More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_1902 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010506  Swoo_1902  membrane-fusion protein  100 
 
 		 419 aa  873    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0558652  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2737  membrane-fusion protein  80.25 
 
 		 420 aa  684    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1840  membrane-fusion protein  66.83 
 
 		 429 aa  583  1.0000000000000001e-165  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0341971  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1471  membrane-fusion protein  63.19 
 
 		 400 aa  523  1e-147  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.95991 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1839  membrane-fusion protein  26.75 
 
 		 388 aa  119  7.999999999999999e-26  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00691456  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7080  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.03 
 
 		 416 aa  113  6e-24  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1901  secretion protein HlyD family protein  24.73 
 
 		 403 aa  105  2e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.164629  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2738  membrane-fusion protein  23.71 
 
 		 399 aa  103  5e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1470  membrane-fusion protein  23.71 
 
 		 394 aa  100  4e-20  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.631868 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3927  RND family efflux transporter MFP subunit  23.38 
 
 		 392 aa  77.4  0.0000000000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02540  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.3 
 
 		 481 aa  76.6  0.0000000000007  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0229793  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2954  RND family efflux transporter MFP subunit  29.56 
 
 		 364 aa  73.9  0.000000000005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000249187  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0270  putative MacA-like membrane transport protein  28.06 
 
 		 417 aa  72.8  0.00000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2064  chemiosmotic efflux system protein B-like protein  28.97 
 
 		 322 aa  70.9  0.00000000004  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01736  HlyD family secretion protein  25.54 
 
 		 349 aa  70.1  0.00000000006  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001980  probable RND efflux membrane fusion protein  25.11 
 
 		 367 aa  68.6  0.0000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.979341  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3323  secretion protein HlyD  24.22 
 
 		 459 aa  68.2  0.0000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.665109  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1186  RND family efflux transporter MFP subunit  27.15 
 
 		 374 aa  68.2  0.0000000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.425099  normal  0.0297054 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2074  chemiosmotic efflux system protein B-like protein  29.66 
 
 		 322 aa  67.4  0.0000000004  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1398  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.44 
 
 		 504 aa  67.4  0.0000000005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.463842 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1340  secretion protein HlyD  26.85 
 
 		 424 aa  67.4  0.0000000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0175  hypothetical protein  28.65 
 
 		 380 aa  67  0.0000000005  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.109936  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0431  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.59 
 
 		 368 aa  66.6  0.0000000007  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1482  RND family efflux transporter MFP subunit  33.33 
 
 		 537 aa  65.9  0.000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0952522  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2179  RND family efflux transporter MFP subunit  24.74 
 
 		 361 aa  65.1  0.000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.00000248395  normal  0.140593 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2704  RND family efflux transporter MFP subunit  32.56 
 
 		 538 aa  65.1  0.000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.534684  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00481  hypothetical protein  25 
 
 		 368 aa  64.7  0.000000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2428  RND family efflux transporter MFP subunit  27.06 
 
 		 361 aa  64.7  0.000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00201655  decreased coverage  0.00000151053 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3483  efflux transporter, RND family, MFP subunit  21.01 
 
 		 598 aa  64.3  0.000000004  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.807091  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1650  secretion protein HlyD  28.57 
 
 		 397 aa  64.3  0.000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2184  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.78 
 
 		 537 aa  63.9  0.000000005  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.580159  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1695  secretion protein HlyD  25 
 
 		 360 aa  63.5  0.000000006  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2700  secretion protein HlyD  30.26 
 
 		 403 aa  63.9  0.000000006  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0467  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.35 
 
 		 360 aa  63.5  0.000000007  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3650  secretion protein HlyD  28.82 
 
 		 397 aa  63.2  0.000000008  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.521212 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1036  RND family efflux transporter MFP subunit  21.71 
 
 		 354 aa  63.2  0.000000009  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0838  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.05 
 
 		 432 aa  62.8  0.00000001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2550  RND family efflux transporter MFP subunit  24.11 
 
 		 360 aa  62  0.00000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000229958  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1030  heavy metal resistance protein CzcB  26.72 
 
 		 489 aa  61.6  0.00000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0701844  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2352  chemiosmotic efflux system C protein B  29.17 
 
 		 322 aa  61.6  0.00000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2253  secretion protein HlyD  24.52 
 
 		 398 aa  61.6  0.00000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.706134 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1182  heavy metal resistance protein CzcB  26.72 
 
 		 489 aa  61.6  0.00000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.125569  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2627  secretion protein HlyD  26.4 
 
 		 399 aa  62  0.00000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.524182 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2284  secretion protein HlyD  30.09 
 
 		 403 aa  62  0.00000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.831641  normal  0.154042 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0032  heavy metal resistance protein CzcB  27.16 
 
 		 516 aa  62.4  0.00000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.751867  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0400  heavy metal resistance protein CzcB  26.72 
 
 		 489 aa  61.6  0.00000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0829315  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0830  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.33 
 
 		 390 aa  62  0.00000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2588  RND family efflux transporter MFP subunit  24.11 
 
 		 360 aa  62  0.00000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000000707575  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1796  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.11 
 
 		 360 aa  62  0.00000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000436323  hitchhiker  0.00000011193 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2665  RND family efflux transporter MFP subunit  24.11 
 
