More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_1901 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010506  Swoo_1901  secretion protein HlyD family protein  100 
 
 		 403 aa  821    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.164629  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2738  membrane-fusion protein  76.92 
 
 		 399 aa  606  9.999999999999999e-173  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1839  membrane-fusion protein  67.6 
 
 		 388 aa  511  1e-144  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00691456  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1470  membrane-fusion protein  62.08 
 
 		 394 aa  450  1e-125  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.631868 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1902  membrane-fusion protein  24.69 
 
 		 419 aa  107  3e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0558652  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2737  membrane-fusion protein  23.82 
 
 		 420 aa  105  1e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7080  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.37 
 
 		 416 aa  104  2e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1471  membrane-fusion protein  24.62 
 
 		 400 aa  95.1  2e-18  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.95991 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0748  putative PAS/PAC sensor protein  26.15 
 
 		 607 aa  90.1  6e-17  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1840  membrane-fusion protein  20.85 
 
 		 429 aa  82.8  0.000000000000009  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0341971  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3483  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.19 
 
 		 598 aa  77.8  0.0000000000003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.807091  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2973  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.95 
 
 		 448 aa  76.3  0.000000000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1838  multidrug resistance efflux pump-like protein  24.8 
 
 		 363 aa  74.7  0.000000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000704068  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2456  hypothetical protein  25.6 
 
 		 431 aa  74.7  0.000000000003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2954  RND family efflux transporter MFP subunit  30.32 
 
 		 364 aa  73.2  0.000000000007  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000249187  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2739  multidrug resistance efflux pump-like protein  25.33 
 
 		 343 aa  73.2  0.000000000007  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4150  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.31 
 
 		 397 aa  71.6  0.00000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00923789  hitchhiker  0.000000297953 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3365  RND family efflux transporter MFP subunit  25.98 
 
 		 420 aa  71.6  0.00000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3531  secretion protein HlyD  26.11 
 
 		 400 aa  72  0.00000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.445744  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2557  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.85 
 
 		 356 aa  71.2  0.00000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.000000027885  normal  0.211023 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0758  macrolide-specific efflux protein MacA  24.48 
 
 		 394 aa  70.9  0.00000000004  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.0225012  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4074  RND family efflux transporter MFP subunit  25.61 
 
 		 420 aa  70.1  0.00000000006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0795  RND family efflux transporter MFP subunit  25.28 
 
 		 411 aa  68.9  0.0000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2149  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.12 
 
 		 409 aa  69.3  0.0000000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.111795  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0721  RND family efflux transporter MFP subunit  25.96 
 
 		 420 aa  68.6  0.0000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1900  multidrug resistance efflux pump-like protein  25.19 
 
 		 331 aa  68.2  0.0000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.178865  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2322  secretion protein HlyD  22.74 
 
 		 399 aa  67  0.0000000005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.000000756014  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2928  RND family efflux transporter MFP subunit  24.44 
 
 		 431 aa  66.6  0.0000000008  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00603978  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0336  secretion protein HlyD  28.57 
 
 		 324 aa  66.6  0.0000000008  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0816826  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3253  secretion protein HlyD family protein  24.12 
 
 		 373 aa  66.2  0.0000000009  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0270  putative MacA-like membrane transport protein  22.61 
 
 		 417 aa  65.9  0.000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1580  RND family efflux transporter MFP subunit  29.59 
 
 		 365 aa  65.1  0.000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.186167  normal  0.460313 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1340  secretion protein HlyD  20.86 
 
 		 424 aa  65.1  0.000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0930  RND family efflux transporter MFP subunit  25.6 
 
 		 366 aa  64.7  0.000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1571  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.76 
 
 		 435 aa  65.5  0.000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.334008  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1450  RND family efflux transporter MFP subunit  23.49 
 
 		 622 aa  65.5  0.000000002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.125039  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1870  secretion protein HlyD  25.96 
 
 		 427 aa  64.7  0.000000003  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3724  RND family efflux transporter MFP subunit  26.77 
 
 		 420 aa  63.9  0.000000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.376754 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0838  efflux transporter, RND family, MFP subunit  22.47 
 
 		 432 aa  64.3  0.000000004  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1636  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.56 
 
 		 383 aa  63.9  0.000000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.372421  normal  0.934491 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3161  RND family efflux transporter MFP subunit  25.69 
 
 		 420 aa  63.9  0.000000005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2993  RND family efflux transporter MFP subunit  22.04 
 
 		 435 aa  63.5  0.000000006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3694  hypothetical protein  25.79 
 
 		 419 aa  63.2  0.000000008  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1398  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.9 
 
 		 504 aa  63.2  0.000000009  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.463842 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4837  efflux transporter, RND family, MFP subunit  22.49 
 
 		 415 aa  62.8  0.00000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0861  RND family efflux transporter MFP subunit  25.3 
 
 		 420 aa  62.4  0.00000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3072  RND family efflux transporter MFP subunit  24.1 
 
 		 404 aa  62  0.00000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.569417  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1462  RND efflux membrane fusion protein precursor  28.65 
 
 		 367 aa  61.6  0.00000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3268  HlyD family secretion protein  27.17 
 
