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000258393  hitchhiker  0.0000478824 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1938  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.34 
 
 		 462 aa  67  0.0000000006  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000755017  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2020  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.12 
 
 		 414 aa  66.2  0.0000000009  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.152554 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2575  RND family efflux transporter MFP subunit  22.5 
 
 		 420 aa  65.1  0.000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2530  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.51 
 
 		 430 aa  64.7  0.000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.559583  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4415  RND family efflux transporter MFP subunit  20.94 
 
 		 412 aa  63.5  0.000000006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004022  membrane-fusion protein  25.21 
 
 		 369 aa  63.9  0.000000006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.000000160707  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1164  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.06 
 
 		 467 aa  63.5  0.000000007  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.748472 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4176  hypothetical protein  23.21 
 
 		 423 aa  63.5  0.000000007  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2928  RND family efflux transporter MFP subunit  24.06 
 
 		 431 aa  62.8  0.00000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00603978  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2100  RND family efflux transporter MFP subunit  25.27 
 
 		 379 aa  62.4  0.00000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0493506  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0308  secretion protein HlyD  24 
 
 		 421 aa  62.4  0.00000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.742688 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1522  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.66 
 
 		 422 aa  62.4  0.00000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.656128  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20080  hypothetical protein  26.94 
 
 		 323 aa  62.4  0.00000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2543  secretion protein HlyD  23.05 
 
 		 471 aa  62  0.00000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.467529  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1940  efflux transporter, RND family, MFP subunit  21.48 
 
 		 377 aa  61.6  0.00000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.69897  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0870  acriflavin resistance periplasmic protein  23.72 
 
 		 351 aa  62  0.00000002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0880  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.71 
 
 		 397 aa  62.4  0.00000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.995952  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1728  hypothetical protein  26.94 
 
 		 323 aa  61.6  0.00000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0534587  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1146  RND family efflux transporter MFP subunit  23.72 
 
 		 351 aa  60.8  0.00000004  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0768  acriflavin resistance periplasmic protein  20.48 
 
 		 348 aa  60.8  0.00000004  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.69171  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2520  RND family efflux transporter MFP subunit  23.61 
 
 		 406 aa  60.8  0.00000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3531  secretion protein HlyD  26.56 
 
 		 400 aa  60.5  0.00000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.445744  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1901  secretion protein HlyD family protein  24.9 
 
 		 403 aa  60.8  0.00000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.164629  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1119  RND family efflux transporter MFP subunit  28.81 
 
 		 369 aa  60.5  0.00000006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000371819  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2818  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.27 
 
 		 349 aa  60.1  0.00000007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1921  RND family efflux transporter MFP subunit  26 
 
 		 340 aa  60.1  0.00000007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00271277  normal  0.413551 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0609  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26 
 
 		 353 aa  59.7  0.00000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.593708  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1477  efflux transporter, RND family, MFP subunit  22.99 
 
 		 390 aa  59.7  0.00000009  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0748  putative PAS/PAC sensor protein  21.8 
 
 		 607 aa  59.7  0.0000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1636  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.32 
 
 		 383 aa  59.3  0.0000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.372421  normal  0.934491 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0307  RND family efflux transporter MFP subunit  27.73 
 
 		 413 aa  59.3  0.0000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.240103  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2095  secretion protein HlyD  28.57 
 
 		 354 aa  58.5  0.0000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1924  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.97 
 
 		 352 aa  58.9  0.0000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.896235 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1210  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.13 
 
 		 389 aa  58.9  0.0000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00968103 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3507  RND family efflux transporter MFP subunit  26.32 
 
 		 421 aa  58.2  0.0000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.568774  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1067  secretion protein HlyD  27.41 
 
 		 364 aa  58.2  0.0000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.133207 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0275  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.28 
 
 		 381 aa  58.2  0.0000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2492  RND family efflux transporter subunit MFP  24.85 
 
 		 437 aa  58.2  0.0000003  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.311613  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1441  RND family efflux transporter MFP subunit  29.35 
 
 		 634 aa  57.4  0.0000004  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4993  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.32 
 
 		 401 aa  57.8  0.0000004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1649  RND family efflux transporter MFP subunit  21.24 
 
 		 354 aa  57.4  0.0000005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.499517  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2956  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.65 
 
 		 430 aa  57.4  0.0000005  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.232515 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1613  efflux transporter, RND family, MFP subunit  22.63 
 
 		 469 aa  57.4  0.0000005  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01444  hypothetical protein  28.84 
 
 		 350 aa  56.6  0.0000007  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5197  hypothetical protein  21.91 
 
 		 411 aa  56.6  0.0000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0742487 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4563  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.08 
 
 		 426 aa  56.6  0.0000008  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0212  secretion protein HlyD  22.04 
 
 		 364 aa  56.6  0.0000008  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.59943 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1693  RND family efflux transporter MFP subunit  23.84 
 
 		 421 aa  56.6  0.0000008  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  hitchhiker  0.00000207824  decreased coverage  0.00534917 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3078  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.13 
 
 		 460 aa  56.2  0.0000009  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1216  secretion protein HlyD family protein  23.96 
 
 		 383 aa  56.6  0.0000009  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0651482  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3037  secretion protein HlyD  24.15 
 
 		 344 aa  55.8  0.000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.714598  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>