 		 360 aa  61.6  0.00000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000267288  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0012  heavy metal resistance protein CzcB  26.72 
 
 		 489 aa  61.6  0.00000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1441  heavy metal resistance protein CzcB  26.72 
 
 		 489 aa  61.2  0.00000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.165558  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1102  secretion protein HlyD  25.81 
 
 		 470 aa  61.2  0.00000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.680161 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2203  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.45 
 
 		 419 aa  60.8  0.00000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0567  RND family efflux transporter MFP subunit  25.77 
 
 		 335 aa  60.8  0.00000004  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2977  RND family efflux transporter MFP subunit  30.63 
 
 		 401 aa  60.8  0.00000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.540318  normal  0.494242 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2149  efflux transporter, RND family, MFP subunit  22.96 
 
 		 409 aa  60.8  0.00000004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.111795  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1088  RND family efflux transporter MFP subunit  29.67 
 
 		 459 aa  60.8  0.00000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3531  secretion protein HlyD  26.96 
 
 		 400 aa  60.8  0.00000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.445744  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1526  cobalt-zinc-cadmium resistance protein CzcB  26.29 
 
 		 489 aa  60.8  0.00000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2360  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.4 
 
 		 380 aa  60.5  0.00000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.347608  normal  0.0362221 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0582  RND family efflux transporter MFP subunit  25.77 
 
 		 335 aa  60.8  0.00000005  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1604  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.56 
 
 		 464 aa  60.5  0.00000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.344035  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1809  secretion protein HlyD  27.63 
 
 		 397 aa  60.5  0.00000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0487  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.83 
 
 		 360 aa  60.5  0.00000005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0225  RND family efflux transporter MFP subunit  28.16 
 
 		 461 aa  60.5  0.00000006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.540049  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2858  secretion protein HlyD  27.27 
 
 		 517 aa  60.1  0.00000007  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1706  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.78 
 
 		 430 aa  60.1  0.00000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.353178  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4297  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.38 
 
 		 397 aa  60.1  0.00000008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.430357  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8877  Membrane-fusion protein-like protein  27.59 
 
 		 598 aa  59.7  0.00000009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0841399  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1881  HlyD family-like protein  23.51 
 
 		 360 aa  59.7  0.00000009  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2928  RND family efflux transporter MFP subunit  24.05 
 
 		 431 aa  59.7  0.00000009  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00603978  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1146  RND family efflux transporter MFP subunit  25.35 
 
 		 351 aa  59.7  0.0000001  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2553  hypothetical protein  24.36 
 
 		 368 aa  59.3  0.0000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000355433  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3301  RND family efflux transporter MFP subunit  25.57 
 
 		 381 aa  59.3  0.0000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.446472 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1892  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.78 
 
 		 430 aa  59.7  0.0000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.133123 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1201  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.5 
 
 		 369 aa  58.5  0.0000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000000118856  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1877  RND family efflux transporter MFP subunit  29.41 
 
 		 405 aa  58.5  0.0000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5576  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.42 
 
 		 353 aa  58.5  0.0000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.110033 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3313  RND family efflux transporter MFP subunit  25.5 
 
 		 369 aa  58.5  0.0000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00000984298  normal  0.15916 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3408  RND family efflux transporter MFP subunit  24.07 
 
 		 389 aa  58.9  0.0000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0128497  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3700  secretion protein HlyD  28.93 
 
 		 381 aa  58.5  0.0000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2011  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.22 
 
 		 361 aa  58.5  0.0000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2740  secretion protein HlyD  25.14 
 
 		 462 aa  58.5  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.135625  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0883  RND family efflux transporter MFP subunit  24.87 
 
 		 363 aa  58.5  0.0000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0715  putative cation efflux system protein  30.37 
 
 		 489 aa  58.5  0.0000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3169  RND family efflux transporter MFP subunit  26.11 
 
 		 369 aa  58.2  0.0000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00000000222351  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2432  HlyD family secretion protein  24.38 
 
 		 488 aa  57.8  0.0000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3170  RND family efflux transporter MFP subunit  25.5 
 
 		 369 aa  57.8  0.0000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000000721535  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003811  membrane-fusion protein  23.17 
 
 		 343 aa  57.8  0.0000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0739  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.35 
 
 		 362 aa  58.2  0.0000003  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.941037  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2024  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.92 
 
 		 419 aa  57.8  0.0000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000305818 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1288  RND family efflux transporter MFP subunit  25.74 
 
 		 365 aa  57.8  0.0000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1916  efflux transporter, RND family, MFP subunit  21.77 
 
 		 384 aa  57.4  0.0000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2456  hypothetical protein  24.14 
 
 		 431 aa  57.8  0.0000004  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4405  secretion protein HlyD  25.38 
 
 		 550 aa  57.4  0.0000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.164815  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3274  putative multidrug efflux system transmembrane protein  27.42 
 
 		 225 aa  57.4  0.0000005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.668414  normal  0.104011 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1658  RND family efflux transporter MFP subunit  22.97 
 
 		 360 aa  57.4  0.0000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000232607  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0212  secretion protein HlyD family protein  26.71 
 
 		 536 aa  57  0.0000006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1866  RND family efflux transporter MFP subunit  24.82 
 
 		 385 aa  57  0.0000006  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.0000232808  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>