 		 372 aa  61.2  0.00000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1029  RND family efflux transporter MFP subunit  24.03 
 
 		 435 aa  60.8  0.00000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.981321 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0709  macrolide-specific efflux protein macA  22.58 
 
 		 390 aa  60.8  0.00000004  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1759  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.13 
 
 		 457 aa  60.8  0.00000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3262  RND family efflux transporter MFP subunit  24.9 
 
 		 420 aa  60.8  0.00000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.933024  normal  1 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0635  macrolide-specific efflux protein macA  22.32 
 
 		 390 aa  60.5  0.00000005  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.0167041  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0916  secretion protein HlyD family protein  24.91 
 
 		 335 aa  60.8  0.00000005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2446  secretion protein HlyD  26.24 
 
 		 331 aa  60.5  0.00000005  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0391443  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1949  secretion protein HlyD family protein  25.98 
 
 		 356 aa  60.5  0.00000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.262528  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2024  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.54 
 
 		 419 aa  60.1  0.00000006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000305818 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2543  secretion protein HlyD  22.9 
 
 		 471 aa  60.5  0.00000006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.467529  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16800  putative efflux transmembrane protein  28.11 
 
 		 367 aa  60.1  0.00000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0868415  normal  1 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1064  macrolide-specific efflux protein macA  22.93 
 
 		 390 aa  60.1  0.00000007  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.0267322  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2203  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.54 
 
 		 419 aa  59.7  0.00000008  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1940  efflux transporter, RND family, MFP subunit  22.64 
 
 		 377 aa  59.7  0.00000009  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.69897  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1177  secretion protein HlyD  28.67 
 
 		 397 aa  59.7  0.00000009  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0987  secretion protein HlyD  22.12 
 
 		 419 aa  59.7  0.00000009  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2559  efflux transporter, RND family, MFP subunit  22.42 
 
 		 349 aa  59.7  0.00000009  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.99545  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4327  HlyD family secretion protein  26.16 
 
 		 372 aa  59.3  0.0000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1671  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.86 
 
 		 384 aa  58.9  0.0000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1879  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.4 
 
 		 363 aa  59.7  0.0000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2945  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.86 
 
 		 384 aa  58.9  0.0000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.905544  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1554  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.4 
 
 		 363 aa  59.7  0.0000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0484603  hitchhiker  0.00000015248 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1989  RND family efflux transporter MFP subunit  28.16 
 
 		 379 aa  58.9  0.0000001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3361  secretion protein HlyD family protein  27.44 
 
 		 373 aa  58.9  0.0000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0809  secretion protein HlyD family protein  27.83 
 
 		 351 aa  58.5  0.0000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3343  RND family efflux transporter MFP subunit  23.67 
 
 		 435 aa  58.9  0.0000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1144  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.78 
 
 		 321 aa  58.2  0.0000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.000342468  normal  0.524577 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3274  putative multidrug efflux system transmembrane protein  26.34 
 
 		 225 aa  58.2  0.0000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.668414  normal  0.104011 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3038  secretion protein HlyD  26.15 
 
 		 403 aa  58.5  0.0000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000167095  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1062  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.77 
 
 		 448 aa  58.9  0.0000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3037  secretion protein HlyD  27.71 
 
 		 344 aa  58.5  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.714598  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0091  RND family efflux transporter MFP subunit  25 
 
 		 394 aa  58.5  0.0000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.666427  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4111  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.59 
 
 		 494 aa  58.5  0.0000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0897  RND family efflux transporter MFP subunit  25.1 
 
 		 419 aa  58.5  0.0000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1596  secretion protein HlyD family protein  25.12 
 
 		 420 aa  58.5  0.0000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0836964  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0372  RND family efflux transporter MFP subunit  26.8 
 
 		 372 aa  58.5  0.0000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5609  efflux transporter, RND family, MFP subunit  21.07 
 
 		 414 aa  58.9  0.0000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03125  ABC transporter permease  24.61 
 
 		 392 aa  58.5  0.0000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1017  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.51 
 
 		 420 aa  57.8  0.0000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1256  membrane fusion protein (MFP) family auxiliary transport protein  20.52 
 
 		 397 aa  57.8  0.0000003  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0563  secretion protein HlyD  24.51 
 
 		 456 aa  57.8  0.0000003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2440  secretion protein HlyD  28.18 
 
 		 408 aa  58.2  0.0000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1731  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.27 
 
 		 402 aa  57.4  0.0000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1706  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.21 
 
 		 430 aa  57.4  0.0000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.353178  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0971  secretion protein HlyD family protein  29.86 
 
 		 333 aa  57.8  0.0000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.70003 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2530  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.19 
 
 		 384 aa  57  0.0000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.389098 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2064  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.4 
 
 		 365 aa  57  0.0000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3168  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.02 
 
 		 430 aa  57  0.0000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.479459  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2395  secretion protein HlyD  26.05 
 
 		 417 aa  57  0.0000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.84223  hitchhiker  0.00226856 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1765  secretion protein HlyD family protein  30.53 
 
 		 541 aa  56.6  0.0000007  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.186436  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3679  RND family efflux transporter MFP subunit  28.4 
 
 		 365 aa  56.6  0.0000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>